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Illumina高通量测序技术研究肌少-骨质疏松症与骨质疏松症患者骨组织microRNAs差异表达谱及差异分析
被引量：
2
1
作者
陈锦成
朱国涛
+5 位作者
秦晓飞
陈彦丞
罗骏
刘洪文
余博飞
徐杰
《中国骨质疏松杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第9期1308-1315,共8页
目的采用高通量测序技术筛选“肌少-骨质疏松症”(sarco-osteoporosis,SO)与骨质疏松症(osteoporosis,OP)患者骨组织标本中miRNA差异表达谱,并对差异显著的miRNA进行生物信息分析。方法运用Illumina Hiseq 2500测序技术筛查2017年至201...
目的采用高通量测序技术筛选“肌少-骨质疏松症”(sarco-osteoporosis,SO)与骨质疏松症(osteoporosis,OP)患者骨组织标本中miRNA差异表达谱,并对差异显著的miRNA进行生物信息分析。方法运用Illumina Hiseq 2500测序技术筛查2017年至2019年期间福建省老年医院SO组与OP组患者的6对骨组织样品中miRNA表达谱;差异显著表达的miRNA运用层次聚类图和火山图分析,并结合基因本体论(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析探讨miRNA参与成肌细胞、成骨细胞增殖和分化的生物过程。结果SO组与OP组进行组间对比,12份骨组织中共鉴定到3064个(P<0.05;log2 Fold Change>0.0)差异表达的miRNAs,其中上调的1432个,下调的1632个,筛选出其中差异表达显著的22个miRNAs︱log2 Fold Change︱≥2且P<0.05包括15个在SO组骨组织中表达上调的miRNAs和7个表达下调的miRNAs;层次聚类图和火山图分析提示,SO和OP骨组织中的miRNA差异表达谱具有统计学意义;GO分析结果显示,miRNA的靶基因富集于成肌细胞与成骨细胞的生物过程,还参与细胞的氧化代谢、增殖和分化以及凋亡等生物过程。KEGG通路分析显示,hsa-miR-382-3p、hsa-miR-27a-5p、hsa-miR-1226-5p、hsa-miR-3934-5p和hsa-miR-451a的靶基因集合显著富集于NF-κB、Wnt、MAPK和P53等信号通路中。结论Illumina高通量测序技术能有效筛查出肌少-骨质疏松症骨组织中差异表达的miRNA;通过分析5个差异显著基因的下游靶基因,并结合分子生物学相关数据库与查阅大量文献发现这些差异miRNA可能参与肌少-骨质疏松症疾病状态下成骨细胞和成肌细胞多种生物活性过程。这一研究结果为后续深入研究miRNA及其靶基因调控机体骨髓间充质干细胞增殖与成骨分化的机制提供了新思路和理论依据。
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关键词
肌少-骨质疏松症
骨组织
Illumina高通量测序技术
生物信息学分析
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职称材料
基于Label-free技术探讨肌少-骨质疏松症与骨质疏松症患者骨组织差异蛋白的研究与分析
2
作者
陈锦成
朱国涛
+5 位作者
刘洪文
余博飞
陈彦丞
罗骏
秦晓飞
徐杰
《中国骨质疏松杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期372-378,共7页
目的对“骨质疏松症(OP)”与“肌少-骨质疏松症(SO)”研究对象的骨组织样品进行蛋白定量检测、蛋白差异分析及差异蛋白功能富集分析,旨在筛选与鉴定出调控SO发生发展的差异蛋白。方法共收集6例SO与OP患者骨组织样品,采用Label-free定量...
目的对“骨质疏松症(OP)”与“肌少-骨质疏松症(SO)”研究对象的骨组织样品进行蛋白定量检测、蛋白差异分析及差异蛋白功能富集分析,旨在筛选与鉴定出调控SO发生发展的差异蛋白。方法共收集6例SO与OP患者骨组织样品,采用Label-free定量蛋白质组技术进行鉴定与筛选;在基因本体论(GO)生物学资源库、蛋白互作网络(PPI)系统及京都基因与基因组百科全书(KEGG)对具有显著差异的蛋白开展生物信息研究。结果在SO组与OP组中共筛选出1395个差异蛋白,经差异显著性筛选其中上调表达有21个,表达下调有9个,上下调蛋白有统计学意义;两组间差异显著的蛋白分别是过氧化物酶-1、转化生长因子-β1、线粒体转录因子A和细胞色素C氧化酶等;差异蛋白主要涉及细胞氧化还原稳态、氧化磷酸化和代谢过程。结论过氧化物酶-1、转化生长因子-β1、线粒体转录因子A和细胞色素C氧化酶等差异蛋白可能参与了SO发生发展过程。
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关键词
Sarco-osteoporosis
骨组织
Label-free定量蛋白质组学
生物信息学分析
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职称材料
题名
Illumina高通量测序技术研究肌少-骨质疏松症与骨质疏松症患者骨组织microRNAs差异表达谱及差异分析
被引量：
2
1
作者
陈锦成
朱国涛
秦晓飞
陈彦丞
罗骏
刘洪文
余博飞
徐杰
机构
福建
中医药
大学
中医骨伤及运动康复教育部重点实验室
福建医科大学
省立
临床
医学院
(
福建省立医院
)
骨科
出处
《中国骨质疏松杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第9期1308-1315,共8页
基金
福建省自然科学基金面上项目(2019J01173)
