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SNP芯片数据估计动物个体基因组品种构成的方法及应用
被引量：
6
1
作者
何俊
钱长嵩
+2 位作者
Richard G.Tait Jr.
Stewart Bauck
吴晓林
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第4期305-314,共10页
自然和人工选择、地理隔离和遗传漂移等原因使动物基因组中许多位点的等位基因频率在群体间会产生差异。源于不同品种(祖先)杂交(交配)的动物个体,其基因组与这些品种(祖先)的基因频率(基因型)会存在一定的相关性。因此采用合适的统计...
自然和人工选择、地理隔离和遗传漂移等原因使动物基因组中许多位点的等位基因频率在群体间会产生差异。源于不同品种(祖先)杂交(交配)的动物个体,其基因组与这些品种(祖先)的基因频率(基因型)会存在一定的相关性。因此采用合适的统计模型和分析方法,可以估计出每个品种(祖先)对于个体基因组的遗传贡献比例,又称为个体的基因组品种构成(genomic breed composition,GBC)。本文介绍了利用SNP芯片数据估计动物个体GBC的原理、方法及步骤,并且通过对198头待鉴定的日本红毛和牛GBC的评估,演示了用回归模型和混合分布模型估计动物个体GBC的具体步骤,其中包括SNP子集的筛选、参考群体中动物个体选择以及待测定动物GBC的计算。参考动物群体选自日本红毛和牛(Akaushi)、安格斯牛(Angus)、海福特牛(Hereford)、荷斯坦牛(Holstein)和娟珊牛(Jersey)5个品种共36 574头,每个个体有40K或50K芯片数据。本文在现有商用SNP芯片基础上筛选用于品种鉴定和估计动物个体GBC的SNP子集,是对现有SNP芯片功能的拓展和深入开发利用。此外,在基因组选择中如何利用SNP基因型估计动物个体GBC的结果,提高纯种和杂种动物的预测准确度,也是值得深入研究的领域。
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关键词
基因组品种构成
回归模型
混合分布模型
基因组预测
SNP芯片
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职称材料
A2纯合基因型荷斯坦牛选育技术研究
被引量：
3
2
作者
蒋桂娥
赵利梅
+6 位作者
杨晨东
瞿长伟
马亚宾
李春芳
刘廷玉
周希梅
倪俊卿
《中国奶牛》
2020年第10期31-33,共3页
A2乳制品对特殊体质人群和婴幼儿的作用逐渐被广大消费群体认可。为筛选A2纯合基因型荷斯坦牛,组建河北省A2纯合基因型荷斯坦牛育种核心群,通过A2型奶牛群体选育技术研究,逐渐扩增A2纯合基因型荷斯坦牛群体规模。本研究从河北省两个规...
A2乳制品对特殊体质人群和婴幼儿的作用逐渐被广大消费群体认可。为筛选A2纯合基因型荷斯坦牛,组建河北省A2纯合基因型荷斯坦牛育种核心群,通过A2型奶牛群体选育技术研究,逐渐扩增A2纯合基因型荷斯坦牛群体规模。本研究从河北省两个规模奶牛场共选取11785头荷斯坦牛(样品合格率99.41%),通过采集尾根牛毛,提取DNA,使用MassARRAY质谱技术对DNA进行检测、分型。结果表明:A1纯合基因型荷斯坦牛占16.13%,A2纯合基因型荷斯坦牛占36.01%,A1A2杂合基因型荷斯坦牛占47.86%,A2型等位基因频率为59.94%。河北省荷斯坦牛具备选育A2纯合基因型奶牛的基础。
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关键词
A2纯合基因型
奶牛
选育技术
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职称材料
题名
SNP芯片数据估计动物个体基因组品种构成的方法及应用
被引量：
6
1
作者
何俊
钱长嵩
Richard G.Tait Jr.
