假黄单胞菌株J1的筛选及木质纤维素降解基因的生物信息学分析 被引量：11

1

作者 侯丽媛 江经纬 +2 位作者 蒋建东 许志辉 梁志清 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期573-581,共9页

[目的]本研究旨在发掘木质纤维素降解菌种资源,并寻找木质纤维素降解关键酶基因和代谢通路。[方法]以纤维素为唯一碳源,从土壤、腐叶混合物中分离出27株具有纤维素降解能力的细菌。通过测定纤维素酶活力,将降解效果最优菌株进行全基因... [目的]本研究旨在发掘木质纤维素降解菌种资源,并寻找木质纤维素降解关键酶基因和代谢通路。[方法]以纤维素为唯一碳源,从土壤、腐叶混合物中分离出27株具有纤维素降解能力的细菌。通过测定纤维素酶活力,将降解效果最优菌株进行全基因组测序。通过与同属细菌的全基因组序列的比对构建贝叶斯树。[结果]菌株J1内切纤维素酶、滤纸酶和β-葡萄糖苷酶活力峰值分别为0.39、0.18和0.11 IU·m L^(-1),并将菌株J1鉴定为假黄单胞菌(Pseudoxanthomonas sp.)。Clusters of Orthologous Groups(COG)和Carbohydrate-Active Enzyme Database(CAZy)等基因数据库注释结果表明:菌株J1具有木质纤维素降解酶基因。代谢通路预测表明:该菌株具有利用纤维素生成乙醇的代谢通路。[结论]本研究分离筛选到的假黄单胞菌株J1可以作为生物乙醇发酵的候选菌株,同时测序获得的全基因组数据将为假黄单胞菌属降解木质纤维素的途径提供依据。 展开更多

关键词 木质纤维素 假黄单胞菌属 细菌基因组 生物信息学 生物乙醇

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食管鳞状细胞癌基因组芯片生物信息学分析及靶向药物预测

2

作者 李倩 高境泽 +2 位作者 李云 宋堃 沈倩诚 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期194-199,共6页

目的·探究食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)的发生机制及其潜在靶向药物,为诊断和治疗ESCC提供理论依据。方法·选取2个GEO集(GSE38129、GSE20347),用R语言筛选差异表达基因(differentially expressed... 目的·探究食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)的发生机制及其潜在靶向药物,为诊断和治疗ESCC提供理论依据。方法·选取2个GEO集(GSE38129、GSE20347),用R语言筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)并进行GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析。对DEGs行蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析,获得最显著模块基因以及关键基因,并对关键基因磷酸化酶B激酶(phosphorylase B kinase,PBK)做靶向药物预测。结果·2个数据集共包含670条相同的DEGs,其中下调基因342条、上调基因328条。GO和KEGG富集分析结果显示,DEGs主要富集到细胞外结构的组织、细胞外基质的组织、p53信号通路、IL-17信号通路、细胞周期等通路。通过对PPI网络做密集度分析,共筛选出20条关键基因。其中,关键基因PBK与细胞周期相关,在2个数据集中表达量均有上调;通过变构位点探测和化合物库虚拟筛选,预测出了PBK的潜在药物Compound 1。结论·通过生物信息学的方法能够有效分析ESCC的关键基因。关键基因PBK的靶向药物预测结果可能为ESCC的靶向治疗提供一定的参考。 展开更多

关键词 食管鳞状细胞癌 差异表达基因 GO富集分析 KEGG富集分析 蛋白质相互作用网络 靶向药物预测

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生物信息学数据仓库中语义相似性方法的应用与实现 被引量：3

3

作者 张永立 张忠平 +2 位作者 曹顺良 骆建华 李亦学 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2004年第11期160-162,共3页

怎样存储海量的生物数据以及如何使得它们更为方便地被生物学家利用已成为当前生物领域亟待解决的问题。国外曾出现了诸如GenBank,Swiss Prot,KEGG等生物数据库,但是由于它们各自的数据库标准不同,这给生物学家的查询和研究工作带来极... 怎样存储海量的生物数据以及如何使得它们更为方便地被生物学家利用已成为当前生物领域亟待解决的问题。国外曾出现了诸如GenBank,Swiss Prot,KEGG等生物数据库,但是由于它们各自的数据库标准不同,这给生物学家的查询和研究工作带来极大地不便。描述一个基于这些异构数据库的整合的数据仓库系统,并在此基础上开发了一个语义相似性查询工具,实现智能化的多重、复合和交叉检索。 展开更多

