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基于SNP分子标记分析国内地方晒晾烟遗传多样性
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作者 万菊芬 徐腾航 +7 位作者 曹领改 张吉顺 刘杰 张洁 王仁刚 任民 杨志晓 余世洲 《中国烟草学报》 北大核心 2025年第5期60-70,共11页
【目的】探究国内地方晒晾烟品种之间的亲缘关系及遗传多样性,促进烟草种质的创新和高效利用。【方法】利用烟草20K SNP芯片(Ta-LD-SC)对118份国内晒晾烟种质,7份国外晒烟种质和10份代表性烤烟品种进行基因分型,并通过Plink、Admixture... 【目的】探究国内地方晒晾烟品种之间的亲缘关系及遗传多样性,促进烟草种质的创新和高效利用。【方法】利用烟草20K SNP芯片(Ta-LD-SC)对118份国内晒晾烟种质,7份国外晒烟种质和10份代表性烤烟品种进行基因分型,并通过Plink、Admixture、Genodiv等软件开展群体结构和遗传多样性分析。【结果】筛选出的15806个高质量多态性SNP位点覆盖烟草基因组约90%区域,且分布相对均匀,各SNP位点的多态性信息含量(PIC)平均值为0.285,变幅为0.022~0.375,平均最小等位基因频率(MAF)为0.257。依据群体结构、进化树和主成分分析,135份供试烟草材料可分为5个亚群(G1~G5),其中G1~G3为国内地方晒晾烟,G4主要为美国选育晒烟品种,G5全部为烤烟品种。各种质间平均状态同源系数(IBS)为0.643,所有种质整体有效等位基因数目(Ne)为1.294,观察杂合度(Ho)为0.005,亚群内杂合度(Hs)为0.238,近交系数(Gis)为0.977,遗传多样性指数(Diu)为0.922,校正香农指数(Shu)为1.28。各亚群间Nei's遗传距离(Nei's D)范围为0.062~1.253,其中G1~G3亚群间遗传距离均小于0.18,但这3个亚群与G4、G5亚群的遗传距离都大于0.30,特别是G1与G5的遗传距离为1.253。【结论】国内晾晒烟(G1~G3)与美国选育晒烟材料(G4)及当前代表主栽烤烟品种及其骨干亲本(G5)比较,具有相对较大的遗传多样性,但因地理分离原因,在遗传基础上出现了明显分化,后期可在G1亚群中选择优良代表性种质作为烟草育种的亲本材料,以拓宽我国主栽烤烟品种的遗传背景及保护濒危的晒晾烟种质基因资源。 展开更多
关键词 晒晾烟 亲缘关系 遗传多样性 遗传结构 SNP标记
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dsRNA纳米融合制剂研制及对烟草普通花叶病毒和烟草脉带花叶病毒的抑制效果
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作者 张盼 郭玉双 +4 位作者 汪汉成 尹国英 曹领改 贾蒙骜 余永旭 《农药学学报》 北大核心 2025年第3期473-483,399,共12页
由烟草普通花叶病毒(TMV)和烟草脉带花叶病毒(TVBMV)所致花叶病是烟草上的主要病害,严重威胁烟叶产业的可持续发展。纳米材料介导的RNA干扰(RNAi)是一种新型的绿色、安全、高效防治技术,在植物病毒病防治中有着巨大的应用潜力。本研究... 由烟草普通花叶病毒(TMV)和烟草脉带花叶病毒(TVBMV)所致花叶病是烟草上的主要病害,严重威胁烟叶产业的可持续发展。纳米材料介导的RNA干扰(RNAi)是一种新型的绿色、安全、高效防治技术,在植物病毒病防治中有着巨大的应用潜力。本研究旨在筛选出对TMV和TVBMV病毒抑制效果最佳的靶标序列,并通过双链RNA(dsRNA)纳米材料递送体系解析其对TMV和TVBMV的抑制效果。基于TMV基因组的外壳蛋白(CP)和P126基因,以及TVBMV基因组的CP和HC Pro基因设计靶标片段,结合病毒诱导基因沉默(VIGS)试验,明确不同片段对TMV和TVBMV的抑制效果,筛选最佳靶标片段。体外合成dsRNA,并分别与3种纳米材料壳聚糖(CS)、碳量子点(CQD)和石墨烯量子点(GQD)融合,筛选最佳融合比例并制备得到纳米材料-dsRNA制剂,通过激光粒度仪、Zeta电位测试仪和透射电镜对3种纳米制剂进行了表征,验证了3种制剂对TMV和TVBMV的抑制效果。结果表明:VIGS注射P126对TMV的抑制效果较好,平均抑制率为53.96%;VIGS注射V-HC对TVBMV的抑制效果较好,平均抑制率为61.22%;表明P126和HC Pro基因片段为TMV和TVBMV的最佳靶标。dsRNA和纳米材料的融合试验表明,dsRNA和CS的最佳融合质量比为1∶1,dsRNA和CQD的最佳融合质量比为1∶10;dsRNA和GQD的最佳融合质量比为1∶7。纳米制剂的表征结果证明,dsRNA被成功负载在纳米材料上。纳米材料-dsRNA制剂对TMV和TVBMV的病毒抑制验证试验表明,纳米制剂显著提高了dsRNA对TMV和TVBMV的抑制效果,且GQDdsRNA和CQD-dsRNA组合的抑制效果最佳。 展开更多
关键词 烟草普通花叶病毒 烟草脉带花叶病毒 RNA干扰 双链RNA 抑制效果 纳米材料
