期刊导航
期刊开放获取
上海教育软件发展有限公..
期刊文献
+
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息
检索
高级检索
期刊导航
共找到
2
篇文章
<
1
>
每页显示
20
50
100
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
检索结果
已选文献
显示方式：
文摘
详细
列表
相关度排序
被引量排序
时效性排序
基于多平台基因表达数据的水稻干旱和盐胁迫相关基因预测
被引量：
4
1
作者
刘亚文
张红燕
+1 位作者
曹丹
李兰芝
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第12期2423-2439,共17页
基于多平台基因表达数据挖掘水稻胁迫相关基因,可增加关键基因预测的可靠性,获得更具普适意义的结果。本研究从NCBI数据库中收集了与水稻非生物胁迫相关的94份affymetrix基因芯片数据和42份RNA-seq转录组数据。首先对同一类型同一胁迫...
基于多平台基因表达数据挖掘水稻胁迫相关基因,可增加关键基因预测的可靠性,获得更具普适意义的结果。本研究从NCBI数据库中收集了与水稻非生物胁迫相关的94份affymetrix基因芯片数据和42份RNA-seq转录组数据。首先对同一类型同一胁迫相关的多个数据集以数据转换法融合,得到干旱胁迫相关的affymetrix数据集D_affy和RNA-seq数据集D_rnaseq,盐胁迫相关的affymetrix数据集S_affy和RNA-seq数据集S_rnaseq;接着对4个数据集分别基于Pearson线性相关系数的经典WGCNA法和基于MIC非线性相关系数的改进WGCNA法进行基因共表达网络分析,共获取胁迫相关的8个Hub基因集;进一步,对同一胁迫相关的Hub基因进行整合分析,得到最终的水稻干旱胁迫相关Hub基因1936个、盐胁迫相关的Hub基因1504个。最后,从预测性能、富集分析、文献报道、STRING在线互作分析和Cytoscape可视化分析等多角度解析Hub基因的生物学意义。结果显示:Hub基因整体预测性能较优,且大多富集到了与干旱/盐胁迫相关的通路上,其中有文献已报道的干旱胁迫响应基因31个和盐胁迫响应基因22个。此外,通过对Hub基因的互作分析,预测得到11个干旱胁迫候选基因和5个盐胁迫候选基因。本研究为“高维度、小样本”的农作物基因测序数据的有效分析提供了新思路,实验结果为抗逆水稻品种研究提供了参考。
展开更多
关键词
水稻
多平台
干旱胁迫
盐胁迫
WGCNA-MIC
在线阅读
下载PDF
职称材料
基于通路分析剖析水稻农艺性状配合力和杂种优势
被引量：
2
2
作者
向丽媛
徐凯
+6 位作者
苏静
吴超
袁雄
郑兴飞
刁英
胡中立
李兰芝
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第9期1319-1326,I0030-I0056,共35页
按照NCII 遗传交配设计构建测交群体,考察包括产量性状在内的9个农艺性状,对水稻农艺性状表型、配合力和杂种优势进行通路分析,以期为水稻品种的培育和改良提供理论基础。结果表明,主穗实粒数与生物调控、千粒重与半胱氨酸和蛋氨酸代谢...
