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主要麻类作物的ITS序列分析与系统进化
被引量：
8
1
作者
张力岚
王俊
+5 位作者
万雪贝
徐益
张列梅
方平平
祁建民
张立武
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第6期862-874,共13页
比较主要麻类作物和测序植物间的ITS序列,可明确它们间系统位置和进化关系。本研究采用PCR扩增和搜索Gen Bank数据库,获得32份麻类作物和11份测序作物的核糖体内转录间隔区(internal transcribed spacers,ITS)序列,利用MEGE软件分析ITS...
比较主要麻类作物和测序植物间的ITS序列,可明确它们间系统位置和进化关系。本研究采用PCR扩增和搜索Gen Bank数据库,获得32份麻类作物和11份测序作物的核糖体内转录间隔区(internal transcribed spacers,ITS)序列,利用MEGE软件分析ITS长度、G+C含量与同源性百分比差异。结果表明,黄麻属、红麻属、苎麻属和亚麻属的ITS基本序列全长分别为963、939、658和686 bp;G+C含量分别为57.87%、58.03%、59.05%和53.75%。黄麻属变异区域集中在220~386 bp间,红麻属变异区域集中在2个区段(206~347 bp,599~713 bp),苎麻属ITS变异区域分布在4个区段(158~163 bp、193~199 bp、288~333 bp和681~688 bp),亚麻属ITS变异区域分布在5个区段(219~229bp、235~240 bp、427~432 bp、468~484 bp和588~594 bp)。系统位置分析表明,红麻属与棉花亲缘关系最近,黄麻与棉花亲缘关系较近;亚麻与苎麻各为一小支。系统位置分析与传统的植物分类结果较一致。研究主要麻类作物比较基因组学时,红麻、黄麻可参考棉花,苎麻可参考杨树或蓖麻。推测红麻属的进化时间约为33.7百万年前(million years ago,MYA),黄麻属约为65.3MYA,苎麻属约为67.5MYA,亚麻属约为90.5MYA。主要麻类作物进化时间越久,同属不同种之间ITS变异区段越多。
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关键词
麻类作物
ITS
系统位置
进化关系
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职称材料
红麻EST-SSR标记的开发及其多态性评价
被引量：
7
2
作者
万雪贝
李东旭
+6 位作者
徐益
徐建堂
张力岚
张列梅
林荔辉
祁建民
张立武
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第8期1170-1180,共11页
红麻是最重要的自然纤维作物之一,然而SSR标记的匮乏限制了其遗传改良。本研究从红麻90 175个EST序列中挑出含有转录因子的EST,开发了94对SSR引物。以24份不同红麻种质资源的DNA为模板,利用9%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测多态性。结果...
红麻是最重要的自然纤维作物之一,然而SSR标记的匮乏限制了其遗传改良。本研究从红麻90 175个EST序列中挑出含有转录因子的EST,开发了94对SSR引物。以24份不同红麻种质资源的DNA为模板,利用9%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测多态性。结果表明,85对引物(占90.4%)至少在2个材料之间存在多态性,表明开发的EST-SSR具有很好的多态性。其中,三核苷酸重复所占比例最多,重复基元AAT和ATG的多态性较高。聚类分析表明,24份红麻种质资源的遗传相似系数变化在0.62~0.92之间,表现出丰富的遗传基础。这些结果不仅丰富了红麻的分子标记数量,而且为红麻的遗传分析提供资源。
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关键词
红麻
SSR
遗传多样性
标记开发
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职称材料
红麻微卫星DNA标记指纹图谱的构建
被引量：
1
3
作者
万雪贝
徐建堂
+3 位作者
李东旭
林荔辉
祁建民
张立武
《植物遗传资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第1期87-95,共9页
DNA指纹图谱对新品种选育、种质资源保存和管理具有重要的意义。然而,利用SSR标记构建红麻DNA指纹图谱的研究仍十分有限。在本研究中,利用课题组开发并筛选出的131对SSR引物,分析不同来源的96份红麻种质资源,包括红麻品种审定的区试对...
