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东方蜜蜂微孢子虫染色体结构维持(SMC)蛋白的分子特性与系统进化分析
1
作者
钱加珺
张文德
+7 位作者
张佳欣
赵萧
赵浩东
高旭泽
朱乐冉
陈大福
付中民
郭睿
《华南农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第4期556-562,共7页
【目的】解析东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae染色体结构维持(Structural maintenance of chromosome,SMC)蛋白的分子特性,鉴定东方蜜蜂微孢子虫和其他物种的SMC的保守基序和结构域,并进行系统进化分析,旨在丰富东方蜜蜂微孢子虫SMC的...
【目的】解析东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae染色体结构维持(Structural maintenance of chromosome,SMC)蛋白的分子特性,鉴定东方蜜蜂微孢子虫和其他物种的SMC的保守基序和结构域,并进行系统进化分析,旨在丰富东方蜜蜂微孢子虫SMC的基本信息,为功能研究的深入开展提供依据。【方法】使用Expasy网站的相关软件预测和分析SMC的理化性质、信号肽、磷酸化位点、二级结构和三级结构,利用MEME软件鉴定东方蜜蜂微孢子虫和其他物种SMC的保守基序,采用TBtools软件鉴定东方蜜蜂微孢子虫和其他物种SMC的结构域,通过Mega 11.0软件采用邻接法构建东方蜜蜂微孢子虫和其他物种的SMC系统进化树。【结果】东方蜜蜂微孢子虫SMC包含1102个氨基酸,分子式为C_(5787)H_(9418)N_(1526)O_(1771)S_(41),相对分子质量约130020,脂溶系数为93.49,等电点为8.28,平均亲水系数为−0.740,亲水氨基酸多于疏水氨基酸,不含典型信号肽;包含50个丝氨酸磷酸化位点、26个酪氨酸磷酸化位点及28个苏氨酸磷酸化位点;包含787个α−螺旋、106条β−折叠、49个β−转角及160个无规则卷曲;可同时定位于细胞核、细胞质和线粒体。在东方蜜蜂微孢子虫、海伦脑炎微孢子虫Encephalitozoon hellem、麦格水蚤汉氏孢虫Hamiltosporidium magnivora、颗粒病微孢子虫Nosema granulosis、康氏泰罗汉孢虫Thelohania contejeani、菲尼斯毕罗酵母Piromyces finnis、指间毛廯菌Trichophyton interdigitale、紫色毛廯菌Trichophyton violaceum、发廯菌Trichophyton tonsurans和黑曲霉Aspergillus melleus的SMC中预测到相同的9个保守基序;东方蜜蜂微孢子虫和上述其他9个物种的SMC中均含有1个SMC_N结构域和1个SMC_hinge结构域。进一步分析发现,东方蜜蜂微孢子虫与菲尼斯毕罗酵母的SMC序列相似性最高(61.96%),与康氏泰罗汉孢虫的SMC序列相似性最低(34.73%);东方蜜蜂微孢子虫与颗粒病微孢子虫的SMC聚为一支,置信度达到99%,进化距离最近。【结论】本研究明确了东方蜜蜂微孢子虫SMC的分子特性,丰富了SMC的基本信息,并揭示SMC在东方蜜蜂微孢子虫和其他微孢子虫中具有较高的保守性,为功能研究的深入开展提供了依据。
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关键词
微孢子虫
东方蜜蜂微孢子虫
染色体结构维持(SMC)蛋白
生物信息学
分子特性
系统进化
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职称材料
题名
东方蜜蜂微孢子虫染色体结构维持(SMC)蛋白的分子特性与系统进化分析
1
作者
钱加珺
张文德
张佳欣
赵萧
赵浩东
高旭泽
朱乐冉
陈大福
付中民
郭睿
机构
福建农林大学
动物
科学学
院
(
蜂
学学
院
)/
福建省
蜂
疗
研究所
出处
《华南农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第4期556-562,共7页
基金
国家自然科学基金(32172792)
国家现代农业产业技术体系专项资金项目(CARS-44-KXJ7)
+2 种基金
福建农林大学硕士生导师团队项目(郭睿)
福建农林大学动物科学学院(蜂学学院)科研扶持项目(郭睿)
福建省大学生创新创业训练计划项目(202210389128)。
文摘
【目的】解析东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae染色体结构维持(Structural maintenance of chromosome,SMC)蛋白的分子特性,鉴定东方蜜蜂微孢子虫和其他物种的SMC的保守基序和结构域,并进行系统进化分析,旨在丰富东方蜜蜂微孢子虫SMC的基本信息,为功能研究的深入开展提供依据。【方法】使用Expasy网站的相关软件预测和分析SMC的理化性质、信号肽、磷酸化位点、二级结构和三级结构,利用MEME软件鉴定东方蜜蜂微孢子虫和其他物种SMC的保守基序,采用TBtools软件鉴定东方蜜蜂微孢子虫和其他物种SMC的结构域,通过Mega 11.0软件采用邻接法构建东方蜜蜂微孢子虫和其他物种的SMC系统进化树。【结果】东方蜜蜂微孢子虫SMC包含1102个氨基酸,分子式为C_(5787)H_(9418)N_(1526)O_(1771)S_(41),相对分子质量约130020,脂溶系数为93.49,等电点为8.28,平均亲水系数为−0.740,亲水氨基酸多于疏水氨基酸,不含典型信号肽;包含50个丝氨酸磷酸化位点、26个酪氨酸磷酸化位点及28个苏氨酸磷酸化位点;包含787个α−螺旋、106条β−折叠、49个β−转角及160个无规则卷曲;可同时定位于细胞核、细胞质和线粒体。在东方蜜蜂微孢子虫、海伦脑炎微孢子虫Encephalitozoon hellem、麦格水蚤汉氏孢虫Hamiltosporidium magnivora、颗粒病微孢子虫Nosema granulosis、康氏泰罗汉孢虫Thelohania contejeani、菲尼斯毕罗酵母Piromyces finnis、指间毛廯菌Trichophyton interdigitale、紫色毛廯菌Trichophyton violaceum、发廯菌Trichophyton tonsurans和黑曲霉Aspergillus melleus的SMC中预测到相同的9个保守基序;东方蜜蜂微孢子虫和上述其他9个物种的SMC中均含有1个SMC_N结构域和1个SMC_hinge结构域。进一步分析发现,东方蜜蜂微孢子虫与菲尼斯毕罗酵母的SMC序列相似性最高(61.96%),与康氏泰罗汉孢虫的SMC序列相似性最低(34.73%);东方蜜蜂微孢子虫与颗粒病微孢子虫的SMC聚为一支,置信度达到99%,进化距离最近。【结论】本研究明确了东方蜜蜂微孢子虫SMC的分子特性,丰富了SMC的基本信息,并揭示SMC在东方蜜蜂微孢子虫和其他微孢子虫中具有较高的保守性,为功能研究的深入开展提供了依据。
关键词
微孢子虫
东方蜜蜂微孢子虫
染色体结构维持(SMC)蛋白
生物信息学
分子特性
系统进化
Keywords
Microsporidian
Nosema ceranae
Structural maintenance of chromosome(SMC)protein
Bioinformatics
Molecular characteristic
Phyletic evolution
分类号
S891 [农业科学—特种经济动物饲养]
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1
东方蜜蜂微孢子虫染色体结构维持(SMC)蛋白的分子特性与系统进化分析
钱加珺
张文德
张佳欣
赵萧
赵浩东
高旭泽
朱乐冉
陈大福
付中民
郭睿
《华南农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
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