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基于融合基因作用于横纹肌肉瘤的miRNA-mRNA调控网络的生物信息学分析
被引量：
3
1
作者
赵志娟
孟莲
刘春霞
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第1期154-162,共9页
目的:利用生物信息学方法构建融合基因在横纹肌肉瘤(RMS)发病机制中潜在的miRNA-mRNA调控网络,为研究RMS提供新方向。方法:采用GEO2R分析工具筛选融合基因阳性和阴性RMS组织差异表达基因(DEGs)和差异表达miRNA;预测差异表达miRNA的靶基...
目的:利用生物信息学方法构建融合基因在横纹肌肉瘤(RMS)发病机制中潜在的miRNA-mRNA调控网络,为研究RMS提供新方向。方法:采用GEO2R分析工具筛选融合基因阳性和阴性RMS组织差异表达基因(DEGs)和差异表达miRNA;预测差异表达miRNA的靶基因,重叠DEGs和靶基因筛选出目标基因;采用DAVID数据库对目标基因进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。采用STRING和Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络、筛选Top10核心基因(hub基因)并构建hub基因与miRNA的分子调控网络,通过Kaplan-Meier生存曲线,分析Top10 hub基因与肉瘤患者预后的关系。结果:筛选出891个DEGs(P<0.01,|logFC|≥1)和14个差异表达miRNA(P<0.05,|logFC|≥3),预测出差异表达miRNA的靶基因1654个,将靶基因与DEGs重叠共获得115个目标基因。GO功能富集分析,目标基因主要富集在细胞增殖的正向调节、细胞表面和蛋白结合等生物学过程;KEGG信号通路分析,目标基因主要富集在细胞外基质-受体相互作用和癌症中蛋白聚糖等通路。PPI网络中筛出的Top10 hub基因为表皮生长因子受体4(ERBB4)、受体型蛋白质酪氨酸磷酸酶D(PTPRD)、胰岛素受体底物1(IRS1)、整合素金属蛋白酶10(ADAM10)、Yes相关蛋白1(yes YAP1)、转录因子AP-2A(TFAP2A)、细胞黏附分子1(CADM1)、ELAV类似RNA结合蛋白2(ELAVL2)、锌指转录因子1(SNAI1)和ERBB受体反馈抑制剂1(ERRFI1)。生存分析,肉瘤组织中PTPRD(HR=1.79,P=0.005)、ADAM10(HR=1.94,P=0.010)、ELAVL2(HR=1.56,P=0.031)和ERRFI1(HR=2.05,P=0.005)表达水平升高与肉瘤患者的不良预后有关。结论:本研究筛选出参与RMS发病机制的hub基因和对应的miRNA,构成了miRNA-mRNA网络,为深入研究融合基因与RMS的关系提供了理论依据。
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关键词
横纹肌肉瘤
融合基因
生物信息学
miRNA-mRNA调控网络
差异表达基因
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职称材料
维吾尔族女性乳腺增生性病变与癌变组织中Notch1基因甲基化的差异比较
被引量：
1
2
作者
李威
张娜
+4 位作者
王留花
陈晓文
梁伟华
孙振柱
曹玉文
《临床与实验病理学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第3期253-257,共5页
目的比较维吾尔族女性乳腺导管增生性病变和导管癌变组织中Notch1基因甲基化的差异情况。方法应用MALDITOF MS定位和定量检测Notch1基因在维吾尔族乳腺普通型导管增生(usual ductal hyperplasia,UDH)、非典型性导管增生(atypical ductal...
目的比较维吾尔族女性乳腺导管增生性病变和导管癌变组织中Notch1基因甲基化的差异情况。方法应用MALDITOF MS定位和定量检测Notch1基因在维吾尔族乳腺普通型导管增生(usual ductal hyperplasia,UDH)、非典型性导管增生(atypical ductal hyperplasia,ADH)、导管原位癌(ductal carcinoma in situ,DCIS)、浸润性导管癌(invasive ductal carcinoma,IDC)中甲基化率的变化,分析其与临床病理特征的关系,采用免疫组化法检测Notch1蛋白表达并分析其与甲基化的关系。结果Notch1基因在UDH、ADH、DCIS、IDC的甲基化率逐渐降低(P<0.05),13个Cp G位点中9个位点甲基化率明显下降(P<0.05),其低甲基化率伴随着低分化、淋巴结转移和TNM高分期(P<0.05),Notch1基因低甲基化率与Notch1蛋白表达呈负相关(P<0.05)。结论 Notch1蛋白表达和甲基化率在乳腺导管的不同增生性病变及乳腺癌变组织中存在一定的差异,其生物学意义有待进一步研究。
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关键词
乳腺肿瘤
NOTCH1
甲基化
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职称材料
题名
基于融合基因作用于横纹肌肉瘤的miRNA-mRNA调控网络的生物信息学分析
被引量：
3
1
作者
赵志娟
孟莲
刘春霞
机构
石河子大学医学院病理学系石河子大学医学院第一附属医院病理科
广州医科
大学
附属
第二
医院
病理科
出处
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第1期154-162,共9页
基金
国家自然科学基金项目(81960485,82060487)。
