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槟榔江水牛SREBF1基因克隆、分子特征及组织表达分析
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作者 刀文彬 欧阳依娜 +3 位作者 梁建平 范新阳 陈馨瑶 苗永旺 《云南农业大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第1期61-69,共9页
【目的】阐明水牛固醇调节元件结合转录因子1(sterol regulatory element binding transcription factor 1,SREBF1)的分子特征和组织表达特异性,初步揭示其分子功能。【方法】以槟榔江水牛为研究对象,采用RT-PCR技术克隆水牛SREBF1基因... 【目的】阐明水牛固醇调节元件结合转录因子1(sterol regulatory element binding transcription factor 1,SREBF1)的分子特征和组织表达特异性,初步揭示其分子功能。【方法】以槟榔江水牛为研究对象,采用RT-PCR技术克隆水牛SREBF1基因完整编码序列(coding sequence,CDS);利用生物信息学方法分析SREBF1分子特征;采用qPCR技术检测SREBF1在泌乳期水牛多个组织中的表达特异性。【结果】水牛SREBF1 CDS全长3438 bp,编码1145个氨基酸残基组成的亲水蛋白;SREBF1包含1个bHLHzip_SREBP1(AA319~393)DNA结合结构域,无跨膜结构和信号肽,主要定位于细胞核和内质网,主要功能是结合并调控DNA转录、参与脂质代谢等。水牛与其他牛科物种SREBF1在一级结构、理化特征、结构域和高级结构上高度相似。在基于SREBF1氨基酸序列构建的系统发育树上,水牛与其他牛科物种聚为1类。在泌乳期水牛的8个组织中,SREBF1基因在乳腺中的表达水平最高,其次是肝脏、骨骼肌、垂体、肾脏,在脾脏、瘤胃和心脏中的表达水平较低。【结论】水牛与其他牛科物种SREBF1氨基酸序列具有高度的相似性。水牛SREBF1可调控DNA转录,在脂质代谢旺盛的组织中发挥作用。 展开更多
关键词 槟榔江水牛 SREBF1基因 分子特征 组织表达
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槟榔江水牛Dmrt7基因克隆及分子特征、组织表达谱分析
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作者 伍姗 吉丽 +4 位作者 张永云 杜平 康定富 哈福 苗永旺 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2017年第4期612-619,共8页
【目的】Dmrt7基因是Dmrt基因家族成员之一,影响公畜精子形成。迄今,有关水牛精子发生的遗传基础的研究很少,本研究旨在对槟榔江水牛Dmrt7基因完整CDS区进行克隆和组织差异表达分析。【方法】采用RT-PCR和功能生物信息学方法。【结果】... 【目的】Dmrt7基因是Dmrt基因家族成员之一,影响公畜精子形成。迄今,有关水牛精子发生的遗传基础的研究很少,本研究旨在对槟榔江水牛Dmrt7基因完整CDS区进行克隆和组织差异表达分析。【方法】采用RT-PCR和功能生物信息学方法。【结果】槟榔江水牛Dmrt7基因完整编码区序列长1 113 bp,编码370个氨基酸;Dmrt7包含DM和DMRT-like两个保守结构域,无信号肽,无跨膜结构,为核内蛋白。同源性分析显示,水牛与其他牛科物种Dmrt7氨基酸序列相似度达95%以上。在检测的10个组织中,Dmrt7基因仅在水牛睾丸组织中表达且高表达。在第6外显子发现1个SNP位点(c.665A>G),引起了p.Q222R的替换,此位点的替换对Dmrt7蛋白功能无影响。【结论】有助于了解水牛Dmrt7基因的基本功能。 展开更多
关键词 槟榔江水牛 Draft7基因 DM结构域 精子生成 遗传变异 生物信息学分析
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槟榔江水牛胃型LYZ C基因分离鉴定及功能生物信息学分析