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烟草转基因研究常用遗传元件筛查策略 被引量:2
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作者 余婧 张孝廉 +2 位作者 赵丹 邹颉 赵杰宏 《中国烟草学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第1期78-83,共6页
通过检索国内外近10年烟草转基因研究的相关文献,建立了转基因烟草常用转化遗传元件的数据库,统计了每个遗传元件及组合元件的使用频率后,发现利用7种遗传元件,包括:启动子P-35S、标记基因NPT II、HPT、Bar和aadA、报告基因GUS及终止子T... 通过检索国内外近10年烟草转基因研究的相关文献,建立了转基因烟草常用转化遗传元件的数据库,统计了每个遗传元件及组合元件的使用频率后,发现利用7种遗传元件,包括:启动子P-35S、标记基因NPT II、HPT、Bar和aadA、报告基因GUS及终止子T-NOS作为靶标元件组合,能使目前烟草转基因事件的理论筛查率达到100%,从而构建出转基因烟草的优化筛查策略。 展开更多
关键词 转基因烟草 遗传元件 转基因筛查
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烟草白粉病抗性连锁分子标记开发及育种利用 被引量:2
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作者 张孝廉 张吉顺 +2 位作者 贾蒙骜 张莉莉 曹领改 《中国烟草学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期45-51,共7页
【目的】提高烟草白粉病抗病育种效率,有效防止抗性丢失。【方法】通过烟草种质资源白粉病抗性鉴定获得抗源材料,利用F2和BCF1分离群体进行白粉病抗性遗传规律和分子标记连锁分析,开发与烟草白粉病抗性紧密连锁的分子标记。【结果】获... 【目的】提高烟草白粉病抗病育种效率,有效防止抗性丢失。【方法】通过烟草种质资源白粉病抗性鉴定获得抗源材料,利用F2和BCF1分离群体进行白粉病抗性遗传规律和分子标记连锁分析,开发与烟草白粉病抗性紧密连锁的分子标记。【结果】获得白粉病抗源材料2份,分别为台烟7号和KE1,其中台烟7号的白粉病抗性符合双基因隐性遗传规律。根据抗感亲本的NtMLO基因的差异开发了分子标记,利用分离群体证明该标记与白粉病抗性共分离,并应用于主栽品种的抗性回交改良。【结论】开发了与烟草Ntmlo白粉病抗性共分离的分子标记,可显著提高烟草白粉病抗病育种效率。 展开更多
关键词 白粉病 分子标记 回交改良 资源鉴定
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两个烟草Nup96基因的分子克隆及其表达分析 被引量:1
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作者 林世锋 王仁刚 +4 位作者 史跃伟 张孝廉 邹颉 任学良 余婧 《中国烟草学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第4期83-88,共6页
为研究烟草低温早花的分子机理,采用RT-PCR结合RACE法,从烟草品种NC82中克隆到2个Nup96基因c DNA全长序列,分别命名为Nt Nup96a和Nt Nup96b,Gen Bank登陆号分别为KU558693和KU558694。序列分析表明2个基因均编码1037个氨基酸残基的蛋白... 为研究烟草低温早花的分子机理,采用RT-PCR结合RACE法,从烟草品种NC82中克隆到2个Nup96基因c DNA全长序列,分别命名为Nt Nup96a和Nt Nup96b,Gen Bank登陆号分别为KU558693和KU558694。序列分析表明2个基因均编码1037个氨基酸残基的蛋白,氨基酸序列一致性为97%,与拟南芥Nup96蛋白(NP_178183)的序列一致性为60%;2个基因编码蛋白具有典型的植物Nup96结构特性,包含1个Nup96结构域和1个自酶解结构域。荧光定量PCR分析表明:在正常的生长条件下,Nt Nup96a和Nt Nup96b在烟草各组织中均有表达,在叶片中的表达量较弱,且随着植株生长其表达量显著下降;在12℃处理10天后,在烟草叶片中2基因的表达都出现了明显的下调,这一结果提示Nup96可能是烟草开花时间调控的抑制因子,其受低温诱导下调表达可能与NC82低温敏感,易早花特性相关。 展开更多
关键词 烟草 Nup96 基因克隆 表达分析
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拟松材线虫类毒液过敏原蛋白基因Bm-vap-1的克隆与分析
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作者 李莉 余婧 +7 位作者 王仁刚 杨春元 林世锋 朱秀 叶子 李国红 陈越男 吴沙沙 《福建农林大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第5期599-608,共10页
