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小拟南芥MKK基因家族全基因组鉴定及进化和表达分析 被引量:12
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作者 李晓翠 康凯程 +4 位作者 黄先忠 范永斌 宋苗苗 黄韵杰 丁佳佳 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期403-421,共19页
丝裂原活化蛋白激酶激酶(mitogen-activated protein kinase kinase,MAPKK或MKK)是丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activatedproteinkinase,MAPK)级联的重要组成部分,在植物的生长发育和胁迫应答过程中发挥重要作用。目前,已在多种植物中... 丝裂原活化蛋白激酶激酶(mitogen-activated protein kinase kinase,MAPKK或MKK)是丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activatedproteinkinase,MAPK)级联的重要组成部分,在植物的生长发育和胁迫应答过程中发挥重要作用。目前,已在多种植物中鉴定了MKK基因家族,但在十字花科植物小拟南芥(Arabidopsis pumila)中MKK基因家族的系统鉴定与分析尚未见报道。为了探索小拟南芥MKK基因家族的进化和功能,本研究通过全基因组分析鉴定了小拟南芥中16个MKK基因,散布于小拟南芥的10条染色体上。基于系统发育分析和多重序列比对,将这些基因分为5个亚族:A亚族(5个)、B亚族(2个)、C亚族(4个)、D亚族(3个)和E亚族(2个)。分子进化和共线性分析表明小拟南芥中存在7对复制基因,分别是ApMKK1-1/1-2、ApMKK2-1/2-2、ApMKK3-1/3-2、ApMKK4-1/4-2、ApMKK5-1/5-2、ApMKK9-1/9-2和ApMKK10-1/10-2,其中ApMKK1-1/1-2在复制事件之后发生了加速进化。结合ApMKKs启动子区的顺式元件分布和ApMKKs在成熟叶片、茎、花和果实以及盐胁迫下的表达模式,结果发现复制基因的表达具有组织特异性和功能多样性。部分复制基因在组织中的表达模式存在差异,但在盐胁迫下的表达模式却基本相同。本研究结果为解析MKK介导的小拟南芥发育过程和非生物胁迫信号转导通路的复杂机制奠定了基础。 展开更多
关键词 MKK 小拟南芥 基因家族 组织表达 盐胁迫
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小鼠耳芥PEBP基因家族全基因组鉴定及表达分析 被引量:1
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作者 李永光 金玉环 +3 位作者 郭力 艾昊 李瑞宁 黄先忠 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期80-91,I0002-I0004,共15页
PEBP(phosphatidylethanolamine-binding protein)家族包含保守的磷脂酰乙醇胺结合蛋白结构域,其中FT和TFL1蛋白构成植物成花素–反成花素系统调控植物的开花时间和株型结构被广泛关注。小鼠耳芥(Arabidopsis pumila)是早春短命植物,生... PEBP(phosphatidylethanolamine-binding protein)家族包含保守的磷脂酰乙醇胺结合蛋白结构域,其中FT和TFL1蛋白构成植物成花素–反成花素系统调控植物的开花时间和株型结构被广泛关注。小鼠耳芥(Arabidopsis pumila)是早春短命植物,生长在古尔班通古特沙漠南缘荒漠地带,对环境具有较好的适应性。本研究对小鼠耳芥PEBP基因家族进行全基因组鉴定,发现其基因组包含11个PEBP基因(1个MFT、2个FT、2个TSF、2个TFL1、2个CEN和2个BFT),均由4个外显子与3个内含子组成。共线性分析表明,小鼠耳芥与拟南芥(A.thaliana)、琴叶拟南芥(A.lyrata)PEBP基因间存在11对共线性关系,PEBP家族在小鼠耳芥基因组中发生了明显的扩张,并且ApPEBP基因复制类型为全基因组复制/片段复制。