关键词 生物信息学 数据仓库 数据库整合 语义相似性

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微生物菌剂对麦冬及其种植土壤的影响

4

作者 张静 刘沁珂 +2 位作者 冯定胜 王瑞 黄春萍 《广西师范大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第5期195-206,共12页

化肥的过量使用会改变土壤的物理性质,破坏土壤结构,再加上连作障碍影响,土壤养分有效性将严重降低。本文以全国最大的麦冬种植基地四川省绵阳市三台县广泛种植的麦冬及其土壤为研究对象,采用第三代高通量测序Illumina MiSeq,探究微生... 化肥的过量使用会改变土壤的物理性质,破坏土壤结构,再加上连作障碍影响,土壤养分有效性将严重降低。本文以全国最大的麦冬种植基地四川省绵阳市三台县广泛种植的麦冬及其土壤为研究对象,采用第三代高通量测序Illumina MiSeq,探究微生物菌剂对麦冬种植土壤理化性质和微生物群落结构的影响。研究结果显示:施用微生物菌剂后,麦冬产量由原来的5344.05±987.00 kg/hm^(2)增长到6501.45±1154.10 kg/hm^(2),增幅达到21.63%(P<0.05)。土壤pH值由6.50±0.24显著提高到6.86±0.11(P<0.05)。同时,土壤有机质、总氮和总磷含量均有不同程度的增加。相关性分析表明,土壤pH值和总氮深刻影响麦冬产量,分别呈显著(P<0.05)和极显著(P<0.01)相关性。菌剂的使用改变了土壤微生态环境,施用菌剂后土壤中细菌酸杆菌门Acidobacteria、绿弯菌门Chloroflexi和厚壁菌门Firmicutes的相对丰度显著提高(P<0.05),真菌担子菌门Basidiomycota相对丰度显著提高(P<0.05);其中,对植物病原菌具有良好抗性的芽孢杆菌属和unclassified_Chaetomiaceae相对丰度也显著增加(P<0.05)。相关性分析表明,麦冬产量与芽孢杆菌属、亚硝化单胞菌属MND1(Nitrosomonadaceae_MND1)、己科河菌属Rokubacteriales、硝化螺旋菌属Nitrospira和unclassified_Chaetomiaceae相对丰度均呈显著正相关性(P<0.05),并与假古尔本基安菌属Pseudogulbenkiania相对丰度呈显著负相关性(P<0.05)。本研究表明,施用微生物菌剂可提高麦冬种植土壤的pH值,缓解酸化,增加土壤总有机质、总氮和总磷含量,改善土壤微生物群落结构。这些结果为微生物菌剂在麦冬生态种植中的应用提供了理论依据。 展开更多

关键词 微生物菌剂 麦冬 产量 土壤微生物 微生态

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改进SHO优化神经网络模型

5

作者 李健 王海瑞 +2 位作者 王增辉 付海涛 于维霖 《吉林大学学报(理学版)》 北大核心 2025年第3期835-844,共10页

针对Googlenet模型识别准确率低、敏感性不佳等问题,提出一个应用改进的海马优化(SASHO)算法超参数优化Googlenet模型.首先,利用Sobel序列和自适应权重算法对海马优化算法进行改进;其次,对比4个基础神经网络选出最适合本文数据集的Googl... 针对Googlenet模型识别准确率低、敏感性不佳等问题,提出一个应用改进的海马优化(SASHO)算法超参数优化Googlenet模型.首先,利用Sobel序列和自适应权重算法对海马优化算法进行改进;其次,对比4个基础神经网络选出最适合本文数据集的Googlenet作为基础识别模型;最后,利用改进后的SASHO算法对Googlenet模型参数进行优化,构建新模型SASHO-Googlenet.为验证SASHO-Googlenet模型的有效性,将SASHO-Googlenet模型与经过其他4个群智能算法优化的模型针对7个指标进行比较.结果表明,SASHO-Googlenet模型准确率达95.36%,敏感性达95.35%,特异性达95.39%,精度达96.47%,召回率达95.35%,f_measure达95.90%,g_mean达95.37%.实验结果表明,SASHO-Googlenet模型综合性能最佳. 展开更多