【目的】克隆拟松材线虫类毒液过敏原蛋白(VAP)基因Bm-vap-1,并进行表达特性分析,为深入研究Bm-vap-1基因在拟松材线虫与寄主互作过程中的作用提供参考。【方法】以拟松材线虫体前端特异cDNA文库构建和测序获得的VAP基因片段为基础,通过... 【目的】克隆拟松材线虫类毒液过敏原蛋白(VAP)基因Bm-vap-1,并进行表达特性分析,为深入研究Bm-vap-1基因在拟松材线虫与寄主互作过程中的作用提供参考。【方法】以拟松材线虫体前端特异cDNA文库构建和测序获得的VAP基因片段为基础,通过cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆得到该基因的全长cDNA序列,将其命名为Bm-vap-1。利用生物信息学软件预测Bm-VAP-1蛋白的理化性质、信号肽和跨膜区,并通过生物数据库对其同源性和保守结构域进行分析。然后利用实时荧光定量PCR检测该基因在拟松材线虫不同虫态中的表达水平,并利用原位杂交技术进行转录组表达定位。【结果】Bm-vap-1基因开放阅读框序列长度为621 bp,编码206个氨基酸,GenBank登录号为GU451046。编码蛋白质的分子质量为22.49 ku,理论等电点为4.61,与松材线虫、豆伞滑刃线虫和冲绳伞滑刃线虫VAP同源蛋白的序列一致性较高,含有1个典型且保守的CAP结构域,存在信号肽,无跨膜结构域,属于分泌型蛋白。实时荧光定量PCR结果显示,Bm-vap-1基因在拟松材线虫各个虫态中均有表达,但在成虫中的表达量较高。原位杂交结果表明,Bm-vap-1基因在拟松材线虫的食道腺特异表达。【结论】成功克隆了拟松材线虫Bm-vap-1基因,初步推测其编码蛋白在线虫食道腺合成,且在线虫寄生过程中分泌到体外发挥作用。 展开更多
关键词 拟松材线虫 类毒液过敏原蛋白 生物信息学 表达水平 原位杂交
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豆伞滑刃线虫类转甲状腺素基因(Bd-TTL-1)的克隆与表达定位分析 被引量:1
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作者 林世锋 王仁刚 +4 位作者 杨志晓 王自力 李莉 朱秀 陈越男 《南方农业学报》 北大核心 2025年第3期816-826,共11页
[目的]克隆豆伞滑刃线虫(Bursaphelenchus doui)类转甲状腺素(Transthyretin-like,TTL)基因Bd-TTL-1并进行表达特性分析,为进一步研究该基因的生物学功能打下基础。[方法]以植物寄生线虫豆伞滑刃线虫为试验材料,以其体前端cDNA为试验方... [目的]克隆豆伞滑刃线虫(Bursaphelenchus doui)类转甲状腺素(Transthyretin-like,TTL)基因Bd-TTL-1并进行表达特性分析,为进一步研究该基因的生物学功能打下基础。[方法]以植物寄生线虫豆伞滑刃线虫为试验材料,以其体前端cDNA为试验方,体后端cDNA为驱动方,利用固相消减杂交方法构建豆伞滑刃线虫体前端特异cDNA文库。利用反向Northern杂交和测序筛选文库,结合RACE技术获得Bd-TTL-1基因全长序列,并利用生物信息学软件及数据库对Bd-TTL-1蛋白的理化性质、信号肽、跨膜区、同源性和保守结构域进行预测分析。利用实时荧光定量PCR和原位杂交分别进行基因发育模式和表达定位分析。[结果]成功构建1个豆伞滑刃线虫体前端特异cDNA文库。通过反向Northern杂交、测序与RACE技术相结合的方法克隆获得豆伞滑刃线虫TTL全长基因Bd-TTL-1,GenBank登录号PQ276066。Bd-TTL-1基因DNA编码区全长497 bp,包括2个外显子和1个内含子;cDNA编码区全长435 bp,编码144个氨基酸。预测Bd-TTL-1蛋白的相对分子量为15.86 kD,理论等电点为9.37;Bd-TTL-1蛋白含有1个典型且保守的TTL蛋白结构域,存在信号肽但无跨膜结构域,属于分泌性蛋白。实时荧光定量PCR结果显示,Bd-TTL-1基因在豆伞滑刃线虫各发育阶段均有表达,但在虫卵期表达微弱,显著低于其他发育阶段(P<0.05)。原位杂交结果显示,Bd-TTL-1基因在豆伞滑刃线虫的食道腺特异表达。[结论]豆伞滑刃线虫Bd-TTL-1蛋白的氨基酸序列含有1个TTL蛋白保守结构域,是一种具有信号肽但无跨膜结构域的分泌性蛋白;Bd-TTL-1基因在豆伞滑刃线虫食道腺中特异表达,初步推测编码蛋白在寄生过程中通过口针释放到体外发挥作用。 展开更多
关键词 豆伞滑刃线虫 类转甲状腺素 生物信息学 表达分析 原位杂交
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赤星病胁迫对不同抗性烟草品种光合作用和叶绿素荧光特性的影响 被引量:54
