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惩罚广义估计方程在纵向数据基因关联分析中的应用被引量：4: 1; 作者曹红艳曾平 +2 位作者李治崔跃华张岩波《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2017年第4期534-537,共4页; 目的探讨惩罚广义估计方程(pGEE)在纵向数据基因关联分析的应用,为纵向数据基因关联分析提供方法学参考。方法以小鼠糖尿病发病相关的数量性状位点识别为例,分别采用广义估计方程(GEE)和pGEE进行分析。结果 pGEE筛选出糖尿病发病关联位... 展开更多; 关键词惩罚广义估计方程纵向数据 SCAD 基因关联分析数量性状位点; 在线阅读下载PDF 职称材料

对基因组内不同序列分布差异进行量化的探讨: 2; 作者李治崔跃华张岩波《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2014年第4期554-558,共5页; 目的针对DNA词频分析中序列分布问题,探讨对基因组内不同序列的分布差异进行量化的可行性。方法该研究采用数值模拟的方法对Kolmogorov-Smirnov检验的统计量和累积概率曲线下图形的图心进行了比较。结果随着样本含量的增加,两个指标的... 展开更多; 关键词基因组序列分布差异 Kolmogorov-Smirnov检验图心数值模拟; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于rMKL-LPP方法的乳头状肾细胞癌多组学数据整合分型分析被引量：1: 3; 作者李灵梅魏亿芳 +3 位作者李治房瑞玲崔跃华曹红艳《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2022年第4期522-528,共7页; 目的探讨局部保留投影的正则化多核学习(regularized multiple kernel learning with locality preserving projections,rMKL-LPP)在乳头状肾细胞癌(papillary renal cell carcinoma,PRCC)多组学数据分子分型中的应用,进一步研究PRCC分... 展开更多; 关键词局部保留投影的正则化多核学习多组学数据整合分子亚型乳头状肾细胞癌; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于相似核融合的多组学数据结直肠癌分子亚型研究: 4; 作者武永清郭志飞 +3 位作者房瑞玲李治曹红艳崔跃华《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2021年第5期650-655,660,共7页; 目的探讨相似核融合(similarity kernel fusion, SKF)方法在整合多组学数据的结直肠癌分子分型中的应用,识别结直肠癌预后高危患者,筛选出潜在的生物标志物以及重要通路。方法采用SKF对结直肠癌患者多组学数据进行整合,得到融合核,在融... 展开更多; 关键词相似核融合多组学数据分子亚型差异基因结直肠癌; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名惩罚广义估计方程在纵向数据基因关联分析中的应用被引量：4: 1; 作者曹红艳曾平李治崔跃华张岩波; 机构山西医科大学卫生统计教研室徐州医科大学流行病与卫生统计学教研室中北大学体育学院美国密西根州立大学统计与概率系; 出处《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2017年第4期534-537,共4页; 基金国家自然科学基金资助项目(30972553 31371336); 文摘目的探讨惩罚广义估计方程(pGEE)在纵向数据基因关联分析的应用,为纵向数据基因关联分析提供方法学参考。方法以小鼠糖尿病发病相关的数量性状位点识别为例,分别采用广义估计方程(GEE)和pGEE进行分析。结果 pGEE筛选出糖尿病发病关联位点,为分子生物学研究提供了重要的候选位点。结论 pGEE能有效的实现高维纵向数据的变量选择,识别出有意义的关联位点。; 关键词惩罚广义估计方程纵向数据 SCAD 基因关联分析数量性状位点; Keywords Penalized generalized estimating equations Longitudinal data SCAD Genetic association studies Quantitative trait locus; 分类号 R195.1 [医药卫生—卫生统计学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名对基因组内不同序列分布差异进行量化的探讨: 2; 作者李治崔跃华张岩波; 机构山西医科大学公共卫生学院医学统计学教研室美国密西根州立大学统计与概率系; 出处《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2014年第4期554-558,共5页; 基金国家自然科学基金资助项目(31071156); 文摘目的针对DNA词频分析中序列分布问题,探讨对基因组内不同序列的分布差异进行量化的可行性。方法该研究采用数值模拟的方法对Kolmogorov-Smirnov检验的统计量和累积概率曲线下图形的图心进行了比较。结果随着样本含量的增加,两个指标的离散趋势逐渐减小,但其集中趋势并没有受到明显影响,且不同的分布集中于不同的位置;当样本含量为100时,所能判别的最小统计量差异约为0.1,图心差异约为0.02;使用统计量指标时,需采用两个基准分布才能将5个待测分布分开,而图心指标可以直接将5个待测分布分开。结论两个指标都可以看作分布差异的量化指标,但在大多数情况下样本含量应该大于100;当需要在同一坐标系表示不同分布时,图心可能是一个较好的选择。