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作者 黄静 保志鹏 +4 位作者 范新阳 张永云 杜平 康定富 苗永旺 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2018年第4期640-646,共7页
【目的】溶菌酶是一种由动物产生的抗微生物酶,构成动物体先天免疫系统的一部分,在反刍动物的皱胃中还具有消化功能。迄今,普通牛溶菌酶C基因家族的分子遗传特征已被深入解析,但有关水牛溶菌酶C的研究报道较少。【方法】采用PCR产物直... 【目的】溶菌酶是一种由动物产生的抗微生物酶,构成动物体先天免疫系统的一部分,在反刍动物的皱胃中还具有消化功能。迄今,普通牛溶菌酶C基因家族的分子遗传特征已被深入解析,但有关水牛溶菌酶C的研究报道较少。【方法】采用PCR产物直接测序技术,对槟榔江水牛胃型溶菌酶C基因编码区进行了分段扩增测序、序列组装和开放阅读框的确定,并结合已发表的其他牛科物种同源序列进行了生物信息学分析。【结果】序列分析表明:水牛胃型溶菌酶C基因编码区长444 bp,编码1个由147个氨基酸残基组成的多肽,包含1个N端信号肽和1段由129个氨基酸组成的成熟肽。水牛胃型溶菌酶C成熟肽分子量为14.41 ku,等电点为6.32,含有1个alpha-lactalbumin/lysozyme C保守结构域(19~145AA),不含有跨膜结构域,为亲水蛋白,在胞外发挥生物功能;在三维结构上与普通牛的溶菌酶模板(2z2f.1.A)有99.22%的一致性;在基于氨基酸序列构建的系统树上,水牛与普通牛、瘤牛、野牦牛和野牛聚在一起,且有较高的支持率(88%)。【结论】槟榔江水牛与其他牛科物种的胃型溶菌酶具有相似的功能。 展开更多
关键词 槟榔江水牛 溶菌酶C基因 皱胃 生物信息学分析 基因功能
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牛科物种FSHβ基因密码子偏好性分析 被引量:1
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作者 周芳廷 保志鹏 +6 位作者 赵学成 李卫真 杜平 康定富 董书承 余选富 苗永旺 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2018年第1期47-55,共9页
【目的】为了确定牛科物种FSHβ基因密码子使用上的偏好性及差异。【方法】采用PCR产物直接测序法对36头槟榔江水牛、32头滇东南水牛、26头大额牛和29头中甸牦牛的FSHβ基因编码区序列进行了群体变异检测,并结合已发表的普通牛、野牛、... 【目的】为了确定牛科物种FSHβ基因密码子使用上的偏好性及差异。【方法】采用PCR产物直接测序法对36头槟榔江水牛、32头滇东南水牛、26头大额牛和29头中甸牦牛的FSHβ基因编码区序列进行了群体变异检测,并结合已发表的普通牛、野牛、山羊和绵羊的同源序列,对牛科物种FSHβ基因同义密码子使用的偏好性及其差异进行了深入分析。【结果】各牛科物种共同偏好使用UUC、CUG、AUC、GUG、UCC、AGC、CCC、CCA、ACC、ACG、GCA、UAC、CAG、ACC、GAC、GAG、UGC、AGA、AGG、GGC等20种密码子。除CCA、GCA和AGA之外,其余密码子均以G/C结尾。编码His的两个同义密码子CAU、CAC在沼泽型水牛中无偏好性,在河流型水牛中则偏好使用CAU。编码Lys的两个密码子AAA、AAG在河流型和沼泽型水牛中无偏好性,在野牛和山羊中偏好使用AAG,而牦牛、普通牛、大额牛和绵羊则偏好使用AAA。基于密码子的RSCU值构建的聚类树显示:河流型与沼泽型水牛聚为一类,牦牛、普通牛、大额牛和绵羊聚为一类,野牛与山羊聚为一类。【结论】各牛科物种FSHβ基因在密码子使用上均存在一定的偏好性,但差异较小,且都偏好性使用以G/C结尾的密码子,其中河流型与沼泽型水牛的偏好性最相似。 展开更多
关键词 牛科物种 槟榔江水牛 FSHΒ基因 密码子偏好性 RSCU值 聚类分析
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