按照NCII 遗传交配设计构建测交群体,考察包括产量性状在内的9个农艺性状,对水稻农艺性状表型、配合力和杂种优势进行通路分析,以期为水稻品种的培育和改良提供理论基础。结果表明,主穗实粒数与生物调控、千粒重与半胱氨酸和蛋氨酸代谢、主穗长与SNARE 相关囊泡运动、主穗一/二次枝梗与依赖DNA 的转录、株高与大分子代谢过程、主穗颖花数与花粉识别、有效穗数与水解酶活性、单株实粒重与嘌呤核苷结合等通路相关。为获得优良性状,高配合力,杂种优势可以从某一性状的相关通路进行研究,找到调控该通路的相关基因,以期为改良水稻一般配合力和获得杂种优势提供一定帮助。
展开更多
关键词
杂交水稻
GWAS
通路分析
配合力
杂种优势
在线阅读
下载PDF
职称材料
题名
基于多平台基因表达数据的水稻干旱和盐胁迫相关基因预测
被引量：
4
1
作者
刘亚文
张红燕
曹丹
李兰芝
机构
湖南农业大学
信息与智能科学
技术
学院
湖南农业大学/湖南省农业大数据分析与决策工程技术研究中心
出处
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第12期2423-2439,共17页
基金
湖南省教育厅科学研究重点项目(18A105)
长沙市工业科技特派员项目(201845)
湖南农业大学“双一流”建设项目(SYL2019075)资助。
文摘
基于多平台基因表达数据挖掘水稻胁迫相关基因,可增加关键基因预测的可靠性,获得更具普适意义的结果。本研究从NCBI数据库中收集了与水稻非生物胁迫相关的94份affymetrix基因芯片数据和42份RNA-seq转录组数据。首先对同一类型同一胁迫相关的多个数据集以数据转换法融合,得到干旱胁迫相关的affymetrix数据集D_affy和RNA-seq数据集D_rnaseq,盐胁迫相关的affymetrix数据集S_affy和RNA-seq数据集S_rnaseq;接着对4个数据集分别基于Pearson线性相关系数的经典WGCNA法和基于MIC非线性相关系数的改进WGCNA法进行基因共表达网络分析,共获取胁迫相关的8个Hub基因集;进一步,对同一胁迫相关的Hub基因进行整合分析,得到最终的水稻干旱胁迫相关Hub基因1936个、盐胁迫相关的Hub基因1504个。最后,从预测性能、富集分析、文献报道、STRING在线互作分析和Cytoscape可视化分析等多角度解析Hub基因的生物学意义。结果显示:Hub基因整体预测性能较优,且大多富集到了与干旱/盐胁迫相关的通路上,其中有文献已报道的干旱胁迫响应基因31个和盐胁迫响应基因22个。此外,通过对Hub基因的互作分析,预测得到11个干旱胁迫候选基因和5个盐胁迫候选基因。本研究为“高维度、小样本”的农作物基因测序数据的有效分析提供了新思路,实验结果为抗逆水稻品种研究提供了参考。
关键词
水稻
多平台
干旱胁迫
盐胁迫
WGCNA-MIC
Keywords
rice
multi-platform
drought stress
salt stress
WGCNA-MIC
分类号
S511 [农业科学—作物学]
在线阅读
下载PDF
职称材料
题名
基于通路分析剖析水稻农艺性状配合力和杂种优势
被引量：
2
2
作者
向丽媛
徐凯
苏静
吴超
袁雄
郑兴飞
刁英
胡中立
李兰芝
机构
湖南农业大学/湖南省农业大数据分析与决策工程技术研究中心
武汉
大学/
杂交水稻国家重点实验室
出处
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第9期1319-1326,I0030-I0056,共35页
基金
国家重点研发计划项目(2016YFD0100101)
湖南省自然科学基金项目(2016JJ3070)
湖南农大作物种质创新与资源利用国家重点实验室培育基地开放课题(16KFXM03)资助~~
文摘
按照NCII 遗传交配设计构建测交群体,考察包括产量性状在内的9个农艺性状,对水稻农艺性状表型、配合力和杂种优势进行通路分析,以期为水稻品种的培育和改良提供理论基础。结果表明,主穗实粒数与生物调控、千粒重与半胱氨酸和蛋氨酸代谢、主穗长与SNARE 相关囊泡运动、主穗一/二次枝梗与依赖DNA 的转录、株高与大分子代谢过程、主穗颖花数与花粉识别、有效穗数与水解酶活性、单株实粒重与嘌呤核苷结合等通路相关。为获得优良性状,高配合力,杂种优势可以从某一性状的相关通路进行研究,找到调控该通路的相关基因,以期为改良水稻一般配合力和获得杂种优势提供一定帮助。
关键词
杂交水稻
GWAS
通路分析
配合力
杂种优势
Keywords
hybrid rice
GWAS
pathway analysis
combining ability
heterosis
分类号
S511 [农业科学—作物学]
在线阅读
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于多平台基因表达数据的水稻干旱和盐胁迫相关基因预测
刘亚文
张红燕
曹丹
李兰芝
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
4
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于通路分析剖析水稻农艺性状配合力和杂种优势
向丽媛
徐凯
苏静
吴超
袁雄
郑兴飞
刁英
胡中立
李兰芝
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
检索结果
已选文献
上一页
1
下一页
到第
页
确定
用户登录
登录
IP登录
使用帮助
返回顶部
