目的探讨m^(7)G-lncRNAs能否作为结肠癌患者预后及肿瘤微环境的生物标志物。方法TCGA数据库筛选m^(7)G-lncRNAs(|Pearson R|>0.4,P<0.001),多因素Cox分析构建m^(7)G-lncRNAs风险模型。使用ROC和C-index曲线对风险模型进行验证。...目的探讨m^(7)G-lncRNAs能否作为结肠癌患者预后及肿瘤微环境的生物标志物。方法TCGA数据库筛选m^(7)G-lncRNAs(|Pearson R|>0.4,P<0.001),多因素Cox分析构建m^(7)G-lncRNAs风险模型。使用ROC和C-index曲线对风险模型进行验证。构建诺莫图和诺莫图的校准曲线用于预测结肠癌患者的预后。点柱图和K-M生存曲线评估风险打分对患者临床分期和预后的影响。CIBERSORT和ESTIMATE探究高低风险组患者肿瘤微环境和免疫细胞浸润程度的联系,同时分析风险打分对结肠癌患者微卫星不稳定性,干细胞指数和免疫检查点表达的影响。使用相互作用基因搜索工具(STRING)构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,挖掘m^(7)G-lncRNAs调控的关键靶点。最后,使用蛋白印迹实验在4对结肠癌组织与癌旁正常组织中验证这些关键靶点的表达。结果从TCGA数据库鉴别出1722个m^(7)G-lncRNAs。多因素Cox分析筛选出12个lncRNAs用于构建风险模型,其中AC003101.2、AC005014.2、AC008760.1、AC092944.1、AL1161729.4、AL301422.4、AP001619.1、AP003355.1和ZEB1-AS1为高风险lncRNAs,AC025171.4、AC073957.3及TNFRSF10A-AS1为低风险lncRNAs。ROC曲线显示风险模型对患者1年、3年、5年生存预测的AUC值分别为0.727、0.747、0.794。诺莫图预测患者预后的AUC值为0.794,校准曲线显示诺莫图对患者生存的预测与患者实际的生存基本一致。高风险组患者的T分期(T1~T2 vs T3~T4:P=0.034)、N分期(N0 vs N2:P=7.8e-08;N1 vs N2:P=0.00081)以及M分期(M0 vs M1:P=0.007)均高于低风险组患者。低风险组患者常伴随高微卫星不稳定状态(MSS vs MSI-H:P=0.034)。肿瘤干性指数与风险得分呈负相关(r=-0.19;P=7.3e-05)。高风险组患者基质细胞打分(P=0.0028)以及总打分(P=0.007)明显高于低风险组患者较高,激活的肥大细胞(r=-0.11;P=0.045)和静息CD4^(+)T细胞(r=-0.14;P=0.01)的表达也较低。多数免疫检查点在高风险患者中高表达(P<0.05)。蛋白印迹实验表明m^(7)G-lncRNAs调控的关键靶点ATXN2(P=0.006)and G3BP1(P=0.007)在4对结肠癌组织中表达均高于配对的癌旁正常组织。结论12个m^(7)G-lncRNAs构建的风险模型对结肠癌具有重要的预后价值,同时也能反映结肠癌患者肿瘤微环境及免疫治疗的疗效。展开更多
文摘目的探讨m^(7)G-lncRNAs能否作为结肠癌患者预后及肿瘤微环境的生物标志物。方法TCGA数据库筛选m^(7)G-lncRNAs(|Pearson R|>0.4,P<0.001),多因素Cox分析构建m^(7)G-lncRNAs风险模型。使用ROC和C-index曲线对风险模型进行验证。构建诺莫图和诺莫图的校准曲线用于预测结肠癌患者的预后。点柱图和K-M生存曲线评估风险打分对患者临床分期和预后的影响。CIBERSORT和ESTIMATE探究高低风险组患者肿瘤微环境和免疫细胞浸润程度的联系,同时分析风险打分对结肠癌患者微卫星不稳定性,干细胞指数和免疫检查点表达的影响。使用相互作用基因搜索工具(STRING)构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,挖掘m^(7)G-lncRNAs调控的关键靶点。最后,使用蛋白印迹实验在4对结肠癌组织与癌旁正常组织中验证这些关键靶点的表达。结果从TCGA数据库鉴别出1722个m^(7)G-lncRNAs。多因素Cox分析筛选出12个lncRNAs用于构建风险模型,其中AC003101.2、AC005014.2、AC008760.1、AC092944.1、AL1161729.4、AL301422.4、AP001619.1、AP003355.1和ZEB1-AS1为高风险lncRNAs,AC025171.4、AC073957.3及TNFRSF10A-AS1为低风险lncRNAs。ROC曲线显示风险模型对患者1年、3年、5年生存预测的AUC值分别为0.727、0.747、0.794。诺莫图预测患者预后的AUC值为0.794,校准曲线显示诺莫图对患者生存的预测与患者实际的生存基本一致。高风险组患者的T分期(T1~T2 vs T3~T4:P=0.034)、N分期(N0 vs N2:P=7.8e-08;N1 vs N2:P=0.00081)以及M分期(M0 vs M1:P=0.007)均高于低风险组患者。低风险组患者常伴随高微卫星不稳定状态(MSS vs MSI-H:P=0.034)。肿瘤干性指数与风险得分呈负相关(r=-0.19;P=7.3e-05)。高风险组患者基质细胞打分(P=0.0028)以及总打分(P=0.007)明显高于低风险组患者较高,激活的肥大细胞(r=-0.11;P=0.045)和静息CD4^(+)T细胞(r=-0.14;P=0.01)的表达也较低。多数免疫检查点在高风险患者中高表达(P<0.05)。蛋白印迹实验表明m^(7)G-lncRNAs调控的关键靶点ATXN2(P=0.006)and G3BP1(P=0.007)在4对结肠癌组织中表达均高于配对的癌旁正常组织。结论12个m^(7)G-lncRNAs构建的风险模型对结肠癌具有重要的预后价值,同时也能反映结肠癌患者肿瘤微环境及免疫治疗的疗效。
