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油茶当归酰基辅酶A合成酶候选基因筛选与鉴定
1
作者
资超成
张路红
+5 位作者
赵坤
李昌珠
陈景震
单钦祥
马英姿
陈韵竹
《东北林业大学学报》
北大核心
2025年第9期101-107,113,共8页
为了筛选和鉴定油茶(Camellia oleifera Abel.)当归酰基辅酶A(CoA)合成酶基因,以油茶全基因组为基础,利用Pfam中AMP结合结构域隐马尔可模型(HMM),以拟南芥(Arabidopsis thaliana)ACS基因和具有当归酰基辅酶A合成酶功能的基因序列进行比...
为了筛选和鉴定油茶(Camellia oleifera Abel.)当归酰基辅酶A(CoA)合成酶基因,以油茶全基因组为基础,利用Pfam中AMP结合结构域隐马尔可模型(HMM),以拟南芥(Arabidopsis thaliana)ACS基因和具有当归酰基辅酶A合成酶功能的基因序列进行比对挖掘油茶ACS基因;通过系统进化分析获得油茶当归酰基辅酶A合成酶候选基因,对其基因结构、蛋白结构域、理化性质预测、亚细胞定位进行分析,结合组织特异性表达和荧光定量PCR分析鉴定具有果实特异性表达特征的油茶当归酰基辅酶A合成酶候选基因。结果表明:基因序列比对结果表明,油茶基因组中有35个ACS家族基因,分布在油茶9条染色体上,其中有23个串联基因;系统进化分析结果表明,35个油茶ACS基因分为5个亚家族,其中,10个油茶ACS家族基因与具有当归酰基辅酶A合成酶功能的基因聚为一类,它们均含有AMP结合结构域及ACS特征保守基序;转录水平表达分析结果表明,Co02g005016、Co10g155713、Co10g015711为具有果实特异性表达特征的油茶当归酰基辅酶A合成酶候选基因。通过油茶基因组挖掘了35个油茶ACS家族基因,筛选到10个油茶当归酰基辅酶A合成酶候选基因,其中,Co02g005016、Co10g015711和Co10g155713为油茶果实特异性表达的当归酰基辅酶A合成酶候选基因。
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关键词
油茶
基因组
当归酰基辅酶A合成酶
基因筛选
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职称材料
题名
油茶当归酰基辅酶A合成酶候选基因筛选与鉴定
1
作者
资超成
张路红
赵坤
李昌珠
陈景震
单钦祥
马英姿
陈韵竹
机构
中
南林业科技大学
湖南
省林业科学院
湖南
省
森林
草原
防火
监测
调度
评估
中
心
出处
《东北林业大学学报》
北大核心
2025年第9期101-107,113,共8页
基金
国家自然科学基金青年基金项目(32401626)
木本油料资源利用国家重点实验室建设项目(2024PT1001)
+3 种基金
郴州国家可持续发展议程创新示范区建设专项项目(2022sfq53)
长沙市科技计划-“揭榜挂帅”重大科技项目(kq2301004)
中南林业科技大学研究生科技创新基金项目(2023CX01024)
湖南省科技创新计划项目任务书湖湘高层次人才聚集工程项目(2023RC4013)。
文摘
为了筛选和鉴定油茶(Camellia oleifera Abel.)当归酰基辅酶A(CoA)合成酶基因,以油茶全基因组为基础,利用Pfam中AMP结合结构域隐马尔可模型(HMM),以拟南芥(Arabidopsis thaliana)ACS基因和具有当归酰基辅酶A合成酶功能的基因序列进行比对挖掘油茶ACS基因;通过系统进化分析获得油茶当归酰基辅酶A合成酶候选基因,对其基因结构、蛋白结构域、理化性质预测、亚细胞定位进行分析,结合组织特异性表达和荧光定量PCR分析鉴定具有果实特异性表达特征的油茶当归酰基辅酶A合成酶候选基因。结果表明:基因序列比对结果表明,油茶基因组中有35个ACS家族基因,分布在油茶9条染色体上,其中有23个串联基因;系统进化分析结果表明,35个油茶ACS基因分为5个亚家族,其中,10个油茶ACS家族基因与具有当归酰基辅酶A合成酶功能的基因聚为一类,它们均含有AMP结合结构域及ACS特征保守基序;转录水平表达分析结果表明,Co02g005016、Co10g155713、Co10g015711为具有果实特异性表达特征的油茶当归酰基辅酶A合成酶候选基因。通过油茶基因组挖掘了35个油茶ACS家族基因,筛选到10个油茶当归酰基辅酶A合成酶候选基因,其中,Co02g005016、Co10g015711和Co10g155713为油茶果实特异性表达的当归酰基辅酶A合成酶候选基因。
关键词
油茶
基因组
当归酰基辅酶A合成酶
基因筛选
Keywords
Camellia oleifera
Genome
Angelica acyl CoA synthase
Gene screening
分类号
Q754 [生物学—分子生物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
油茶当归酰基辅酶A合成酶候选基因筛选与鉴定
资超成
张路红
赵坤
李昌珠
陈景震
单钦祥
马英姿
陈韵竹
《东北林业大学学报》
北大核心
2025
0
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