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基于叶绿体基因trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的甘薯种质遗传多样性分析
被引量：
7
1
作者
王崇
焦春海
+5 位作者
杨新笋
张文英
雷剑
柴沙沙
王连军
田小海
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第6期1536-1544,共9页
【目的】利用叶绿体基因组(cpDNA)的间隔区序列(trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL)对甘薯种质进行遗传多样性分析,为其种质保护及开发利用提供理论依据。【方法】以从我国12个省份收集的52份甘薯种质为材料,从10个cpDNA间隔区序列的引...
【目的】利用叶绿体基因组(cpDNA)的间隔区序列(trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL)对甘薯种质进行遗传多样性分析,为其种质保护及开发利用提供理论依据。【方法】以从我国12个省份收集的52份甘薯种质为材料,从10个cpDNA间隔区序列的引物中筛选出能扩增单一、清晰明亮且稳定的序列引物,利用其PCR扩增筛选出间隔区序列,并进行测序及序列拼接。利用DnaSP 5.0进行序列特征分析,采用MEGA X计算52份甘薯种质材料的遗传距离,并构建系统发育进化树。【结果】筛选获得7对扩增结果较理想的引物,其PCR扩增产物经测序分析,共获得3个有效标记(trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL)。三者的拼接序列长度为2239 bp,共有7个变异位点,2个单一突变位点,5个简约信息位点,11个插入/缺失位点。在52份甘薯种质材料中,trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的变异位点数量(Vs)分别为1、1和5个,单倍型数目(H)分别为2、4和5个,拼接序列的单倍型数目为10个;核苷酸多样性(π)和单倍型多样性(Hd)最高的序列分别为trnT-trnL(π=0.00052)和trnH-psbA(Hd=0.535)。trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的Tajima’s D、Fu and Li’s D*和Fu and Li’s F*均无显著差异(P>0.05),符合中性进化模式。基于拼接序列构建的系统发育进化树显示,52份甘薯种质材料的遗传距离为0~1.1848,平均遗传距离0.1018,其分为五大类,其中第Ⅰ类~Ⅳ类仅含有少量种质,其余41份种质归为第Ⅴ类。【结论】52份甘薯种质材料的遗传变异较为丰富,但种质材料间的遗传多样性低,与cpDNA特性和甘薯遗传背景狭窄有关。基于trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL的拼接序列更能准确分析甘薯种质的遗传多样性,且有效划分不同类群,为甘薯集团育种提供候选材料。
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关键词
甘薯
叶绿体基因组(cpDNA)
TRNL-TRNF
TRNH-PSBA
trnT-trnL
遗传多样性
系统发育进化树
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职称材料
104个甘薯品种的cpSSR指纹图谱构建及遗传多样性分析
被引量：
5
2
作者
王崇
王连军
+5 位作者
杨新笋
雷剑
柴沙沙
张文英
焦春海
田小海
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2021年第6期1549-1556,共8页
基于甘薯叶绿体基因组,利用cpSSR分子标记,对104份甘薯栽培品种和地方品种进行遗传多样性分析并构建指纹图谱,为甘薯资源的保护鉴定和遗传改良提供参考。使用了11对cpSSR引物,在104个甘薯材料中总共扩增得到58条条带,多态性条带为47条,...