关键词 人工智能 深度学习 海马优化算法 参数优化

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国际水稻信息系统及其应用 被引量：8

6

作者 王磊 鄂志国 +3 位作者 余汉勇 汤圣祥 Graham C.McLAREN Graham C.McLAREN 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期193-194,共2页

作为提供全球不同作物种质资源、作物改良和评价信息的综合管理系统———国际作物信息系统(InternationalCrop Information System,简称ICIS)的一个重要子系统, IRIS (International Rice Information System,简称IRIS)提供了水稻种质... 作为提供全球不同作物种质资源、作物改良和评价信息的综合管理系统———国际作物信息系统(InternationalCrop Information System,简称ICIS)的一个重要子系统, IRIS (International Rice Information System,简称IRIS)提供了水稻种质系谱、田间试验、分子标记、结构和功能基因组数据以及环境数据。IRIS的数据结构设计使数据库可以储存多语种的信息。目前已有3000多份有中文名称和育种地点等信息的国内品种系谱数据存入中心数据库。用户可以通过单机或因特网(www.iris.irri.org)对数据库进行访问查询。 展开更多

关键词 水稻 作物改良 稻种 品种系谱 种质资源 田间试验 育种 信息系统 国际 国内

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新型冠状病毒基因组的适应性进化研究进展

7

作者 张林 姚卓成 +1 位作者 陆剑 唐小鹿 《遗传》 北大核心 2025年第2期211-227,共17页

由严重急性呼吸综合征冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-Co V-2)引起的2019冠状病毒病(coronavirusdisease2019,COVID-19)大流行给人类生命安全和全球经济造成了巨大冲击。SARS-Co V-2基因组的快速变异... 由严重急性呼吸综合征冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-Co V-2)引起的2019冠状病毒病(coronavirusdisease2019,COVID-19)大流行给人类生命安全和全球经济造成了巨大冲击。SARS-Co V-2基因组的快速变异引起了广泛关注,基因组中几乎每个位点都发生过单核苷酸变异(single nucleotidevariants,SNVs),其中刺突蛋白上的变异在病毒的适应性进化和传播中起着尤为关键的作用。本文综述了SARS-Co V-2及非人类动物中相关冠状病毒的系统发生关系,并深入分析了SARS-Co V-2的谱系划分以及关键氨基酸变异对病毒生物学特性的影响。此外,本文还概述了当前面临的挑战,并展望了深度突变扫描(deep mutational scanning,DMS)结合人工智能方法在预测新冠病毒变异株流行趋势中的广阔应用前景。 展开更多

关键词 新冠病毒 谱系划分 分子进化 适应性变异 流行趋势

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马铃薯川芋50遗传转化及基因编辑体系的建立

8

作者 文博霖 万敏 +8 位作者 胡建军 王克秀 景晟林 王心悦 朱博 唐铭霞 李兵 何卫 曾子贤 《生物技术通报》 北大核心 2025年第4期88-97,共10页

【目的】构建马铃薯川芋50的遗传转化体系和基因编辑体系。【方法】以四川省主导品种川芋50无菌脱毒组培苗茎段和叶片为外植体,用农杆菌介导法将含有植物敲除载体质粒pJCV55-StU6-200-StUBI10-T#01转化马铃薯外植体,分析4种不同植物激... 【目的】构建马铃薯川芋50的遗传转化体系和基因编辑体系。【方法】以四川省主导品种川芋50无菌脱毒组培苗茎段和叶片为外植体,用农杆菌介导法将含有植物敲除载体质粒pJCV55-StU6-200-StUBI10-T#01转化马铃薯外植体,分析4种不同植物激素配比的培养基体系对马铃薯愈伤组织诱导和分化的影响,探究川芋50的基因编辑、阳性植株鉴定方法。【结果】1)最适马铃薯川芋50遗传转化的培养基体系为B体系。茎段和叶片预培养及愈伤组织诱导的培养基配方分别为:MS基础盐+20 g/L蔗糖+1 mL/L 1000×N&N维生素(1000×Nitsch&Nitsch Vitamin Solution,1000×N&N维生素)+1.0 mg/L TZR(trans-zeatin-riboside,TZR)+0.0278 mg/L GA_(3)(gibberellin A_(3),GA_(3))+0.02 mg/L NAA(1-naphthaleneacetic acid,NAA)+2.0 g/L Phytagel和MS基础盐+20 g/L蔗糖+1 mL/L 1000×N&N维生素+0.5 mg/L TZR+2.5 mg/L IAA(indole acetic acid,IAA)+2.0 g/L Phytagel,愈伤诱导率分别为93%和88%。愈伤组织分化的培养基为:MS基础盐+20 g/L蔗糖+1 mL/L 1000×N&N维生素+2.0 mg/L TZR+10 mg/L GA_(3)+2.0 g/L Phytagel;2)证明了二次生根筛选法可准确鉴定马铃薯转基因阳性植株,准确率100%;3)建立了针对川芋50的农杆菌介导CRISPR/Cas9基因编辑体系,编辑率63%。【结论】通过对愈伤再生过程中各个影响因素进行试验以及利用农杆菌介导的CRISPR/Cas9技术进行编辑,建立了马铃薯川芋50的遗传转化体系和基因编辑体系。 展开更多

