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不同产地珊瑚菜叶绿体基因组特征的差异性研究
1
作者
安昌
徐文波
+6 位作者
陆琳
李登麟
姚艺新
林彦翔
杨成梓
秦源
郑平
《生物技术通报》
北大核心
2025年第6期229-242,共14页
【目的】研究不同产地珊瑚菜(Glehnia littoralis)的叶绿体基因组的特征及其系统发育关系,从细胞器基因组角度揭示珊瑚菜物种内的遗传变异和群体分化,为其新品种选育和种质资源保护提供遗传学基础。【方法】对产自福建的珊瑚菜叶绿体基...
【目的】研究不同产地珊瑚菜(Glehnia littoralis)的叶绿体基因组的特征及其系统发育关系,从细胞器基因组角度揭示珊瑚菜物种内的遗传变异和群体分化,为其新品种选育和种质资源保护提供遗传学基础。【方法】对产自福建的珊瑚菜叶绿体基因组进行了组装和注释,随后对6个来自不同产地样本的叶绿体基因组进行比较分析,研究其基因组结构、重复序列分布、密码子使用偏好、核苷酸多态性、基因组边界特征以及系统发育关系,探讨不同产地珊瑚菜之间的遗传多样性和适应性进化特征。【结果】6个叶绿体基因组均呈典型的双链环状四分体结构,基因组长度为147445-147552 bp,GC含量为37.51%-37.52%,结构高度保守。均注释出129个基因,包括85个蛋白编码基因,8个核糖体RNA和36个转运RNA。SSR数量在77-79之间,共包含6种类型,以A/T类型为主。密码子使用分析表明,编码精氨酸的密码子中福建和中国台湾产地的珊瑚菜倾向于使用的CGA,而深圳和浙江产地的珊瑚菜更偏好CGT。基因组边界特征基因具有一定的保守性,差异主要位于JLB和JLA边界。核苷酸多态性分析共检测出24个的多态性区域。系统发育分析表明,产于韩国的珊瑚菜在演化上独立于其他样本,中国台湾产地与其余地区样本分化最早,显示出独特的遗传特征;福建产地随后分化,深圳和浙江样本形成一个小分支。【结论】不同产地珊瑚菜在叶绿体基因组结构特征保守,但在密码子使用、基因组边界及核苷酸多态性等方面存在一定变异,系统发育分析表明其群体间存在遗传分化,反映了其适应性进化特征。
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关键词
珊瑚菜
叶绿体基因组
不同产地
比较分析
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题名
不同产地珊瑚菜叶绿体基因组特征的差异性研究
1
作者
安昌
徐文波
陆琳
李登麟
姚艺新
林彦翔
杨成梓
秦源
郑平
机构
福建农林大学海峡联合研究院基因组学研究中心
中国药科
大学
中药
学
院
澳门
大学
中华医药
研究院
中药质量
研究
国家重点实验室
福建
中医药
大学
药
学
院
出处
《生物技术通报》
北大核心
2025年第6期229-242,共14页
基金
国家自然科学基金项目(32100168)
福建中医药大学校管课题(X2023025)。
文摘
【目的】研究不同产地珊瑚菜(Glehnia littoralis)的叶绿体基因组的特征及其系统发育关系,从细胞器基因组角度揭示珊瑚菜物种内的遗传变异和群体分化,为其新品种选育和种质资源保护提供遗传学基础。【方法】对产自福建的珊瑚菜叶绿体基因组进行了组装和注释,随后对6个来自不同产地样本的叶绿体基因组进行比较分析,研究其基因组结构、重复序列分布、密码子使用偏好、核苷酸多态性、基因组边界特征以及系统发育关系,探讨不同产地珊瑚菜之间的遗传多样性和适应性进化特征。【结果】6个叶绿体基因组均呈典型的双链环状四分体结构,基因组长度为147445-147552 bp,GC含量为37.51%-37.52%,结构高度保守。均注释出129个基因,包括85个蛋白编码基因,8个核糖体RNA和36个转运RNA。SSR数量在77-79之间,共包含6种类型,以A/T类型为主。密码子使用分析表明,编码精氨酸的密码子中福建和中国台湾产地的珊瑚菜倾向于使用的CGA,而深圳和浙江产地的珊瑚菜更偏好CGT。基因组边界特征基因具有一定的保守性,差异主要位于JLB和JLA边界。核苷酸多态性分析共检测出24个的多态性区域。系统发育分析表明,产于韩国的珊瑚菜在演化上独立于其他样本,中国台湾产地与其余地区样本分化最早,显示出独特的遗传特征;福建产地随后分化,深圳和浙江样本形成一个小分支。【结论】不同产地珊瑚菜在叶绿体基因组结构特征保守,但在密码子使用、基因组边界及核苷酸多态性等方面存在一定变异,系统发育分析表明其群体间存在遗传分化,反映了其适应性进化特征。
关键词
珊瑚菜
叶绿体基因组
不同产地
比较分析
Keywords
Glehnia littoralis
chloroplast genome
different geographic regions
comparative analysis
分类号
S567.2 [农业科学—中草药栽培]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
不同产地珊瑚菜叶绿体基因组特征的差异性研究
安昌
徐文波
陆琳
李登麟
姚艺新
林彦翔
杨成梓
秦源
郑平
《生物技术通报》
北大核心
2025
0
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