LRRC15影响A549细胞自噬的作用研究 被引量：1

1

作者 王棋文 贾燕玲 +1 位作者 李盼 余国营 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期398-407,共10页

特发性肺纤维化(idiopathic pulmonary fibrosis,IPF)是一种致病原因不明、进行性、慢性不可逆的间质性肺疾病。为探讨富含亮氨酸重复蛋白15(leucine-rich repeat-containing protein 15,LRRC15)在IPF的作用及调节机制,本研究构建了博... 特发性肺纤维化(idiopathic pulmonary fibrosis,IPF)是一种致病原因不明、进行性、慢性不可逆的间质性肺疾病。为探讨富含亮氨酸重复蛋白15(leucine-rich repeat-containing protein 15,LRRC15)在IPF的作用及调节机制,本研究构建了博来霉素(bleomycin,BLM)诱导的小鼠肺纤维化和A549细胞损伤模型,检测了LRRC15的表达变化。转染siLRRC15后分别采用MTT、GFP-RFP-LC3双荧光标记系统和免疫印迹等方法检测了细胞活性和自噬的变化。结果表明:BLM处理后,小鼠肺组织和A549细胞中LRRC15表达显著上调;将设计和合成的siLRRC15转入A549细胞,LRRC15的表达极显著降低,可以部分恢复BLM引起的细胞损伤;BLM处理A549细胞后,LC3-Ⅱ和P62蛋白呈现上升的趋势;GFP-RFP-LC3双荧光标记检测发现,BLM处理后自噬体数量明显增多;进一步用siLRRC15处理A549细胞后发现,自噬关键蛋白LC3-Ⅱ、ATG5、ATG7的表达增加,P62蛋白表达下调,自噬流的强度增加。以上研究结果说明LRRC15是IPF中上皮细胞损伤的指示剂,可能通过调节自噬参与纤维化过程中的调节,本研究为进一步阐明IPF的机制提供了必要的理论依据。 展开更多

关键词 LRRC15 特发性肺纤维化 博来霉素 A549细胞 自噬

在线阅读 下载PDF 职称材料

肝再生细胞周期中增殖启动及其调控研究

2

作者 刘晓萌 李玉昌 徐存拴 《河南师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 2004年第4期92-95,共4页

肝再生细胞周期中增殖启动及其调控是一个研究热点,到底是何种因素及其涉及到的信号传导途径诱导了Go期肝细胞的启动仍然是一个谜.本文主要以JNK、TNF-α、IL-6、一氧化氮等因子及其可能参与的调控途径综述了肝再生启动的一些最新研究进展.

关键词 肝再生 增殖启动 TNF—α IL-6 细胞周期

在线阅读 下载PDF 职称材料

花旗松素、槲皮素对LPS诱导流产小鼠子宫巨噬细胞的抑制作用 被引量：6

3

作者 贾永芳 吴雷振 +3 位作者 张瑞平 王丽霞 刘亚洁 张顺利 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第7期723-727,共5页

目的:探讨花旗松素和槲皮素对细菌脂多糖(LPS)诱导流产小鼠子宫巨噬细胞的免疫抑制作用。方法:昆明种正常孕鼠90只,随机分为对照组(A组);实验组均于孕6天尾静脉注射LPS 0.2 ml诱导流产小鼠,并分为LPS处理组(B组),低浓度花旗松素及LPS双... 目的:探讨花旗松素和槲皮素对细菌脂多糖(LPS)诱导流产小鼠子宫巨噬细胞的免疫抑制作用。方法:昆明种正常孕鼠90只,随机分为对照组(A组);实验组均于孕6天尾静脉注射LPS 0.2 ml诱导流产小鼠,并分为LPS处理组(B组),低浓度花旗松素及LPS双处理组(C1组)、高浓度花旗松素及LPS双处理组(C2组)、低浓度槲皮素及LPS双处理组(D1组),高浓度槲皮素及LPS双处理组(D2组),每组15只。用酶组织化学、免疫组化和ELISA方法检测孕9天子宫角组织非特异性酯酶阳性(α-NAE+)巨噬细胞,CD14+巨噬细胞和TNF-α含量。结果:B组小鼠流产率为100%,胚胎吸收率为100%(P<0.01);灌胃花旗松素和槲皮素可以显著抑制流产模型小鼠的流产率和胚胎吸收率(P<0.01)。B组孕鼠子宫内膜和肌层α-NAE+,CD14+巨噬细胞数量和阳性面积与A组相比均显著增多(P<0.01);各双处理组与B组相比,子宫内膜和肌层α-NAE+巨噬细胞和CD14+巨噬细胞数目和阳性面积显著减少(P<0.01)。B组孕鼠子宫TNF-α含量与A组相比显著增加(P<0.05),而双处理组接近正常水平。结论:通过抑制子宫巨噬细胞的数量、分布、活性和TNF-α分泌量,可能是花旗松素和槲皮素对抗LPS诱导小鼠流产的机理之一。 展开更多

