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基于基因组标记对绵羊品种分类的机器学习方法研究
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作者 乔利英 王万年 +4 位作者 张莉 庞志旭 张思颖 李一凡 刘文忠 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第5期2157-2167,共11页
旨在评估基于基因组标记的机器学习(machine learning,ML)算法在品种分类中的有效性,检验不同ML算法在绵羊品种分类中的应用效果如何。本研究采用2种方式对10个绵羊品种进行单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点选... 旨在评估基于基因组标记的机器学习(machine learning,ML)算法在品种分类中的有效性,检验不同ML算法在绵羊品种分类中的应用效果如何。本研究采用2种方式对10个绵羊品种进行单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点选择,第一种利用群体间分化指数(fixation index,FST)进行选择,第二种方式是在FST的基础上使用Boruta特征选择算法对SNPs位点进一步筛选。采用K-近邻、支持向量机(support vector machines,SVM)和自适应增强(adaptive boosting,AdaBoost)等8种不同类别的ML算法对绵羊品种进行分类,采用准确性评估不同SNPs选择方式和不同ML算法在品种鉴定中的差异,鉴定绵羊品种分类的最佳组合方式。本研究采用的数据中既有遗传关系较远的品种,也有遗传相似的品种,保证了后续分析的可靠性。根据前1%的筛选标准,FST分析每次筛选出5361个SNPs位点,Boruta算法最终保留(328±11.7)个SNPs位点用于ML品种分类,且在多次迭代后,被标记为“确认”的SNPs位点得分稳定高于阴影特征和被标记的其他两类SNPs位点。Boruta算法保留的SNPs位点数远低于FST分析。在使用ML模型进行品种分类时,大多数模型的准确性均高于0.9。其中,经过Boruta算法选择SNPs位点之后使用SVM模型进行品种分类准确性最高(0.953),AdaBoost表现也同样优秀(0.947),仅使用FST选择SNPs位点之后使用NB模型分类效果最差(0.601)。除NB外,其余模型接收者操作特征曲线下面积均接近于1。无论使用哪种SNPs选择方式均具有较强的区分能力,使用Boruta算法后效果略好。根据上述结果表明,ML方法的实施有效提高了品种分类的准确性,在绵羊品种鉴定中有良好的应用潜力。 展开更多
关键词 机器学习 品种分类 基因组标记 绵羊 准确性
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新农科背景下《普通动物学》课程思政体系构建与教学实践
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作者 刘青 张栩辰 +2 位作者 刘宇 谢佼昕 宋晶 《国外畜牧学(猪与禽)》 2025年第3期90-94,共5页
为全面推进立德树人的根本目标,全面构建思政课程教学体系,本文以高校《普通动物学》课程为例分析其课程特点、存在问题、教学目标,提出深挖教学素材、加强思政内容考核、了解农村经济结构、结合CIPP模型构建完善课程教学体系的研究方... 为全面推进立德树人的根本目标,全面构建思政课程教学体系,本文以高校《普通动物学》课程为例分析其课程特点、存在问题、教学目标,提出深挖教学素材、加强思政内容考核、了解农村经济结构、结合CIPP模型构建完善课程教学体系的研究方法及实例讲解,取得了良好的教学成果。本文进而对教学成果进行总结与分析,旨在为全面推进乡村振兴、全面建设小康社会培养农林类高校的应用型科技人才。 展开更多
关键词 普通动物学 思政元素 课程 知识图谱 教学实践
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微塑料与激素类药物的环境赋存、相互作用及对鱼类生殖和发育的联合毒性效应研究进展
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作者 王贤珍 刘少贞 《生态毒理学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期208-225,共18页
在全球范围内,每年有大量的微塑料(microplastics,MPs)和激素类药物残留(hormone drug residues,HDR)被排放到水体中,对水生生物的生存造成威胁。更严重的是,由于MPs和HDR广泛的存在于水体中,形成复合污染物,加重了对水生生物的负面影... 在全球范围内,每年有大量的微塑料(microplastics,MPs)和激素类药物残留(hormone drug residues,HDR)被排放到水体中,对水生生物的生存造成威胁。更严重的是,由于MPs和HDR广泛的存在于水体中,形成复合污染物,加重了对水生生物的负面影响。鱼类作为生态系统中重要的组成部分,也面临着这些有害物质的威胁,主要体现在影响其生殖和发育。本文系统地分析了MPs和HDR在全球水体的分布状况,并对二者对鱼类生殖和发育联合毒性作用的相关研究进行了综述。此外,本文对目前研究存在的不足进行了论述并提出了相关的研究建议,以期为更好地研究MPs和HDR的环境风险提供参考。 展开更多
