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利用交叉组装噬菌体示踪水环境中人源粪便来源的耐药细菌
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作者 段连瑞 段宇婧 +3 位作者 李镇镇 苗泽丰 佘慧 杨涛 《生态毒理学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期100-111,共12页
人类粪便中的耐药细菌(antibiotic resistant bacteria,ARB)及其携带的耐药基因(antibiotic resistance genes,ARGs)可以通过城市污水处理系统排放进入当地水环境,因此,快速准确地探明水环境中粪便污染及ARB情况对于保护生态系统和居民... 人类粪便中的耐药细菌(antibiotic resistant bacteria,ARB)及其携带的耐药基因(antibiotic resistance genes,ARGs)可以通过城市污水处理系统排放进入当地水环境,因此,快速准确地探明水环境中粪便污染及ARB情况对于保护生态系统和居民健康具有重要意义。本研究借助噬菌体crAssphage作为新型人类粪便污染特异性指示标记,采集太原市健康人群粪便、晋阳湖、汾河水库、自来水和污水处理厂的样品,首先采用实时荧光定量PCR技术检测样品中人类粪便污染指示标记crAssphage、细菌核糖体16S rRNA基因与耐药基因bla TEM-1的存在情况;其次针对各类样品进行细菌分离培养与鉴定,完成样品中bla TEM-1耐药菌株及多重耐药细菌的筛选;最后通过构建系统发育树分析菌株的进化关系,探究不同环境介质中细菌之间的相互影响。结果显示crAssphage在晋阳湖、汾河水库和污水处理厂样品中被检出,证明太原市区水环境存在人类粪便污染。本研究共分离鉴定出254株细菌,氨苄青霉素耐药细菌占比最高(74.41%),环丙沙星耐药细菌占比最低(1.97%);耐药基因bla TEM-1在各类样品的菌株中都有检出(22.83%),多重耐药细菌共有79株(31.10%)。进化关系分析表明人体肠道与水环境中的耐药细菌具有亲缘关系。上述结果表明太原市水环境受到人类粪便污染的影响,并且可能促进了ARGs和ARB的传播扩散,对人体健康产生威胁。该研究为评估太原市水环境粪便污染情况及ARB分布提供基础数据,为水环境监测保护给出科学依据。 展开更多
关键词 人类粪便污染 bla TEM-1 crAssphage 多重耐药菌 系统发育树
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基于局部加权集成的乳腺癌空间转录组数据的空间域识别
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作者 曹红艳 刘改琴 +5 位作者 田雅昕 王彤 罗艳虹 房瑞玲 余红梅 张岩波 《中国卫生统计》 北大核心 2025年第4期486-490,495,共6页
目的提出局部加权集成空间域识别(locally weighted ensemble based spatial domain identification,LWESDI)方法,探讨LWESDI方法在乳腺癌空间转录组学数据空间域识别中的应用。方法采用局部加权集成方法,集成BayesSpace,BASS,SpaGCN,ST... 目的提出局部加权集成空间域识别(locally weighted ensemble based spatial domain identification,LWESDI)方法,探讨LWESDI方法在乳腺癌空间转录组学数据空间域识别中的应用。方法采用局部加权集成方法,集成BayesSpace,BASS,SpaGCN,STAGATE 4种方法的乳腺癌空间域识别结果,结合位点间的加权相似度构建局部加权共联矩阵,逐步迭代合并相似度最高的区域,最终得到一致性的空间域识别结果,进一步对筛选出的高度可变基因进行差异分析,并对差异基因进行GO富集分析。结果在识别乳腺癌空间域结构上,LWESDI方法的准确性和稳健性均优于四种基聚类方法,准确地识别出乳腺癌患者组织切片的20个空间域;筛选出前3000个高度可变基因(highly variable genes,HVGs),并对乳腺癌最显著的19个差异表达基因进行富集分析得到33条GO富集项。结论所提出的LWESDI方法为空间域识别提供了新的方法策略,筛选出的乳腺癌潜在生物标志物将为乳腺癌的异质性研究及个性化治疗提供潜在治疗靶点。 展开更多
关键词 局部加权集成 空间转录组 空间域识别 乳腺癌
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低级别胶质瘤多组学数据整合的一致性聚类集成分子分型
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作者 王彤 杨琪 +6 位作者 田雅昕 贾聪聪 罗艳虹 房瑞玲 余红梅 张岩波 曹红艳 《中国卫生统计》 北大核心 2025年第4期502-509,共8页
目的提出基于一致性聚类集成的多组学数据整合方法(multi-omics data integration with consensus clustering ensemble,MICCE),探讨MICCE方法在低级别胶质瘤(lower-grade gliomas,LGG)分子分型中的应用,识别预后高风险患者,筛选与LGG... 目的提出基于一致性聚类集成的多组学数据整合方法(multi-omics data integration with consensus clustering ensemble,MICCE),探讨MICCE方法在低级别胶质瘤(lower-grade gliomas,LGG)分子分型中的应用,识别预后高风险患者,筛选与LGG进展相关的差异基因以及重要通路。