关键词 花旗松素 槲皮素 巨噬细胞 α-NAE CD14 TNF-α 流产 小鼠

在线阅读 下载PDF 职称材料

水红花子对LPS诱导流产小鼠子宫巨噬细胞的抑制效应及其保胎作用 被引量：7

4

作者 钱志英 刘亚洁 +2 位作者 崔艳品 谢李宁 张顺利 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期763-767,共5页

目的:探讨水红花子对细菌脂多糖(LPS)诱导流产小鼠的免疫抑制及其保胎作用。方法:昆明种小鼠55只,随机分为对照组(A组,10只)和实验组。实验组又分为细菌脂多糖(LPS)处理组(B组),水红花子处理组(C组),水红花子及LPS双处理组(D组),每组各1... 目的:探讨水红花子对细菌脂多糖(LPS)诱导流产小鼠的免疫抑制及其保胎作用。方法:昆明种小鼠55只,随机分为对照组(A组,10只)和实验组。实验组又分为细菌脂多糖(LPS)处理组(B组),水红花子处理组(C组),水红花子及LPS双处理组(D组),每组各15只。观察妊娠结果,用酶组织化学、免疫组化和ELISA方法分别检测非特异性酯酶阳性(α-NAE+)、CD14+和CD204+巨噬细胞、TNF-α的变化。结果:B组小鼠流产率和胚胎吸收率均为100%(P<0.01);而D组流产率降低为13.33%,胚胎吸收率降至10.39%。与A组相比,在B组,α-NAE+、CD14+巨噬细胞数量和阳性面积,以及TNF-α含量均显著增加;在D组,环肌外侧极显著增多(P<0.01),但环肌内侧、功能层均接近正常水平。与A、B组相比,C、D组CD204+巨噬细胞数量和阳性面积均显著增多。结论:通过调节子宫巨噬细胞的表型、活性和TNF-α的分泌,可能是水红花子对抗LPS所致流产效应的机制之一。 展开更多

关键词 水红花子 巨噬细胞 CD14+ CD204+ TNF-α 流产 小鼠

在线阅读 下载PDF 职称材料

镉诱导细胞自噬的研究进展 被引量：4

5

作者 王棋文 宋德荣 +4 位作者 刘其昌 周大荣 彭华 张琼娣 罗耀 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期56-61,共6页

镉是一种有毒的重金属,其对环境和人类的健康造成巨大危害。越来越多的证据表明镉对多个器官和系统造成损害,甚至引起癌变和肿瘤。自噬是进化上保守的,利用溶酶体途径降解细胞内蛋白质和细胞器的过程。一方面,自噬通过清除受损的细胞器... 镉是一种有毒的重金属,其对环境和人类的健康造成巨大危害。越来越多的证据表明镉对多个器官和系统造成损害,甚至引起癌变和肿瘤。自噬是进化上保守的,利用溶酶体途径降解细胞内蛋白质和细胞器的过程。一方面,自噬通过清除受损的细胞器保护细胞免受镉损伤;而当细胞受到的损伤不可逆时,自噬作为一种死亡机制导致细胞死亡。自噬在镉引起的细胞损伤中的作用目前仍有争议,可能是镉的剂量和暴露时间的不同造成了自噬在损伤中的作用不同。目前对自噬在其中的作用机理研究,主要集中在m TOR,Ca2+,Beclin-1等信号分子。对镉与自噬分子机理的研究,可以为治疗和预防镉中毒提供新思路。综述了自噬在镉致细胞毒性中的作用,以及镉诱导细胞自噬的信号调节通路。 展开更多