关键词 微塑料 激素类药物残留 鱼类 联合毒性 生殖和发育
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急性高温胁迫对乌苏里拟鲿稚鱼组织损伤和细胞凋亡特征的分析
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作者 曹洋 胡如意 +5 位作者 姬诚炜 刘梦珠 赵君 周清波 王伟伟 刘青 《淡水渔业》 2025年第5期94-103,共10页
为探讨急性高温胁迫对乌苏里拟鲿(Pseudobagrus ussuriensis)肝脏和鳃组织细胞凋亡的影响,揭示其潜在的生理机制,本研究设置对照组(22℃)、实验组(34℃急性高温胁迫)及恢复组(在急性高温胁迫24 h后恢复至22℃并持续24 h),在急性高温胁迫... 为探讨急性高温胁迫对乌苏里拟鲿(Pseudobagrus ussuriensis)肝脏和鳃组织细胞凋亡的影响,揭示其潜在的生理机制,本研究设置对照组(22℃)、实验组(34℃急性高温胁迫)及恢复组(在急性高温胁迫24 h后恢复至22℃并持续24 h),在急性高温胁迫下,分别于0、3、6、12、24 h进行采样,通过组织学观察、TUNEL法检测细胞凋亡、细胞凋亡相关酶活性分析及基因表达水平测定,系统评估高温胁迫及恢复过程中乌苏里拟鲿肝脏和鳃组织的生理响应机制。组织学分析显示,高温胁迫导致鳃组织上皮细胞脱落、炎性细胞浸润、鳃小片数量减少及结构损伤,温度恢复后部分病变得以修复,但仍存轻微异常。TUNEL检测显示,高温显著增加了肝脏组织的凋亡率。酶活性分析结果表明,急性高温胁迫显著提高了肝脏和鳃组织中Caspase-3和Caspase-9的酶活性,且在24 h时达到峰值,当温度恢复后,酶活性仍维持在较高水平。基因表达分析显示,肝脏中促凋亡基因TP53、Bax、Caspase-9和Caspase-3的表达呈动态变化,Apaf-1在3 h时达到峰值,而抗凋亡基因Bcl-2在胁迫初期表达下降,12 h后迅速升高并达到峰值;鳃组织中,促凋亡基因TP53、Bax和Caspase-9的表达未出现显著差异,Apaf-1和Caspase-3的表达在3 h时达到峰值,抗凋亡基因Bcl-2在3 h达到峰值,温度恢复后,各基因的表达回归至对照组水平。综上结果表明,34℃急性高温胁迫会造成乌苏里拟鲿组织及细胞器受损,诱导细胞凋亡发生。 展开更多
关键词 乌苏里拟鲿(Pseudobagrus ussuriensis) 急性高温胁迫 细胞凋亡 酶活性 基因表达
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亚硒酸钠对鲫鱼幼鱼生长性能、肌肉营养成分、肝脏抗氧化能力及免疫相关基因表达的影响
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作者 王贤珍 李彤瑶 +1 位作者 杨晶朝 刘少贞 《饲料研究》 2025年第12期73-78,共6页
试验旨在探究饲料中添加亚硒酸钠对鲫鱼生长性能、肌肉营养成分、抗氧化能力及免疫相关基因表达的影响。选择试验室自繁健康2月龄幼鲫210尾,随机分为5组,每组3个重复,每个重复14尾。对照组(Se-0组)饲喂基础饲料,Se-0.25组、Se-0.50组、S... 试验旨在探究饲料中添加亚硒酸钠对鲫鱼生长性能、肌肉营养成分、抗氧化能力及免疫相关基因表达的影响。选择试验室自繁健康2月龄幼鲫210尾,随机分为5组,每组3个重复,每个重复14尾。对照组(Se-0组)饲喂基础饲料,Se-0.25组、Se-0.50组、Se-1.00组和Se-2.00组分别饲喂添加0.25、0.50、1.00和2.00 mg/kg亚硒酸钠的基础饲料。预试期1 w,正式试验期56 d。结果显示,与Se-0组相比,Se-1.00组和Se-2.00组的鲫鱼特定生长率显著降低(P<0.05),肌肉硒含量显著升高(P<0.05)。与Se-0组相比,Se-0.25组和Se-0.50组鲫鱼肝脏超氧化物歧化酶(SOD)、谷丙转氨酶(ALT)、谷草转氨酶(AST)和谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)活性显著升高(P<0.05);Se-1.00组和Se-2.00组鲫鱼肝脏SOD和AST活性显著降低(P<0.05),丙二醛(MDA)含量显著升高(P<0.05);Se-0.50组鲫鱼肝脏MDA含量显著降低(P<0.05)。组织学观察显示,Se-1.00组和Se-2.00组肝脏细胞排布稀松,细胞肿胀现象严重,细胞质内可见大小不一的空泡。与Se-0组相比,Se-1.00组和Se-2.00组鲫鱼肝脏白细胞介素-10(IL-10)和转化生长因子-β1(TGF-β1)的mRNA表达量显著上调(P<0.05);Se-0.50组鲫鱼肝脏IL-10的mRNA表达量显著下调(P<0.05)。研究表明,饲料中添加不同剂量的亚硒酸钠会对鲫鱼生长性能、肌肉硒含量、抗氧化能力、免疫基因表达量和肝脏组织产生不同影响。亚硒酸钠的添加量为0.50 mg/kg时,对鲫鱼生长和发育的促进效果最佳。 展开更多
关键词 亚硒酸钠 鲫鱼 肝脏 氧化还原酶 免疫相关基因
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