方法采用一致性聚类集成方法集成LGG患者多组学数据整合分型的7种方法(SNF、joint SNF、CIMLR、ConsensusClusterPlus、MoCluster、NEMO、iClusterBayes),得到一致性分型结果,采用Cox回归研究不同分型患者的预后风险;进一步筛选出DEmRNAs(differentially expressed mRNAs),DEmiRNAs(differentially expressed miRNAs)和DMGs(differentially methylated genes),并对差异基因进行GO生物功能注释和KEGG通路分析;最后进行免疫细胞浸润和通路活性分析。结果LGG患者分为预后高危组,中危组和低危组,其中高危组的死亡风险是低危组的7.70倍;筛选出2512个DEmRNAs,14个DEmiRNAs和255个DMGs,包括5个核心基因;将基因联合分析得到的665个重合基因进行GO富集和KEGG富集分析,得到62条GO富集项和52条KEGG富集项;免疫细胞浸润和通路活性分析表明,存在显著差异的2种浸润细胞和4条通路。结论MICCE能够有效识别出LGG预后高风险患者,并发现与LGG进展相关的差异基因和不同亚型的肿瘤相关通路,为LGG的个性化治疗提供重要线索。 展开更多
关键词 聚类集成 多组学数据整合 分子亚型 低级别胶质瘤
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基于高斯混合模型双向聚类重采样和随机森林构建DLBCL早期复发预测模型
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作者 王俊霞 张岩波 +9 位作者 余红梅 曹红艳 周洁 乔宇 张高源 于凯 王雪嫚 郭玉娇 赵志强 罗艳虹 《中国卫生统计》 北大核心 2025年第1期7-11,17,共6页
目的应用一种可以同时解决少数类和多数类类间和类内不平衡问题的类别不平衡处理方法,并将其与随机森林(random forest,RF)分类器结合实现对弥漫大B细胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)患者早期复发的预测,为DLBLC患者的... 目的应用一种可以同时解决少数类和多数类类间和类内不平衡问题的类别不平衡处理方法,并将其与随机森林(random forest,RF)分类器结合实现对弥漫大B细胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)患者早期复发的预测,为DLBLC患者的治疗提供参考。方法首先使用一种基于高斯混合模型双向聚类重采样的类别不平衡处理方法(Gaussian mixture model,GMM-GMM)处理数据,并与随机过采样(random over sampling,ROS)、合成少数类过采样技术(synthetic minority over-sampling technique,SMOTE)、Borderline-1 SMOTE、Borderline-2 SMOTE、GMM上采样、GMM下采样、SMOTE+RUS、SMOTE+GMM和GMM+RUS进行比较,然后以RF作为分类器验证10种类别不平衡方法的性能,之后为验证RF的性能,在处理后的数据集上使用logistic回归和决策树(decision tree,DT)作为对照,最后从区分度和校准度两方面对模型进行评价。结果在本文所有模型中,采用GMM-GMM的RF模型取得了相对最优的分类性能(accuracy=0.79,AUC=0.87,sensitivity=0.71,specificity=0.87,G-means=0.79,MSE=0.21)。结论GMM-GMM优于其他传统的重采样方法,结合RF用于DLBCL患者早期复发的预测取得了相对较好的分类结果,可以很好地实现对DLBCL患者早期复发的预测。 展开更多
关键词 类别不平衡 高斯混合模型聚类重采样 随机森林 复发预测 弥漫大B细胞淋巴瘤
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基于多视图集成融合的阿尔茨海默病辅助诊断模型研究
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作者 于凯 李雪玲 +10 位作者 张岩波 余红梅 周洁 王雪嫚 郭玉娇 李永奥 郑婷婷 张艳 杨娜 赵志强 罗艳虹 《中国卫生统计》 北大核心 2025年第3期344-349,共6页
目的本研究利用阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease,AD)患者的临床数据、结构核磁共振(structuralmagnetic resonance imaging,sMRI)数据、正电子发射断层扫描(positron emission tomography,PET)数据构建分类效果好的辅助诊断模型,以... 目的本研究利用阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease,AD)患者的临床数据、结构核磁共振(structuralmagnetic resonance imaging,sMRI)数据、正电子发射断层扫描(positron emission tomography,PET)数据构建分类效果好的辅助诊断模型,以便在患者早期制定个性化的治疗方案,这对AD的防治具有重要意义。方法本研究从ADNI-1(Alzheimer′s disease neuroimaging initiative-1)数据库中选取含有完整sMRI图像和PET图像的研究对象共401例,利用MATLAB的统计参数图(statistical parameters mapping,SPM)、基于体素的形态学分析(voxel-based morphometric,VBM)对研究对象的sMRI图像和PET图像进行空间标准化、颅骨剥离等预处理操作,借助脑图谱实现大脑组织结构的分割并基于自动解剖标记模板(anatomical automatic labeling,AAL)对分割出的灰质进行相应脑区的特征提取,然后对提取出的特征值进行Fisher Score、支持向量机特征递归消除(SVM-RFE)和LASSO三种不同原理的混合过滤式-包裹式-嵌入式特征选择,实现高维影像数据的降维。