; 关键词基因组序列分布差异 Kolmogorov-Smirnov检验图心数值模拟; Keywords Sequences in genome Differences of distributions Kolmogorov-Smirnov test Centroid Numerical simulation; 分类号 R346 [医药卫生—基础医学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于rMKL-LPP方法的乳头状肾细胞癌多组学数据整合分型分析被引量：1: 3; 作者李灵梅魏亿芳李治房瑞玲崔跃华曹红艳; 机构山西医科大学卫生统计教研室山西医科大学附属太原中心医院美国密西根州立大学统计与概率系重大疾病风险评估山西省重点实验室; 出处《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2022年第4期522-528,共7页; 基金国家自然科学基金资助项目(71403156) 山西省应用基础研究计划项目(201901D111204) +1 种基金国家留学基金资助(201908140151)。; 文摘目的探讨局部保留投影的正则化多核学习(regularized multiple kernel learning with locality preserving projections,rMKL-LPP)在乳头状肾细胞癌(papillary renal cell carcinoma,PRCC)多组学数据分子分型中的应用,进一步研究PRCC分子分型在信号通路活性和基因表达调控方面的异质性。方法采用rMKL-LPP方法对PRCC的mRNA、miRNA和DNA甲基化数据进行整合,进一步采用k-means方法聚类分型,并通过Cox回归分析研究不同分型的预后风险。针对不同分型,进行通路活性分析,使用差异表达分析筛选DEmRNAs(differentially expressed mRNAs),DEmiRNAs(differentially expressed miRNAs)和DMGs(differentially methylated genes),并对三者的重合基因进行GO(gene ontology)富集分析,最后使用相关及生存分析筛选可能受DNA甲基化或miRNA调控且影响患者生存的基因。结果PRCC患者分为三型,不同亚型在通路活性和基因表达方面均有差异。筛选出10条活性存在差异的通路;1185个DEmRNAs,13个DEmiRNAs及416个DMGs,其中36个重合基因富集于有统计学差异的8个GO生物项。相关分析发现,ABL2可能受hsa-miR-107调控,13个基因可能受DNA甲基化调控。生存分析表明,ZNF135和RBPMS2可能与患者生存结局相关。结论rMKL-LPP能够有效识别PRCC亚型,筛选出的通路及潜在生物标志物,可为PRCC针对性治疗提供依据。; 关键词局部保留投影的正则化多核学习多组学数据整合分子亚型乳头状肾细胞癌; Keywords Regularized multiple kernel learning with locality preserving projections Multi-omics integration Molecular subtype Papillary renal cell carcinoma; 分类号 R195 [医药卫生—卫生统计学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于相似核融合的多组学数据结直肠癌分子亚型研究: 4; 作者武永清郭志飞房瑞玲李治曹红艳崔跃华; 机构山西医科大学卫生统计教研室山西医科大学卫生管理学教研室山西医科大学附属太原中心医院重大疾病风险评估山西省重点实验室美国密西根州立大学统计与概率系; 出处《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2021年第5期650-655,660,共7页; 基金国家自然科学基金资助项目(71403156) 山西省回国留学人员科研资助项目(2017-054) 山西省应用基础研究计划项目(201901D111204)。; 文摘目的探讨相似核融合(similarity kernel fusion, SKF)方法在整合多组学数据的结直肠癌分子分型中的应用,识别结直肠癌预后高危患者,筛选出潜在的生物标志物以及重要通路。方法采用SKF对结直肠癌患者多组学数据进行整合,得到融合核,在融合核基础上采用谱聚类进行聚类分型,进一步采用Cox回归研究不同分型患者的预后风险;针对不同分型,筛选差异表达的mRNA(DEmRNAs)、miRNA(DEmiRNAs)以及异常甲基化基因,对三者进行联合分析获得重合基因;最后利用GO和KEGG分析得到重合基因富集的通路。结果结直肠癌患者分为预后高危组和低危组,其中高危组的死亡风险是低危组的2.72倍,并筛选出1908个DEmRNAs, 30个DEmiRNAs, 7763个异常甲基化基因,联合分析得到35个基因同时受到mRNA、miRNA及DNA甲基化调控,并富集到有统计学差异的17个GO生物项和23条KEGG通路。结论 SKF能够有效地识别出结直肠癌预后高风险患者,并筛选出结直肠癌的潜在生物标志物及重要通路,为结直肠癌的临床诊断和治疗预后提供重要的思路和依据。; 关键词相似核融合多组学数据分子亚型差异基因结直肠癌; Keywords Similarity kernel fusion Multi-omics data Molecular subtype Differential genes Colorectal cancer; 分类号 R195 [医药卫生—卫生统计学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	惩罚广义估计方程在纵向数据基因关联分析中的应用	曹红艳曾平李治崔跃华张岩波	《中国卫生统计》 CSCD 北大核心	2017	4	在线阅读下载PDF 职称材料
2	对基因组内不同序列分布差异进行量化的探讨	李治崔跃华张岩波	《中国卫生统计》 CSCD 北大核心	2014	0	在线阅读下载PDF 职称材料
3	基于rMKL-LPP方法的乳头状肾细胞癌多组学数据整合分型分析	李灵梅魏亿芳李治房瑞玲崔跃华曹红艳	《中国卫生统计》 CSCD 北大核心	2022	1	在线阅读下载PDF 职称材料
4	基于相似核融合的多组学数据结直肠癌分子亚型研究	武永清郭志飞房瑞玲李治曹红艳崔跃华	《中国卫生统计》 CSCD 北大核心	2021	0	在线阅读下载PDF 职称材料