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杨树种质SSR指纹数据库构建
被引量：
10
1
作者
刘超凡
张国君
徐刚标
《中南林业科技大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期97-104,共8页
【目的】构建林木种质资源指纹数据库是林木种质材料遗传鉴定的前提,也可为林木杂交育种提供清晰的遗传学背景。【方法】选取亲缘关系较远的8份杨树无性系材料筛选SSR引物,基于TP-M13-SSR技术进行SSR-PCR扩增,采用ABI3730XL毛细管电泳...
【目的】构建林木种质资源指纹数据库是林木种质材料遗传鉴定的前提,也可为林木杂交育种提供清晰的遗传学背景。【方法】选取亲缘关系较远的8份杨树无性系材料筛选SSR引物,基于TP-M13-SSR技术进行SSR-PCR扩增,采用ABI3730XL毛细管电泳系统检测PCR扩增产物,利用GeneMarkerV1.91进行基因分型,Cervus3.0.7估算多态信息含量(PIC)和各位SSR位点无效等位基因频率(pN),POPGENE3.2估算各SSR位点上的等位基因数目(Na)、Shannon信息指数(I)和观测杂合度(HO),NTSYS-pc2.1进行遗传聚类分析。【结果】共筛选出13对条带清晰、重复性好的SSR引物,共扩增出89条多态性条带,单个位点上的等位基因数目为2~12个,平均值为6.5个;Shannon’s信息指数(I)为0.13~1.91,平均值为0.97;多态信息指数(PIC)为0.19~0.81,平均值为0.56;观测杂合度为0.06~0.76,平均值为0.40。聚类分析结果表明,参试的无性系种质材料分为3类,第一类为南林系列无性系;第二类为中林108杨、中潜1号、中潜3-2、中驻2号、中驻4号、中驻6号、中驻7号、中驻8号、浙7、中皖1号、中皖2号、丹红杨、A65/27、南抗4、南抗3;第三类为湘林系列无性系。【结论】TP-M13-SSR分子标记技术能有效地鉴别杨树无性系种质,明晰无性系间亲缘关系,遗传聚类的结果与其谱系关系基本一致。研究结果为杨树无性系种质鉴定及进一步开展杨树杂交育种奠定了基础。
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关键词
杨树
TP-M13-SSR
指纹图谱
聚类分析
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职称材料
基于ddGBS的黑杨派杨树SNP位点挖掘
被引量：
3
2
作者
刘粉粉
姜小龙
+2 位作者
翁文源
龚细娟
徐刚标
《中南林业科技大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第7期178-185,共8页
【目的】基于双酶切测序基因分型(Double-digest genotyping by sequencing,ddGBS)技术,挖掘黑杨派特异性单核苷酸多态性(Single-nucleotide-polymorphism,SNP)位点信息,旨在为杨树SNP标记开发、种质指纹图谱构建、遗传多样性分析及重...
【目的】基于双酶切测序基因分型(Double-digest genotyping by sequencing,ddGBS)技术,挖掘黑杨派特异性单核苷酸多态性(Single-nucleotide-polymorphism,SNP)位点信息,旨在为杨树SNP标记开发、种质指纹图谱构建、遗传多样性分析及重要经济性状关联分析等研究提供位点信息。【方法】以46份黑杨派无性系种质为材料,采用MseI+TaqaI双酶切基因组构建GBS文库并测序,使用Bowtie2将过滤后的序列数据比对到毛果杨参考基因组上,Stacks软件开发SNP位点,SnpEff软件注释SNP位点,R语言分析SNPs位点数目与染色体长度的相关性。【结果】共获得108 Gb数据,每个样本平均数据量为2.35 Gb;样本测序总序列数为218156221条,总碱基为62832509890 bp,样本序列数及其碱基长度的平均值分别为4742526条和1365924128 bp。Q30值为93.32%~94.44%,平均值为93.87%;GC含量为41.83%~44.96%,平均值为42.65%;碱基测序的平均错误率低于0.10%。这表明,GBS测序质量较高。序列比对至参考基因组的成功率为64.25%~73.53%,平均为69.89%;位点测序深度为12.40~24.70,平均值为18.40。过滤后共获得131194个SNP位点,主要位于基因上、下游和转录区,其中,C/T和A/G变异类型最多,转换类型明显高于颠倒类型。98.41%(129104)SNPs位点能成功定位到19条染色体上,位点平均分布密度为1/3188 bp;SNPs位点数目与染色体长度呈极显著线性正相关。【结论】GBS技术能够有效地挖掘SNP位点信息,可用于大规模杨树SNP标记开发,为进一步开展杨树种质指纹图谱构建、遗传多样性分析以及重要经济性状关联分析等研究奠定了基础。
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关键词
杨树
基因组
测序基因分型
单核苷酸多态性位点
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职称材料
题名
杨树种质SSR指纹数据库构建
被引量：
10
1
作者
刘超凡
张国君
徐刚标
机构
中南林业科技大学林学院
湖南省泰格林纸集团有限公司
出处
《中南林业科技大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期97-104,共8页
基金