最后基于多视图决策融合对临床、sMRI、PET多视图数据构建基于PAC-Bayesian理论提升的多视图学习(PAC-Bayesian strategy boosting based multi-view learning,PB-MVBoost)模型并与串联视图后构建的传统机器学习模型支持向量机、决策树、最近邻算法、随机森林、AdaBoost、XGBoost和多视图多核学习模型(AverageMKL、EasyMKL)以及同属多视图决策融合的多视图混淆矩阵提升模型(MuComBo)进行对比。结果在AD-MCI的所有多视图融合模型中,基于决策融合的PB-MVBoost模型性能最优(accuracy=0.98,F1-score=0.97,precision=0.98,recall=0.96,MSE=0.07)。在MCI-NC的所有多视图融合模型中,基于决策融合的PB-MVBoost的模型性能最优(accuracy=0.99,F1-score=0.98,precision=0.99,recall=0.98,MSE=0.05)。结论在AD-MCI、MCI-NC分类中,PB-MVBoost模型的区分度、校准度均取得了最优,表明了基于决策融合的PB-MVBoost分类器构建的阿尔茨海默病辅助诊断模型表现最好,可以提高对轻度认知障碍患者的识别,进而辅助临床诊断。 展开更多
关键词 多视图学习 数据融合 核磁共振成像 正电子发射断层扫描 PB-MVBoost
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基于SMOTE-ENN和深度森林的弥漫大B细胞淋巴瘤复发风险预测
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作者 乔宇 张岩波 +9 位作者 余红梅 曹红艳 周洁 王俊霞 张高源 于凯 王雪嫚 郭玉娇 赵志强 罗艳虹 《中国卫生统计》 北大核心 2025年第1期67-72,共6页
目的对山西省某肿瘤医院血液科2011—2020年被确诊为弥漫性大B细胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)并经过治疗达到完全缓解(complete response,CR)的498例患者构建2年内的复发风险预测模型,为患者的临床治疗提供参考。方... 目的对山西省某肿瘤医院血液科2011—2020年被确诊为弥漫性大B细胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)并经过治疗达到完全缓解(complete response,CR)的498例患者构建2年内的复发风险预测模型,为患者的临床治疗提供参考。方法第一步使用最小绝对收缩和选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)特征选择算法并结合临床医师意见筛选出对DLBCL达到CR的患者两年复发率影响较大的21个变量因素,第二步用SMOTE(synthetic minority oversampling technique)与SMOTE-ENN(synthetic minority oversampling technique and edited nearest neighbor)两种不平衡方法处理数据,将原始未处理数据和两种不平衡方法处理后的数据分别使用7种分类器进行模型预测。第三步用深度森林(deep forest,DF)做复发风险预测模型。第四步使用准确率(accuracy)、查准率(precision)、灵敏度/召回率(sensitivity/recall)、特异度(specificity)、F1值(F1-score)和G均值(G-means)比较模型分类性能,采用Brier分数(Brier score,BS)评价模型校准度。结果SMOTE-ENN不平衡方法下的深度森林算法表现最好(accuracy=0.932,precision=0.949,recall=0.944,specificity=0.910,F1-score=0.946,G-means=0.926,Brier score=0.068)。结论本文使用SMOTE-ENN不平衡方法与深度森林分类器结合的方法,对完全缓解的DLBCL患者两年复发进行预测,模型达到预期效果。 展开更多
关键词 弥漫性大B细胞淋巴瘤 不平衡数据 复发预测 深度森林
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基于深度学习的低级别胶质瘤多组学数据整合稳健分型
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作者 杜港 贾聪聪 +4 位作者 赵鑫 田雅昕 房瑞玲 张岩波 曹红艳 《中国卫生统计》 北大核心 2025年第2期185-190,共6页
目的 多组学数据的高噪稀疏性以及存在异常值,易导致多组学数据整合分型稳健性不足,本研究提出将深度学习中的自编码器与最优化稳健伪极大似然估计器(optimally tuned robust improper maximum likelihood estimator, OTRIMLE)结合的方... 目的 多组学数据的高噪稀疏性以及存在异常值,易导致多组学数据整合分型稳健性不足,本研究提出将深度学习中的自编码器与最优化稳健伪极大似然估计器(optimally tuned robust improper maximum likelihood estimator, OTRIMLE)结合的方法,并将其应用于低级别胶质瘤(lower-grade gliomas, LGG)患者分型。方法 采用自编码器对LGG的miRNA、mRNA和甲基化数据进行非线性降维,串联后采用OTRIMLE方法进行稳健分型。对最终的分型结果,利用Cox比例风险模型分析不同分型的预后风险,使用差异表达分析筛选出DEmiRNAs(differentially expressed miRNAs),DEmRNAs(differentially expressed mRNAs)和DMGs(differentially methylated genes),对DEmiRNAs的靶基因、DEmRNAs和DMGs三者的重合基因进行GO富集分析,最后对不同分型的患者进行免疫细胞浸润与通路活性分析。结果 将LGG患者分为四型,其中分型4患者的死亡风险是分型3患者的5.903倍。筛选出8个DEmiRNAs, 2890个DEmRNAs和46个DMGs,联合分析得到的658个重合基因富集于423条GO生物项。筛选出13条活性存在差异的通路以及4种存在差异的免疫浸润细胞。结论 基于深度学习的OTRIMLE方法对多组学数据高噪稀疏性和存在异常点时具有稳健性,有效实现了LGG患者的稳健分型,并筛选出了具有统计学差异的免疫细胞与通路等,可为LGG后续针对性治疗提供理论依据。 展开更多