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作者 杨志晓 丁燕芳 +5 位作者 张小全 薛刚 王轶 任学良 任周营 杨铁钊 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第12期4146-4154,共9页
以不同烟草赤星病抗性品种JYH(抗病品种)和CBH(感病品种)为材料,在盆栽试验条件下,调查不同烟草赤星病胁迫程度(轻度胁迫、中度胁迫和重度胁迫)对光合色素含量、光合作用参数和叶绿素荧光动力学特征的影响。结果显示:1)烟草赤星病胁迫导... 以不同烟草赤星病抗性品种JYH(抗病品种)和CBH(感病品种)为材料,在盆栽试验条件下,调查不同烟草赤星病胁迫程度(轻度胁迫、中度胁迫和重度胁迫)对光合色素含量、光合作用参数和叶绿素荧光动力学特征的影响。结果显示:1)烟草赤星病胁迫导致2个品种的叶绿素a、叶绿素b、总叶绿素和类胡萝卜素含量均呈下降趋势,且JYH的降幅小于CBH。2)除JYH的净光合速率在轻度胁迫下有所增加外,JYH、CBH的净光合速率、气孔导度因烟草赤星病胁迫而降低。2个品种的胞间CO2浓度、气孔限制值变化具有明显差异,烟草赤星病胁迫导致CBH的胞间CO2浓度上升,气孔限制值则明显下降,这与JYH在重度胁迫下的变化趋势一致。而JYH的胞间CO2浓度在轻度、中度胁迫降低,气孔限制值则呈上升趋势。3)烟草赤星病胁迫下,2个品种的初始荧光(F0)、非光化学猝灭系数(NPQ)均有所增加。重度胁迫下,JYH、CBH的F0分别比对照增加16.5%、34.48%,NPQ分别上升95.54%、137.45%,差异均达到显著水平。而各品种的最大荧光(Fm)、可变荧光(Fv)、PSⅡ最大光化学效率(Fv/Fm)、PSⅡ潜在活性(Fv/F0)、光化学淬灭系数(qp)、PSⅡ实际光化学效率(ΦPSⅡ)在烟草赤星病胁迫下均呈下降趋势,降幅表现为JYH<CBH。研究结果表明,JYH的光合色素、光合作用和叶绿素荧光特性受烟草赤星病胁迫影响小于CBH,维持较高的光合性能是对烟草赤星病具有较强抗性的生理基础。 展开更多
关键词 烟草 烟草赤星病 光合色素 光合特性 叶绿素荧光参数
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线粒体旁路氧化途径抑制剂水杨肟酸(SHAM)协同下烟草赤星病菌对嘧菌酯的敏感性 被引量:4
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作者 黄艳飞 陈庆园 +6 位作者 王进 薛娟娟 王茂胜 鲁红学 商胜华 张长青 汪汉成 《中国烟草学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第6期65-70,共6页
测定了线粒体旁路氧化途径抑制剂水杨肟酸(SHAM)协同下烟草赤星病菌对嘧菌酯的敏感性。结果表明:嘧菌酯抑制病原菌菌丝生长和孢子萌发的EC50值分别为25.8300 mg/L和0.0500 mg/L,在100 mg/L SHAM协同下,EC50值分别降低为15.5200和0.0038 ... 测定了线粒体旁路氧化途径抑制剂水杨肟酸(SHAM)协同下烟草赤星病菌对嘧菌酯的敏感性。结果表明:嘧菌酯抑制病原菌菌丝生长和孢子萌发的EC50值分别为25.8300 mg/L和0.0500 mg/L,在100 mg/L SHAM协同下,EC50值分别降低为15.5200和0.0038 mg/L;SHAM对烟草赤星病菌菌丝的生长和分生孢子的萌发没有影响。研究说明SHAM增强了嘧菌酯对烟草赤星病菌的毒力,线粒体电子传递的旁路氧化途径存在于烟草赤星病菌中,且在孢子萌发中的增效强于菌丝生长阶段。 展开更多
关键词 烟草赤星病菌 嘧菌酯 水杨肟酸 敏感性
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烟草赤星病胁迫对不同抗性品种光合特性和渗透调节的影响 被引量:6
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作者 杨志晓 薛刚 +6 位作者 丁燕芳 张小全 刘红峰 张杰 王轶 任学良 杨铁钊 《中国烟草学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第3期82-87,共6页
以抗烟草赤星病品种净叶黄(JYH)和感病品种长脖黄(CBH)为材料,在盆栽试验条件下,研究不同烟草赤星病胁迫程度(轻度胁迫、中度胁迫和重度胁迫)对光合特性和渗透调节的影响。结果显示:⑴烟草赤星病胁迫导致2个品种的叶绿素a、叶绿素b、总... 以抗烟草赤星病品种净叶黄(JYH)和感病品种长脖黄(CBH)为材料,在盆栽试验条件下,研究不同烟草赤星病胁迫程度(轻度胁迫、中度胁迫和重度胁迫)对光合特性和渗透调节的影响。结果显示:⑴烟草赤星病胁迫导致2个品种的叶绿素a、叶绿素b、总叶绿素和类胡萝卜素含量均呈下降趋势,且JYH的降幅小于CBH。⑵JYH、CBH的净光合速率、气孔导度因烟草赤星病胁迫而降低。2个品种的胞间CO2浓度、气孔限制值变化具有明显差异,烟草赤星病胁迫导致CBH的胞间CO2浓度上升,气孔限制值则明显下降,这与JYH在重度胁迫下的变化趋势一致。而JYH的胞间CO2浓度在轻度、中度胁迫降低,气孔限制值则呈上升趋势。⑶与CBH相比,JYH在烟草赤星病胁迫下具有较高的脯氨酸和可溶性总糖含量,较低的MDA含量。研究结果表明,JYH具有较强的光合作用和渗透物质调节能力,是对烟草赤星病胁迫具有较强抗性的生理基础。 展开更多