关键词 马铃薯 川芋50 根癌农杆菌 遗传转化 基因编辑 CRISPR/Cas9

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羟基酪醇的生物学活性及其代谢特征 被引量：8

9

作者 杨子琪 龙建纲 刘健康 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期1189-1193,共5页

羟基酪醇(hydroxytyrosol,HT)是一种天然抗氧化剂,广泛存在于橄榄科橄榄属植物的枝叶及果实中。近年来,国内外大量研究证实羟基酪醇在预防心血管疾病、保护视网膜色素上皮细胞、预防骨质疏松、改善认知能力等方面具有良好的生物学活性,... 羟基酪醇(hydroxytyrosol,HT)是一种天然抗氧化剂,广泛存在于橄榄科橄榄属植物的枝叶及果实中。近年来,国内外大量研究证实羟基酪醇在预防心血管疾病、保护视网膜色素上皮细胞、预防骨质疏松、改善认知能力等方面具有良好的生物学活性,是一种具有广泛应用前景的功能分子。该文就近年来羟基酪醇的生物学活性及体内代谢特征的研究进展进行综述。 展开更多

关键词 羟基酪醇 线粒体营养素 生物学活性 代谢 机制 分布

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S100A7的生物学特性及其与疾病的关系 被引量：1

10

作者 刘烨 孙文艳 +1 位作者 龙建纲 刘健康 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2014年第7期767-771,共5页

S100A7是一种小分子钙结合蛋白,广泛参与到上皮细胞的分化、皮肤化学防御体系的构建、氧化应激和炎症反应的发生等生命过程,其分泌可由物理、化学和生物等多方面因素诱导。S100A7具有多种结合配体,并通过特定的信号通路与活性氧类密切... S100A7是一种小分子钙结合蛋白,广泛参与到上皮细胞的分化、皮肤化学防御体系的构建、氧化应激和炎症反应的发生等生命过程,其分泌可由物理、化学和生物等多方面因素诱导。S100A7具有多种结合配体,并通过特定的信号通路与活性氧类密切相关。作为皮肤的一种重要抗菌肽,S100A7能帮助人体表皮抵御常见致病微生物的侵袭。S100A7也在多种皮肤病中表达上调,是反映皮肤细胞分化程度和炎症状态的关键指标。另外,脑组织神经元中S100A7的高表达可阻止阿尔兹海默症患者脑中淀粉样蛋白的沉积。S100A7在某些肿瘤组织中也呈现高表达,与癌症的发生和恶化密切相关。文中介绍S100A7的生物学特性及功能,总结S100A7在多种疾病中的表达特征和作用机制,为寻找S100A7相关疾病的分子标记物和作用靶点提供新思路。 展开更多

关键词 S100A7 抗菌肽 结合配体 活性氧类 疾病

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基于生物医学大数据寻找不孕症关键致病基因及通路

11

作者 魏佳乐 刘鑫奕 +2 位作者 陆绍永 芦雪峰 张健 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第10期1277-1282,共6页