关键词 稳健分型 深度学习 多组学数据 低级别胶质瘤
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基于SMOTE-ENN结合改进动态集成选择算法构建DLBCL患者2年内复发预测模型
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作者 张高源 赵瑞青 +9 位作者 张岩波 余红梅 周洁 乔宇 王俊霞 王雪嫚 于凯 郭玉娇 赵志强 罗艳虹 《中国卫生统计》 北大核心 2025年第1期50-55,61,共7页
目的构建基于FIRE动态集成选择(frienemy indecision region dynamic ensemble selection,FIRE-DES)的弥漫大B细胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)患者治疗达到完全缓解后两年内复发情况的预测模型,为患者的治疗提供决策... 目的构建基于FIRE动态集成选择(frienemy indecision region dynamic ensemble selection,FIRE-DES)的弥漫大B细胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)患者治疗达到完全缓解后两年内复发情况的预测模型,为患者的治疗提供决策依据。方法收集山西省某三甲医院2010年1月至2020年1月经治疗后达到完全缓解的498名患者信息,构建基于四种常见类别不平衡处理方法的FIRE-DES复发预测模型,并与传统的五种单一分类器与两种集成分类器进行比较。结果四种类别不平衡算法中SMOTE-ENN(synthetic minority oversampling technique and edited nearest neighbor)算法取得了最优分类性能,在此基础上采用DESP(dynamic ensemble selection performance)、KNORAU(K-nearest oracle union)和META-DES(meta-learning for dynamic ensemble selection)动态集成选择算法的分类效果明显优于传统的单一分类器以及集成分类器模型,基于FIRE改进的DESP、KNORAU和META-DES动态选择算法的分类效果在其基础上实现了进一步提升,且FIRE-META-DES取得了最优的分类性能(准确率=0.909,精确率=0.906,召回率=0.967,ROC曲线下面积=0.879,F1-Score=0.936,Brier Score=0.088)。结论针对DLBCL实际数据集,本文SMOTE-ENN+FIRE-META-DES的复发预测模型在性能上达到最优,可为DLBCL复发预测提供有力参考。 展开更多
关键词 弥漫大B细胞淋巴瘤 复发预测 类别不平衡 动态集成选择
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铬暴露与糖尿病肝损伤指标关联研究:条件过程模型
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作者 路筱 杨慧 +3 位作者 袁苗 杜斯丹 王青青 余红梅 《中国卫生统计》 北大核心 2025年第2期204-208,213,共6页
目的 铬暴露对糖尿病患者血常规指标存在的中介效应探索有限,本研究旨在对可能存在的有调节的中介路径探究其对肝损伤指标的影响。方法 本研究资料来源于中国医学科学院基础医学研究所提供的环境铬暴露与人群健康研究数据库中2018年的... 目的 铬暴露对糖尿病患者血常规指标存在的中介效应探索有限,本研究旨在对可能存在的有调节的中介路径探究其对肝损伤指标的影响。方法 本研究资料来源于中国医学科学院基础医学研究所提供的环境铬暴露与人群健康研究数据库中2018年的横断面数据结果,根据纳排标准本研究共选入436名患者。以尿铬为自变量,低密度脂蛋白(low density lipoprotein, LDL)为中介变量,总蛋白(total protein, TP)为因变量,总胆红素和血糖分别为调节变量构建条件过程模型。结果 在以总胆红素为调节变量的条件过程分析中,总胆红素在尿铬→TP和尿铬→LDL路径中均呈正向调节作用。在以血糖为调节变量的条件过程分析中,血糖在尿铬→TP和LDL→TP路径中呈正向调节作用。在以血糖和总胆红素同时作为调节变量的条件过程分析中,血糖和总胆红素在LDL→TP路径中呈正向调节作用。结论 有铬暴露史的糖尿病患者应重点关注LDL、总胆红素和血糖水平对TP的影响,有利于预防糖尿病患者出现肝损伤,提高其疾病预后和生活质量。 展开更多
关键词 糖尿病 肝损伤 总蛋白 条件过程模型
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边界因子和E-value在流行病学敏感性分析中的研究进展
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作者 王佳乐 高倩 +1 位作者 王菊平 王彤 《中国卫生统计》 北大核心 2025年第4期626-631,共6页