关键词 镉 自噬 生存 死亡 信号通路

在线阅读 下载PDF 职称材料

大鼠再生肝细胞的分离和培养

6

作者 杨军英 刘芳 +1 位作者 李涛 刘慧兵 《四川动物》 CSCD 北大核心 2014年第3期440-444,共5页

建立大鼠2/3肝切除模型,分别于术后恢复0 h、6 h、12 h、24 h、48 h、72 h、120 h、168 h等时间点,采用原位胶原酶消化和密度梯度离心法分离、纯化再生肝细胞,获得的再生肝细胞活性95%以上,纯度96%以上。用DMEM培养液添加其他物质后培... 建立大鼠2/3肝切除模型,分别于术后恢复0 h、6 h、12 h、24 h、48 h、72 h、120 h、168 h等时间点,采用原位胶原酶消化和密度梯度离心法分离、纯化再生肝细胞,获得的再生肝细胞活性95%以上,纯度96%以上。用DMEM培养液添加其他物质后培养再生肝细胞,在培养的96 h内,肝细胞生长状态良好,具有分泌白蛋白和合成尿素的功能。细胞的DNA合成主要在培养24 h以后,72 h时达到高峰。 展开更多

关键词 大鼠 再生肝细胞 细胞培养 白蛋白 尿素 DNA合成

在线阅读 下载PDF 职称材料

Na5SeV5O18·3H2O对K562细胞线粒体凋亡和NF-κB／IκBα信号转导途径的影响

7

作者 杨军英 徐存拴 王子仁 《河南师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期96-98,共3页

通过MTT比色法和Westernblot法检测NasSeV5O18·3H2O的抗肿瘤活性及作用机理．结果表明，Na5seV5O18·3H2O（0．625-20mg·L^-1）能抑制K562细胞增殖（P〈0．05）；药物处理K562细胞24h，可使胞浆细胞色素C，IκBα含量明... 通过MTT比色法和Westernblot法检测NasSeV5O18·3H2O的抗肿瘤活性及作用机理．结果表明，Na5seV5O18·3H2O（0．625-20mg·L^-1）能抑制K562细胞增殖（P〈0．05）；药物处理K562细胞24h，可使胞浆细胞色素C，IκBα含量明显增多，核内NF-κB含量减少．结果提示Na5SeV5O36·3H2O能体外抑制K562细胞增殖，其机理可能与线粒体凋亡和NF-κB／IκBα信号转导有关． 展开更多

关键词 Na5SeV5O18·3H2O MTT比色法 细胞色素C IΚBΑ NF—κB

在线阅读 下载PDF 职称材料

红藤对LPS诱导流产小鼠的保胎作用及子宫巨噬细胞的影响 被引量：8

8

作者 王卫华 闫坤 +3 位作者 王丽霞 吴雷振 张瑞平 张顺利 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期325-329,共5页

目的:探讨红藤对细菌脂多糖(LPS)诱导流产小鼠的保护作用及其免疫药理机制。方法:昆明种小鼠55只,随机分为对照组(A组,10只)和实验组。实验组又分为LPS处理组(B组)、红藤处理组(C组)、红藤及LPS双处理组(D组),每组各15只。观察妊娠结果... 目的:探讨红藤对细菌脂多糖(LPS)诱导流产小鼠的保护作用及其免疫药理机制。方法:昆明种小鼠55只,随机分为对照组(A组,10只)和实验组。实验组又分为LPS处理组(B组)、红藤处理组(C组)、红藤及LPS双处理组(D组),每组各15只。观察妊娠结果,并用酶组织化学、免疫组化、ELISA方法检测子宫非特异性酯酶阳性(α-NAE+)、CD14+、CD204+巨噬细胞和TNF-α的变化。结果:小鼠流产率在B组为100%(P<0.01),胚胎吸收率为100%(P<0.01);而D组流产率降低为13.33%,胚胎吸收率降至12.56%;孕鼠子宫α-NAE+、CD14+巨噬细胞数量,B组子宫各部位与A组相比均显著增多(P<0.01);D组环肌外侧与A组相比显著增多(P<0.01),但环肌内侧、功能层无明显变化,C、D组CD204+巨噬细胞数量与A组、B组相比均显著增多(P<0.01);子宫TNF-α含量B组与A组相比显著增加(P<0.01),而D组接近正常水平。结论:红藤可以对抗LPS所致的小鼠流产,通过影响孕鼠子宫巨噬细胞的数量、分布和亚群,抑制TNF-α的分泌,是其保护胚胎正常发育的机理之一。 展开更多

