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肺动脉高压时肺血管内皮间质转化相关miRNAs网络调控的生物信息学分析
被引量：
11
1
作者
张卫芳
熊爱珍
+4 位作者
吴卫华
祝田田
邹小舟
刘汀
胡长平
《中国药理学通报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第9期1294-1300,共7页
目的探索肺动脉高压(pulmonary hypertension,PH)时肺血管内皮间质转化(End MT)相关miRNAs及其下游靶点的网络调控。方法利用文献挖掘PH相关基因及EndMT/EMT相关miRNAs。利用Biological General Repository for Interaction Datasets(Bi...
目的探索肺动脉高压(pulmonary hypertension,PH)时肺血管内皮间质转化(End MT)相关miRNAs及其下游靶点的网络调控。方法利用文献挖掘PH相关基因及EndMT/EMT相关miRNAs。利用Biological General Repository for Interaction Datasets(Bio GRID)数据库得到基因相互作用关系。利用生物信息学(DIANA3、Miranda4、Pic Tar5、Target Scan6、miRDB7和micro T-CDS8)预测相应miRNAs的靶基因关系,超几何分析预测与肺动脉高压End MT相关miRNAs,通过对miRNAs参与功能分区中的情况筛选评分最高的miRNAs并选择部分进行实验验证,利用Cytocape 3软件构建miRNAs与其下游靶点的相互作用网络。结果根据文献挖掘出与PH有关的基因230个,与End MT/EMT相关miRNAs共189个,对应成熟体322个。其中98个miRNAs可能与PH时End MT有关。其中,仅有22个miRNAs同时参与了TGF-β/BMP、低氧和炎症3个功能通路,评分最高,分别为miR-let-7家族、miR-124、miR-130家族、miR-135、miR-144、miR-149、miR-155、miR-16-1、miR-17、miR-181家族、miR-182、miR-200家族、miR-204、miR-205、miR-21、miR-224、miR-27、miR-29家族、miR-301a、miR-31、miR-361和miR-375。对let-7g、miR-21、miR-124及miR-130家族进行实时荧光定量PCR验证发现其在低氧诱导PH大鼠肺动脉中表达均明显变化。结论利用生物学信息技术从大量miRNAs中筛选得到的22个miRNAs同时参与TGF-β/BMP、低氧和炎症信号通路,可能与PH时End MT相关,为后续深入研究PH时End MT提供了重要的理论依据。
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关键词
肺动脉高压
MIRNAS
内皮间质转化
网络调控
生物信息学
网络药理
相互作用
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职称材料
题名
肺动脉高压时肺血管内皮间质转化相关miRNAs网络调控的生物信息学分析
被引量：
11
1
作者
张卫芳
熊爱珍
吴卫华
祝田田
邹小舟
刘汀
胡长平
机构
南昌大学第二附属医院药学部
中南大学药
学院
药理学
系
湖南医药学院药理学教研室
出处
《中国药理学通报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第9期1294-1300,共7页
基金
国家自然科学基金资助项目(No 81273512
81473209
+3 种基金
91439105
81460010)
江西省科技厅青年科学基金(No20142BAB215035)
南昌大学第二附属医院院内课题(No20142YNQN12018)
文摘
目的探索肺动脉高压(pulmonary hypertension,PH)时肺血管内皮间质转化(End MT)相关miRNAs及其下游靶点的网络调控。方法利用文献挖掘PH相关基因及EndMT/EMT相关miRNAs。利用Biological General Repository for Interaction Datasets(Bio GRID)数据库得到基因相互作用关系。利用生物信息学(DIANA3、Miranda4、Pic Tar5、Target Scan6、miRDB7和micro T-CDS8)预测相应miRNAs的靶基因关系,超几何分析预测与肺动脉高压End MT相关miRNAs,通过对miRNAs参与功能分区中的情况筛选评分最高的miRNAs并选择部分进行实验验证,利用Cytocape 3软件构建miRNAs与其下游靶点的相互作用网络。结果根据文献挖掘出与PH有关的基因230个,与End MT/EMT相关miRNAs共189个,对应成熟体322个。其中98个miRNAs可能与PH时End MT有关。其中,仅有22个miRNAs同时参与了TGF-β/BMP、低氧和炎症3个功能通路,评分最高,分别为miR-let-7家族、miR-124、miR-130家族、miR-135、miR-144、miR-149、miR-155、miR-16-1、miR-17、miR-181家族、miR-182、miR-200家族、miR-204、miR-205、miR-21、miR-224、miR-27、miR-29家族、miR-301a、miR-31、miR-361和miR-375。对let-7g、miR-21、miR-124及miR-130家族进行实时荧光定量PCR验证发现其在低氧诱导PH大鼠肺动脉中表达均明显变化。结论利用生物学信息技术从大量miRNAs中筛选得到的22个miRNAs同时参与TGF-β/BMP、低氧和炎症信号通路,可能与PH时End MT相关,为后续深入研究PH时End MT提供了重要的理论依据。
关键词
肺动脉高压
MIRNAS
内皮间质转化
网络调控
生物信息学
网络药理
相互作用
Keywords
pulmonary hypertension
miRNAs
EndMT
network regulation
bioinformatics
network pharmacology
interaction
分类号
R322.12 [医药卫生—人体解剖和组织胚胎学]
R318.04 [医药卫生—生物医学工程]
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作者
出处
发文年
被引量
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1
肺动脉高压时肺血管内皮间质转化相关miRNAs网络调控的生物信息学分析
张卫芳
熊爱珍
吴卫华
祝田田
邹小舟
刘汀
胡长平
《中国药理学通报》
CAS
CSCD
北大核心
2016
11
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