目的分析福建省产超广谱β内酰胺酶(ESBLs)宋内志贺菌基因组特征,并对共存于质粒的bla_(CTX-M)耐药基因进行快速鉴定。方法收集福建省6个地区2007—2024年产ESBLs宋内志贺菌26株,微量肉汤法检测抗菌素最小抑菌浓度(MIC);利用二代和三代...目的分析福建省产超广谱β内酰胺酶(ESBLs)宋内志贺菌基因组特征,并对共存于质粒的bla_(CTX-M)耐药基因进行快速鉴定。方法收集福建省6个地区2007—2024年产ESBLs宋内志贺菌26株,微量肉汤法检测抗菌素最小抑菌浓度(MIC);利用二代和三代测序技术进行全基因组测序(WGS),预测耐药基因、质粒、插入序列(IS)和bla_(CTX-M)基因环境,Roary构建聚类树,cgSNP(core genome single nucleotide polymorphism)分析菌株的全球进化地位。S1核酸内切酶脉冲场凝胶电泳(S1-PFGE)、微滴式数字PCR(ddPCR)及质粒接合转移试验确认bla_(CTX-M)在质粒上的定位和水平传播。结果26株产ESBLs宋内志贺菌均为多重耐药菌,全部对头孢噻肟耐药,有6株对阿奇霉素耐药。WGS分析显示,26株菌共携带17种耐药基因、9种质粒复制子、15种插入序列和1种转座子Tn7。bla_(CTX-M-14)、bla_(CTX-M-15)和bla_(CTX-M-64)、ermB和mphA的阳性率分别为61.54%、30.77%、7.69%、11.54%和11.54%,bla_(CTX-M)基因环境可分为4种类型。Roary分析可将26株菌分为4个簇;cgSNP显示,它们均归属于独特的基因型3.7.6中国分支。除1株bla_(CTX-M-14)位于染色体外,所有bla_(CTX-M)分布于3种类型的质粒上,S1-PFGE和ddPCR鉴定结果与测序结果一致。结论福建产ESBLs宋内志贺菌基因组携带大量耐药因子,S1-PFGE和ddPCR可成为检测质粒携带耐药基因的有效工具。展开更多
文摘目的分析福建省产超广谱β内酰胺酶(ESBLs)宋内志贺菌基因组特征,并对共存于质粒的bla_(CTX-M)耐药基因进行快速鉴定。方法收集福建省6个地区2007—2024年产ESBLs宋内志贺菌26株,微量肉汤法检测抗菌素最小抑菌浓度(MIC);利用二代和三代测序技术进行全基因组测序(WGS),预测耐药基因、质粒、插入序列(IS)和bla_(CTX-M)基因环境,Roary构建聚类树,cgSNP(core genome single nucleotide polymorphism)分析菌株的全球进化地位。S1核酸内切酶脉冲场凝胶电泳(S1-PFGE)、微滴式数字PCR(ddPCR)及质粒接合转移试验确认bla_(CTX-M)在质粒上的定位和水平传播。结果26株产ESBLs宋内志贺菌均为多重耐药菌,全部对头孢噻肟耐药,有6株对阿奇霉素耐药。WGS分析显示,26株菌共携带17种耐药基因、9种质粒复制子、15种插入序列和1种转座子Tn7。bla_(CTX-M-14)、bla_(CTX-M-15)和bla_(CTX-M-64)、ermB和mphA的阳性率分别为61.54%、30.77%、7.69%、11.54%和11.54%,bla_(CTX-M)基因环境可分为4种类型。Roary分析可将26株菌分为4个簇;cgSNP显示,它们均归属于独特的基因型3.7.6中国分支。除1株bla_(CTX-M-14)位于染色体外,所有bla_(CTX-M)分布于3种类型的质粒上,S1-PFGE和ddPCR鉴定结果与测序结果一致。结论福建产ESBLs宋内志贺菌基因组携带大量耐药因子,S1-PFGE和ddPCR可成为检测质粒携带耐药基因的有效工具。