关键词 红藤 巨噬细胞 CD14 CD204 TNF-Α 流产 小鼠

在线阅读 下载PDF 职称材料

MCP-1对LPS致炎小鼠子宫巨噬细胞迁移和功能活性的调节 被引量：3

9

作者 丁慧芳 张玉玲 +3 位作者 卢浩 张瑞平 钱志英 张顺利 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期507-510,共4页

目的:探讨LPS诱导的炎症小鼠子宫巨噬细胞迁移和功能活性的调节因素。方法:将150只雌性昆明种小鼠随机分为对照组(A组)、LPS模型组(B组)、MCP-1阻断组(C组),于末次注射后的1、3、6、12、24 h取子宫。运用免疫组织化学方法检测CD14^+巨... 目的:探讨LPS诱导的炎症小鼠子宫巨噬细胞迁移和功能活性的调节因素。方法:将150只雌性昆明种小鼠随机分为对照组(A组)、LPS模型组(B组)、MCP-1阻断组(C组),于末次注射后的1、3、6、12、24 h取子宫。运用免疫组织化学方法检测CD14^+巨噬细胞数量与CD14表达的变化,ELISA方法检测TNF-α、MCP-1的表达量。结果:(1)与A组相比,B组内膜、肌层、外膜的CD14^+巨噬细胞数目及CD14表达量在各时间点均极显著增加(P<0.01),C组内膜和肌层在1、3、6 h时恢复至正常水平;与B组相比,C组外膜在1、3、6 h时以及C组的内膜和肌层在各时间点时CD14^+巨噬细胞数目及CD14表达量均极显著减少(P<0.01)。(2)与A组相比,B组在各时间点以及C组在12、24 h时TNF-α和MCP-1的含量极显著增多(P<0.01);与B组相比,C组各时间点的TNF-α和MCP-1的含量极显著减少(P<0.01)。结论:LPS诱导的小鼠子宫炎症反应中巨噬细胞的迁移及CD14、TNF-α等关键分子的表达均受MCP-1的调节。 展开更多

关键词 MCP-1 LPS 巨噬细胞 CD14 TNF-α 子宫 小鼠

在线阅读 下载PDF 职称材料

CBL模式下免疫组化技术在生物教学中的应用 被引量：3

10

作者 王棋文 谷宁宁 +2 位作者 郭学强 靳伟 徐存拴 《实验技术与管理》 CAS 北大核心 2016年第4期55-56,共2页

免疫组化是生命科学研究中常用的一种实验技术。基于CBL(以案例为基础的学习)模式设计了"再生肝组织免疫组化"实验并引入细胞生物学实验教学,增强了学生对于免疫组化技术的认知和理论课知识的掌握程度。结果证实,该模式提高... 免疫组化是生命科学研究中常用的一种实验技术。基于CBL(以案例为基础的学习)模式设计了"再生肝组织免疫组化"实验并引入细胞生物学实验教学,增强了学生对于免疫组化技术的认知和理论课知识的掌握程度。结果证实,该模式提高了学生的学习兴趣和教学质量,值得在细胞生物学实验教学中进行推广。 展开更多

关键词 免疫组织化学 案例教学 教学改革

在线阅读 下载PDF 职称材料

自噬在肝再生中的作用 被引量：3

11

作者 王棋文 常翠芳 +2 位作者 谷宁宁 潘翠云 徐存拴 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期1116-1124,共9页