关键词 烟草 烟草赤星病 光合色素 光合作用 渗透调节
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豆伞滑刃线虫类毒液过敏原蛋白基因Bd-VAP-1的克隆及原位杂交分析
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作者 林世锋 王仁刚 +4 位作者 林英超 王自力 李莉 李国红 吴沙沙 《福建农业学报》 北大核心 2025年第6期602-609,共8页
【目的】克隆豆伞滑刃线虫(Bursaphelenchus doui)类毒液过敏原蛋白(venom allergen-like protein,VAP)基因Bd-VAP-1,并进行表达特性分析,为深入研究Bd-VAP-1基因在豆伞滑刃线虫与寄主互作过程中的作用提供参考。【方法】以包括食道腺... 【目的】克隆豆伞滑刃线虫(Bursaphelenchus doui)类毒液过敏原蛋白(venom allergen-like protein,VAP)基因Bd-VAP-1,并进行表达特性分析,为深入研究Bd-VAP-1基因在豆伞滑刃线虫与寄主互作过程中的作用提供参考。【方法】以包括食道腺、分泌孔和头感器在内的豆伞滑刃线虫体前端材料作为测验组,以包括肠道在内的豆伞滑刃线虫体后端材料作为驱动组,选择固相消减杂交策略构建豆伞滑刃线虫体前端特异表达cDNA文库。通过反向Northern杂交鉴定和测序获得差异表达基因序列,结合c DNA末端快速克隆(rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术获得目的基因全长序列,并利用生物信息学方法进行序列特征分析;最后利用原位杂交技术进行基因表达定位。【结果】成功构建1个豆伞滑刃线虫体前端特异表达cDNA文库,并利用反向Northern印迹杂交、测序和RACE等技术,从豆伞滑刃线虫中分离鉴定出1个类毒液过敏原蛋白(VAP)基因,命名为Bd-VAP-1,GenBank登录号为GU451047。Bd-VAP-1基因开放阅读框全长为644 bp,包括2个外显子和1个内含子;编码区全长为609bp,编码202个氨基酸。预测蛋白质的相对分子量为22.32 kDa,理论等电点为4.86,与松材线虫和拟松材线虫VAP同源蛋白的序列一致性较高,含有1个典型且保守的CAP结构域,存在信号肽但无跨膜结构域,属于分泌型蛋白。原位杂交结果表明,Bd-VAP-1基因在豆伞滑刃线虫体前端的食道腺特异表达。【结论】成功克隆了豆伞滑刃线虫Bd-VAP-1基因,初步推测其编码蛋白在线虫食道腺合成,并在线虫与宿主互作过程中分泌到体外发挥作用。 展开更多
关键词 豆伞滑刃线虫 特异cDNA文库 类毒液过敏原蛋白 生物信息学 原位杂交
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豆伞滑刃线虫类FMRF酰胺多肽基因的克隆与分析
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作者 林世锋 王仁刚 +4 位作者 王自力 李莉 陈越男 吴沙沙 刘国琴 《华北农学报》 北大核心 2025年第3期166-172,共7页
为探究豆伞滑刃线虫与寄主植物互作的分子机制,通过构建豆伞滑刃线虫体前端特异cDNA文库与RACE技术相结合的方法克隆获得1个豆伞滑刃线虫类FMRF酰胺多肽基因Bd-FLP-12,并应用生物信息学方法进行序列分析,应用Southern杂交和半定量RT-PC... 为探究豆伞滑刃线虫与寄主植物互作的分子机制,通过构建豆伞滑刃线虫体前端特异cDNA文库与RACE技术相结合的方法克隆获得1个豆伞滑刃线虫类FMRF酰胺多肽基因Bd-FLP-12,并应用生物信息学方法进行序列分析,应用Southern杂交和半定量RT-PCR方法分别检测基因拷贝数和在不同发育阶段的表达水平。序列分析表明,Bd-FLP-12编码蛋白由90个氨基酸残基组成,其中含有1个信号肽序列和1个FLP-12成熟肽序列,无跨膜结构域,属于分泌型蛋白。根据Southern杂交结果推测,Bd-FLP-12基因在豆伞滑刃线虫基因组中为单拷贝。半定量RT-PCR结果显示,Bd-FLP-12在豆伞滑刃线虫各龄期均有表达,但在卵期相对比较微弱。综上,首次在豆伞滑刃线虫中克隆获得Bd-FLP-12基因全长序列,解析了该基因的结构、性质和表达特征,为进一步研究该基因的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 豆伞滑刃线虫 类FMRF酰胺多肽 生物信息学 SOUTHERN杂交 表达分析
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烟草内生细菌多样性研究 被引量:5
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作者 王茂胜 汪汉成 +4 位作者 马莹 郭亚利 胡向丹 黄鸿 蒋选利 《广东农业科学》 CAS 2015年第23期59-64,共6页
