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基于芯片数据估计不同方法对槐猪近交系数的影响
被引量：
1
1
作者
韩云珍
阳文攀
+9 位作者
洪渊
龙毅
刘相杰
范小萍
李文静
邓政
刘鸣慧
郑素梅
阮国荣
丁能水
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第3期947-955,共9页
旨在选取适用的方法评估槐猪群体的近交情况。本试验采用“中芯一号”育种芯片分别计算Fhom1、Fhom2、Fvan1、Fvan2和Fyang来进行247头槐猪(300日龄)个体近交系数的估计,探究SNP数目对近交估计值的影响以及不同估计方法之间的相关性。...
旨在选取适用的方法评估槐猪群体的近交情况。本试验采用“中芯一号”育种芯片分别计算Fhom1、Fhom2、Fvan1、Fvan2和Fyang来进行247头槐猪(300日龄)个体近交系数的估计,探究SNP数目对近交估计值的影响以及不同估计方法之间的相关性。结果发现,随着SNP数目增加,近交系数Fhom1、Fhom2、Fvan1和Fyang的极差逐渐减少,当SNP数目达到10000时近交系数趋于稳定,与质控后的31545个SNPs计算的近交系数接近。Fhom1、Fhom2、Fvan1、Fvan2和Fyang的值分别为-0.2165~0.3440、-0.3548~0.3217、-0.3228~0.8921、-0.2436~0.7909、-0.1894~0.5433。Froh1和Froh2的值分别为0.0087~0.4069和0.0022~0.4024。通过比较不同基因组近交系数Person相关与Spearman秩相关可知,Fhom1与Fhom2、Froh1、Froh5间有较强的正相关;Fvan2与Fvan1、Fyang间有较强的正相关;Froh1与Froh5间有较强的正相关;而Fhom2与Fvan1、Fvan2呈负相关。由于Froh的取值范围在0~1之间,与系谱近交系数相同,符合近交系数评估习惯;同时,Froh同Fhom、Fvan、Fyang等基因组近交系数评估方式有着一定的正相关,适用度高。SNP密度影响近交系数的评估,其数目与密度充足时,采用Froh进行基因组近交系数评估较为适宜,这可为评估地方猪的近交水平、防止近交衰退、优化选种选配方案提供有利的技术手段。
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关键词
槐猪
基因芯片
近交系数
相关性
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职称材料
猪圆环病毒3型的流行病学、致病性及防控措施
被引量：
3
2
作者
邓红玉
覃智斌
+6 位作者
余新武
王均辉
凌勇
张志榕
郑李玲
张丽丽
吴有林
《今日养猪业》
2023年第3期81-83,共3页
猪圆环病毒3型是一种于2016年在美国新发现的猪圆环病毒血清型。相关调查发现,我国猪群对PCV3的感染率较高,但当前相关研究成果有限,也无针对性的疫苗产品,猪场需做好防控。
关键词
猪圆环病毒
流行病学
血清型
防控措施
PCV
致病性
感染率
研究成果
在线阅读
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职称材料
大白猪公猪生长曲线拟合
被引量：
1
3
作者
季涛
《福建畜牧兽医》
2023年第2期28-30,共3页
为研究大白猪公猪生长曲线及不同拟合方法间的差异,更好地指导大白猪的生产管理,本试验对15头大白公猪进行连续性体重测定,采用Logistic和非线性混合效应模型进行生长曲线拟合并分析。结果表明,Logistic方程和非线性混合效应模型均能很...