目的·通过整合不孕症遗传因素大数据,挖掘突变规律及相关致病基因。方法·根据全球蛋白资源数据库(Universal Protein Resource,Uniprot)蛋白类别对搜集的人类不孕症致病基因进行分类,统计分析临床病例中每类基因的突变频数。... 目的·通过整合不孕症遗传因素大数据,挖掘突变规律及相关致病基因。方法·根据全球蛋白资源数据库(Universal Protein Resource,Uniprot)蛋白类别对搜集的人类不孕症致病基因进行分类,统计分析临床病例中每类基因的突变频数。针对功能异常的氧化还原酶这一重要致病因素,进行功能和通路分析,观察通路的相关情况。于小鼠基因数据库(Mouse Genome Informatics,MGI)获取人类类固醇激素生成通路的小鼠同源基因及致病信息,寻找规律并结合基因互作分析评估其中的潜在基因。结果·不孕症致病基因里氧化还原酶类基因突变最常见,可能最易发生突变;其聚集于类固醇激素生成通路,发现潜在相关突变基因,并发现此通路醛酮还原酶家族1成员C3(aldo-keto reductase family 1 member C3,AKR1C3)是其中最可能的人类不孕症的潜在致病基因。结论·主要产生类固醇激素的氧化还原酶类致病基因在不孕症中突变最常见,可能包括AKR1C3。 展开更多

关键词 不孕症 大数据 氧化还原酶 类固醇激素通路 AKR1C3

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猪XCL1蛋白纯化、多克隆抗体的制备及其生物活性鉴定

12

作者 吴耀丽 温俊歌 +1 位作者 孙岩 张德礼 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第12期1335-1338,共4页

目的:纯化获得体外表达猪his-XCL1的重组蛋白,制备多克隆抗体并研究其对淋巴细胞增殖的影响。方法:首先,采用HiTrapTM Chelating HP纯化方法,SDS-PAGE检测重组蛋白纯化情况,Western blot检测重组蛋白表达情况。再免疫动物制备多抗血清,... 目的:纯化获得体外表达猪his-XCL1的重组蛋白,制备多克隆抗体并研究其对淋巴细胞增殖的影响。方法:首先,采用HiTrapTM Chelating HP纯化方法,SDS-PAGE检测重组蛋白纯化情况,Western blot检测重组蛋白表达情况。再免疫动物制备多抗血清,双向琼脂扩散试验、间接ELISA检测多克隆抗体效价,MTT法检测猪XCL1对淋巴细胞增殖的影响。结果:当结合缓冲液的浓度为40 mmol/L,洗脱缓冲液500 mmol/L时,SDS-PAGE电泳可观察到有单一目的条带,Western blot显示重组蛋白成功表达,双向琼脂扩散试验证实抗原抗体的结合比为1∶8,间接ELISA检测到抗体水平达到1∶12 800。重组蛋白XCL1能促进淋巴细胞的增殖,而此实验制备的多克隆抗体可以阻断这种效应。结论:体外表达的重组蛋白具有生物活性,制备的多克隆抗体为研究XCL1在猪体中的功能提供科技资料。 展开更多

关键词 XCL1 纯化蛋白 多克隆抗体 间接ELISA MTT

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SAE1与SAE2蛋白相互作用肽抑制剂的多种体外筛选体系的构建与评价

