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甘肃省武威市部分地区蜱种调查及潜在病原体风险探讨
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作者 李瑞山 贺真 +8 位作者 袁祥 孙世伟 刘义文 张文凯 张琳 王玉华 陆振华 吉兆华 邵中军 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期328-333,共6页
目的了解武威地区蜱类分布状况,丰富蜱种数据,为蜱媒疾病的预防提供依据。方法于2021年、2022年的4-9月蜱活跃期在武威市山区采用布旗法和捡蜱法采集蜱;首先依据形态学特征进行鉴定和分类统计,其次根据线粒体16S rDNA和细胞色素C氧化酶... 目的了解武威地区蜱类分布状况,丰富蜱种数据,为蜱媒疾病的预防提供依据。方法于2021年、2022年的4-9月蜱活跃期在武威市山区采用布旗法和捡蜱法采集蜱;首先依据形态学特征进行鉴定和分类统计,其次根据线粒体16S rDNA和细胞色素C氧化酶亚基COX I基因进行PCR扩增和一代测序,获得序列在GenBank中比对,比对结果作为分子鉴定的依据。应用MEGA11.0软件采用邻近法构建系统进化树。结果共采集蜱7342只,隶属4属5种,分别为革蜱属的草原革蜱、璃眼蜱属的亚洲璃眼蜱、硬蜱属的犬硬蜱、血蜱属的长角血蜱和丹氏血蜱。系统进化树显示,采获的同一蜱种均位于同一进化分支上。结论武威地区不同生境中共鉴定出5种蜱,不同生境中蜱的种类和数量不同,草原革蜱为该地区的优势蜱种。 展开更多
关键词 蜱种鉴定 一代测序 遗传进化分析
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西藏亚东县蜱虫分子生物学鉴定及蜱媒病原体的调查研究
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作者 林玉莲 张维璐 +6 位作者 多吉欧珠 贺真 陆振华 次仁潘多 赵哲 李丽 龙泳 《中国人兽共患病学报》 北大核心 2023年第12期1239-1246,共8页
目的鉴定西藏亚东县蜱虫种类和调查蜱媒病原体感染情况。方法2021年7月在西藏亚东县牲畜上检获的23只硬蜱和血蜱,根据蜱虫细胞色素C氧化酶亚基I(COX I)、线粒体16S rDNA和12S rDNA基因进行序列扩增并测序,分子生物学分类鉴定;采用PCR方... 目的鉴定西藏亚东县蜱虫种类和调查蜱媒病原体感染情况。方法2021年7月在西藏亚东县牲畜上检获的23只硬蜱和血蜱,根据蜱虫细胞色素C氧化酶亚基I(COX I)、线粒体16S rDNA和12S rDNA基因进行序列扩增并测序,分子生物学分类鉴定;采用PCR方法检测蜱虫体内斑点热群立克次体(spotted fever group rickettsia,SFGR)、伯氏疏螺旋体Borrelia burgdorferi、土拉热弗朗西斯菌Francisella tularensis、贝氏柯克斯体Coxiella burnetii的感染情况,基因测序并进行系统进化分析;对2021年收集的亚东县居住人群184份血清,采用ELISA方法筛查莱姆病(Lyme disease)、Q热(Q Fever)、斑点热(Spotted fever)、土拉(Tularemia)的抗体阳性率,综合分析亚东县蜱媒病原体的感染情况。结果西藏亚东县采集的硬蜱分属两类,其中一类硬蜱COX I、16S rDNA、12S rDNA基因序列与GenBank中拟蓖硬蜱Ixodes nuttallianus核苷酸相似性分别为99.5%、97.57%、99.12%;另一类硬蜱COX I、16S rDNA基因序列与GenBank中卵形硬蜱Ixodes ovatus核苷酸相似性分别为88.29%、95.75%;血蜱COX I、16S rDNA、12S rDNA基因序列与GenBank已知西藏血蜱Haemaphysalis tibetensis核苷酸相似性分别为96.04%、96.17%、97.47%。23只蜱虫伯氏疏螺旋体、土拉热弗朗西氏菌、贝氏柯克斯体序列扩增结果均为阴性,23只蜱虫斑点热群立克次体gltA基因扩增阳性,与GenBank已知Candidatus Rickettsia tarasevichiae、Rickettsia raoultii、Rickettsia canadensis和Rickettsia endosymbiont of Eucoryphus brunneri的核苷酸相似性为96.77%、96.76%、95.35%、95.35%。亚东县居住人群184份血清样本中莱姆病、Q热、斑点热、土拉的感染阳性率分别为6.52%、12.50%、8.70%、10.87%。结论西藏亚东县收集的寄生蜱为拟蓖硬蜱、卵形硬蜱和西藏血蜱,可能存在SFGR感染,亚东县人群中莱姆病、Q热、斑点热、土拉感染比较普遍,有必要加强防控。 展开更多
关键词 西藏亚东县 蜱虫 生物学鉴定 蜱媒病原体
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基于函数型主成分分析的稀疏纵向数据建模研究 被引量:2
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作者 张碧颖 苏海霞 +3 位作者 林倩玮 杨喆 梁英 张玉海 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2023年第2期162-166,共5页
