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微小染色体蛋白家族和染色体结构维持蛋白4基因在宫颈鳞状细胞癌组织中的表达及其生物信息学分析
被引量：
2
1
作者
林瑶
林春霖
+3 位作者
王琴
张彬
王少瑜
朱广伟
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期430-437,共8页
目的:通过生物信息学方法对癌症基因组图谱(TCGA)和高通量基因表达(GEO)数据库进行数据挖掘,探讨宫颈鳞状细胞癌(宫颈鳞癌)预后相关分子。方法:从TCGA和GEO数据库下载宫颈鳞癌相关数据,利用Perl软件和R语言软件进行数据整理和分析,筛选...
目的:通过生物信息学方法对癌症基因组图谱(TCGA)和高通量基因表达(GEO)数据库进行数据挖掘,探讨宫颈鳞状细胞癌(宫颈鳞癌)预后相关分子。方法:从TCGA和GEO数据库下载宫颈鳞癌相关数据,利用Perl软件和R语言软件进行数据整理和分析,筛选出2个数据库中在正常组织和肿瘤组织共有的差异表达基因(DEGs),并对DEGs进行基因本体论(GO)的功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。使用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,筛选枢纽基因,并结合临床数据进行生存分析。结果果:2个数据库共有的DEGs为226个,其中上调的为170个,下调的为56个。GO富集分析,上述DEGs主要与细胞核分裂、细胞器分裂、有丝分裂和DNA酶活性催化等有关联。KEGG通路分析,这些DEGs主要富集在细胞周期、DNA复制和p53信号通路等。生存分析,微小染色体蛋白(MCMs)家族基因中MCM2、MCM5和MCM6与染色体结构维持蛋白4 (SMC4)基因均在肿瘤组织中高表达,且与宫颈鳞癌患者预后有关联(P <0.05),其中表达上调的MCM2、MCM5和MCM6基因可延长宫颈鳞癌患者的生存时间,属于抑癌基因;而SMC4则缩短患者的生存时间,为促癌基因。结论:MCM2、MCM5和MCM6作为抑癌基因抑制宫颈癌的进展,而SMC4作为促癌基因促进宫颈鳞癌的进展。
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关键词
宫颈鳞状细胞癌
癌症基因组图谱数据库
高通量基因表达数据库
生物信息学分析
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题名
微小染色体蛋白家族和染色体结构维持蛋白4基因在宫颈鳞状细胞癌组织中的表达及其生物信息学分析
被引量：
2
1
作者
林瑶
林春霖
王琴
张彬
王少瑜
朱广伟
机构
福建医科大学附属第一医院
妇产科
福建医科大学附属第一医院胃肠外科福建省腹部外科研究所
出处
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期430-437,共8页
基金
国家自然科学基金项目(81702424,81872364)
福建医科大学启航基金项目(2019QH1073)。
文摘
目的:通过生物信息学方法对癌症基因组图谱(TCGA)和高通量基因表达(GEO)数据库进行数据挖掘,探讨宫颈鳞状细胞癌(宫颈鳞癌)预后相关分子。方法:从TCGA和GEO数据库下载宫颈鳞癌相关数据,利用Perl软件和R语言软件进行数据整理和分析,筛选出2个数据库中在正常组织和肿瘤组织共有的差异表达基因(DEGs),并对DEGs进行基因本体论(GO)的功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。使用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,筛选枢纽基因,并结合临床数据进行生存分析。结果果:2个数据库共有的DEGs为226个,其中上调的为170个,下调的为56个。GO富集分析,上述DEGs主要与细胞核分裂、细胞器分裂、有丝分裂和DNA酶活性催化等有关联。KEGG通路分析,这些DEGs主要富集在细胞周期、DNA复制和p53信号通路等。生存分析,微小染色体蛋白(MCMs)家族基因中MCM2、MCM5和MCM6与染色体结构维持蛋白4 (SMC4)基因均在肿瘤组织中高表达,且与宫颈鳞癌患者预后有关联(P <0.05),其中表达上调的MCM2、MCM5和MCM6基因可延长宫颈鳞癌患者的生存时间,属于抑癌基因;而SMC4则缩短患者的生存时间,为促癌基因。结论:MCM2、MCM5和MCM6作为抑癌基因抑制宫颈癌的进展,而SMC4作为促癌基因促进宫颈鳞癌的进展。
关键词
宫颈鳞状细胞癌
癌症基因组图谱数据库
高通量基因表达数据库
生物信息学分析
Keywords
cervical squamous cell carcinoma
TCGA database
GEO database
bioinformatics analysis
分类号
R737.33 [医药卫生—肿瘤]
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作者
出处
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1
微小染色体蛋白家族和染色体结构维持蛋白4基因在宫颈鳞状细胞癌组织中的表达及其生物信息学分析
林瑶
林春霖
王琴
张彬
王少瑜
朱广伟
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2021
2
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