文摘
目的:利用生物信息学方法构建融合基因在横纹肌肉瘤(RMS)发病机制中潜在的miRNA-mRNA调控网络,为研究RMS提供新方向。方法:采用GEO2R分析工具筛选融合基因阳性和阴性RMS组织差异表达基因(DEGs)和差异表达miRNA;预测差异表达miRNA的靶基因,重叠DEGs和靶基因筛选出目标基因;采用DAVID数据库对目标基因进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。采用STRING和Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络、筛选Top10核心基因(hub基因)并构建hub基因与miRNA的分子调控网络,通过Kaplan-Meier生存曲线,分析Top10 hub基因与肉瘤患者预后的关系。结果:筛选出891个DEGs(P<0.01,|logFC|≥1)和14个差异表达miRNA(P<0.05,|logFC|≥3),预测出差异表达miRNA的靶基因1654个,将靶基因与DEGs重叠共获得115个目标基因。GO功能富集分析,目标基因主要富集在细胞增殖的正向调节、细胞表面和蛋白结合等生物学过程;KEGG信号通路分析,目标基因主要富集在细胞外基质-受体相互作用和癌症中蛋白聚糖等通路。PPI网络中筛出的Top10 hub基因为表皮生长因子受体4(ERBB4)、受体型蛋白质酪氨酸磷酸酶D(PTPRD)、胰岛素受体底物1(IRS1)、整合素金属蛋白酶10(ADAM10)、Yes相关蛋白1(yes YAP1)、转录因子AP-2A(TFAP2A)、细胞黏附分子1(CADM1)、ELAV类似RNA结合蛋白2(ELAVL2)、锌指转录因子1(SNAI1)和ERBB受体反馈抑制剂1(ERRFI1)。生存分析,肉瘤组织中PTPRD(HR=1.79,P=0.005)、ADAM10(HR=1.94,P=0.010)、ELAVL2(HR=1.56,P=0.031)和ERRFI1(HR=2.05,P=0.005)表达水平升高与肉瘤患者的不良预后有关。结论:本研究筛选出参与RMS发病机制的hub基因和对应的miRNA,构成了miRNA-mRNA网络,为深入研究融合基因与RMS的关系提供了理论依据。
关键词
横纹肌肉瘤
融合基因
生物信息学
miRNA-mRNA调控网络
差异表达基因
Keywords
Rhabdomyosarcoma
Fusion gene
Bioinformatics
MiRNA-mRNA regulatory network
Differentially expressed genes
分类号
R738.6 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
维吾尔族女性乳腺增生性病变与癌变组织中Notch1基因甲基化的差异比较
被引量：
1
2
作者
李威
张娜
王留花
陈晓文
梁伟华
孙振柱
曹玉文
机构
石河子大学
医学院
病理学
系
/
石河子大学
医学院
第一
附属
医院
病理科
湖北省襄阳市中心
医院
病理科
新疆自治区人民
医院
病理科
出处
《临床与实验病理学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第3期253-257,共5页
基金
国家自然科学基金(81560433)
新疆维吾尔自治区研究生科研创新项目(XJGRI2017032)
文摘
目的比较维吾尔族女性乳腺导管增生性病变和导管癌变组织中Notch1基因甲基化的差异情况。方法应用MALDITOF MS定位和定量检测Notch1基因在维吾尔族乳腺普通型导管增生(usual ductal hyperplasia,UDH)、非典型性导管增生(atypical ductal hyperplasia,ADH)、导管原位癌(ductal carcinoma in situ,DCIS)、浸润性导管癌(invasive ductal carcinoma,IDC)中甲基化率的变化,分析其与临床病理特征的关系,采用免疫组化法检测Notch1蛋白表达并分析其与甲基化的关系。结果Notch1基因在UDH、ADH、DCIS、IDC的甲基化率逐渐降低(P<0.05),13个Cp G位点中9个位点甲基化率明显下降(P<0.05),其低甲基化率伴随着低分化、淋巴结转移和TNM高分期(P<0.05),Notch1基因低甲基化率与Notch1蛋白表达呈负相关(P<0.05)。结论 Notch1蛋白表达和甲基化率在乳腺导管的不同增生性病变及乳腺癌变组织中存在一定的差异,其生物学意义有待进一步研究。
关键词
乳腺肿瘤
NOTCH1
甲基化
Keywords
breast neoplasm
Notchl
methylation
分类号
R737.9 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于融合基因作用于横纹肌肉瘤的miRNA-mRNA调控网络的生物信息学分析
赵志娟
孟莲
刘春霞
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022
3
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
维吾尔族女性乳腺增生性病变与癌变组织中Notch1基因甲基化的差异比较
李威
张娜
王留花
陈晓文
梁伟华
孙振柱
曹玉文
《临床与实验病理学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2018
1
在线阅读
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职称材料
已选择
0
条
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参考文献
引证文献
统计分析
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