基于甘薯叶绿体基因组,利用cpSSR分子标记,对104份甘薯栽培品种和地方品种进行遗传多样性分析并构建指纹图谱,为甘薯资源的保护鉴定和遗传改良提供参考。使用了11对cpSSR引物,在104个甘薯材料中总共扩增得到58条条带,多态性条带为47条,单条引物平均扩增的条带数为5.27,平均多态性百分率为81.03%。根据引物在甘薯材料中的扩增结果,构建104个甘薯品种的指纹图谱。对104个甘薯品种的扩增结果进行聚类分析,每个品种间的遗传距离为0.0386~5.2723,平均遗传距离为0.2201,在遗传系数为0.74时将104个甘薯品种分为5组。
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关键词
甘薯
cpSSR分子标记
遗传多样性
指纹图谱
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职称材料
题名
基于叶绿体基因trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的甘薯种质遗传多样性分析
被引量：
7
1
作者
王崇
焦春海
杨新笋
张文英
雷剑
柴沙沙
王连军
田小海
机构
长江大学农
学院
粮食作物种质创新与遗传改良湖北省重点实验室/湖北省农业科学院粮食作物研究所/湖北省甘薯工程技术研究中心
湖北省
农业
科学院
出处
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第6期1536-1544,共9页
基金
国家重点研发计划项目(2019YFD1001300,2019YFD1001304)
国家现代农业产业技术体系项目(CARS-11)。
文摘
【目的】利用叶绿体基因组(cpDNA)的间隔区序列(trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL)对甘薯种质进行遗传多样性分析,为其种质保护及开发利用提供理论依据。【方法】以从我国12个省份收集的52份甘薯种质为材料,从10个cpDNA间隔区序列的引物中筛选出能扩增单一、清晰明亮且稳定的序列引物,利用其PCR扩增筛选出间隔区序列,并进行测序及序列拼接。利用DnaSP 5.0进行序列特征分析,采用MEGA X计算52份甘薯种质材料的遗传距离,并构建系统发育进化树。【结果】筛选获得7对扩增结果较理想的引物,其PCR扩增产物经测序分析,共获得3个有效标记(trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL)。三者的拼接序列长度为2239 bp,共有7个变异位点,2个单一突变位点,5个简约信息位点,11个插入/缺失位点。在52份甘薯种质材料中,trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的变异位点数量(Vs)分别为1、1和5个,单倍型数目(H)分别为2、4和5个,拼接序列的单倍型数目为10个;核苷酸多样性(π)和单倍型多样性(Hd)最高的序列分别为trnT-trnL(π=0.00052)和trnH-psbA(Hd=0.535)。trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的Tajima’s D、Fu and Li’s D*和Fu and Li’s F*均无显著差异(P>0.05),符合中性进化模式。基于拼接序列构建的系统发育进化树显示,52份甘薯种质材料的遗传距离为0~1.1848,平均遗传距离0.1018,其分为五大类,其中第Ⅰ类~Ⅳ类仅含有少量种质,其余41份种质归为第Ⅴ类。【结论】52份甘薯种质材料的遗传变异较为丰富,但种质材料间的遗传多样性低,与cpDNA特性和甘薯遗传背景狭窄有关。基于trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL的拼接序列更能准确分析甘薯种质的遗传多样性,且有效划分不同类群,为甘薯集团育种提供候选材料。
关键词
甘薯
叶绿体基因组(cpDNA)
TRNL-TRNF
TRNH-PSBA
trnT-trnL
遗传多样性
系统发育进化树
Keywords
Ipomoea batatas(L.)Lam.
chloroplast genome(cpDNA)
trnL-trnF
trnH-psbA
trnT-trnL
genetic diversity
phylogenetic tree
分类号
S632.103.6 [农业科学—蔬菜学]
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职称材料
题名
104个甘薯品种的cpSSR指纹图谱构建及遗传多样性分析
被引量：
5
2
作者
王崇
王连军
杨新笋
雷剑
柴沙沙
张文英
焦春海
田小海
机构
粮食作物种质创新与遗传改良湖北省重点实验室/湖北省农业科学院粮食作物研究所/湖北省甘薯工程技术研究中心
长江大学农
学院
湖北省
农业
科学院
出处
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2021年第6期1549-1556,共8页
基金
国家重点研发计划项目(No.2019YFD1001300,No.2019YFD1001304)
国家现代甘薯产业技术体系建设项目(No.CARS-11-C-15)。
文摘
基于甘薯叶绿体基因组,利用cpSSR分子标记,对104份甘薯栽培品种和地方品种进行遗传多样性分析并构建指纹图谱,为甘薯资源的保护鉴定和遗传改良提供参考。使用了11对cpSSR引物,在104个甘薯材料中总共扩增得到58条条带,多态性条带为47条,单条引物平均扩增的条带数为5.27,平均多态性百分率为81.03%。根据引物在甘薯材料中的扩增结果,构建104个甘薯品种的指纹图谱。对104个甘薯品种的扩增结果进行聚类分析,每个品种间的遗传距离为0.0386~5.2723,平均遗传距离为0.2201,在遗传系数为0.74时将104个甘薯品种分为5组。
关键词
甘薯
cpSSR分子标记
遗传多样性
指纹图谱
Keywords
sweetpotato
cpSSR marker
genetic diversity
fingerprinting
分类号
S531 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于叶绿体基因trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的甘薯种质遗传多样性分析
王崇
焦春海
杨新笋
张文英
雷剑
柴沙沙
王连军
田小海
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
7
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
104个甘薯品种的cpSSR指纹图谱构建及遗传多样性分析
王崇
王连军
杨新笋
雷剑
柴沙沙
张文英
焦春海
田小海
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2021
5
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职称材料
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