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典型冶金微生物Acidiphilium的比较基因组研究
1
作者
李星
娄伟
+4 位作者
黎亮志
尹华群
徐习中
夏令
孟德龙
《生物学杂志》
北大核心
2025年第1期48-54,共7页
酸性矿山废水(acid mine drainage,AMD)是一种寡营养、低pH以及富含重金属离子的极端酸性生境。该生境中含有大量的嗜酸、耐酸微生物,是系统中碳、氮和硫等物质循环的主要驱动者。Acidiphilium属菌株为兼性异养微生物,在AMD生境中丰度小...
酸性矿山废水(acid mine drainage,AMD)是一种寡营养、低pH以及富含重金属离子的极端酸性生境。该生境中含有大量的嗜酸、耐酸微生物,是系统中碳、氮和硫等物质循环的主要驱动者。Acidiphilium属菌株为兼性异养微生物,在AMD生境中丰度小于1%,但其与优势物种Acidibacillus经常表现出伴生关系,这说明Acidiphilium属在该系统中可能具有特殊的生态功能。为了探讨Acidiphilium属的生态功能和角色,从极端酸性环境中筛选到Aci-diphilium属的菌1株,经16S rDNA和ANI比对,命名为Acidiphilium cryptum Acc2。Acidiphilium cryptum Acc2基因组含有1066个蛋白编码基因,序列总长为4917178 bp,均高于该属其他菌的基因大小。Acidiphilium属泛基因组是开放的,共含有47242个蛋白编码基因,699个蛋白编码基因(1.48%)被鉴定为核心基因,可变基因共有33457个蛋白编码基因,占70.82%,2705个蛋白编码基因是特有基因,占5.73%。其重金属抗性基因的Ka/Ks值95.5%以上均低于1,具有较强的纯化选择。Acidiphilium属基因组中基因之间的流动和交换频率相对其他物种更高,对菌株的进化和环境适应能力具有较大的正向影响。阐明了Acidiphilium属基因组进化和基因水平转移的规律,揭示了其环境适应性进化机制。
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关键词
酸性矿山废水
Acidiphilium
环境适应机制
比较基因组学
基因水平转移
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职称材料
题名
典型冶金微生物Acidiphilium的比较基因组研究
1
作者
李星
娄伟
黎亮志
尹华群
徐习中
夏令
孟德龙
机构
湖南
省和清环境
科技
有限
公司
中南大学资源加工与生物工程学院
湖南桓耀环保科技有限责任公司
武汉理工大学资源与环境工程学院
出处
《生物学杂志》
北大核心
2025年第1期48-54,共7页
基金
国家重点研发计划项目(2023YFE0114500)
湖南省自然科学基金项目(2023JJ30658)。
文摘
酸性矿山废水(acid mine drainage,AMD)是一种寡营养、低pH以及富含重金属离子的极端酸性生境。该生境中含有大量的嗜酸、耐酸微生物,是系统中碳、氮和硫等物质循环的主要驱动者。Acidiphilium属菌株为兼性异养微生物,在AMD生境中丰度小于1%,但其与优势物种Acidibacillus经常表现出伴生关系,这说明Acidiphilium属在该系统中可能具有特殊的生态功能。为了探讨Acidiphilium属的生态功能和角色,从极端酸性环境中筛选到Aci-diphilium属的菌1株,经16S rDNA和ANI比对,命名为Acidiphilium cryptum Acc2。Acidiphilium cryptum Acc2基因组含有1066个蛋白编码基因,序列总长为4917178 bp,均高于该属其他菌的基因大小。Acidiphilium属泛基因组是开放的,共含有47242个蛋白编码基因,699个蛋白编码基因(1.48%)被鉴定为核心基因,可变基因共有33457个蛋白编码基因,占70.82%,2705个蛋白编码基因是特有基因,占5.73%。其重金属抗性基因的Ka/Ks值95.5%以上均低于1,具有较强的纯化选择。Acidiphilium属基因组中基因之间的流动和交换频率相对其他物种更高,对菌株的进化和环境适应能力具有较大的正向影响。阐明了Acidiphilium属基因组进化和基因水平转移的规律,揭示了其环境适应性进化机制。
关键词
酸性矿山废水
Acidiphilium
环境适应机制
比较基因组学
基因水平转移
Keywords
AMD
Acidiphilium
environmental adaptation mechanism
comparative genomics
horizontal gene transfer
分类号
Q75 [生物学—分子生物学]
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题名
作者
出处
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1
典型冶金微生物Acidiphilium的比较基因组研究
李星
娄伟
黎亮志
尹华群
徐习中
夏令
孟德龙
《生物学杂志》
北大核心
2025
0
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