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基于线粒体ATP6基因序列的作物系统发育研究 被引量:1
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作者 胡晓天 向妍 +3 位作者 张柯 刘齐元 范彦君 周玮 《湖南农业科学》 2015年第10期1-4,共4页
ATP6编码ATP合酶a亚基,对酶正常功能的实现作用重要。为探讨线粒体ATP6基因在作物系统发育分析上的应用,采用NJ法的Kimura 2-parameter模型、E距离模型,以及最大似然法对30种作物进行分子系统树构建,并结合植物形态学分类结果进行比较... ATP6编码ATP合酶a亚基,对酶正常功能的实现作用重要。为探讨线粒体ATP6基因在作物系统发育分析上的应用,采用NJ法的Kimura 2-parameter模型、E距离模型,以及最大似然法对30种作物进行分子系统树构建,并结合植物形态学分类结果进行比较分析。结果表明,基于NJ法和最大似然法的ATP6系统发育树聚类结果一致,契合现有植物形态学分类,在分析作物物种分化起源上有巨大潜力。 展开更多
关键词 ATP合酶 ATP6基因 作物 系统发育
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烟草野火病菌的基因组学分析及其致病性分化研究进展
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作者 蔡训辉 王如意 +2 位作者 范彦君 陈焘 周玮 《中国烟草学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第6期123-129,共7页
烟草野火病是世界普遍发生的一种细菌性病害。本文从野火病菌基因组学和致病性两方面归纳了烟草野火病的研究现状,总结了5个已完成测序的丁香假单胞菌属的基因组特征、致病岛、T3SS及其毒力研究、基因水平转移与病原菌寄主适应性进化,... 烟草野火病是世界普遍发生的一种细菌性病害。本文从野火病菌基因组学和致病性两方面归纳了烟草野火病的研究现状,总结了5个已完成测序的丁香假单胞菌属的基因组特征、致病岛、T3SS及其毒力研究、基因水平转移与病原菌寄主适应性进化,分析了野火病菌株的致病机理和生理小种,并对烟草野火病的深入研究方向进行了展望。 展开更多
关键词 烟草野火病 基因组 致病机理 生理小种
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基于两类全基因组距离的EV71型病毒亲缘关系分析
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作者 徐西林 向妍 +1 位作者 张永生 周玮 《安徽农业科学》 CAS 2014年第30期10469-10471,10502,共4页
[目的]了解世界各地EV71病毒的亲缘关系。[方法]下载了NCBI数据库所有EV71全基因组序列,以常用的Kimura 2-parameter距离和E距离进行距离矩阵邻接法建树。[结果]基于E距离和Kimura 2-parameter距离构建的进化树结果一致,2种方法均支持E... [目的]了解世界各地EV71病毒的亲缘关系。[方法]下载了NCBI数据库所有EV71全基因组序列,以常用的Kimura 2-parameter距离和E距离进行距离矩阵邻接法建树。[结果]基于E距离和Kimura 2-parameter距离构建的进化树结果一致,2种方法均支持EV71进化树反映出的基于全基因组的病毒亲缘关系。[结论]E距离是病毒系统发育应用中另一种颇具潜力的新距离,能为鉴定EV71病毒亲缘关系提供支持。 展开更多
关键词 EV71病毒 全基因组 E距离 Kimura 2-parameter距离 亲缘关系
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运用不同建模方法评估醇类lgK_(ow)及lgS_w
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作者 李冉 姜朋 +3 位作者 贺影 向妍 邓小龙 周玮 《安徽农业科学》 CAS 2014年第32期11470-11472,共3页
[目的]构建可靠的QSAR模型用于评价醇类化合物的毒性。[方法]利用MLR、SLR和SVR 3种方法研究60种醇类化合物辛醇/水分配系数lgKow和水溶解度lgSw这两个指标与mX的相关性。[结果]模型评估结果显示出MLR和SLR的建模能力与文献方法一样优异... [目的]构建可靠的QSAR模型用于评价醇类化合物的毒性。[方法]利用MLR、SLR和SVR 3种方法研究60种醇类化合物辛醇/水分配系数lgKow和水溶解度lgSw这两个指标与mX的相关性。[结果]模型评估结果显示出MLR和SLR的建模能力与文献方法一样优异,SVR在具有合适核函数时其建模能力也能表现出优异的泛化推广能力。[结论]该研究可为QSAR模型的构建提供参考。 展开更多
关键词 有机污染物 支持向量机 定量构效关系
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基于全基因组序列和E距离信息的CoxA16病毒亲缘关系分析
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作者 向妍 徐西林 +4 位作者 张永生 谭泗桥 李柯 胡晓天 周玮 《湖南农业科学》 2014年第9期13-15,17,共4页
柯萨奇病毒A组16型(CoxsackievirusA16,CoxA16)病毒是引起手足口病(Hand,footandmouthdisease,HFMD)的主要病原体。为了解不同地区CoxA16病毒株的系统进化关系,收集了NCBI数据库中注释有具体地区分布的23条CoxA16全基因组序列,分别采用K... 柯萨奇病毒A组16型(CoxsackievirusA16,CoxA16)病毒是引起手足口病(Hand,footandmouthdisease,HFMD)的主要病原体。为了解不同地区CoxA16病毒株的系统进化关系,收集了NCBI数据库中注释有具体地区分布的23条CoxA16全基因组序列,分别采用Kimura2-parameter法和E距离法对病毒株进行亲缘关系分析。结果表明,基于E距离的系统进化树最大程度地吻合了Kimura 2-parameter遗传距离法构建的系统进化树,且E距离法普适性较强,颇具应用潜力,为更精确地判断病毒株之间的进化关系提供了一条新途径。 展开更多
关键词 CoxA16病毒 全基因组 Kimura2-parameter遗传距离 E距离 进化树
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