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胃癌Wnt信号通路相关基因预后模型的构建
1
作者
田莲莲
朱军
+4 位作者
马骞
彭涵
章屹然
王兆熹
陈睿
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第2期252-257,共6页
目的验证Wnt信号通路在胃癌发生发展中的作用,建立胃癌Wnt信号通路相关基因预后模型,评价模型的预测价值。方法下载TCGA胃癌基因转录数据和生存资料,使用GSEA富集分析方法验证Wnt信号通路在胃癌组织样品和癌旁样品富集情况。采用单因素...
目的验证Wnt信号通路在胃癌发生发展中的作用,建立胃癌Wnt信号通路相关基因预后模型,评价模型的预测价值。方法下载TCGA胃癌基因转录数据和生存资料,使用GSEA富集分析方法验证Wnt信号通路在胃癌组织样品和癌旁样品富集情况。采用单因素COX回归分析和生存曲线分析初步筛选胃癌预后相关基因;使用多因素COX比例风险回归模型确定Wnt信号通路相关基因的预后模型;结合受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC)和森林图验证该模型的临床预测价值;该模型在GEO外部数据集中进行验证;应用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)在8对临床胃癌和癌旁组织中检测Wnt信号通路相关基因的表达水平。结果下载32例胃癌癌旁的正常样品和375例癌组织样品及其相应的临床数据。GSEA富集分析显示,与正常组织相比,Wnt信号通路在胃癌组织中显著富集(P<0.05)。单因素COX分析结果表明,13个Wnt信号通路的基因与胃癌预后息息相关。多因素COX确定了模型由ETV2、SERPINE1、CPZ、VPS35和IGFBP1与其相应的系数β相乘累加得到。生存曲线和ROC曲线证明该模型可准确预测胃癌患者的预后,其中1年、3年和5年ROC下面积(area under curve,AUC)分别为68.0%、69.4%和78.5%。临床单因素和多因素COX分析表明,该模型可以成为独立于胃癌分级分期系统以外的独立预后因素。胃癌外部数据集(GSE84437)验证结果显示,该模型可以较好地预测胃癌患者预后。qPCR结果显示,与癌旁组织相比,ETV2、SERPINE1、CPZ、VPS35和IGFBP1在胃癌组织中表达上调。结论本研究从生物信息学角度进一步确定了Wnt信号通路在胃癌发生发展过程中的重要作用,并且建立了预后相关的预后模型,为临床基因检测、靶向治疗和个体化治疗提供了新的视角。
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关键词
胃癌
WNT信号通路
预后模型
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职称材料
题名
胃癌Wnt信号通路相关基因预后模型的构建
1
作者
田莲莲
朱军
马骞
彭涵
章屹然
王兆熹
陈睿
机构
空军
军医大学
第二
附属
医院
儿
科
空军
军医大学
第一
附属
医院
消化外
科
空军
军医大学
第一
附属
医院
整形外
科
空军
军医大学
学员旅
空军军医大学第一附属医院预防保健科
出处
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第2期252-257,共6页
基金
陕西省社会发展领域重点资助项目(No.2020SF-322)。
文摘
目的验证Wnt信号通路在胃癌发生发展中的作用,建立胃癌Wnt信号通路相关基因预后模型,评价模型的预测价值。方法下载TCGA胃癌基因转录数据和生存资料,使用GSEA富集分析方法验证Wnt信号通路在胃癌组织样品和癌旁样品富集情况。采用单因素COX回归分析和生存曲线分析初步筛选胃癌预后相关基因;使用多因素COX比例风险回归模型确定Wnt信号通路相关基因的预后模型;结合受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC)和森林图验证该模型的临床预测价值;该模型在GEO外部数据集中进行验证;应用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)在8对临床胃癌和癌旁组织中检测Wnt信号通路相关基因的表达水平。结果下载32例胃癌癌旁的正常样品和375例癌组织样品及其相应的临床数据。GSEA富集分析显示,与正常组织相比,Wnt信号通路在胃癌组织中显著富集(P<0.05)。单因素COX分析结果表明,13个Wnt信号通路的基因与胃癌预后息息相关。多因素COX确定了模型由ETV2、SERPINE1、CPZ、VPS35和IGFBP1与其相应的系数β相乘累加得到。生存曲线和ROC曲线证明该模型可准确预测胃癌患者的预后,其中1年、3年和5年ROC下面积(area under curve,AUC)分别为68.0%、69.4%和78.5%。临床单因素和多因素COX分析表明,该模型可以成为独立于胃癌分级分期系统以外的独立预后因素。胃癌外部数据集(GSE84437)验证结果显示,该模型可以较好地预测胃癌患者预后。qPCR结果显示,与癌旁组织相比,ETV2、SERPINE1、CPZ、VPS35和IGFBP1在胃癌组织中表达上调。结论本研究从生物信息学角度进一步确定了Wnt信号通路在胃癌发生发展过程中的重要作用,并且建立了预后相关的预后模型,为临床基因检测、靶向治疗和个体化治疗提供了新的视角。
关键词
胃癌
WNT信号通路
预后模型
Keywords
gastric cancer
Wnt signaling pathway
prognosis-related risk model
分类号
R735.2 [医药卫生—肿瘤]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
胃癌Wnt信号通路相关基因预后模型的构建
田莲莲
朱军
马骞
彭涵
章屹然
王兆熹
陈睿
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022
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