自噬是存在于真核细胞内的一种溶酶体依赖性的降解途径,在肝脏生理和病理过程中发挥着重要作用。肝脏具有强大的再生能力,在受到急、慢性损伤时,残肝细胞将会被激活进入细胞周期进行细胞增殖,以补偿丢失的肝组织和恢复肝功能。文章阐述... 自噬是存在于真核细胞内的一种溶酶体依赖性的降解途径,在肝脏生理和病理过程中发挥着重要作用。肝脏具有强大的再生能力,在受到急、慢性损伤时,残肝细胞将会被激活进入细胞周期进行细胞增殖,以补偿丢失的肝组织和恢复肝功能。文章阐述了各种类型损伤之后的肝再生与自噬的关系。在物理性、酒精、食源性等因素引起的肝损伤中,肝脏通过启动自噬来促进肝再生;在化学性损伤的肝再生模型中,自噬在其中的作用仍然有争议;在病毒感染之后的肝再生中,一些嗜肝病毒(如丙肝病毒和乙肝病毒等)反而利用自噬来促进病毒颗粒复制,抑制肝再生。对自噬和肝再生机制的研究,将有助于进一步阐明再生过程,为治疗肝脏疾病提供新方法。 展开更多

关键词 肝再生 自噬 肝脏功能 肝损伤

在线阅读 下载PDF 职称材料

东方蝾螈性二型性特征分析 被引量：1

12

作者 谢朝晖 王晓涛 +4 位作者 陈兰英 李鑫 唐超 刘芳 杨军英 《四川动物》 CSCD 北大核心 2011年第5期772-776,共5页

以东方蝾螈大别山种群为实验材料,随机选取162只蝾螈(雄52只,雌110只),通过单变量、双变量、多变量分析的方法,进行11项体征的测量分析。结果表明,头体长是本研究的最适单变量,且头体长与腋胯距之间的相关性最高;PC1在雄性和雌性中均与... 以东方蝾螈大别山种群为实验材料,随机选取162只蝾螈(雄52只,雌110只),通过单变量、双变量、多变量分析的方法,进行11项体征的测量分析。结果表明,头体长是本研究的最适单变量,且头体长与腋胯距之间的相关性最高;PC1在雄性和雌性中均与头体长密切相关,且大多数体征与头体长进行比例分析均显示出异速生长关系,东方蝾螈性二型性普遍存在。本研究中11项体征呈现符合Rensch法则的雌性依赖性二型性演化特征,这种性二型性特征可能是一系列复杂的非对称性选择的结果。 展开更多

关键词 东方蝾螈 性二型性 异速生长 Rensch法则

在线阅读 下载PDF 职称材料

哺乳动物脂蛋白脂肪酶基因的进化研究 被引量：2

13

作者 杨献光 刘奕 徐存拴 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期139-142,148,共5页

脂蛋白脂肪酶(LPL)是脂肪细胞、心肌细胞、骨骼肌细胞、乳腺细胞以及巨噬细胞等实质细胞合成和分泌的一种糖蛋白,其生理功能为促进乳糜微粒和极低密度脂蛋白中甘油三脂(TG)的分解,此外,lpl基因的异常可导致血TG水平的升高和高密度脂蛋... 脂蛋白脂肪酶(LPL)是脂肪细胞、心肌细胞、骨骼肌细胞、乳腺细胞以及巨噬细胞等实质细胞合成和分泌的一种糖蛋白,其生理功能为促进乳糜微粒和极低密度脂蛋白中甘油三脂(TG)的分解,此外,lpl基因的异常可导致血TG水平的升高和高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)水平的降低,导致冠状动脉粥样硬化等疾病的形成和发展。采用生物信息学手段来分析在不同哺乳动物中lpl基因的长度多态性、终止密码子多态性、ORF多态性以及氨基酸序列的同源性,建立不同哺乳动物lpl基因上的进化关系图谱,为了解哺乳动物脂蛋白脂肪酶基因的演化关系,研究该基因的作用机理提供资料。 展开更多

