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九疑山兔FGF 10基因克隆、生物信息学及组织表达分析
1
作者
黄念旎
黄子珂
+7 位作者
李聪聪
刘晗
马诗语
宋果
蒋亮
彭为波
杨联熙
黄生强
《中国畜牧兽医》
北大核心
2025年第3期1001-1010,共10页
【目的】探讨九疑山兔成纤维细胞生长因子10(fibroblast growth factor 10,FGF10)基因的分子结构特征及其在九疑山兔不同日龄、不同组织中的表达模式。【方法】试验以九疑山兔背最长肌为材料,对九疑山兔FGF 10基因编码区序列(CDS)进行克...
【目的】探讨九疑山兔成纤维细胞生长因子10(fibroblast growth factor 10,FGF10)基因的分子结构特征及其在九疑山兔不同日龄、不同组织中的表达模式。【方法】试验以九疑山兔背最长肌为材料,对九疑山兔FGF 10基因编码区序列(CDS)进行克隆,利用MegAlign软件分析FGF10氨基酸序列相似性,并使用Mega 11.0软件构建系统进化树。利用ProtParam、SOPMA等在线网站对FGF10蛋白的理化性质、二级结构和三级结构等进行预测分析,利用实时荧光定量PCR技术检测FGF 10基因在1、35、84、180日龄九疑山兔的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌中的表达量。【结果】九疑山兔FGF 10基因CDS区长度为663 bp,共编码220个氨基酸,其编码的氨基酸序列与家兔、欧洲兔、鸡、蟾蜍、绵羊、家牛、马、人、小鼠的相似性分别为100.0%、99.5%、87.3%、73.1%、97.2%、97.2%、99.1%、99.0%、93.8%,系统进化树结果显示九疑山兔与马的亲缘关系较近。九疑山兔FGF10蛋白属于亲水性不稳定蛋白,存在1个跨膜区域和1个信号肽,其结构域包括跨膜区、低复杂度区域和FGF家族同源结构域等结构,并含有2个糖基化位点和40个磷酸化位点。其二级结构以无规则卷曲为主(49.55%),其次为延伸链(25.91%),三级结构与二级结构的预测结果一致。蛋白互作预测发现FGF10蛋白还与KL、FGFR2、FGFR4等蛋白存在互作。实时荧光定量PCR结果表明,FGF 10基因在4个日龄九疑山兔的肺脏中表达量均为最高,肾脏其次,而在肝脏中表达量最低。此外,FGF10基因在九疑山兔背最长肌组织中的表达水平随着时间的延长呈现下降趋势,在84日龄时达到最低点。【结论】九疑山兔FGF10蛋白与家兔和欧洲兔的相似性最高,为不稳定的亲水蛋白,存在跨膜区、信号肽、糖基化位点和磷酸化位点。FGF 10基因在九疑山兔不同日龄、不同组织中差异表达。试验结果为深入研究FGF 10基因在肌肉发育中的潜在作用提供了重要的参考依据。
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关键词
九疑山兔
FGF
10基因
克隆
分子特性
时空表达谱
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职称材料
九疑山兔线粒体基因组组装及系统进化分析
被引量：
1
2
作者
李聪聪
黄子珂
+9 位作者
黄念旎
马诗语
刘晗
肖志标
宋果
蒋亮
彭为波
杨联熙
郭云涛
黄生强
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第10期4417-4427,共11页
旨在对九疑山兔线粒体基因组进行组装,探究其系统进化和分类地位。本研究采用高通量测序技术对20只150日龄九疑山兔的耳组织进行了全基因组测序,利用生物信息学软件对线粒体基因组进行组装,并对获得的线粒体基因组进行序列分析、基因预...
旨在对九疑山兔线粒体基因组进行组装,探究其系统进化和分类地位。本研究采用高通量测序技术对20只150日龄九疑山兔的耳组织进行了全基因组测序,利用生物信息学软件对线粒体基因组进行组装,并对获得的线粒体基因组进行序列分析、基因预测和注释,随后基于已发表的家兔、野兔、经济动物和模式动物的线粒体基因组序列进行多序列比对和系统进化分析,对研究群体的多态性位点进行鉴定。组装获得长度为17306 bp的九疑山兔线粒体基因组全序列,其碱基组成、基因分布与已发表的5个家兔品种的线粒体基因组基本一致。基于Dloop区的系统进化分析表明,九疑山兔与福建黄兔进化关系较近,而与欧洲穴兔、沂蒙毛兔、川白獭兔和新西兰白兔较远。通过其与14种野兔及11种经济/模式动物的种间系统进化分析表明,九疑山兔与欧洲野兔、海南兔和白靴兔亲缘关系较近,与其他野兔和经济/模式动物较远。研究群体的线粒体基因组保守区共鉴定到了12个突变位点,其中有3个突变的群体等位基因频率大于0.8,为多态性位点。本研究组装获得了首个九疑山兔的完整线粒体基因组序列,明确了九疑山兔与其它品种家兔、野兔和常见经济/模式动物的亲缘关系和分类地位,为九疑山兔的种质资源利用和品种选育等研究提供了基础数据。
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关键词
九疑山兔
线粒体基因组
高通量测序
系统进化
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职称材料
题名
九疑山兔FGF 10基因克隆、生物信息学及组织表达分析
1
作者
黄念旎
黄子珂
李聪聪
刘晗
马诗语
宋果
蒋亮
彭为波
杨联熙
黄生强
机构
湖南
农业大学动物科学技术学院
畜禽遗传改良
湖南
省重点实验室
宁远县畜牧水产事务中心
湖南伊普吕农牧科技有限公司
出处
《中国畜牧兽医》
北大核心