为了揭示烟草内生细菌多样性,选择K326、云85和红花大金元3个烤烟品种进行内生细菌的分离和16S r DNA序列分析鉴定,获得不同品种烟草内生细菌的多样性特征。结果显示,27株内生细菌分别属于枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis(33%)、蕈状芽... 为了揭示烟草内生细菌多样性,选择K326、云85和红花大金元3个烤烟品种进行内生细菌的分离和16S r DNA序列分析鉴定,获得不同品种烟草内生细菌的多样性特征。结果显示,27株内生细菌分别属于枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis(33%)、蕈状芽孢杆菌Bacillus mycoides(4%)、芽孢杆菌属Bacillus sp.(11%)、肠杆菌属Enterobacter sp.(4%)、寡养单胞菌Stenotrophomonas sp.(4%)、热带根瘤菌Rhizobium tropici(4%)、假单胞菌属Pseudomonas sp.(4%)、土地芽孢杆菌属Terribacillus sp.(4%),芽孢杆菌属Bacillus sp.为优势细菌类群。3个品种的Shannon index(H′)以K326最高、为2.02,其次是云85、为1.48,红花大金元最低、为1.3。 展开更多
关键词 烟草 内生细菌 多样性 16S RDNA
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豆伞滑刃线虫体前端特异cDNA文库的构建及部分EST序列分析
14
作者 林世锋 王仁刚 +4 位作者 余世洲 王自力 张洁 李莉 杨春元 《西北林学院学报》 北大核心 2025年第6期180-188,197,共10页
为寻找豆伞滑刃线虫寄生相关基因,尤其是线虫食道腺特异表达的寄生相关基因,以豆伞滑刃线虫切割成包括食道腺、分泌孔和头感器的体前端为测验子(tester),以包括肠道的体后端为驱赶子(driver),利用改进的固相消减杂交方法和反向Northern... 为寻找豆伞滑刃线虫寄生相关基因,尤其是线虫食道腺特异表达的寄生相关基因,以豆伞滑刃线虫切割成包括食道腺、分泌孔和头感器的体前端为测验子(tester),以包括肠道的体后端为驱赶子(driver),利用改进的固相消减杂交方法和反向Northern杂交技术,构建和筛选豆伞滑刃线虫体前端特异cDNA文库,并对体前端特异表达克隆进行生物信息学分析。结果表明,本研究构建了一个豆伞滑刃线虫体前端特异cDNA文库。PCR验证消减文库阳性克隆的插入片段为250~750 bp。经反向Northern杂交,验证大部分阳性克隆为体前端特异表达,经测序获得972条有效序列。通过BLASTX比对分析发现:文库中包含多个与植物寄生相关的基因,特别是几个经典的线虫食道腺特异表达基因,其中包括2个类毒过敏原蛋白基因。原位杂交结果显示,2个类毒过敏原蛋白基因均在豆伞滑刃线虫的食道腺细胞特异表达。综上所述,试验结果丰富了豆伞滑刃线虫寄生相关基因数据库,为研究豆伞滑刃线虫与寄主植物互作的分子机制奠定了基础。 展开更多
关键词 豆伞滑刃线虫 固相消减杂交 特异cDNA文库 反向Northern杂交 序列分析 原位杂交
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普通烟草八氢番茄红素脱氢酶基因的原核表达及表达谱分析 被引量:5
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作者 钟晓武 付强 +4 位作者 邹颉 林世峰 郭玉双 赵杰宏 任学良 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期838-843,共6页
基于NCBI数据库中本氏烟(Nicotiana benthamiana)的烟草八氢番茄红素脱氢酶PDS基因(ABE99707)的核苷酸序列,设计并合成特异性引物,以烟草栽培品种红花大金元叶片总RNA为模板,通过PCR方法获得了烟草NtPDS基因的cDNA片段。序列分析表明,... 基于NCBI数据库中本氏烟(Nicotiana benthamiana)的烟草八氢番茄红素脱氢酶PDS基因(ABE99707)的核苷酸序列,设计并合成特异性引物,以烟草栽培品种红花大金元叶片总RNA为模板,通过PCR方法获得了烟草NtPDS基因的cDNA片段。序列分析表明,该基因编码区为1749 bp,编码582个氨基酸,推测该蛋白等电点为7.53,理论分子量为65.04 kD。通过构建融合表达载体pET-32a-NtPDS,并转化大肠杆菌BL21(DE3),在37℃下经1 mmol/L IPTG诱导4 h表达后,产生了以可溶性蛋白形式存在的NtPDS融合蛋白,并通过Western blotting验证融合蛋白获得表达。利用半定量RT-PCR技术进行组织表达模式分析发现,该基因在烟草的叶片、花和茎中均有表达,在根中没有表达。该结果为进一步研究烟草八氢番茄红素脱氢酶NtPDS的活性和生物学功能奠定了基础。 展开更多