组织表达分析发现ApMFT在种子中高表达,ApFT和ApBFT主要在花和果荚中表达,ApTFL1在茎尖中高表达,但ApCEN在根中高表达。进一步分析了6个ApPEBP基因在4种非生物胁迫下的表达特征,发现在10%PEG6000模拟干旱胁迫下,ApPEBP基因整体上调表达,在低温(4℃)胁迫下整体下调表达。在盐胁迫(250 mmol/L NaCl)下,ApFT1/2下调表达,ApTFL1-1/2先下调表达后上调表达,而ApCEN1/2明显上调表达。高温(40℃)胁迫下,ApFT1/2和ApTFL1-1/2显著下调表达,但ApCEN1/2上调表达。综上,ApCEN1/2在盐、干旱和高温胁迫下均显著上调表达。蛋白互作网络分析表明,ApPEBP主要与开花通路中的相关蛋白及核糖体蛋白互作。推测ApPEBP基因在小鼠耳芥响应荒漠逆境调节生长发育、开花转变过程中起着重要的作用。 展开更多
关键词 短命植物 小鼠耳芥 开花转变 PEBP 逆境
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小拟南芥双键还原酶基因OpDBR的克隆及表达分析 被引量:7
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作者 郑丽洁 林军 黄先忠 《石河子大学学报(自然科学版)》 CAS 2016年第2期251-258,共8页
从小拟南芥,又名无苞芥(Olimarabidopsis pumila,异种名Arabidopsis pumila)幼苗叶片c DNA文库中获得1条与拟南芥烯醛双键还原酶基因At DBR1(Gen Bank登录号为NP_197202.2)高度相似的EST序列,该序列包含1个1041 bp的最大开放阅读框(ORF)... 从小拟南芥,又名无苞芥(Olimarabidopsis pumila,异种名Arabidopsis pumila)幼苗叶片c DNA文库中获得1条与拟南芥烯醛双键还原酶基因At DBR1(Gen Bank登录号为NP_197202.2)高度相似的EST序列,该序列包含1个1041 bp的最大开放阅读框(ORF),推测编码346个氨基酸(Gen Bank登录号为KU845686)。利用RT-PCR技术从小拟南芥叶片的c DNA中克隆了该基因,命名为Op DBR。比对分析结果表明,该基因属于中链还原/脱氢酶(medium chain reductase/dehydrogenases,MDR)超级家族,具有double bond reductase-like保守蛋白结构域;该蛋白的二级结构包含106个α-螺旋和48个β-转角。系统进化树分析结果表明,Op DBR编码产物与预测的亚麻芥烯醛双键还原酶(Gen Bank登录号为XP_010492631.1)遗传关系最为接近,属于同一进化分支。实时荧光定量RT-PCR(q RT-PCR)结果显示,Op DBR在小拟南芥的不同组织中都有表达,茎中表达量最高,根中最低。其在200 mmol/L Na Cl、4℃、100μmol/L ABA、20%PEG-6000处理下的表达结果分析显示,该基因可能在小拟南芥应对逆境胁迫时起着重要作用。 展开更多
关键词 小拟南芥 无苞芥 DBR 抗逆 基因表达
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TRV病毒介导的基因沉默体系在新疆陆地棉和亚洲棉中的建立 被引量:3
4
作者 刘慧 于秀立 黄先忠 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2016年第5期485-492,共8页