目的 流行病学研究结果常因未测量混杂因素、选择偏倚和测量误差的存在而在评价因果效应方面受到质疑。对这些偏倚来源进行敏感性分析可以提供结论稳健性的证据。边界因子(bounding factor, BF)和E-value是近年来提出的敏感性分析方法,... 目的 流行病学研究结果常因未测量混杂因素、选择偏倚和测量误差的存在而在评价因果效应方面受到质疑。对这些偏倚来源进行敏感性分析可以提供结论稳健性的证据。边界因子(bounding factor, BF)和E-value是近年来提出的敏感性分析方法,因对未测量混杂因素不作任何假设和计算简单而受欢迎,已经拓展到选择偏倚和差分测量误差的敏感性分析领域。本研究对现有BF和E-value方法进行概述,以期推广其在流行病学研究中的使用,提供因果关联稳健性的证据。方法 针对未测量混杂因素,选择偏倚和差分测量误差三方面偏倚来源,回顾边界因子和E-value在敏感性分析中的原理和应用。结果 BF尤其是E-value提供了一种简单的敏感性分析方法来评估因果关联的稳健性。结论 建议研究者在所有旨在探索因果效应的研究中都计算并常规报告效应估计的E-value,并结合其他可行的敏感性分析方法充分验证因果结论的稳健性。 展开更多
关键词 敏感性分析 边界因子 E-value 未测量混杂 选择偏倚 差分测量误差
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母体代谢物介导组蛋白修饰调控神经管畸形发生的机制
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作者 刘增莉 李建婷 刘志贞 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第7期956-966,共11页
神经管畸形(neural tube defects,NTDs)作为一类严重的先天出生缺陷疾病,严重影响着胎儿的生命与健康,其发生机制十分复杂,涉及遗传因素与环境因素之间的复杂作用。近年来,蛋白质组学愈加广泛的应用揭示了组蛋白修饰在表观遗传调控中发... 神经管畸形(neural tube defects,NTDs)作为一类严重的先天出生缺陷疾病,严重影响着胎儿的生命与健康,其发生机制十分复杂,涉及遗传因素与环境因素之间的复杂作用。近年来,蛋白质组学愈加广泛的应用揭示了组蛋白修饰在表观遗传调控中发挥的关键作用,尤其在NTDs的发病机制中受到广泛关注。组蛋白修饰包括组蛋白甲基化、乙酰化、泛素化、同型半胱氨酸化、丙二酰化和巴豆酰化等多种类型,这些修饰影响神经管闭合关键蛋白的表达对于神经管闭合期间的基因组稳定性至关重要,参与神经管畸形的发生发展,其异常调控与NTDs的发生密切相关。此外,在胚胎大脑发育过程中,这些组蛋白修饰极易受到母体代谢物水平、致畸物质暴露等环境因素的影响。母体代谢物水平的异常会引起关键基因表达调控异常,这些因素影响组蛋白修饰,从而调控下游相关基因的异常表达,包括神经管发育相关基因,导致NTDs等多种神经发育疾病的发生。目前NTDs的机制尽管已有大量研究,但NTDs的确切发病机制仍未完全阐明,深入研究NTDs的致病因素和发生机制对于提高出生人口质量、降低新生儿死亡率具有重要的意义。本文综述了近年关于母体代谢物介导组蛋白修饰异常引起胎儿NTDs发生的研究进展,并对该研究方向进行了展望,以期揭示组蛋白修饰在神经管发育中的关键调控功能,为进一步研究组蛋白修饰与NTDs发生之间的关系提供理论基础,也为NTDs未来的预防和治疗策略提供了理论依据。 展开更多
关键词 神经管畸形 组蛋白修饰 母体代谢物 甲基化 乙酰化
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以卡托普利为模板银纳米团簇的制备及生物硫醇的检测研究
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作者 王东新 张慧慧 +1 位作者 乔增杰 崔宏 《分析科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期132-138,共7页
生物硫醇在生物体内的代谢过程中起着重要作用,如体内半胱氨酸(Cys)和谷胱甘肽(GSH)含量异常会引发一系列疾病。为了建立一种快速、定量检测生物硫醇的荧光分析方法,本文以卡托普利(Captopril,Capt)为模板,采用湿化学还原法成功合成了... 生物硫醇在生物体内的代谢过程中起着重要作用,如体内半胱氨酸(Cys)和谷胱甘肽(GSH)含量异常会引发一系列疾病。为了建立一种快速、定量检测生物硫醇的荧光分析方法,本文以卡托普利(Captopril,Capt)为模板,采用湿化学还原法成功合成了发红色荧光的银纳米团簇(Capt-Ag NCs),对Capt-Ag NCs的形貌、结构、元素组成和光学性能等进行了表征。基于生物硫醇小分子对Capt-Ag NCs的荧光猝灭作用建立了定量检测Cys和GSH的新方法,在最佳实验条件下,Cys和GSH的线性范围分别为1~100μmol/L和2~180μmol/L,检出限分别为0.054μmol/L和0.23μmol/L。该方法可用于人血浆中Cys的测定,回收率为95.3%~103.3%。实验结果表明,CaptAg NCs作为一种新型信号关闭荧光探针,可用于Cys和GSH等生物硫醇的检测。 展开更多
关键词 银纳米团簇 荧光猝灭法 生物硫醇 半胱氨酸 谷胱甘肽
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组蛋白去甲基化酶KDM5A调控H3K4me3参与神经管畸形发生的分子机制 被引量:2
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作者 李建婷 解琪 +5 位作者 谷小龙 曹志华 彭志伟 赵虹 刘志贞 解军 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期629-637,共9页