关键词 脂蛋白脂肪酶基因 序列 多态性 系统进化

在线阅读 下载PDF 职称材料

黄藤合剂的急性毒性和药效学研究 被引量：1

14

作者 范念斯 杨军英 赵青青 《郑州大学学报（理学版）》 CAS 北大核心 2011年第3期121-124,共4页

用热板法和扭体法研究黄藤合剂镇痛效果,测定毛细血管通透性和炎症组织PGE2含量以研究其抗炎活性及机理.小鼠灌胃给予黄藤合剂最大给药量76.8 g/kg后,7天内未见明显异常变化.黄藤合剂8mg/kg即能明显提高小鼠对热刺激的痛阈值,减少醋酸... 用热板法和扭体法研究黄藤合剂镇痛效果,测定毛细血管通透性和炎症组织PGE2含量以研究其抗炎活性及机理.小鼠灌胃给予黄藤合剂最大给药量76.8 g/kg后,7天内未见明显异常变化.黄藤合剂8mg/kg即能明显提高小鼠对热刺激的痛阈值,减少醋酸引起的扭体次数,降低毛细血管通透性,减少炎症组织PGE2的含量.16 g/kg,还能推迟疼痛反应出现的时间,延长潜伏期.黄藤合剂具有镇痛抗炎作用,最大给药量为76.8 g/kg,其作用机理可能与减少PGE2含量有关. 展开更多

关键词 黄藤合剂 镇痛 抗炎

在线阅读 下载PDF 职称材料

CBL模式在生物教学中的应用--以“屠呦呦获诺贝尔奖”为例 被引量：1

15

作者 王棋文 高航 徐存拴 《安徽农业科学》 CAS 2017年第1期249-250,共2页

为了进一步提高教学质量,设计了一堂青蒿素及其衍生物的研究进展课,探索以案例为基础的学习(CBL)模式下学生对理论知识的掌握程度,以期为河南师范大学生命科学学院生物学教学提供参考。结果证实:该教学模式达到了激发学生兴趣和提高教... 为了进一步提高教学质量,设计了一堂青蒿素及其衍生物的研究进展课,探索以案例为基础的学习(CBL)模式下学生对理论知识的掌握程度,以期为河南师范大学生命科学学院生物学教学提供参考。结果证实:该教学模式达到了激发学生兴趣和提高教学质量的效果。 展开更多

关键词 以案例为基础的学习 青蒿素 生物学教学 教学改革

在线阅读 下载PDF 职称材料

乙二醇对体内外源基因表达的作用研究

16

作者 王棋文 李盼 +1 位作者 潘翠云 韩芬霞 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期64-68,共5页

探索在液压转基因中乙二醇对小鼠肝脏外源基因表达的影响。以小鼠液压转基因的条件从小鼠尾静脉注射含不同浓度乙二醇的pEGFP-C1质粒溶液,分别在尾静脉注射后24 h、48 h和72 h取小鼠肝脏右叶制冷冻切片,在波长488 nm的荧光显微镜下观察... 探索在液压转基因中乙二醇对小鼠肝脏外源基因表达的影响。以小鼠液压转基因的条件从小鼠尾静脉注射含不同浓度乙二醇的pEGFP-C1质粒溶液,分别在尾静脉注射后24 h、48 h和72 h取小鼠肝脏右叶制冷冻切片,在波长488 nm的荧光显微镜下观察,统计绿色荧光蛋白表达率;同时进行苏木素染色,进行小鼠肝脏形态结构观察。结果显示,乙二醇浓度在0.05 mol/L-0.5mol/L范围内,转基因后24 h时随着乙二醇浓度升高,绿色荧光蛋白阳性细胞率呈降低趋势;72 h时绿色荧光蛋白阳性细胞率随着乙二醇浓度升高而升高,且在72 h乙二醇浓度为0.5 mol/L时阳性细胞率较高。乙二醇在液压转基因中能调节外源基因的表达,使表达高峰向后推移。 展开更多

关键词 小鼠 液压转基因 PEGFP-C1 乙二醇

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于近邻传播的时间序列基因表达谱聚类算法

17

作者 周运 徐久成 徐存拴 《河南师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2015年第6期134-140,共7页

