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马铃薯Y病毒多基因系统发育分析及其在株系鉴定中的应用
被引量：
6
1
作者
邹文超
沈林林
+3 位作者
沈建国
蔡伟
詹家绥
高芳銮
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第10期918-929,共12页
为实现马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)常见株系的快速鉴定,本文以PVY的P1、HC-pro、VPg和CP 4个基因为研究对象建立了快速准确的多基因联合体系。根据基因的不同组合建立5个不同数据集,分别进行系统发育分析,并通过贝叶斯标签关联显著...
为实现马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)常见株系的快速鉴定,本文以PVY的P1、HC-pro、VPg和CP 4个基因为研究对象建立了快速准确的多基因联合体系。根据基因的不同组合建立5个不同数据集,分别进行系统发育分析,并通过贝叶斯标签关联显著性(Bayesian tip-association significance,Ba TS)分析各数据集中代表分离物与株系的关联性,以确定实现PVY快速鉴定的最佳组合。不同数据集的系统发育及Ba TS分析结果显示,除了联合P1、VPg和CP 3个基因数据集外,其他4个数据集均无法实现PVY常见株系的准确鉴定。采用不同建树方法对联合P1、VPg和CP 3个基因数据集比较分析显示,基于ML法和NJ法的系统发育树在拓扑结构上基本一致,均优于基于贝叶斯算法的最大分支置信(maximum clade credibility,MCC)树。同时,以HLJ26分离物为研究对象,对建立的多基因联合体系进行实际应用,结果显示该分离物与PVY^(NTN-NW)株系的3个分离物SYR-Ⅱ-2-8、SYR-Ⅱ-Be1和SYR-Ⅱ-Dr H以高置信值聚为一亚簇,表明该分离物可能属于PVY^(NTN-NW)株系(SYR-Ⅱ型)。重组分析显示,HLJ26基因组存在4个潜在的重组信号,分别位于P1、HC-pro/P3、VPg和CP的5￠-末端,与PVY^(NTN-NW)株系(SYR-Ⅱ型)的重组位点相一致,表明其属于PVYNTN-NW株系(SYR-Ⅱ型)。同时,应用多重RT-PCR成功扩增出约为1000 bp和400 bp的2个特异性片段,与PVY^(NTN-NW)株系(SYR-Ⅱ型)的特异条带大小相一致。这些结果进一步支持了多基因联合体系的鉴定结果。联合P1、VPg和CP 3个基因数据集系统发育分析,可以实现PVY常见株系的准确鉴定。
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关键词
马铃薯Y病毒
多基因系统发育分析
系统发育与性状关联分析
SYR-Ⅱ型
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职称材料
题名
马铃薯Y病毒多基因系统发育分析及其在株系鉴定中的应用
被引量：
6
1
作者
邹文超
沈林林
沈建国
蔡伟
詹家绥
高芳銮
机构
福建农林大学植物病毒研究所/福建省植物病毒学重点实验室
福建
出入境
检验
检疫
局
检验
检疫
技术
中心
/福建省
检验
检疫
技术
研究重点实验室
福清出入境检验检疫局综合技术服务中心
福建农林大学闽台特色作物病虫生态防控协同创新
中心
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第10期918-929,共12页
基金
国家现代农业马铃薯产业技术体系(编号:CARS-10)
国家重点研发计划项目(编号:2016YFF0203203)
福清市科技计划项目(编号:FQ201501)资助~~
文摘
为实现马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)常见株系的快速鉴定,本文以PVY的P1、HC-pro、VPg和CP 4个基因为研究对象建立了快速准确的多基因联合体系。根据基因的不同组合建立5个不同数据集,分别进行系统发育分析,并通过贝叶斯标签关联显著性(Bayesian tip-association significance,Ba TS)分析各数据集中代表分离物与株系的关联性,以确定实现PVY快速鉴定的最佳组合。不同数据集的系统发育及Ba TS分析结果显示,除了联合P1、VPg和CP 3个基因数据集外,其他4个数据集均无法实现PVY常见株系的准确鉴定。采用不同建树方法对联合P1、VPg和CP 3个基因数据集比较分析显示,基于ML法和NJ法的系统发育树在拓扑结构上基本一致,均优于基于贝叶斯算法的最大分支置信(maximum clade credibility,MCC)树。同时,以HLJ26分离物为研究对象,对建立的多基因联合体系进行实际应用,结果显示该分离物与PVY^(NTN-NW)株系的3个分离物SYR-Ⅱ-2-8、SYR-Ⅱ-Be1和SYR-Ⅱ-Dr H以高置信值聚为一亚簇,表明该分离物可能属于PVY^(NTN-NW)株系(SYR-Ⅱ型)。重组分析显示,HLJ26基因组存在4个潜在的重组信号,分别位于P1、HC-pro/P3、VPg和CP的5￠-末端,与PVY^(NTN-NW)株系(SYR-Ⅱ型)的重组位点相一致,表明其属于PVYNTN-NW株系(SYR-Ⅱ型)。同时,应用多重RT-PCR成功扩增出约为1000 bp和400 bp的2个特异性片段,与PVY^(NTN-NW)株系(SYR-Ⅱ型)的特异条带大小相一致。这些结果进一步支持了多基因联合体系的鉴定结果。联合P1、VPg和CP 3个基因数据集系统发育分析,可以实现PVY常见株系的准确鉴定。
关键词
马铃薯Y病毒
多基因系统发育分析
系统发育与性状关联分析
SYR-Ⅱ型
Keywords
Potato virus Y
multigene phylogenetic analysis
phylogeny-trait association analysis
SYR-Ⅱ genotype
分类号
S435.32 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
马铃薯Y病毒多基因系统发育分析及其在株系鉴定中的应用
邹文超
沈林林
沈建国
蔡伟
詹家绥
高芳銮
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2017
6
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