神经管畸形(NTDs)的病因与防治是出生缺陷领域研究的重点,叶酸可以预防神经管畸形但其机制不明。本文借助低叶酸细胞模型和低叶酸NTDs小鼠模型通过染色质免疫共沉淀、Cut&Tag等技术,探讨了组蛋白去甲基化酶lysine demethylase 5A(KD... 神经管畸形(NTDs)的病因与防治是出生缺陷领域研究的重点,叶酸可以预防神经管畸形但其机制不明。本文借助低叶酸细胞模型和低叶酸NTDs小鼠模型通过染色质免疫共沉淀、Cut&Tag等技术,探讨了组蛋白去甲基化酶lysine demethylase 5A(KDM5A)及其调控的下游组蛋白H3K4me3修饰在叶酸缺乏导致的NTDs发生中的潜在分子机制。结果显示,低叶酸的细胞模型中,qRT-PCR、Western印迹结果显示,KDM5A分子表达明显下降(P<0.05)。作为组蛋白H3K4me3调控的上游关键酶,进一步通过染色质免疫共沉淀ChIP、ChIP-qPCR实验证实,叶酸缺乏下组蛋白H3K4me3在神经发育基因Axin 2和Atoh 1基因启动子区富集增加(P<0.05)。通过构建KDM5A基因敲除细胞模型,借助Cut&Tag试验证实,KDM5A基因敲除后H3K4me3主要富集在神经发育基因上。最后在低叶酸导致的NTDs小鼠模型的脑组织中,RT-qPCR、Western印迹以及ChIP-qPCR实验显示,E9.5 d的NTDs胎鼠脑组织中KDM5A表达下降(P<0.05),Axin2、Atoh1表达升高(P<0.05),Axin2、Atoh 1基因启动子区的H3K4me3富集增多(P<0.05)。综上所述,KDM5A蛋白在叶酸缺乏导致的NTDs中发挥重要作用,其可通过调控下游H3K4me3进而调控神经发育靶基因Axin2、Atoh 1异常表达,介导NTDs的发生。本研究从叶酸缺乏介导KDM5A调控组蛋白修饰来探讨NTDs的发病机制,为降低出生缺陷,促进生殖健康提供依据。 展开更多
关键词 神经管畸形 叶酸 组蛋白去甲基化酶5A 组蛋白H3K4me3
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年轻老年帕金森病病人认知障碍的影响因素及其预测模型构建 被引量:7
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作者 崔晓芳 路筱 +1 位作者 余红梅 韩红娟 《护理研究》 北大核心 2024年第2期267-272,共6页
目的:探讨年轻老年帕金森病病人认知障碍的风险因素,并依据风险因素构建预测模型。方法:以帕金森病进展标志物倡议(PPMI)数据库中164例完成第5年随访的年轻老年帕金森病病人为研究对象,采用蒙特利尔认知评估量表(MoCA)评估认知功能,将16... 目的:探讨年轻老年帕金森病病人认知障碍的风险因素,并依据风险因素构建预测模型。方法:以帕金森病进展标志物倡议(PPMI)数据库中164例完成第5年随访的年轻老年帕金森病病人为研究对象,采用蒙特利尔认知评估量表(MoCA)评估认知功能,将164例年轻老年帕金森病病人分为认知正常(PD⁃NC)组和认知障碍(PD⁃CI)组,采用Logistic回归分析探讨年轻老年帕金森病病人认知障碍的风险因素,并据此构建预测模型。结果:164例年轻老年帕金森病病人中,PD⁃NC组101例,PD⁃CI组63例,认知障碍发生率为38.4%。Logistic回归分析显示,病人年龄、受教育年限、国际帕金森和运动障碍协会⁃统一帕金森病评定量表第2部分(MDS⁃UPDRSⅡ)和第3部分(MDS⁃UPDRSⅢ)评分进入回归方程。构建的预测模型受试者工作特征曲线下面积为0.815。结论:年轻老年帕金森病病人认知功能受年龄、受教育年限、日常生活活动能力和运动功能影响,构建的预测模型区分度和校准度良好,可为早期甄别和干预年轻老年帕金森病病人认知障碍提供参考。 展开更多
关键词 帕金森病 年轻老年人 认知障碍 影响因素 日常生活活动能力 运动功能 预测模型 护理
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低叶酸和维甲酸诱导神经管畸形小鼠模型胎脑的转录物组学分析 被引量:1
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作者 曹志华 谷小龙 +3 位作者 解琪 李建婷 方爱莉 刘志贞 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期638-646,共9页
神经管畸形(neural tube defects,NTDs)是一类中枢神经系统相关的重大出生缺陷型疾病。随着孕龄期妇女叶酸增补政策的推广,其发病率逐年下降致临床标本不易获取,因此,建立可靠的动物模型来研究NTDs的致病机制尤为重要。本研究分别通过... 神经管畸形(neural tube defects,NTDs)是一类中枢神经系统相关的重大出生缺陷型疾病。随着孕龄期妇女叶酸增补政策的推广,其发病率逐年下降致临床标本不易获取,因此,建立可靠的动物模型来研究NTDs的致病机制尤为重要。本研究分别通过低叶酸联合甲氨蝶呤(methotrexate,MTX)建立的诱导NTDs小鼠模型和维甲酸(retinoic acid,RA)诱导建立的NTDs小鼠模型,对NTDs胎鼠脑组织进行转录物组测序(transcriptome sequencing,RNA-seq)并分析差异表达谱,最后,通过实时荧光定量PCR(real-time quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)进行结果验证。结果显示,低叶酸联合MTX诱导的胎鼠NTDs发生率为21.7%;RA诱导的胎鼠出现了强烈的致畸现象,畸形率为73.2%。相比正常胎鼠,低叶酸联合MTX诱导的NTDs小鼠组筛选出1443个差异表达基因(differentially expression genes,DEGs);RA诱导NTDs小鼠组筛选出3070个DEGs。对DEGs进行生物信息学分析,GO富集显示,上调基因主要参与前后轴发育、区域化和模式分化过程等生物学过程;KEGG富集显示,上调基因与心肌收缩、心肌病、神经活性配体-受体相互作用等信号通路相关。对2种模型鼠的DEGs进行Veen交集分析,结果显示,共有132个DEGs在2组模型中显著上调,其中包括Hox基因家族。通过RT-qPCR进行验证,发现与RNA-seq的结果一致。本研究对2种NTDs小鼠胎脑进行RNA-seq和差异表达谱分析,发现Hox的异常表达可能导致了NTDs的发生,为后续发病机制的研究提供了探索与思考。 展开更多