为研究烟草脆裂病毒(Tobacco rattle virus,TRV)介导的基因沉默(Virus-induced gene silencing,VIGS)技术应用的广谱性,以陆地棉(Gossypium hirsutum)CLA1为标记基因,通过构建基因沉默载体,在新陆早33和亚洲棉(Gossypium arboreum)建立... 为研究烟草脆裂病毒(Tobacco rattle virus,TRV)介导的基因沉默(Virus-induced gene silencing,VIGS)技术应用的广谱性,以陆地棉(Gossypium hirsutum)CLA1为标记基因,通过构建基因沉默载体,在新陆早33和亚洲棉(Gossypium arboreum)建立了TRV-VIGS体系。半定量PCR分析表明,与对照相比,TRV侵染的新陆早33和亚洲棉中CLA1基因的表达均被有效抑制,真叶表现出明显的白化症状。同时在45份新陆中系列棉花材料中重复该体系,并且通过控制培养温度来检验温度对VIGS的影响,结果表明,当昼/夜温度分别为23℃/21℃和32℃/28℃时,不同品种的新陆中系列棉花均可以维持不同程度的白化表型。证明,TRV介导的VIGS可以用于室内研究新陆中系列棉花和亚洲棉基因功能。 展开更多
关键词 GOSSYPIUM arboreum GOSSYPIUM hirsutum 基因沉默 烟草脆裂病毒 TRV-VIGS CLA1
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小拟南芥激素相关基因及GH3.6的克隆与表达 被引量:6
5
作者 黄薇 孙琦 +3 位作者 刘芳 金玉环 罗先梅 黄先忠 《石河子大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2019年第3期323-331,共9页
植物激素是植物体内产生的一些微量的、能调节自身生理过程的有机化合物,生长素是一种重要的植物激素,在植物生长发育的过程中起着重要作用。为了探索激素相关基因在短命植物小拟南芥(Arabidopsis pumila)逆境适应过程中的作用,本研究... 植物激素是植物体内产生的一些微量的、能调节自身生理过程的有机化合物,生长素是一种重要的植物激素,在植物生长发育的过程中起着重要作用。为了探索激素相关基因在短命植物小拟南芥(Arabidopsis pumila)逆境适应过程中的作用,本研究基于小拟南芥响应高盐胁迫叶片转录组数据库,首先筛选出2156个激素相关基因,包括生长素、脱落酸、乙烯、水杨酸、茉莉酸、油菜素内酯、细胞分裂素及赤霉素相关的基因,其中生长素和脱落酸相关基因所占比例最多并且多为上调表达。进一步通过分层聚类(H-Cluster),K均值聚类(K-means Cluster)和密度聚类(SOM Cluster)分析持续上调的基因,发现一个编码吲哚乙酸酰胺合成酶的基因GRETCHEN HAGEN 3.6(GH3.6)在高盐胁迫过程中明显上调表达。采用RT-PCR克隆小拟南芥Ap GH3.6基因,其开放阅读框长为1839 bp,编码612个氨基酸。系统进化分析表明,Ap GH3.6与山"菜(Eutrema salsugineum)GH3.6进化关系最近,属于同一进化分支。转录组数据分析表明在250 m M Na Cl下,Ap GH3.6持续上调表达;实时荧光定量PCR分析表明Ap GH3.6在小拟南芥各个组织中均有表达,但在花中表达量最高;高盐胁迫表达分析表明,随着胁迫时间增加,Ap GH3.6表达量不断升高。为了进一步研究该基因的功能,构建了植物过量表达载体35S∶Ap GH3.6并转化农杆菌GV3101。本研究为深入分析激素相关基因在小拟南芥响应盐胁迫中的功能机制奠定了基础。 展开更多
关键词 小拟南芥 GRETCHEN HAGEN3(GH3) 生长素 基因表达
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亚洲棉bZIP蛋白家族的鉴定及GaFD基因的组织表达分析 被引量:1
6
作者 张彦楠 蔡大润 黄先忠 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期832-843,共12页
碱性亮氨酸拉链(basic leucine zipper,bZIP)是真核生物中数量最多并且最具多样性的转录因子之一,参与植物生长发育及响应生物和非生物胁迫。本研究利用亚洲棉(Gossypium arboreum)全基因组数据库,通过生物信息学分析分布在13条染色体上... 碱性亮氨酸拉链(basic leucine zipper,bZIP)是真核生物中数量最多并且最具多样性的转录因子之一,参与植物生长发育及响应生物和非生物胁迫。本研究利用亚洲棉(Gossypium arboreum)全基因组数据库,通过生物信息学分析分布在13条染色体上的159个bZIP家族基因的全序列。系统进化、基因结构和保守基序分析表明这些基因分成13个亚家族。其中,A亚家族有3个GaFD基因GaFD1、GaFD2和GaFD3,通过实时荧光定量PCR分析3个GaFD基因在不同组织中的表达,结果表明GaFD1和GaFD2在SAM中的表达量最高,GaFD3在茎中表达量最高。研究表明棉花基因组中具有数量众多的bZIP家族成员,不同基因结构及FD基因不同的表达特征表明bZIP基因在棉花生长发育中可能具有不同的功能,这些结果为进一步解析棉花bZIP家族基因的功能和作用机理积累了有价值的资料。 展开更多