关键词 烟草 八氢番茄红素脱氢酶 原核表达 表达谱
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豆伞滑刃线虫扩展蛋白基因BdEXP1克隆与分析
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作者 郭凯阳 林世锋 +5 位作者 王仁刚 李莉 张洁 余世洲 王自力 刘国琴 《广东农业科学》 2025年第4期53-62,共10页
【目的】克隆豆伞滑刃线虫扩展蛋白(Expansin,EXP)基因BdEXP1并进行表达特性分析,为深入研究BdEXP1基因在豆伞滑刃线虫与寄主互作过程中的作用提供参考。【方法】基于前期豆伞滑刃线虫体前端特异表达cDNA文库的筛选和测序结果,通过RACE... 【目的】克隆豆伞滑刃线虫扩展蛋白(Expansin,EXP)基因BdEXP1并进行表达特性分析,为深入研究BdEXP1基因在豆伞滑刃线虫与寄主互作过程中的作用提供参考。【方法】基于前期豆伞滑刃线虫体前端特异表达cDNA文库的筛选和测序结果,通过RACE技术克隆目的基因cDNA全长序列,并进行生物信息学分析;利用Southern杂交技术确定基因拷贝数,利用实时荧光定量PCR和原位杂交技术分别进行基因表达模式和表达定位分析。【结果】克隆获得BdEXP1基因cDNA全长序列,GenBank登录号为PQ276072。该基因cDNA编码区长450 bp,编码149个氨基酸;DNA编码区长499 bp,包含2个外显子和1个内含子,为多拷贝基因。BdEXP1蛋白质相对分子量为16.16 kD,理论等电点为7.47,与松材线虫相似度最高、达64%,含有1个典型且保守的DPBB_SPI-like结构域,存在信号肽但无跨膜结构域,属于分泌型蛋白。实时荧光定量PCR分析表明,BdEXP1在豆伞滑刃线虫各个龄期表达无明显差异。原位杂交分析表明,BdEXP1基因在豆伞滑刃线虫食道腺特异表达。【结论】成功克隆豆伞滑刃线虫BdEXP1基因,并证明该基因在线虫食道腺特异表达,推测其编码蛋白在线虫与寄主互作过程中分泌到体外发挥作用。 展开更多
关键词 豆伞滑刃线虫 扩展蛋白 生物信息学 SOUTHERN杂交 原位杂交
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烟属40份种质资源的花粉形态及其分类学意义
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作者 郭凯阳 王仁刚 +4 位作者 王自力 林世锋 杨志晓 张洁 刘国琴 《中国烟草科学》 北大核心 2025年第3期12-19,共8页
为探究烟属植物的孢粉学特征及其分类学意义,通过电镜扫描的方法观察了烟属36份野生种及4份栽培品种的花粉形态,并用聚类分析的方法研究了烟属花粉的分类学关系。结果显示,40份材料的花粉形态为:单胞花粉,等极,三孔沟或四孔沟,球形至超... 为探究烟属植物的孢粉学特征及其分类学意义,通过电镜扫描的方法观察了烟属36份野生种及4份栽培品种的花粉形态,并用聚类分析的方法研究了烟属花粉的分类学关系。结果显示,40份材料的花粉形态为:单胞花粉,等极,三孔沟或四孔沟,球形至超长球形,P/E=1.66(0.99~2.16),尺寸39.96(26.55~58.08)μm×24.28(17.83~33.79)μm,外壁纹饰有疣状、疣状-褶皱状、褶皱状、褶皱状-条纹状、条纹状、条纹状-网状、网状等7种类型,其中含有条纹状纹饰的种最多,且大部分种外壁上具有穿孔,花粉的外壁纹饰和花粉大小是鉴别烟属花粉的主要特征。以特征值对40份材料进行聚类分析,在相似系数为15.73时,40个种被分为3个类群,普通烟草组、圆锥烟草组、渐尖叶烟草组、残波烟草组、绒毛烟草组以及三角叶烟草组6个组的聚类结果与Knapp分类系统一致。孢粉学分析为烟属的分类研究提供重要佐证,分类结果总体支持分子系统的研究结果。 展开更多
关键词 烟属 野生种 花粉形态 电镜扫描 分类学
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一株突破va基因型烟草抗性的PVY病毒分离物的鉴定 被引量:2
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作者 李若 李尊强 +6 位作者 万秀清 乔婵 郭玉双 潘红杏 崔晓 陈荣平 郭兆奎 《中国烟草学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第4期72-77,共6页