2019福建省卫生教育联合攻关项目(2019-WJ-01)
卫生健康委医学创新课题(2019-CX-1)。
文摘
目的采用高通量测序技术筛选“肌少-骨质疏松症”(sarco-osteoporosis,SO)与骨质疏松症(osteoporosis,OP)患者骨组织标本中miRNA差异表达谱,并对差异显著的miRNA进行生物信息分析。方法运用Illumina Hiseq 2500测序技术筛查2017年至2019年期间福建省老年医院SO组与OP组患者的6对骨组织样品中miRNA表达谱;差异显著表达的miRNA运用层次聚类图和火山图分析,并结合基因本体论(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析探讨miRNA参与成肌细胞、成骨细胞增殖和分化的生物过程。结果SO组与OP组进行组间对比,12份骨组织中共鉴定到3064个(P<0.05;log2 Fold Change>0.0)差异表达的miRNAs,其中上调的1432个,下调的1632个,筛选出其中差异表达显著的22个miRNAs︱log2 Fold Change︱≥2且P<0.05包括15个在SO组骨组织中表达上调的miRNAs和7个表达下调的miRNAs;层次聚类图和火山图分析提示,SO和OP骨组织中的miRNA差异表达谱具有统计学意义;GO分析结果显示,miRNA的靶基因富集于成肌细胞与成骨细胞的生物过程,还参与细胞的氧化代谢、增殖和分化以及凋亡等生物过程。KEGG通路分析显示,hsa-miR-382-3p、hsa-miR-27a-5p、hsa-miR-1226-5p、hsa-miR-3934-5p和hsa-miR-451a的靶基因集合显著富集于NF-κB、Wnt、MAPK和P53等信号通路中。结论Illumina高通量测序技术能有效筛查出肌少-骨质疏松症骨组织中差异表达的miRNA;通过分析5个差异显著基因的下游靶基因,并结合分子生物学相关数据库与查阅大量文献发现这些差异miRNA可能参与肌少-骨质疏松症疾病状态下成骨细胞和成肌细胞多种生物活性过程。这一研究结果为后续深入研究miRNA及其靶基因调控机体骨髓间充质干细胞增殖与成骨分化的机制提供了新思路和理论依据。
关键词
肌少-骨质疏松症
骨组织
Illumina高通量测序技术
生物信息学分析
Keywords
sarco-osteoporosis
bone tissue
Illumina high-throughput sequencing technology
bioinformatics analysis
分类号
R589 [医药卫生—内分泌]
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职称材料
题名
基于Label-free技术探讨肌少-骨质疏松症与骨质疏松症患者骨组织差异蛋白的研究与分析
2
作者
陈锦成
朱国涛
刘洪文
余博飞
陈彦丞
罗骏
秦晓飞
徐杰
机构
福建
中医药
大学
中医骨伤及运动康复教育部重点实验室
福建医科大学
省立
临床
医学院
(
福建省立医院
)
骨科
出处
《中国骨质疏松杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期372-378,共7页
基金
福建省自然科学基金面上项目(2019J01173)
2019福建省卫生教育联合攻关项目(2019-WJ-01)
卫生健康委医学创新课题(2019-CX-1)。
文摘
目的对“骨质疏松症(OP)”与“肌少-骨质疏松症(SO)”研究对象的骨组织样品进行蛋白定量检测、蛋白差异分析及差异蛋白功能富集分析,旨在筛选与鉴定出调控SO发生发展的差异蛋白。方法共收集6例SO与OP患者骨组织样品,采用Label-free定量蛋白质组技术进行鉴定与筛选;在基因本体论(GO)生物学资源库、蛋白互作网络(PPI)系统及京都基因与基因组百科全书(KEGG)对具有显著差异的蛋白开展生物信息研究。结果在SO组与OP组中共筛选出1395个差异蛋白,经差异显著性筛选其中上调表达有21个,表达下调有9个,上下调蛋白有统计学意义;两组间差异显著的蛋白分别是过氧化物酶-1、转化生长因子-β1、线粒体转录因子A和细胞色素C氧化酶等;差异蛋白主要涉及细胞氧化还原稳态、氧化磷酸化和代谢过程。结论过氧化物酶-1、转化生长因子-β1、线粒体转录因子A和细胞色素C氧化酶等差异蛋白可能参与了SO发生发展过程。
关键词
Sarco-osteoporosis
骨组织
Label-free定量蛋白质组学
生物信息学分析
Keywords
sarcopenia-osteoporosis
bone tissue
label-free quantitative proteomics
bioinformatics analysis
分类号
R589 [医药卫生—内分泌]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
Illumina高通量测序技术研究肌少-骨质疏松症与骨质疏松症患者骨组织microRNAs差异表达谱及差异分析
陈锦成
朱国涛
秦晓飞
陈彦丞
罗骏
刘洪文
余博飞
徐杰
《中国骨质疏松杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021
2
在线阅读
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职称材料
2
基于Label-free技术探讨肌少-骨质疏松症与骨质疏松症患者骨组织差异蛋白的研究与分析
陈锦成
朱国涛
刘洪文
余博飞
陈彦丞
罗骏
秦晓飞
徐杰
《中国骨质疏松杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021
0
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