Stewart Bauck
吴晓林
机构
湖南农业大学动物
科技
学院
纽勤
生物科技
(
上海
)
有限公司
美国
纽勤
公司
生物
信息与
生物
统计部
美国威斯康星大学动物科学系
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第4期305-314,共10页
基金
湖南省百人计划项目和湖南省畜禽安全生产协同创新中心项目资助
文摘
自然和人工选择、地理隔离和遗传漂移等原因使动物基因组中许多位点的等位基因频率在群体间会产生差异。源于不同品种(祖先)杂交(交配)的动物个体,其基因组与这些品种(祖先)的基因频率(基因型)会存在一定的相关性。因此采用合适的统计模型和分析方法,可以估计出每个品种(祖先)对于个体基因组的遗传贡献比例,又称为个体的基因组品种构成(genomic breed composition,GBC)。本文介绍了利用SNP芯片数据估计动物个体GBC的原理、方法及步骤,并且通过对198头待鉴定的日本红毛和牛GBC的评估,演示了用回归模型和混合分布模型估计动物个体GBC的具体步骤,其中包括SNP子集的筛选、参考群体中动物个体选择以及待测定动物GBC的计算。参考动物群体选自日本红毛和牛(Akaushi)、安格斯牛(Angus)、海福特牛(Hereford)、荷斯坦牛(Holstein)和娟珊牛(Jersey)5个品种共36 574头,每个个体有40K或50K芯片数据。本文在现有商用SNP芯片基础上筛选用于品种鉴定和估计动物个体GBC的SNP子集,是对现有SNP芯片功能的拓展和深入开发利用。此外,在基因组选择中如何利用SNP基因型估计动物个体GBC的结果,提高纯种和杂种动物的预测准确度,也是值得深入研究的领域。
关键词
基因组品种构成
回归模型
混合分布模型
基因组预测
SNP芯片
Keywords
admixture model
genomic breed composition
genomic prediction
regression models
SNP chip
分类号
Q953 [生物学—动物学]
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职称材料
题名
A2纯合基因型荷斯坦牛选育技术研究
被引量：
3
2
作者
蒋桂娥
赵利梅
杨晨东
瞿长伟
马亚宾
李春芳
刘廷玉
周希梅
倪俊卿
机构
河北省畜牧良种工作总站
纽勤
生物科技
(
上海
)
有限公司
全国畜牧总站
出处
《中国奶牛》
2020年第10期31-33,共3页
基金
河北省现代农业产业技术体系奶牛产业创新团队奶牛生产性能测定综合试验站(HBCT2018120401)
河北省现代农业产业技术体系奶牛产业创新团队特色遗传资源开发与利用(HBCT2018120201)
河北省牛种质资源创新中心(筹)。
文摘
A2乳制品对特殊体质人群和婴幼儿的作用逐渐被广大消费群体认可。为筛选A2纯合基因型荷斯坦牛,组建河北省A2纯合基因型荷斯坦牛育种核心群,通过A2型奶牛群体选育技术研究,逐渐扩增A2纯合基因型荷斯坦牛群体规模。本研究从河北省两个规模奶牛场共选取11785头荷斯坦牛(样品合格率99.41%),通过采集尾根牛毛,提取DNA,使用MassARRAY质谱技术对DNA进行检测、分型。结果表明:A1纯合基因型荷斯坦牛占16.13%,A2纯合基因型荷斯坦牛占36.01%,A1A2杂合基因型荷斯坦牛占47.86%,A2型等位基因频率为59.94%。河北省荷斯坦牛具备选育A2纯合基因型奶牛的基础。
关键词
A2纯合基因型
奶牛
选育技术
Keywords
A2 homozygous genotype
Dairy cows
Breeding technology
分类号
S823.3 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
SNP芯片数据估计动物个体基因组品种构成的方法及应用
何俊
钱长嵩
Richard G.Tait Jr.
Stewart Bauck
吴晓林
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2018
6
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职称材料
2
A2纯合基因型荷斯坦牛选育技术研究
蒋桂娥
赵利梅
杨晨东
瞿长伟
马亚宾
李春芳
刘廷玉
周希梅
倪俊卿
《中国奶牛》
2020
3
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职称材料
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