DNA指纹图谱对新品种选育、种质资源保存和管理具有重要的意义。然而,利用SSR标记构建红麻DNA指纹图谱的研究仍十分有限。在本研究中,利用课题组开发并筛选出的131对SSR引物,分析不同来源的96份红麻种质资源,包括红麻品种审定的区试对照品种福红952。结果表明,131对引物共扩增出375条带,平均每对引物扩增出2.6条带。以遗传相似系数0.614为切割线时,可以分为2个类群,52个为类群P1,44个为类群P2;以遗传相似系数0.710做切割线,可分为5个亚群。利用这131对引物标记所得的数据成功绘制了一份85个品种独特的指纹图谱,其中福红952可被HcEMS238引物特异识别。其他11份因存在遗传相似性高的现象,未被识别。上述结果为红麻品种的真实性鉴定及遗传多样性分析提供依据。
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关键词
红麻
种质资源
SSR
DNA指纹图谱
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职称材料
题名
主要麻类作物的ITS序列分析与系统进化
被引量：
8
1
作者
张力岚
王俊
万雪贝
徐益
张列梅
方平平
祁建民
张立武
机构
福建农林大学作物科学学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室
福建农林大学
海峡联合研究
院
基因组与生物技术中心
出处
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第6期862-874,共13页
基金
高等学校博士学科点专项科研基金新教师类资助项目(20133515120002)
中贝粮油及特色经济作物引育种及新品种示范推广项目(2015I0001)
+4 种基金
福建农林大学杰出青年科研基金项目(2012xjj01
xjq201401)
福建农林大学大学生创新训练计划项目(201610389149)资助
国家现代农业产业技术体系建设专项(CARS-19-E6)
农业部东南黄红麻实验观测站项目(农科教发2011)~~
文摘
比较主要麻类作物和测序植物间的ITS序列,可明确它们间系统位置和进化关系。本研究采用PCR扩增和搜索Gen Bank数据库,获得32份麻类作物和11份测序作物的核糖体内转录间隔区(internal transcribed spacers,ITS)序列,利用MEGE软件分析ITS长度、G+C含量与同源性百分比差异。结果表明,黄麻属、红麻属、苎麻属和亚麻属的ITS基本序列全长分别为963、939、658和686 bp;G+C含量分别为57.87%、58.03%、59.05%和53.75%。黄麻属变异区域集中在220~386 bp间,红麻属变异区域集中在2个区段(206~347 bp,599~713 bp),苎麻属ITS变异区域分布在4个区段(158~163 bp、193~199 bp、288~333 bp和681~688 bp),亚麻属ITS变异区域分布在5个区段(219~229bp、235~240 bp、427~432 bp、468~484 bp和588~594 bp)。系统位置分析表明,红麻属与棉花亲缘关系最近,黄麻与棉花亲缘关系较近;亚麻与苎麻各为一小支。系统位置分析与传统的植物分类结果较一致。研究主要麻类作物比较基因组学时,红麻、黄麻可参考棉花,苎麻可参考杨树或蓖麻。推测红麻属的进化时间约为33.7百万年前(million years ago,MYA),黄麻属约为65.3MYA,苎麻属约为67.5MYA,亚麻属约为90.5MYA。主要麻类作物进化时间越久,同属不同种之间ITS变异区段越多。
关键词
麻类作物
ITS
系统位置
进化关系
Keywords
Bast fiber crop
ITS
Systematic classification
Evolution relationship
分类号
Q943.2 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
红麻EST-SSR标记的开发及其多态性评价
被引量：
7
2
作者
万雪贝
李东旭
徐益
徐建堂
张力岚
张列梅
林荔辉
祁建民
张立武
机构
福建农林大学作物科学学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室
福建农林大学
海峡联合研究
院
基因组与生物技术中心
出处
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第8期1170-1180,共11页
基金
福建农林大学杰出青年科研基金项目(xjq201401)
国家现代农业产业技术体系建设专项(CARS-19-E06)
+2 种基金
农业部东南黄红麻实验观测站(农科教发2011)
福建省科技厅对外合作项目(2015I0001)
福建省麻类种质资源共享平台项目(2010N2002)资助~~
文摘
红麻是最重要的自然纤维作物之一,然而SSR标记的匮乏限制了其遗传改良。本研究从红麻90 175个EST序列中挑出含有转录因子的EST,开发了94对SSR引物。以24份不同红麻种质资源的DNA为模板,利用9%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测多态性。结果表明,85对引物(占90.4%)至少在2个材料之间存在多态性,表明开发的EST-SSR具有很好的多态性。其中,三核苷酸重复所占比例最多,重复基元AAT和ATG的多态性较高。聚类分析表明,24份红麻种质资源的遗传相似系数变化在0.62~0.92之间,表现出丰富的遗传基础。这些结果不仅丰富了红麻的分子标记数量,而且为红麻的遗传分析提供资源。
关键词
红麻
SSR
遗传多样性
标记开发
Keywords
Kenaf (Hibiscus cannabinus)
Simple sequence repeat
Genetic diversity
Marker development
分类号
S563.5 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
红麻微卫星DNA标记指纹图谱的构建
被引量：
1
3
作者
万雪贝
徐建堂
李东旭
林荔辉
祁建民
张立武
机构
福建农林大学作物科学学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室
福建农林大学
海峡联合研究
院
基因组与生物技术中心
出处
《植物遗传资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第1期87-95,共9页
基金
福建农林大学杰出青年科研基金(xjq201401)
福建省科技厅对外合作项目(2015I0001)
+2 种基金
国家麻类产业技术体系项目(CARS-19-E06)
农业部东南黄红麻实验观测站(农科教发2011)
福建省麻类种质资源共享平台(2010N2002)
文摘
DNA指纹图谱对新品种选育、种质资源保存和管理具有重要的意义。然而,利用SSR标记构建红麻DNA指纹图谱的研究仍十分有限。在本研究中,利用课题组开发并筛选出的131对SSR引物,分析不同来源的96份红麻种质资源,包括红麻品种审定的区试对照品种福红952。结果表明,131对引物共扩增出375条带,平均每对引物扩增出2.6条带。以遗传相似系数0.614为切割线时,可以分为2个类群,52个为类群P1,44个为类群P2;以遗传相似系数0.710做切割线,可分为5个亚群。利用这131对引物标记所得的数据成功绘制了一份85个品种独特的指纹图谱,其中福红952可被HcEMS238引物特异识别。其他11份因存在遗传相似性高的现象,未被识别。上述结果为红麻品种的真实性鉴定及遗传多样性分析提供依据。
关键词
红麻
种质资源
SSR
DNA指纹图谱
Keywords
kenaf（ Hibiscus cannabinus L. ）
germplasm
SSR
DNA fingerprinting
分类号
S563.5 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
主要麻类作物的ITS序列分析与系统进化
张力岚
王俊
万雪贝
徐益
张列梅
方平平
祁建民
张立武
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017
8
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
红麻EST-SSR标记的开发及其多态性评价
万雪贝
李东旭
徐益
徐建堂
张力岚
张列梅
林荔辉
祁建民
张立武
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017
7
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
红麻微卫星DNA标记指纹图谱的构建
万雪贝
徐建堂
李东旭
林荔辉
祁建民
张立武
《植物遗传资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018
1
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职称材料
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