13

作者 胡晨阳 陆绍永 杨秀岩 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期567-575,共9页

目的·构建用于发现小泛素样修饰蛋白(small ubiquitin-like modifier,SUMO)的活化酶亚基1(SUMO-activating enzyme subunit 1,SAE1)与亚基2(SUMO-activating enzyme subunit 2,SAE2)相互作用的肽抑制剂的多种体外筛选体系,并对不... 目的·构建用于发现小泛素样修饰蛋白(small ubiquitin-like modifier,SUMO)的活化酶亚基1(SUMO-activating enzyme subunit 1,SAE1)与亚基2(SUMO-activating enzyme subunit 2,SAE2)相互作用的肽抑制剂的多种体外筛选体系,并对不同筛选体系的优势与不足进行评价。方法·将编码SAE1和SAE2的目的基因分别插入pET-28a载体以构造原核蛋白表达质粒,在大肠埃希菌中表达并纯化人源SAE1和SAE2蛋白;利用纯化的蛋白先后构建等温滴定量热检测(isothermal titration calorimetry,ITC)实验、荧光偏振(fluorescence polarization,FP)实验、表面等离子共振(surface plasmon resonance,SPR)实验和基于SAE酶活的荧光实验等多种筛选体系。尝试利用不同的筛选体系检测候选多肽的抑制活性,基于检测结果,从灵敏度、稳定性、检测通量和检测成本等维度评价各筛选体系的优缺点与适用性。结果·经ITC测得SAE1和SAE2蛋白在体外相互作用的解离常数(K_(d))为0.96μmol/L,并将活性最好的多肽PEPT7改造为FP实验的示踪剂(tracer),但同SAE2的亲和力无法满足FP的要求;SPR测得SAE1和SAE2相互作用的K_(d)值为1.13μmol/L,与ITC数据接近;基于SAE酶活的荧光实验筛选得到抑制活性最强的多肽HP1B[半数抑制浓度(half-maximalinh ibitory concentration,IC_(50))达15.72μmol/L],SPR进一步确定其同SAE1的亲和力为34.4μmol/L。结论·尝试构建并比较了多种常见的蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)抑制剂的筛选体系。其中,ITC的检测通量低,且难以准确评估结合热不显著的低亲和力多肽;FP体系的可行性高度依赖于示踪剂同靶点蛋白之间的强亲和力,同样无法用于低亲和力多肽的筛选与优化;SPR检测的灵敏度高,但检测成本较高;酶活实验兼具高灵敏度、稳健性、高通量和可接受的检测成本,是最适宜的筛选方法。 展开更多

关键词 SUMO活化酶亚基1 SUMO活化酶亚基2 多肽抑制剂 药物筛选 等温滴定量热检测实验 荧光偏振实验 表面等离子共振实验 基于酶活的荧光实验

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NMD途径功能缺陷对水稻表型及转录组的影响

14

作者 吴岳阳 周小燕 +1 位作者 吴玉峰 黄驹 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期540-551,共12页

无义介导的m RNA降解途径(nonsense-mediated mRNA decay,NMD)是细胞内一种关键的RNA质量控制途径,能够有效的降解细胞内错误的m RNA,以保持细胞内部环境的稳定与健康。本研究通过CRISPR/Cas9及amiRNA技术获得水稻NMD途径相关基因UPF1、... 无义介导的m RNA降解途径(nonsense-mediated mRNA decay,NMD)是细胞内一种关键的RNA质量控制途径,能够有效的降解细胞内错误的m RNA,以保持细胞内部环境的稳定与健康。本研究通过CRISPR/Cas9及amiRNA技术获得水稻NMD途径相关基因UPF1、UPF1-like、UPF2、UPF3的敲除或敲低型突变体,结合转录组测序和表型观察,探究NMD途径缺陷对水稻基因表达及可变剪接(alternative splicing,AS)的影响。研究结果表明,NMD途径为水稻正常生长所必需,部分缺陷也会造成株高、花粉活力等表型不同程度的变化。对基因表达的分析显示,NMD途径缺陷影响的基因大多表达上调,且ko-upf1-like和kd-upf1对基因表达的影响大于kd-upf2和kd-upf3。具体而言,NMD途径缺陷在水稻中引发了防御反应相关基因表达量的上升及次生代谢相关基因表达量的下降,且在60天龄早衰突变体中影响的基因更为广泛。转录组分析显示,不同的NMD途径相关基因缺陷均改变了数百个可变剪接,这些存在差异可变剪接的基因多与可变剪接调控通路相关,约有一半在不同突变体中共享,且大量富集了NMD靶标的特征。NMD途径能够通过影响可变剪接形式,改变转录本丰度等多种形式,调控防御反应和衰老等通路基因的表达,在水稻维持正常生理功能的过程中有着重要作用。 展开更多

关键词 无义介导的mRNA降解 水稻 可变剪接 差异表达基因

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基于流形学习的聚类方法在基因芯片表达谱分析中的应用 被引量：5

15

作者 黄伟 刘战民 +1 位作者 薛丹 尹京苑 《中国生物医学工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期77-85,共9页