为研究大白猪公猪生长曲线及不同拟合方法间的差异,更好地指导大白猪的生产管理,本试验对15头大白公猪进行连续性体重测定,采用Logistic和非线性混合效应模型进行生长曲线拟合并分析。结果表明,Logistic方程和非线性混合效应模型均能很好地拟合大白公猪生长曲线,其拟合度分别为0.925、0.921。采用Logistic方程、非线性混合效应模型拟合的生长曲线拐点分别为(124.26 d,68.78 kg)、(132.31 d,77.99 kg)。
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关键词
大白公猪
生长曲线
LOGISTIC方程
非线性混合效应模型
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职称材料
题名
基于芯片数据估计不同方法对槐猪近交系数的影响
被引量：
1
1
作者
韩云珍
阳文攀
洪渊
龙毅
刘相杰
范小萍
李文静
邓政
刘鸣慧
郑素梅
阮国荣
丁能水
机构
福建
农业职业技术学院
福建傲芯种业科技有限公司
上杭
傲
农槐猪产业发展
有限公司
福建
傲
农生物
科技
集团股份
有限公司
江西农业大学猪遗传改良与养殖技术国家重点实验室
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第3期947-955,共9页
基金
福建省现代农业(生猪)产业技术体系建设项目(闽财教指[2021]61号)
福州市科技计划项目(2020-PT-147)。
文摘
旨在选取适用的方法评估槐猪群体的近交情况。本试验采用“中芯一号”育种芯片分别计算Fhom1、Fhom2、Fvan1、Fvan2和Fyang来进行247头槐猪(300日龄)个体近交系数的估计,探究SNP数目对近交估计值的影响以及不同估计方法之间的相关性。结果发现,随着SNP数目增加,近交系数Fhom1、Fhom2、Fvan1和Fyang的极差逐渐减少,当SNP数目达到10000时近交系数趋于稳定,与质控后的31545个SNPs计算的近交系数接近。Fhom1、Fhom2、Fvan1、Fvan2和Fyang的值分别为-0.2165~0.3440、-0.3548~0.3217、-0.3228~0.8921、-0.2436~0.7909、-0.1894~0.5433。Froh1和Froh2的值分别为0.0087~0.4069和0.0022~0.4024。通过比较不同基因组近交系数Person相关与Spearman秩相关可知,Fhom1与Fhom2、Froh1、Froh5间有较强的正相关;Fvan2与Fvan1、Fyang间有较强的正相关;Froh1与Froh5间有较强的正相关;而Fhom2与Fvan1、Fvan2呈负相关。由于Froh的取值范围在0~1之间,与系谱近交系数相同,符合近交系数评估习惯;同时,Froh同Fhom、Fvan、Fyang等基因组近交系数评估方式有着一定的正相关,适用度高。SNP密度影响近交系数的评估,其数目与密度充足时,采用Froh进行基因组近交系数评估较为适宜,这可为评估地方猪的近交水平、防止近交衰退、优化选种选配方案提供有利的技术手段。
关键词
槐猪
基因芯片
近交系数
相关性
Keywords
Huai pig
gene chip
inbreeding coefficient
correlation
分类号
S828.2 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
猪圆环病毒3型的流行病学、致病性及防控措施
被引量：
3
2
作者
邓红玉
覃智斌
余新武
王均辉
凌勇
张志榕
郑李玲
张丽丽
吴有林
机构
福建
益昕葆生物制药
有限公司
福建
傲
农生物
科技
集团股份
有限公司
福建
傲
芯
种业
科技
集团
有限公司
福建
省畜牧总站
出处
《今日养猪业》
2023年第3期81-83,共3页
文摘
猪圆环病毒3型是一种于2016年在美国新发现的猪圆环病毒血清型。相关调查发现,我国猪群对PCV3的感染率较高,但当前相关研究成果有限,也无针对性的疫苗产品,猪场需做好防控。
关键词
猪圆环病毒
流行病学
血清型
防控措施
PCV
致病性
感染率
研究成果
分类号
S85 [农业科学—兽医学]
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职称材料
题名
大白猪公猪生长曲线拟合
被引量：
1
3
作者
季涛
机构
福建
傲
芯
种业
科技
集团
有限公司
福建
傲
农生物
科技
集团股份
有限公司
出处
《福建畜牧兽医》
2023年第2期28-30,共3页
文摘
为研究大白猪公猪生长曲线及不同拟合方法间的差异,更好地指导大白猪的生产管理,本试验对15头大白公猪进行连续性体重测定,采用Logistic和非线性混合效应模型进行生长曲线拟合并分析。结果表明,Logistic方程和非线性混合效应模型均能很好地拟合大白公猪生长曲线,其拟合度分别为0.925、0.921。采用Logistic方程、非线性混合效应模型拟合的生长曲线拐点分别为(124.26 d,68.78 kg)、(132.31 d,77.99 kg)。
关键词
大白公猪
生长曲线
LOGISTIC方程
非线性混合效应模型
Keywords
Large white boar
Growth curve
Logistic equation
Nonlinear mixed-effect model
分类号
S828 [农业科学—畜牧学]
在线阅读
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于芯片数据估计不同方法对槐猪近交系数的影响
韩云珍
阳文攀
洪渊
龙毅
刘相杰
范小萍
李文静
邓政
刘鸣慧
郑素梅
阮国荣
丁能水
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
猪圆环病毒3型的流行病学、致病性及防控措施
邓红玉
覃智斌
余新武
王均辉
凌勇
张志榕
郑李玲
张丽丽
吴有林
《今日养猪业》
2023
3
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
大白猪公猪生长曲线拟合
季涛
《福建畜牧兽医》
2023
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
已选择
0
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