关键词 神经管畸形 转录物组测序 叶酸 维甲酸 同源盒基因
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微塑料联合MEHP抑制SIRT3/SOD2诱导肝细胞线粒体损伤和氧化应激 被引量:1
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作者 王晓曼 石东星 +2 位作者 韩艳阳 董亚静 韩浩 《生态毒理学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期363-372,共10页
微塑料(microplastics,MPs)常与多种塑料相关产品共同暴露损害人体健康。邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯(di-2-ethylhexyl phthalate,DEHP)是常见的塑化剂,其主要代谢物为邻苯二甲酸单(2-乙基己基)酯(mono-2-ethylhexyl phthalate,MEHP)。... 微塑料(microplastics,MPs)常与多种塑料相关产品共同暴露损害人体健康。邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯(di-2-ethylhexyl phthalate,DEHP)是常见的塑化剂,其主要代谢物为邻苯二甲酸单(2-乙基己基)酯(mono-2-ethylhexyl phthalate,MEHP)。MPs与MEHP进入机体后均在肝脏蓄积,因此研究MPs与MEHP的联合暴露对肝脏的毒性效应及潜在机制具有重要意义。本研究采用聚苯乙烯微塑料(polystyrene microplastics,PS-MPs)和MEHP单独及二者联合处理HepG2细胞,检测细胞活力、活性氧水平、线粒体膜电位、COXⅠ、COXⅢ、SIRT3和SOD2的蛋白表达水平。结果表明,PS-MPs和MEHP单独暴露均引起活性氧生成增加、线粒体膜电位降低。PS-MPs单独暴露也导致COXⅠ与COXⅢ蛋白表达水平降低。两者联合暴露时上述有害作用更为显著,为协同效应。进一步的分子机制研究表明,PS-MPs下调了SIRT3和SOD2蛋白表达,MEHP下调了SIRT3蛋白表达,而PS-MPs和MEHP联合暴露对SIRT3和SOD2的蛋白表达的影响表现为协同效应。综上所述,PS-MPs和MEHP联合暴露导致HepG2细胞氧化应激和线粒体损伤,其分子机制与抑制SIRT3/SOD2信号通路有关。 展开更多
关键词 微塑料 MEHP HEPG2细胞 联合暴露 氧化应激 线粒体损伤 SIRT3
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心脏衰老与线粒体治疗 被引量:1
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作者 靳宁 刘岳思颖 解军 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期618-628,共11页
随人口老龄化进程加速,由心脏衰老引发的各类心血管疾病已成为不可忽略的健康问题。心脏中,约95%的ATP来源于心肌线粒体,以维持心脏泵血功能。线粒体功能障碍可导致心肌能量不足,心肌细胞受损死亡或心肌衰老。因此,线粒体的功能完好对... 随人口老龄化进程加速,由心脏衰老引发的各类心血管疾病已成为不可忽略的健康问题。心脏中,约95%的ATP来源于心肌线粒体,以维持心脏泵血功能。线粒体功能障碍可导致心肌能量不足,心肌细胞受损死亡或心肌衰老。因此,线粒体的功能完好对于维持心脏正常功能具有重要作用,并被认为是心脏衰老的一个关键特征。本文对心脏衰老与线粒体功能障碍进行综述,主要概述了衰老心脏的特征,衰老心肌细胞线粒体结构与功能的变化,重点阐述线粒体功能障碍导致心脏衰老的5大因素,包括线粒体形态数量的改变,线粒体DNA突变,线粒体质量控制失败,线粒体酶的改变,线粒体相关代谢产物及应激信号的变化。总结了靶向线粒体的心脏衰老治疗方式及作用机制,同时探讨了靶向年龄相关的线粒体治疗心脏衰老的现状和未来方向。 展开更多
关键词 心脏衰老 线粒体功能障碍 线粒体移植
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基于SEAIQR模型与Dropout-LSTM模型的西安市COVID-19疫情趋势预测
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作者 马艺菲 许书君 +5 位作者 秦瑶 李建涛 雷立健 贺鹭 余红梅 解军 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2024年第2期207-212,共6页
目的基于传染病动力学SEAIQR(susceptible-exposed-asymptomatic-infected-quarantined-removed)模型和Dropout-LSTM(Dropout long short term memory network)模型预测西安市新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情的发展趋势,为评估“动态清... 目的基于传染病动力学SEAIQR(susceptible-exposed-asymptomatic-infected-quarantined-removed)模型和Dropout-LSTM(Dropout long short term memory network)模型预测西安市新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情的发展趋势,为评估“动态清零”策略防控效果提供科学依据。方法考虑到西安市本轮疫情存在大量的无症状感染者、依时变化的参数以及采取的管控举措等特点,构建具有阶段性防控措施的时变SEAIQR模型。