对基因芯片表达谱的聚类分析有助于发现共表达的基因,而共表达的特性往往是共调控基因所拥有的性质。因此,对基因表达谱的准确聚类将有利于更加准确地发现基因之间的调控关系。本研究使用机器学习中的等度规映射、局部线性嵌入、拉普拉... 对基因芯片表达谱的聚类分析有助于发现共表达的基因,而共表达的特性往往是共调控基因所拥有的性质。因此,对基因表达谱的准确聚类将有利于更加准确地发现基因之间的调控关系。本研究使用机器学习中的等度规映射、局部线性嵌入、拉普拉斯特征根映射等流形学习方法处理基因表达谱数据,得到非线性降维后的数据。在此基础上应用K均值聚类、模糊聚类、自组织映射神经网络等聚类方法,根据给定的阈值,从酵母基因表达数据的382个聚类结果中得到了117个共表达基因对,而从人类血清组织细胞的基因表达数据的132个聚类结果中得到了89个共表达基因对。使用的判别准则表明,基于流形学习的聚类方法与以往的方法相当,且能够被用以发现高维基因芯片表达数据中的低维的流形结构。 展开更多

关键词 非线性降维 流形学习 聚类分析 基因芯片

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系统药理学原理、方法及在中医药中的应用 被引量：44

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作者 张文娟 王永华 《世界中医药》 CAS 2015年第2期280-286,共7页

目的:建立科学有效的现代中药研究体系,是中医药现代化进程中亟待解决的关键问题之一,然而目前从系统和整体水平研究中药的理论和方法均不成熟。方法:本文将综述当前系统药理学的最新进展,阐明如何整合药效学、药动学以及基因、蛋白、... 目的:建立科学有效的现代中药研究体系,是中医药现代化进程中亟待解决的关键问题之一,然而目前从系统和整体水平研究中药的理论和方法均不成熟。方法:本文将综述当前系统药理学的最新进展,阐明如何整合药效学、药动学以及基因、蛋白、药物网络分析等技术,形成一个完整的可供中药药理学、药效学预测和验证的技术体系。结果:重点从中药基础理论、复方解析、注射液的研究、老方优化和新药开发方面介绍系统药理学在中医药中的应用。结论:本文提出的系统药理学研究体系为中药的现代研究提供了新方法学,将有助于系统、深刻地从系统水平和分子水平揭示中药和机体的相互作用机制,从而指导中药新药研发。 展开更多

关键词 系统药理学 系统生物学 生物信息学 中药

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人工神经网络在古陶瓷研究中的应用 被引量：9

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作者 董和泉 邓文华 +7 位作者 许华勇 张列琤 朱煜 杨亮 黄伟 王建 尹京苑 郭景康 《陶瓷学报》 CAS 2005年第4期280-284,共5页

用人工神经网络算法,构建区分宋代汝瓷和民窑钧瓷的数学模型,该模型可以用于钧瓷的配方设计,判断实际生产中的钧瓷配方是否能产生分相。

关键词 人工神经网络 古陶瓷 宋代汝瓷 民窑钧瓷

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基于系统药理学的现代中药研究体系 被引量：76

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作者 王永华 杨凌 《世界中医药》 CAS 2013年第7期801-808,共8页

由于系统生物学的高速发展,以及系统生物学对现代药理学领域的深刻影响,近年来正在形成一个新兴的、跨学科分支,即系统药理学(Systems Pharmacology)。然而系统药理学无论在理论和方法上均不成熟。尤其是,如何将系统药理学的思想和理论... 由于系统生物学的高速发展,以及系统生物学对现代药理学领域的深刻影响,近年来正在形成一个新兴的、跨学科分支,即系统药理学(Systems Pharmacology)。然而系统药理学无论在理论和方法上均不成熟。尤其是,如何将系统药理学的思想和理论用于中药研究尚缺乏探索性工作。本文将综述当前系统药理学的最新进展,同时结合研究者的实践,重点介绍如何将药效学、药动学以及网络、组学以及系统分析综合起来,形成一个统一的完整的、可供开展中药药理学、药效学的预测和验证研究的系统模型。从而为从系统水平研究和分析中药和机体的相互作用,以及新药开发、靶点发现、新的治疗策略等提供新的研究方法。文章最后介绍了研究者最新开发的中药系统药理学数据库和分析平台软件。 展开更多

关键词 系统药理学 网络药理学 系统生物学 中药

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二甲双胍对喹硫平致精神分裂症患者糖脂代谢紊乱的疗效 被引量：15

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作者 宋兵福 丁彬彬 +1 位作者 张晓丽 姚莉韵 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期776-780,共5页