关键词 碱性亮氨酸拉链 亚洲棉 FD 进化分析 基因表达
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陆地棉GhBFT1基因的克隆、表达及亚细胞定位分析 被引量:1
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作者 李研 刘慧 黄先忠 《石河子大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2019年第2期183-189,共7页
植物的磷脂酰乙醇胺结合蛋白家族(PEBP)分为3个亚家族,其中BFT属于TFL1亚家族成员,在维持植物分生组织的无限生长方面起着重要作用。棉花是重要的经济作物,但BFT1家族成员目前没有相关的研究报道。本研究克隆GhBFT1基因,开展基因表达、... 植物的磷脂酰乙醇胺结合蛋白家族(PEBP)分为3个亚家族,其中BFT属于TFL1亚家族成员,在维持植物分生组织的无限生长方面起着重要作用。棉花是重要的经济作物,但BFT1家族成员目前没有相关的研究报道。本研究克隆GhBFT1基因,开展基因表达、亚细胞定位分析,初步探索GhBFT1基因在棉花中可能的功能。通过RT-PCR的方法从新陆早33中克隆了一个GhBFT1同源基因,ORF长度为525bp,推测编码174个氨基酸,包含TFL1亚家族蛋白保守氨基酸位点His88/Asp144,同源建模分析表明GhBFT1蛋白三维结构与TFL1家族蛋白的结构非常相似,进化树分析表明GhBFT1基因与番木瓜、榴莲、哥伦比亚锦葵、可可等亲缘关系更为接近。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析表明GhBFT1基因在棉花根、雄蕊、开花当天和开花后1天的胚珠中表达量较高。构建融合表达载体35S∶GhBFT1-GFP,转化至农杆菌GV3101,然后转化本氏烟草叶片中,用激光共聚焦显微镜观察烟草叶表皮细胞,发现细胞质和细胞核中均有强烈的绿色荧光信号,表明GhBFT1是细胞质和细胞核定位的蛋白。本研究对棉花家族基因做了一定的功能探索,为将来深入研究棉花BFT1基因在棉花生长发育和开花转变中的功能奠定基础。 展开更多
关键词 陆地棉 磷脂酰乙醇胺结合蛋白家族 基因表达 蛋白亚细胞定位
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小拟南芥转运蛋白基因及NHX2基因的克隆与表达 被引量:4
8
作者 孙琦 黄薇 +3 位作者 刘芳 金玉环 肖建旺 黄先忠 《石河子大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2019年第2期200-209,共10页
转运蛋白(transport protein)是膜蛋白的一大类,介导生物膜内外的化学物质及信号的交换。植物体内存在多个与Na +转运相关的蛋白,其中液泡膜Na +/H +逆向转运蛋白(Vacuolar Na^+/H^+ antiporter,NHX)在离子稳态和提高植物耐盐性方面发... 转运蛋白(transport protein)是膜蛋白的一大类,介导生物膜内外的化学物质及信号的交换。植物体内存在多个与Na +转运相关的蛋白,其中液泡膜Na +/H +逆向转运蛋白(Vacuolar Na^+/H^+ antiporter,NHX)在离子稳态和提高植物耐盐性方面发挥着重要作用。为了深入了解转运蛋白基因在短命植物小拟南芥( Arabidopsis pumila)耐盐方面的作用,本研究首先基于小拟南芥响应高盐胁迫叶片转录组数据筛选出1157个转运蛋白基因,按功能分为Na^+转运蛋白,K^+转运蛋白,Ca^2+转运蛋白,ABC转运蛋白以及糖转运蛋白等,其中功能注释为Na +转运蛋白的基因有24个。