目的探索基于条件期望的函数型主成分分析方法(principal analysis by conditional expectation,PACE)在稀疏且不规则的纵向数据中的预测效果,评价其揭示总体变化趋势、个体特异的变异方式以及预测个体纵向变化轨迹的能力。方法采用R软... 目的探索基于条件期望的函数型主成分分析方法(principal analysis by conditional expectation,PACE)在稀疏且不规则的纵向数据中的预测效果,评价其揭示总体变化趋势、个体特异的变异方式以及预测个体纵向变化轨迹的能力。方法采用R软件模拟生成样本量为200的三种不同稀疏情形的纵向数据集,通过数值模拟定量地评价PACE方法的降维及预测效果。结果根据累计方差贡献率达到85%,三种不同稀疏情形的纵向数据集最终选取的主成分个数分别为4、4、3,PACE方法在不同稀疏情形下预测结果均具有较小的均方误差(MSE),分别为0.1410、0.0670、0.0161,而且观测点个数越多预测效果越好。结论PACE方法可以实现在随访间隔不规则且数据稀疏的情况下,捕获纵向数据随时间变化的总体趋势,揭示个体特异的变异方式,预测个体的纵向轨迹。 展开更多
关键词 纵向数据 函数型数据 函数型主成分分析 稀疏数据 局部加权
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Delta新冠病毒变异株COVID-19患者医院感染现患率调查分析 被引量:2
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作者 沈丽 董育 +4 位作者 许文 高蓓 贺真 付婷 尼春萍 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第8期749-753,共5页
目的 了解Delta新冠病毒变异株引发的新型冠状病毒肺炎(COVID-2019)患者医院感染发生情况,为COVID-19收治医院医院感染防控提供参考依据。方法 通过病历调阅及床旁查看相结合的方式,采用时点现患率调查方法,对某COVID-19定点收治医院202... 目的 了解Delta新冠病毒变异株引发的新型冠状病毒肺炎(COVID-2019)患者医院感染发生情况,为COVID-19收治医院医院感染防控提供参考依据。方法 通过病历调阅及床旁查看相结合的方式,采用时点现患率调查方法,对某COVID-19定点收治医院2022年1月13日所有在院患者医院感染相关情况进行调查分析。结果 共调查403例COVID-19患者,年龄10个月~94岁,中位年龄36岁,医院感染例次现患率为1.99%。其中COVID-19患者不同年龄、疾病分型和诊疗场所患者医院感染现患率比较,差异均具有统计学意义(均P<0.05)。呼吸机使用率1.24%,呼吸机相关肺炎2例;留置导尿管使用率1.99%,导尿管相关泌尿系统感染1例;中心静脉置管使用率为0.99%,无1例患者发生中心静脉导管相关血流感染。感染部位以下呼吸道为主,检出病原菌以金黄色葡萄球菌为主。抗菌药物使用率为1.74%,均为治疗用药和单一用药。结论伴随新型冠状病毒不断进化和变异,导致多个国家和地区疫情反弹,Delta新冠病毒变异株引发的COVID-19患者医院感染现患率低于原始毒株引发的,且在抗菌药物使用、侵入性操作等方面存在一些差异;老年、重型和重症监护病房患者是COVID-19定点收治医院防控医院感染应重点关注的人群。 展开更多
关键词 新型冠状病毒肺炎 医院感染 现患率 德尔塔新冠病毒变异株 常态化疫情防控
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扎伊尔埃博拉病毒糖蛋白泛MHC Ⅱ限制性表位预测及验证
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作者 刘洋 孙昊 +5 位作者 陆振华 兰明福 许家豪 孙报增 姜东伯 杨琨 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期308-314,共7页
目的生物信息学预测获得埃博拉病毒(EBOV)糖蛋白泛主要组织相容性复合体Ⅱ(MHCⅡ)限制性优势表位,分析其特征并筛选鉴定可用于疫苗研制的候选对象。方法通过IEDB分析预测EBOV糖蛋白的优势表位,并对优势表位进行聚类分析,保守性分析和分... 目的生物信息学预测获得埃博拉病毒(EBOV)糖蛋白泛主要组织相容性复合体Ⅱ(MHCⅡ)限制性优势表位,分析其特征并筛选鉴定可用于疫苗研制的候选对象。方法通过IEDB分析预测EBOV糖蛋白的优势表位,并对优势表位进行聚类分析,保守性分析和分子对接。同时,利用编码糖蛋白DNA的质粒pVAX-GP免疫小鼠,酶联免疫斑点试验(ELISpot)验证预测获得的表位。结果在构成人群覆盖率达99%的人类白细胞抗原Ⅱ(HLAⅡ)超家族限制性15表位肽预测中筛选获得19个优势表位,H-2筛选获得13个优势表位。ELISpot结果显示pVAX-GP可诱导小鼠脾细胞产生针对合成优势表位的细胞免疫反应,其中表位LFLRATTELRTFSIL和GYYSTTIRYQATGFG在C3H小鼠体内具有显著激活细胞免疫反应的效果。保守性分析结果中存在种间和种内均保守的优势表位,不存在种内不保守而种间保守的优势表位。分子对接显示实验鉴定的两条优势表位可在人HLAⅡ类超家族分子中均可获得良好的对接分数,进一步肯定其在人群免疫中应用的可行性。结论多肽LFLRATTELRTFSIL和GYYSTTIRYQATGFG可作为EBOV表位疫苗的候选表位。 展开更多
关键词 扎伊尔埃博拉病毒(EBOV) 泛主要组织相溶性复合体Ⅱ(pan-MHCⅡ)限制性表位 表位预测 保守性分析 分子对接
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