国家“十三五”重点研发计划课题(2017YFD0601203)。
文摘
【目的】构建林木种质资源指纹数据库是林木种质材料遗传鉴定的前提,也可为林木杂交育种提供清晰的遗传学背景。【方法】选取亲缘关系较远的8份杨树无性系材料筛选SSR引物,基于TP-M13-SSR技术进行SSR-PCR扩增,采用ABI3730XL毛细管电泳系统检测PCR扩增产物,利用GeneMarkerV1.91进行基因分型,Cervus3.0.7估算多态信息含量(PIC)和各位SSR位点无效等位基因频率(pN),POPGENE3.2估算各SSR位点上的等位基因数目(Na)、Shannon信息指数(I)和观测杂合度(HO),NTSYS-pc2.1进行遗传聚类分析。【结果】共筛选出13对条带清晰、重复性好的SSR引物,共扩增出89条多态性条带,单个位点上的等位基因数目为2~12个,平均值为6.5个;Shannon’s信息指数(I)为0.13~1.91,平均值为0.97;多态信息指数(PIC)为0.19~0.81,平均值为0.56;观测杂合度为0.06~0.76,平均值为0.40。聚类分析结果表明,参试的无性系种质材料分为3类,第一类为南林系列无性系;第二类为中林108杨、中潜1号、中潜3-2、中驻2号、中驻4号、中驻6号、中驻7号、中驻8号、浙7、中皖1号、中皖2号、丹红杨、A65/27、南抗4、南抗3;第三类为湘林系列无性系。【结论】TP-M13-SSR分子标记技术能有效地鉴别杨树无性系种质,明晰无性系间亲缘关系,遗传聚类的结果与其谱系关系基本一致。研究结果为杨树无性系种质鉴定及进一步开展杨树杂交育种奠定了基础。
关键词
杨树
TP-M13-SSR
指纹图谱
聚类分析
Keywords
Populus
TP-M13-SSR
fingerprint
cluster analysis
分类号
S792.11 [农业科学—林木遗传育种]
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职称材料
题名
基于ddGBS的黑杨派杨树SNP位点挖掘
被引量：
3
2
作者
刘粉粉
姜小龙
翁文源
龚细娟
徐刚标
机构
中南林业科技大学林学院
湖南省泰格林纸集团有限公司
出处
《中南林业科技大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第7期178-185,共8页
基金
国家“十三五”重点研发计划课题(2017YFD0601203)。
文摘
【目的】基于双酶切测序基因分型(Double-digest genotyping by sequencing,ddGBS)技术,挖掘黑杨派特异性单核苷酸多态性(Single-nucleotide-polymorphism,SNP)位点信息,旨在为杨树SNP标记开发、种质指纹图谱构建、遗传多样性分析及重要经济性状关联分析等研究提供位点信息。【方法】以46份黑杨派无性系种质为材料,采用MseI+TaqaI双酶切基因组构建GBS文库并测序,使用Bowtie2将过滤后的序列数据比对到毛果杨参考基因组上,Stacks软件开发SNP位点,SnpEff软件注释SNP位点,R语言分析SNPs位点数目与染色体长度的相关性。【结果】共获得108 Gb数据,每个样本平均数据量为2.35 Gb;样本测序总序列数为218156221条,总碱基为62832509890 bp,样本序列数及其碱基长度的平均值分别为4742526条和1365924128 bp。Q30值为93.32%~94.44%,平均值为93.87%;GC含量为41.83%~44.96%,平均值为42.65%;碱基测序的平均错误率低于0.10%。这表明,GBS测序质量较高。序列比对至参考基因组的成功率为64.25%~73.53%,平均为69.89%;位点测序深度为12.40~24.70,平均值为18.40。过滤后共获得131194个SNP位点,主要位于基因上、下游和转录区,其中,C/T和A/G变异类型最多,转换类型明显高于颠倒类型。98.41%(129104)SNPs位点能成功定位到19条染色体上,位点平均分布密度为1/3188 bp;SNPs位点数目与染色体长度呈极显著线性正相关。【结论】GBS技术能够有效地挖掘SNP位点信息,可用于大规模杨树SNP标记开发,为进一步开展杨树种质指纹图谱构建、遗传多样性分析以及重要经济性状关联分析等研究奠定了基础。
关键词
杨树
基因组
测序基因分型
单核苷酸多态性位点
Keywords
Populus
genomics
genotyping-by-sequencing
single nucleotide polymorphism locus
分类号
S792.11 [农业科学—林木遗传育种]
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职称材料
题名
作者
出处
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被引量
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杨树种质SSR指纹数据库构建
刘超凡
张国君
徐刚标
《中南林业科技大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
10
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职称材料
2
基于ddGBS的黑杨派杨树SNP位点挖掘
刘粉粉
姜小龙
翁文源
龚细娟
徐刚标
《中南林业科技大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
3
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