【背景和目的】近来,能突破va基因型抗性的马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)毒株在烟草上不断出现。2016年,我们分离到一株抗性突破的毒株PVY-CJ,本文对该病毒分离物进行了验证和鉴定。【方法】采用病毒重新接种、多重RT-PCR、RT-PCR分... 【背景和目的】近来,能突破va基因型抗性的马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)毒株在烟草上不断出现。2016年,我们分离到一株抗性突破的毒株PVY-CJ,本文对该病毒分离物进行了验证和鉴定。【方法】采用病毒重新接种、多重RT-PCR、RT-PCR分段扩增病毒全长基因组、PVY病毒分子进化分析及病毒蛋白VPg蛋白序列比对等方法对PVY-CJ毒株进行了验证和鉴定。【结果】三种重新接种了PVY-CJ的va基因型烟草品种均发病。多重RT-PCR结果将PVY-CJ鉴定为PVYNTN株系。序列分析表明,PVY-CJ全长基因组包含一个全长9180 nt的开放读框,其编码一个3060 AA的多聚蛋白。分子进化分析进一步验证了其归类于PVYNTN株系。相比其他PVYNTN株系毒株,PVY-CJ的VPg蛋白105位氨基酸出现了一个由赖氨酸到谷氨酸的替换,而这一氨基酸替换导致了其对va基因来源抗性的突破。【结论】我们首次报道并鉴定了国内一株能突破va基因型烟草抗性的PVY毒株—PVY-CJ。这为进一步研制PVY抗病烟草品种提供了材料。 展开更多
关键词 烟草 PVY va基因型 抗性突破 鉴定 PVY-CJ
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烟草叶宽性状主效QTL定位及育种评价 被引量:3
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作者 赵会纳 雷波 +6 位作者 程立锐 余婧 蒋彩虹 刘旦 杨爱国 王兵 余世洲 《中国烟草科学》 CSCD 北大核心 2023年第1期1-7,共7页
为研究烟草叶宽性状调控的遗传规律,定位其主效QTL位点,利用烟草SNP芯片对构建的重组自交系(Recombinant Inbred Lines, RILs)群体(小黄金1025×Beinhart1000-1)进行基因分型,并使用IciMapping 4.2软件的ICIM-ADD方法在全基因组范... 为研究烟草叶宽性状调控的遗传规律,定位其主效QTL位点,利用烟草SNP芯片对构建的重组自交系(Recombinant Inbred Lines, RILs)群体(小黄金1025×Beinhart1000-1)进行基因分型,并使用IciMapping 4.2软件的ICIM-ADD方法在全基因组范围内定位到6个与叶宽性状相关的QTL,分别位于2、4、9、13、17和20号连锁群上,可以解释2.9%~36.8%的表型遗传变异;其中qMLW20-1可解释36.8%的表型变异,为主效基因。以K326为轮回亲本、Samsun为主效基因qMLW20-1供体亲本构建染色体片段代换系评估烟草叶宽主效QTL的遗传效应,结果表明,导入qMLW20-1主效基因能显著提高烟叶叶宽,其中G3材料显著提高了烟叶钾含量,感官质量等其他重要性状与对照无显著性差异,未携带不良性状基因,具有较好的育种利用价值。研究结果为克隆叶宽性状主效基因和进行分子改良奠定了基础。 展开更多
关键词 叶宽 重组自交系 染色体片段代换系 QTL 育种评价
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烟草糖基转移酶基因NtGT3的克隆与生物信息学分析 被引量:5
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作者 任学良 李立芹 +2 位作者 许力 郭玉双 鲁黎明 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第1期23-30,共8页
为了给烟草糖基转移酶的生物学功能研究奠定基础,根据在GenBank上登录的烟草糖基转移酶基因NtGT3的CDS序列,以烟草栽培品种K326为材料,采用PCR的方法,对目的基因进行克隆,并测序。根据测序的结果,采用各类分析软件,对所获得的DNA片段进... 为了给烟草糖基转移酶的生物学功能研究奠定基础,根据在GenBank上登录的烟草糖基转移酶基因NtGT3的CDS序列,以烟草栽培品种K326为材料,采用PCR的方法,对目的基因进行克隆,并测序。根据测序的结果,采用各类分析软件,对所获得的DNA片段进行生物信息学分析。结果通过PCR的方法,成功克隆了烟草糖基转移酶基因NtGT3的全长CDS序列。生物信息学分析结果表明,该基因CDS全长1 449 bp,所编码的蛋白质包含482个氨基酸。其分子量为54.15 ku,等电点为5.53。在二级结构上,α-螺旋和无规则卷曲为蛋白的主要结构形式。在三级结构上,具有42%的α-螺旋以及15%的β-折叠。NtGT3蛋白是一个亲水性蛋白质,含有2个糖基化位点,不含信号肽。NtGT3蛋白广泛分布于细胞中,在细胞膜、微体、高尔基体及内质网膜的分布分别达到了79%、31.9%、30%及20%。功能结构域分析结果证实,该蛋白包含有糖基转移酶家族的功能保守域PLN03015,属于GTB类型的糖基转移酶超级家族。同源性分析结果表明,NtGT3蛋白与枸杞、睡茄、甘薯、可可、猕猴桃、杨树、葡萄、野生大豆及拟南芥等的糖基转移酶有较高的序列相似性。NtGT3基因的成功克隆,为该基因功能的深入研究提供了理论支撑。 展开更多
关键词 烟草 糖基转移酶 基因
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