考虑到COVID-19疫情数据的时序性特征及它们之间的非线性关系,构建深度学习Dropout-LSTM模型。选用2021年12月9日-2022年1月31日西安市新增确诊病例数据进行拟合,用2022年2月1日-2022年2月7日数据评估预测效果,计算有效再生数(R_(t))并评价不同参数对疫情发展的影响。结果SEAIQR模型预测的新增确诊病例拐点预计在2021年12月26日出现,约为176例,疫情将于2022年1月24日实现“动态清零”,模型R^(2)=0.849。Dropout-LSTM模型能够体现数据的时序性与非线性特征,预测出的新增确诊病例数与实际情况高度吻合,R^(2)=0.937。Dropout-LSTM模型的MAE和RMSE均较SEAIQR模型低,说明预测结果更为理想。疫情暴发初期,R 0为5.63,自实施全面管控后,R_(t)呈逐渐下降趋势,直到2021年12月27日降至1.0以下。随着有效接触率不断缩小、管控措施的提早实施及免疫阈值的提高,新增确诊病例在到达拐点时的人数将会持续降低。结论建立的Dropout-LSTM模型实现了较准确的疫情预测,可为COVID-19疫情“动态清零”防控决策提供借鉴。 展开更多
关键词 新型冠状病毒肺炎 SEAIQR模型 Dropout-LSTM模型 动态清零 预测 对比
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基于生存结局加权多组学数据整合的胶质瘤分子分型
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作者 贾聪聪 杜港 +5 位作者 赵鑫 师国京 房瑞玲 李治 张岩波 曹红艳 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2024年第5期644-649,共6页
目的探讨将生存结局加权的多组学数据整合方法survClust应用于胶质瘤(glioma)数据,以识别具有显著分子异质性和预后差异的胶质瘤分子分型。方法采用survClust方法对中国胶质瘤基因数据库(Chinese glioma genome atlas,CGGA)的胶质瘤多... 目的探讨将生存结局加权的多组学数据整合方法survClust应用于胶质瘤(glioma)数据,以识别具有显著分子异质性和预后差异的胶质瘤分子分型。方法采用survClust方法对中国胶质瘤基因数据库(Chinese glioma genome atlas,CGGA)的胶质瘤多组学数据进行结局加权整合分型,并拟合Cox比例风险模型评估不同分型患者预后。对不同分型间的差异表达基因(DEmiRNAs,DEmRNAs,DMGs)进行筛选,对DEmiRNAs靶基因、DEmRNAs、DMGs的重合基因进行GO功能注释;最后对不同分型患者进行免疫浸润分析。结果survClust将胶质瘤患者分为高危组和低危组,高危组患者的死亡风险是低危组的2.931倍。不同分型差异基因的分布存在差异,共筛选出194个DEmiRNAs,3396个DEmRNAs,1230个DMGs。将189个重合基因进行GO功能注释,得到52条差异具有统计学意义的GO生物项。此外,不同分型在B淋巴细胞、CD4+T细胞、CD8+T细胞、中性粒细胞、巨噬细胞和髓样树突状细胞的免疫浸润水平存在统计学差异。结论结局加权整合算法survClust能够有效识别兼具分子异质性和显著预后差异的胶质瘤亚型,同时基于分型结果筛选出的潜在生物标志物将为胶质瘤的个性化治疗提供科学理论依据。 展开更多
关键词 生存结局加权聚类 分子亚型 多组学数据整合 胶质瘤
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猪圆环病毒3型最新研究结果概述 被引量:8
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作者 冯旭飞 亓宇翔 +2 位作者 于瀚哲 张正洲 王如嘉 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期761-768,共8页
猪圆环病毒3型(Porcine circovirus type 3,PCV3)属圆环病毒科,猪圆环病毒属,不仅可以感染猪,还可以感染其他动物,严重威胁养殖业的健康发展^([1])。目前为止,共鉴定出4种不同亚型的猪圆环病毒,分别为猪圆环病毒1型(Porcine circovirus ... 猪圆环病毒3型(Porcine circovirus type 3,PCV3)属圆环病毒科,猪圆环病毒属,不仅可以感染猪,还可以感染其他动物,严重威胁养殖业的健康发展^([1])。目前为止,共鉴定出4种不同亚型的猪圆环病毒,分别为猪圆环病毒1型(Porcine circovirus type1,PCV1)、猪圆环病毒2型(PCV2)、猪圆环病毒3型(PCV3)和猪圆环病毒4型(PCV4)。PCV1最早分离于1974年,动物攻毒试验结果证明该病原对猪无致病性^([2])。PCV2最早分离于1998年,该病原由患有皮炎与肾病综合征(Porcine dermatitis and nephropathy syndrome,PDNS)、多系统衰竭综合征(Postweaning multisystemic wasting syndrome,PMWS)的猪体内分离,随后其扩散到世界各地,给全球的养猪业造成了较大的经济损失^([3])。2016年美国研究人员对采集自北卡罗来纳州患有PDNS的猪样本进行宏基因组测序时发现了PCV3^([4])。此后,大量的流行病学调查结果显示PCV3存在于全球大部分地区养殖场的猪和野生动物体内^([4-6])。2019年研究人员从患有呼吸道与消化道症状,以及PDNS的猪体内新发现一种新型的猪圆环病毒,并将其命名为PCV4^([7])。本文主要从PCV3的病原学、流行病学、致病机理以及检测技术的最新研究进展进行综述,以期为进一步了解和开展PCV3的研究提供参考信息。 展开更多
关键词 猪圆环病毒 攻毒试验 多系统衰竭综合征 流行病学调查 养猪业 北卡罗来纳州 宏基因组测序 PMWS
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