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题名埃博拉病毒2014年毒株的基因组变异特征分析
被引量：2
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作者
朱永强
戚中田
王升跃
董辉
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机构
上海人类基因组研究中心上海市疾病与健康基因组学重点实验室
复旦大学生命科学学院
第二军医大学热带医学和公共卫生学系生物防御(微生物)教研室
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出处
《第二军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第6期612-618,共7页
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基金
"艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治"科技重大专项"十二五"课题(2013ZX10004104)
国家自然科学基金(91331107)
上海市科委基础研究课题(12ZR1421200)~~
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文摘
目的通过对埃博拉病毒2014年毒株基因组共102株序列的分析,研究其变异特征,探讨病毒基因组变异与其流行病学特征改变之间的关系。方法选取NCBI公共数据库中埃博拉病毒全基因组序列,应用Mummer3.0软件分析病毒基因组变异特征;使用MEGA5软件进行蛋白进化分析;应用CPHmodels和PyMOL软件,根据蛋白同源性模拟蛋白的三维构型。结果埃博拉病毒2014年毒株(扎伊尔型)基因组中,共有606个位点发生变异,其中有49个变异位点是2014年毒株特有的、并导致所编码的氨基酸发生非同义突变。特别是NP蛋白第128位、GP蛋白第82位和L蛋白第1 951位氨基酸,不仅在2014年之前所有的扎伊尔型毒株中是保守不变的,而且在其余埃博拉病毒亚型之间也是高度保守的,但在2014年毒株中却发生了特异性的变异。结论埃博拉病毒2014年毒株基因组具有独特的变异特征,使得NP、GP和L蛋白发生变异,特别是GP蛋白第82位氨基酸由丙氨酸突变为缬氨酸,将影响其所在的α螺旋的稳定性,这可能是2014年毒株致死能力减弱和传播能力增强的原因之一。基因组变异是否直接导致此次疫情中病毒流行病学特征改变,还需要进一步的实验研究证实。
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关键词
埃博拉病毒
病毒基因组
变异(遗传学)
计算生物学
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Keywords
Ebola virus
viral genome
variation（genetics）
computational biology
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分类号
R373.9
[医药卫生—病原生物学]
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