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噬菌体phi92非对称结构揭示了一种新颖的多套尾纤维的纳米机器
1
作者
刘媛媛
周俊权
+2 位作者
张烨伟
郑静
刘红荣
《电子显微学报》
北大核心
2025年第1期59-72,共14页
肌尾噬菌体phi92具有广泛的宿主范围,能感染有polySia(聚唾液酸)荚膜和没有polySia荚膜的细菌。然而完整高分辨率结构的缺失阻碍了对phi92感染和尾部收缩机制的理解。本研究利用冷冻电镜单颗粒技术获得了phi92成熟颗粒近原子分辨率对称...
肌尾噬菌体phi92具有广泛的宿主范围,能感染有polySia(聚唾液酸)荚膜和没有polySia荚膜的细菌。然而完整高分辨率结构的缺失阻碍了对phi92感染和尾部收缩机制的理解。本研究利用冷冻电镜单颗粒技术获得了phi92成熟颗粒近原子分辨率对称失配结构,搭建了包括头部、颈部、尾躯干域以及基板各蛋白分子的全原子结构模型。值得注意的是,phi92作为首次被报道的基板上有三套尾纤维(Ⅰ,Ⅱ和Ⅲ)的肌尾噬菌体,其基板上的异源三聚体楔形蛋白比已报道的简单基板的可收缩纳米机器的楔形蛋白更为复杂和独特,为连接多套尾纤维提供了更多的吸附位点。本研究为其它具有多套尾纤维的可收缩纳米机器的感染和尾部收缩机制提供了更多的结构基础。
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关键词
噬菌体phi92
冷冻电镜
对称失配结构
尾纤维
polySia荚膜
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职称材料
能带反折叠方法研究进展
2
作者
陈家鑫
陈明星
《物理学进展》
北大核心
2023年第2期25-40,共16页
基于密度泛函理论的第一性原理方法已经成为人们研究材料结构、性质以及进行新功能材料设计的重要手段。对于掺杂和界面体系,人们常常需要使用超胞来描述。超胞的使用导致能带折叠,从而掩盖能带结构的重要特征,为人们分析掺杂和界面效...
基于密度泛函理论的第一性原理方法已经成为人们研究材料结构、性质以及进行新功能材料设计的重要手段。对于掺杂和界面体系,人们常常需要使用超胞来描述。超胞的使用导致能带折叠,从而掩盖能带结构的重要特征,为人们分析掺杂和界面效应对材料能带结构的影响带来困难。本文概述了超胞导致的能带折叠现象,重点介绍了基于平面波和原子轨道的能带反折叠方法、声子能带反折叠方法及相关计算工具,给出了该方法在掺杂和界面体系电子、声子能带结构方面应用的例子,并对该方法进行了展望。
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关键词
第一性原理计算
能带反折叠
能带结构
掺杂
界面
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职称材料
题名
噬菌体phi92非对称结构揭示了一种新颖的多套尾纤维的纳米机器
1
作者
刘媛媛
周俊权
张烨伟
郑静
刘红荣
机构
湖南
师范大学交叉科学研究院
出处
《电子显微学报》
北大核心
2025年第1期59-72,共14页
基金
国家科技重大专项项目(No.2023ZD0500501)
国家自然科学基金资助项目(Nos.12034006,32430020,32071209).
文摘
肌尾噬菌体phi92具有广泛的宿主范围,能感染有polySia(聚唾液酸)荚膜和没有polySia荚膜的细菌。然而完整高分辨率结构的缺失阻碍了对phi92感染和尾部收缩机制的理解。本研究利用冷冻电镜单颗粒技术获得了phi92成熟颗粒近原子分辨率对称失配结构,搭建了包括头部、颈部、尾躯干域以及基板各蛋白分子的全原子结构模型。值得注意的是,phi92作为首次被报道的基板上有三套尾纤维(Ⅰ,Ⅱ和Ⅲ)的肌尾噬菌体,其基板上的异源三聚体楔形蛋白比已报道的简单基板的可收缩纳米机器的楔形蛋白更为复杂和独特,为连接多套尾纤维提供了更多的吸附位点。本研究为其它具有多套尾纤维的可收缩纳米机器的感染和尾部收缩机制提供了更多的结构基础。
关键词
噬菌体phi92
冷冻电镜
对称失配结构
尾纤维
polySia荚膜
Keywords
bacteriophage phi92
Cryo⁃EM
symmetry⁃mismatch structure
tail fiber
polySia capsule
分类号
Q71 [生物学—分子生物学]
Q-336 [生物学]
Q518 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
能带反折叠方法研究进展
2
作者
陈家鑫
陈明星
机构
湖南
师范大学物理与电子科学学院
物质微结构与功能湖南省重点实验室
湖南
师范大学低维量子
结构与
调控教育部
重点
实验室
出处
《物理学进展》
北大核心
2023年第2期25-40,共16页
基金
国家自然科学基金项目(No.12174098、No.11774084、No.U19A2090)的资助
文摘
基于密度泛函理论的第一性原理方法已经成为人们研究材料结构、性质以及进行新功能材料设计的重要手段。对于掺杂和界面体系,人们常常需要使用超胞来描述。超胞的使用导致能带折叠,从而掩盖能带结构的重要特征,为人们分析掺杂和界面效应对材料能带结构的影响带来困难。本文概述了超胞导致的能带折叠现象,重点介绍了基于平面波和原子轨道的能带反折叠方法、声子能带反折叠方法及相关计算工具,给出了该方法在掺杂和界面体系电子、声子能带结构方面应用的例子,并对该方法进行了展望。
关键词
第一性原理计算
能带反折叠
能带结构
掺杂
界面
Keywords
first-principles
band unfolding
band structure
doping
interface
分类号
O469 [理学—凝聚态物理]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
噬菌体phi92非对称结构揭示了一种新颖的多套尾纤维的纳米机器
刘媛媛
周俊权
张烨伟
郑静
刘红荣
《电子显微学报》
北大核心
2025
0
在线阅读
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职称材料
2
能带反折叠方法研究进展
陈家鑫
陈明星
《物理学进展》
北大核心
2023
0
在线阅读
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职称材料
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