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基于质谱的BLAST方法在金鱼胚胎蛋白质鉴定中的应用
1
作者
张玲
徐东
+2 位作者
陈锋菊
谢锦云
梁宋平
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第8期672-680,共9页
未知基因组及蛋白质序列数据库有限的物种的蛋白质组学分析是当前一些非模式生物物种蛋白质组学研究领域的瓶颈之一.基于同源性搜索的BLAST方法(MSBLAST),是近年新发展起来的一种用于未知基因组的蛋白质鉴定的搜索工具,已成功应用于许...
未知基因组及蛋白质序列数据库有限的物种的蛋白质组学分析是当前一些非模式生物物种蛋白质组学研究领域的瓶颈之一.基于同源性搜索的BLAST方法(MSBLAST),是近年新发展起来的一种用于未知基因组的蛋白质鉴定的搜索工具,已成功应用于许多未知基因组物种的蛋白质鉴定.SPITC化学辅助方法是本实验室建立的一种改进的denovo质谱测序方法.采用MSBLAST方法对经Mascot软件数据库搜索未能鉴定到的19个金鱼胚胎蛋白质进行鉴定,其中12个蛋白质是直接测序后进行MSBLAST搜索得到的结果,另外7个蛋白质是联合MSBLAST和SPITC衍生方法得到的鉴定结果.实验结果证明,采用MSBLAST方法进行蛋白质的跨物种鉴定具有可行性和可靠性,给蛋白质的跨物种鉴定提供了一条新的途径.
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关键词
基质辅助激光解吸飞行时间串联质谱
从头测序
磺基异硫氰酸苯酯
基于质谱的BLAST方法
蛋白质组学
在线阅读
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职称材料
蛋白质的肽质谱指纹图分析方法的优化
被引量：
3
2
作者
周新文
张玲
+2 位作者
谢锦云
陈平
梁宋平
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2005年第6期831-839,共9页
肽质谱指纹图分析是一种常用的蛋白质的鉴定方法.为了提高这种方法鉴定蛋白质时序列覆盖率和准确度,以6个标准蛋白质为分析样品,对几种不同的酶解肽段的浓缩、脱盐和点样方法进行了检验和优化.结果发现,将酶解肽段的浓缩体积控制在5μl...
肽质谱指纹图分析是一种常用的蛋白质的鉴定方法.为了提高这种方法鉴定蛋白质时序列覆盖率和准确度,以6个标准蛋白质为分析样品,对几种不同的酶解肽段的浓缩、脱盐和点样方法进行了检验和优化.结果发现,将酶解肽段的浓缩体积控制在5μl以下和采用10mmolL柠檬酸铵缓冲液板上脱盐能提高蛋白质鉴定的准确度;在点样的时候,采用先点样品再点基质的方法能明显提高匹配肽段的个数和信噪比.这些优化的样品制备方法明显地提高了MALDITOF质谱肽质谱指纹图分析方法鉴定蛋白质的可靠性.
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关键词
MALDI-TOF-MS
肽质谱指纹图分析
样品制备
蛋白质
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职称材料
题名
基于质谱的BLAST方法在金鱼胚胎蛋白质鉴定中的应用
1
作者
张玲
徐东
陈锋菊
谢锦云
梁宋平
机构
湖南师范大学生命科学学院蛋白质化学研究室
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第8期672-680,共9页
基金
国家自然科学基金项目(No.90408017)~~
文摘
未知基因组及蛋白质序列数据库有限的物种的蛋白质组学分析是当前一些非模式生物物种蛋白质组学研究领域的瓶颈之一.基于同源性搜索的BLAST方法(MSBLAST),是近年新发展起来的一种用于未知基因组的蛋白质鉴定的搜索工具,已成功应用于许多未知基因组物种的蛋白质鉴定.SPITC化学辅助方法是本实验室建立的一种改进的denovo质谱测序方法.采用MSBLAST方法对经Mascot软件数据库搜索未能鉴定到的19个金鱼胚胎蛋白质进行鉴定,其中12个蛋白质是直接测序后进行MSBLAST搜索得到的结果,另外7个蛋白质是联合MSBLAST和SPITC衍生方法得到的鉴定结果.实验结果证明,采用MSBLAST方法进行蛋白质的跨物种鉴定具有可行性和可靠性,给蛋白质的跨物种鉴定提供了一条新的途径.
关键词
基质辅助激光解吸飞行时间串联质谱
从头测序
磺基异硫氰酸苯酯
基于质谱的BLAST方法
蛋白质组学
Keywords
MALDI-TOF/TOF
de novo sequence
SPITC
MS BLAST
proteomics
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
蛋白质的肽质谱指纹图分析方法的优化
被引量：
3
2
作者
周新文
张玲
谢锦云
陈平
梁宋平
机构
湖南师范大学
生命科学
学院
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2005年第6期831-839,共9页
基金
国家重点基础研究发展规划(973)项目(No.2001CB5120)~~
文摘
肽质谱指纹图分析是一种常用的蛋白质的鉴定方法.为了提高这种方法鉴定蛋白质时序列覆盖率和准确度,以6个标准蛋白质为分析样品,对几种不同的酶解肽段的浓缩、脱盐和点样方法进行了检验和优化.结果发现,将酶解肽段的浓缩体积控制在5μl以下和采用10mmolL柠檬酸铵缓冲液板上脱盐能提高蛋白质鉴定的准确度;在点样的时候,采用先点样品再点基质的方法能明显提高匹配肽段的个数和信噪比.这些优化的样品制备方法明显地提高了MALDITOF质谱肽质谱指纹图分析方法鉴定蛋白质的可靠性.
关键词
MALDI-TOF-MS
肽质谱指纹图分析
样品制备
蛋白质
Keywords
MALDI-TOF, PMF, Sample-processing
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
作者
出处
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1
基于质谱的BLAST方法在金鱼胚胎蛋白质鉴定中的应用
张玲
徐东
陈锋菊
谢锦云
梁宋平
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2006
0
在线阅读
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职称材料
2
蛋白质的肽质谱指纹图分析方法的优化
周新文
张玲
谢锦云
陈平
梁宋平
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2005
3
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职称材料
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