K均值(K-means)聚类分析结果显示,1157个转运蛋白基因分布于20个K subcluster,其中在K6、K9、K15子聚类中的基因数量分布较多,分别为172、193、190个。在分布于K6子聚类的Na^+转运蛋白基因中,有一个编码NHX2蛋白的基因经盐胁迫处理后明显上调表达。采用RT-PCR克隆了ApNHX 2基因, ApNHX2开放阅读框1626 bp,编码541个氨基酸。ApNHX2蛋白是一个典型的跨膜转运蛋白,具有12个跨膜结构区。系统进化分析表明ApNHX2与拟南芥AtNHX2亲缘关系最近。实时荧光定量PCR分析显示,ApNHX 2基因在小拟南芥各组织中均有表达,但在花中表达量最高。为进一步研究该基因的功能,构建了过量表达载体35S∶ApNHX2并转化农杆菌GV3101。本研究为进一步阐述转运蛋白基因在小拟南芥响应盐胁迫中的功能机制奠定了基础。 展开更多
关键词 小拟南芥 NA^+/H^+逆向转运蛋白 基因克隆 组织表达
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基于ISSR标记的新疆伊犁薰衣草品种资源的遗传多样性分析 被引量:8
9
作者 郭丹丽 李敏 +4 位作者 王自健 蒋新明 黄先忠 路喆 王朴 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期716-720,共5页
【目的】揭示不同薰衣草品种的遗传多样性。【方法】利用ISSR分子标记技术对45个薰衣草品种的亲缘关系进行分析。【结果】45份材料DNA共扩增出83条谱带,平均每条引物扩增出9.2条带,多态性为60条带,多态性比例为72.29%。45份薰衣草品种... 【目的】揭示不同薰衣草品种的遗传多样性。【方法】利用ISSR分子标记技术对45个薰衣草品种的亲缘关系进行分析。【结果】45份材料DNA共扩增出83条谱带,平均每条引物扩增出9.2条带,多态性为60条带,多态性比例为72.29%。45份薰衣草品种两两之间的遗传距离值在0.663~0.988。群体的有效等位基因数(Ne)、基因多样度(H)、Shannon信息指数(I)分别为1.399 5、0.240 4和0.364 3。45个薰衣草品种在遗传距离0.72处可分为两类,第Ⅰ类包含44个品种,第Ⅱ类仅有1个品种。【结论】伊犁地区的45个薰衣草品种遗传多样性水平低,亲缘关系较近。 展开更多
关键词 伊犁薰衣草 ISSR标记 聚类分析 遗传多样性分析
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新疆小拟南芥NAC转录因子ApNAC055的克隆及表达分析 被引量:6
10
作者 林军 张亮 黄先忠 《石河子大学学报(自然科学版)》 CAS 2017年第6期747-753,共7页
本研究从新疆特色植物小拟南芥(Arabidopsis pumila)盐胁迫转录组数据结果中,得到1条与拟南芥NAC转录因子ANAC055(Gene Bank登录号为AEE75683.1)序列高度相似的Unigene。根据ORF序列设计引物,利用RT-PCR技术从小拟南芥叶片c DNA中克隆... 本研究从新疆特色植物小拟南芥(Arabidopsis pumila)盐胁迫转录组数据结果中,得到1条与拟南芥NAC转录因子ANAC055(Gene Bank登录号为AEE75683.1)序列高度相似的Unigene。根据ORF序列设计引物,利用RT-PCR技术从小拟南芥叶片c DNA中克隆了该基因的coding sequence(CDS),命名为Ap NAC055。生物信息分析结果表明,Ap NAC055蛋白是1个无跨膜区域的亲水性蛋白,N端具有一段No apical meristem(NAM)保守结构域;该蛋白二级结构包含73个α-螺旋和33个β-转角。系统进化分析结果表明,Ap NAC055与芜菁NAC055进化关系较近,属于同一进化分支。实时荧光定量PCR(q RT-PCR)分析结果显示,Ap NAC055在小拟南芥各组织中均有表达,在叶片和果荚中表达量均较高,尤其在果荚中;盐胁迫处理可明显诱导Ap NAC055的表达。本研究表明,Ap NAC055可能在小拟南芥耐盐中起重要作用。 展开更多
关键词 小拟南芥 无苞芥 NAC转录因子 耐盐 基因表达
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