2025年第3期1001-1010,共10页
基金
湖南省科技厅项目:九疑山兔选优提纯研究(2019NK4192)。
文摘
【目的】探讨九疑山兔成纤维细胞生长因子10(fibroblast growth factor 10,FGF10)基因的分子结构特征及其在九疑山兔不同日龄、不同组织中的表达模式。【方法】试验以九疑山兔背最长肌为材料,对九疑山兔FGF 10基因编码区序列(CDS)进行克隆,利用MegAlign软件分析FGF10氨基酸序列相似性,并使用Mega 11.0软件构建系统进化树。利用ProtParam、SOPMA等在线网站对FGF10蛋白的理化性质、二级结构和三级结构等进行预测分析,利用实时荧光定量PCR技术检测FGF 10基因在1、35、84、180日龄九疑山兔的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌中的表达量。【结果】九疑山兔FGF 10基因CDS区长度为663 bp,共编码220个氨基酸,其编码的氨基酸序列与家兔、欧洲兔、鸡、蟾蜍、绵羊、家牛、马、人、小鼠的相似性分别为100.0%、99.5%、87.3%、73.1%、97.2%、97.2%、99.1%、99.0%、93.8%,系统进化树结果显示九疑山兔与马的亲缘关系较近。九疑山兔FGF10蛋白属于亲水性不稳定蛋白,存在1个跨膜区域和1个信号肽,其结构域包括跨膜区、低复杂度区域和FGF家族同源结构域等结构,并含有2个糖基化位点和40个磷酸化位点。其二级结构以无规则卷曲为主(49.55%),其次为延伸链(25.91%),三级结构与二级结构的预测结果一致。蛋白互作预测发现FGF10蛋白还与KL、FGFR2、FGFR4等蛋白存在互作。实时荧光定量PCR结果表明,FGF 10基因在4个日龄九疑山兔的肺脏中表达量均为最高,肾脏其次,而在肝脏中表达量最低。此外,FGF10基因在九疑山兔背最长肌组织中的表达水平随着时间的延长呈现下降趋势,在84日龄时达到最低点。【结论】九疑山兔FGF10蛋白与家兔和欧洲兔的相似性最高,为不稳定的亲水蛋白,存在跨膜区、信号肽、糖基化位点和磷酸化位点。FGF 10基因在九疑山兔不同日龄、不同组织中差异表达。试验结果为深入研究FGF 10基因在肌肉发育中的潜在作用提供了重要的参考依据。
关键词
九疑山兔
FGF
10基因
克隆
分子特性
时空表达谱
Keywords
Jiuyishan rabbits
FGF 10 gene
cloning
molecular characteristic
spatiotemporal expression spectrum
分类号
S829.1 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
九疑山兔线粒体基因组组装及系统进化分析
被引量：
1
2
作者
李聪聪
黄子珂
黄念旎
马诗语
刘晗
肖志标
宋果
蒋亮
彭为波
杨联熙
郭云涛
黄生强
机构
湖南
农业大学动物科学技术学院
宁远县畜牧水产事务中心
湖南伊普吕农牧科技有限公司
中科基因生物
科技
(江苏)
有限公司
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第10期4417-4427,共11页
基金
湖南省科技厅项目:九疑山兔选优提纯研究(2019NK4192)。
文摘
旨在对九疑山兔线粒体基因组进行组装,探究其系统进化和分类地位。本研究采用高通量测序技术对20只150日龄九疑山兔的耳组织进行了全基因组测序,利用生物信息学软件对线粒体基因组进行组装,并对获得的线粒体基因组进行序列分析、基因预测和注释,随后基于已发表的家兔、野兔、经济动物和模式动物的线粒体基因组序列进行多序列比对和系统进化分析,对研究群体的多态性位点进行鉴定。组装获得长度为17306 bp的九疑山兔线粒体基因组全序列,其碱基组成、基因分布与已发表的5个家兔品种的线粒体基因组基本一致。基于Dloop区的系统进化分析表明,九疑山兔与福建黄兔进化关系较近,而与欧洲穴兔、沂蒙毛兔、川白獭兔和新西兰白兔较远。通过其与14种野兔及11种经济/模式动物的种间系统进化分析表明,九疑山兔与欧洲野兔、海南兔和白靴兔亲缘关系较近,与其他野兔和经济/模式动物较远。研究群体的线粒体基因组保守区共鉴定到了12个突变位点,其中有3个突变的群体等位基因频率大于0.8,为多态性位点。本研究组装获得了首个九疑山兔的完整线粒体基因组序列,明确了九疑山兔与其它品种家兔、野兔和常见经济/模式动物的亲缘关系和分类地位,为九疑山兔的种质资源利用和品种选育等研究提供了基础数据。
关键词
九疑山兔
线粒体基因组
高通量测序
系统进化
Keywords
Jiuyishan rabbit
mitochondrial genome
high-throughput sequencing
phylogenetic evolution
分类号
S829.1 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
九疑山兔FGF 10基因克隆、生物信息学及组织表达分析
黄念旎
黄子珂
李聪聪
刘晗
马诗语
宋果
蒋亮
彭为波
杨联熙
黄生强
《中国畜牧兽医》
北大核心
2025
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
九疑山兔线粒体基因组组装及系统进化分析
李聪聪
黄子珂
黄念旎
马诗语
刘晗
肖志标
宋果
蒋亮
彭为波
杨联熙
郭云涛
黄生强
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
1
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