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急性胰腺炎基因表达谱芯片的生物信息学分析及药物筛选
被引量：
2
1
作者
董小鹏
王丽娟
+4 位作者
赵春霖
张建平
潘海邦
易剑锋
石育弘
《临床肝胆病杂志》
CAS
北大核心
2020年第3期636-640,共5页
目的应用生物信息学方法筛选急性胰腺炎(AP)差异表达基因(DEGs)及相应的候选治疗药物。方法从基因表达数据库(GEO)中下载小鼠AP相关的高通量芯片数据集(GSE109227和GSE65146),使用GEO2R筛选DEGs。利用DAVID数据库对DEGs进行基因本体功...
目的应用生物信息学方法筛选急性胰腺炎(AP)差异表达基因(DEGs)及相应的候选治疗药物。方法从基因表达数据库(GEO)中下载小鼠AP相关的高通量芯片数据集(GSE109227和GSE65146),使用GEO2R筛选DEGs。利用DAVID数据库对DEGs进行基因本体功能富集和通路富集分析。在String数据库中建立蛋白-蛋白相互作用关系(PPI)并利用Cytoscape软件进行可视化,筛选出子网络模块和关键基因。预测关键基因相关的miRNAs并通过比较毒物遗传学数据库(CTD)针对关键基因进行治疗药物的筛选。结果从高通量芯片数据集GSE109227和GSE65146中共筛选到130个上调基因和16个下调基因。DEGs主要参与炎症反应、中性粒细胞趋化、TNF介导的细胞反应、正调控基因表达等生物学过程,且参与细胞外基质受体相互作用、肌动蛋白细胞骨架的调控、白细胞内皮迁移、Focal adhesion等信号通路。在PPI网络中,共筛选出12个关键基因和6个子网络模块。miR-199a-5p、miR-1-3p等miRNAs可能作用于关键基因转录后调控。CTD数据库中筛选到染料木黄酮、白藜芦醇、槲皮素可降低关键基因表达水平。结论利用生物信息学方法筛选的相关基因可能在AP发生中具有重要作用,并可作为药物的筛选依据。
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关键词
胰腺炎
急性坏死性
基因芯片
基因表达
计算生物学
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职称材料
题名
急性胰腺炎基因表达谱芯片的生物信息学分析及药物筛选
被引量：
2
1
作者
董小鹏
王丽娟
赵春霖
张建平
潘海邦
易剑锋
石育弘
机构
甘肃
中医药大学
临床医学院
甘肃
中医药大学
药学院
甘肃
省中药药理与毒理重点实验室
甘肃中医药大学附属医院普外科
出处
《临床肝胆病杂志》
CAS
北大核心
2020年第3期636-640,共5页
基金
甘肃省高校基本科研业务费项目(2018A-051)
甘肃省第八批自然科学基金计划(1508RJZA019)
甘肃中医药大学中青年科研基金项目(ZQN2016-4)。
文摘
目的应用生物信息学方法筛选急性胰腺炎(AP)差异表达基因(DEGs)及相应的候选治疗药物。方法从基因表达数据库(GEO)中下载小鼠AP相关的高通量芯片数据集(GSE109227和GSE65146),使用GEO2R筛选DEGs。利用DAVID数据库对DEGs进行基因本体功能富集和通路富集分析。在String数据库中建立蛋白-蛋白相互作用关系(PPI)并利用Cytoscape软件进行可视化,筛选出子网络模块和关键基因。预测关键基因相关的miRNAs并通过比较毒物遗传学数据库(CTD)针对关键基因进行治疗药物的筛选。结果从高通量芯片数据集GSE109227和GSE65146中共筛选到130个上调基因和16个下调基因。DEGs主要参与炎症反应、中性粒细胞趋化、TNF介导的细胞反应、正调控基因表达等生物学过程,且参与细胞外基质受体相互作用、肌动蛋白细胞骨架的调控、白细胞内皮迁移、Focal adhesion等信号通路。在PPI网络中,共筛选出12个关键基因和6个子网络模块。miR-199a-5p、miR-1-3p等miRNAs可能作用于关键基因转录后调控。CTD数据库中筛选到染料木黄酮、白藜芦醇、槲皮素可降低关键基因表达水平。结论利用生物信息学方法筛选的相关基因可能在AP发生中具有重要作用,并可作为药物的筛选依据。
关键词
胰腺炎
急性坏死性
基因芯片
基因表达
计算生物学
Keywords
pancreatitis
acute necrotizing
gene microarray
gene expression
computational biology
分类号
R657.51 [医药卫生—外科学]
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作者
出处
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1
急性胰腺炎基因表达谱芯片的生物信息学分析及药物筛选
董小鹏
王丽娟
赵春霖
张建平
潘海邦
易剑锋
石育弘
《临床肝胆病杂志》
CAS
北大核心
2020
2
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