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茶树品种‘白鸡冠’与‘福云6号’遗传连锁图谱构建
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作者 陈志辉 张亚真 +6 位作者 孔祥瑞 游小妹 林郑和 单睿阳 郑士琴 李鑫磊 陈常颂 《茶叶学报》 2024年第4期8-20,共13页
【目的】近年来对茶树白化性状调控机理的研究逐渐增多,但到目前为止白化性状的基因调控机制仍然未知。通过构建‘白鸡冠’与‘福云6号’高密度遗传连锁图谱,为后续白鸡冠叶色基因定位奠定基础。【方法】创建白鸡冠(♀)与福云6号(♂)F1... 【目的】近年来对茶树白化性状调控机理的研究逐渐增多,但到目前为止白化性状的基因调控机制仍然未知。通过构建‘白鸡冠’与‘福云6号’高密度遗传连锁图谱,为后续白鸡冠叶色基因定位奠定基础。【方法】创建白鸡冠(♀)与福云6号(♂)F1代遗传分离群体,采用SLAF-seq技术和HighMap软件开发SNP分子标记,构建高密度遗传连锁图。【结果】用茶树参考基因组作电子酶切预测,选用HaeIII酶切方案。SLAF标签长度选择314~364 bp,预测到230000个SLAF标签。SLAF标签在基因组各染色体上分布基本均匀,酶切方案可行。建库准确性评估发现,对照样数据的双端比对效率为85.98%,酶切效率为91.82%,说明SLAF建库正常。本实验共获得828 448 417条reads(165.67 Gb)测序数据,测序平均Q30为93.94%,平均GC含量为43.67%,样本GC分布正常。获得SNP标记5 975 507个,成功分型的有643 601个,用于遗传图谱构建的标记有500 988个,最终上图标记有7 967个,总图距为2 754.59 cM,上图标记完整度为99.84%,共构建出15个高密度遗传连锁群。【结论】利用白鸡冠与福云6号F1代遗传分离群体构建出含15个连锁群的高密度遗传连锁图谱。 展开更多
关键词 茶树 黄化 白化 遗传图谱 叶色突变
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