目的·观察二甲双胍(metformin,MF)对喹硫平所致精神分裂症(schizophrenia,SZ)患者糖脂代谢紊乱的疗效。方法·纳入上海市虹口区精神卫生中心和上海市杨浦区精神卫生中心的83例SZ患者,随机分为治疗组(MF组)38例和对照组45例。... 目的·观察二甲双胍(metformin,MF)对喹硫平所致精神分裂症(schizophrenia,SZ)患者糖脂代谢紊乱的疗效。方法·纳入上海市虹口区精神卫生中心和上海市杨浦区精神卫生中心的83例SZ患者,随机分为治疗组(MF组)38例和对照组45例。对照组仅口服喹硫平治疗,MF组在喹硫平口服基础上,采用MF辅助治疗。于治疗前及治疗后第2、4、8周检测2组患者的葡萄糖(glucose,GLU)、总胆固醇(total cholesterol,TC)、三酰甘油(triacylglycerol,TAG)、低密度脂蛋白胆固醇(low-density lipoprotein cholesterol,LDL-C)、高密度脂蛋白胆固醇(high-density lipoprotein cholesterol,HDL-C)、小而密低密度脂蛋白胆固醇(small density low-density lipoprotein cholesterol,sd-LDL-C)和同型半胱氨酸(homocysteine,HCY)。结果·治疗前对照组与MF组比较,患者的年龄、病程、体质量指数、GLU、TC、TAG、HDL-C、LDL-C、sd-LDL-C和HCY检测结果差异均无统计学意义。治疗8周后,对照组所有实验室指标检测结果较治疗前均升高;MF组GLU、TC、TAG、LDL-C、sd-LDL-C和HCY水平较治疗前均下降,但HDL-C水平较治疗前升高。治疗8周后2组HDL-C水平的差异无统计学意义(P=0.247),其他实验室指标的组间差异均有统计学意义(P<0.05),MF组的降糖、降脂效果显著优于对照组。方差分析结果显示,治疗4、8周后,对照组HDL-C水平与治疗前比较显著升高,差异有统计学意义(P=0.005,P=0.003);对照组LDL-C水平在治疗2、4、8周后与治疗前比较显著升高(P=0.005,P=0.019,P=0.026);对照组其他实验室指标与治疗前比较差异均无统计学意义。治疗2、4、8周后,MF组GLU、TC、TAG和sd-LDL-C水平与治疗前比较显著下降;治疗4、8周后,MF组LDL-C和HCY水平与治疗前比较显著降低;治疗2周后MF组HDL-C水平与治疗前比较显著升高,但治疗4、8周后检测结果与治疗前比较差异无统计学意义。结论·对喹硫平治疗后致糖脂代谢紊乱的SZ患者实施MF辅助治疗,可显著降低患者血糖水平,改善患者血脂代谢。 展开更多

关键词 喹硫平 精神分裂症 糖脂代谢紊乱 二甲双胍

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改进Niblack算法的光照不均匀QR码识别研究 被引量：6

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作者 李健 申利未 +3 位作者 胡雅婷 李瑞钊 任虹宾 丁小奇 《农业工程学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第13期191-196,共6页

QR 码作为农产品可追溯体系的信息载体,一直是农业领域的科研热点。在实际应用中,溯源环境的复杂多变易使设备采集到光照不均匀的 QR 码图像而增加解码流程中二值化的难度,影响后续解码。该文针对原始 Niblack 算法自适应性不足的缺陷,... QR 码作为农产品可追溯体系的信息载体,一直是农业领域的科研热点。在实际应用中,溯源环境的复杂多变易使设备采集到光照不均匀的 QR 码图像而增加解码流程中二值化的难度,影响后续解码。该文针对原始 Niblack 算法自适应性不足的缺陷,提出一种自适应邻域窗口和修正系数的 Niblack 算法,该算法依据 QR 码图像的分辨率和灰度值,动态调整修正系数和邻域窗口,进行自适应二值化处理。分别用改进 Niblack 算法,原始 Niblack 算法和 Otsu 算法处理设备无法识别的不同光照环境下、不同程度的光照不均匀 QR 码图像,试验数据表明经改进算法处理后的识别成功率为 74.2%,高出原始 Niblack 算法 18.4%,高出 Otsu 算法 71.7%,具有较高的鲁棒性。这一结果对农产品在各种光照不均匀环境中的溯源提供了参考。 展开更多

关键词 图像处理 光照 识别 农产品可追溯体系 QR 码 二值化 Niblack 算法

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