聚类是识别基因表达数据蕴含的关键基因调控模块的一种有效方法,基因表达谱的相似性度量是聚类的关键问题.然而,一般的相似性度量方法不能刻画时间序列基因表达谱数据所蕴含的时间延迟、反向相关和局部相关等复杂的基因调控关系.针对时... 聚类是识别基因表达数据蕴含的关键基因调控模块的一种有效方法,基因表达谱的相似性度量是聚类的关键问题.然而,一般的相似性度量方法不能刻画时间序列基因表达谱数据所蕴含的时间延迟、反向相关和局部相关等复杂的基因调控关系.针对时间序列基因表达谱数据,提出一种基于近邻传播和动态规划的相似性度量方法和聚类算法.在大鼠再生肝细胞基因表达谱数据集上的聚类结果与基因功能富集分析结果高度一致,证明算法在时间序列基因表达谱数据聚类上的有效性. 展开更多

关键词 近邻传播 时间序列 反向相关 瞬时相关 基因表达谱

在线阅读 下载PDF 职称材料

不同物种糖原合成酶激酶基因(gsk3)的进化分析

18

作者 杨献光 翟欢欢 徐存拴 《河南师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期111-114,共4页

糖原合成酶激酶(GSK3)是一种广泛存在的丝/苏氨酸蛋白激酶,它涉及许多信号传导通路,在糖尿病等疾病发生中起重要作用.我们从NCBI数据库中搜索出22种物种的gsk3序列,利用DNAstar软件比对gsk3的基因长度、开放阅读框的序列长度、终止密码... 糖原合成酶激酶(GSK3)是一种广泛存在的丝/苏氨酸蛋白激酶,它涉及许多信号传导通路,在糖尿病等疾病发生中起重要作用.我们从NCBI数据库中搜索出22种物种的gsk3序列,利用DNAstar软件比对gsk3的基因长度、开放阅读框的序列长度、终止密码子的多样性和氨基酸序列同源性,并建立各物种之间的系统进化树,从而分析不同物种的gsk3基因在进化过程中的多样性. 展开更多

关键词 糖原合成酶激酶生物信息学系统进化

在线阅读 下载PDF 职称材料

全基因组染色质相互作用Hi-C文库制备的优化及其质量控制 被引量：8

19

作者 张香媛 何超 +6 位作者 叶丙雨 谢德健 师明磊 张彦 沈文龙 李平 赵志虎 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期847-855,共9页

Hi-C(highest-throughput chromosome conformation capture)技术是近年出现的一种研究染色质相互作用的关键技术。该技术步骤多、耗时长,涉及的试剂耗材繁杂,目前常规流程还有较多可以改进优化的步骤。本研究以GM12878细胞为材料,通过... Hi-C(highest-throughput chromosome conformation capture)技术是近年出现的一种研究染色质相互作用的关键技术。该技术步骤多、耗时长,涉及的试剂耗材繁杂,目前常规流程还有较多可以改进优化的步骤。本研究以GM12878细胞为材料,通过优化常规Hi-C实验中的交联、酶切、限制性内切酶的失活、末端生物素标记、原位连接等关键步骤,建立了稳健的Hi-C流程,制备了相应的Hi-C文库。文库经初步的Sanger测序等质量控制以后,两个生物学重复文库进行了高通量测序。测序结果利用生物信息学处理发现:原始测序数据中可比对率和配对率分别达到90%和72%左右。此外,去除自连片段(self-circular ligation)和dangling-ends片段以后,可获得超过96%的有效相互作用对,其中染色体内相互作用数据达到60%。进一步的染色体相互作用热图分析可见清晰拓扑学相关结构域TADs(topologically associated domains),与已发表的文献报道一致。而两次生物学重复之间的相关性分析则表明bin coverage和all bin pairs的相关性都极强。上述结果表明通过对常规Hi-C流程关键步骤的优化,本研究建立了高效、稳健、可靠的Hi-C流程,对Hi-C技术的进一步使用与推广具有重要的参考价值。 展开更多

关键词 Hi-C技术 染色质相互作用 高通量测序

在线阅读 下载PDF 职称材料