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基于CRISPR/Cas9技术的SIRT3基因敲除猪肺泡巨噬细胞系的构建与鉴定
1
作者
王宝鑫
张文华
+4 位作者
董霞
郑好
张晶
陈洪波
周傲
《江西农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第4期991-1000,共10页
【目的】旨在构建稳定敲除SIRT3基因的猪肺泡巨噬细胞系,分析SIRT3敲除对病毒诱导的炎症反应的调控作用,为探究SIRT3基因在宿主抗病毒感染中的作用奠定试验基础。【方法】研究利用CRISPR/Cas9基因编辑技术,针对猪SIRT3基因第2号外显子设...
【目的】旨在构建稳定敲除SIRT3基因的猪肺泡巨噬细胞系,分析SIRT3敲除对病毒诱导的炎症反应的调控作用,为探究SIRT3基因在宿主抗病毒感染中的作用奠定试验基础。【方法】研究利用CRISPR/Cas9基因编辑技术,针对猪SIRT3基因第2号外显子设计sgRNA,连接pb-U6-puro-BFP质粒后转染3D4/21细胞,筛选单克隆细胞,结合Sanger测序、qPCR和Western blot技术对获得的单克隆细胞进行鉴定,进而获得SIRT3基因敲除的猪肺泡巨噬细胞系(3D4/21-SIRT3-KO),并以流感病毒A/WSN/33为研究对象,感染野生型和3D4/21-SIRT3-KO猪肺泡巨噬细胞,利用qPCR方法检测炎症相关因子IL-6、IL-8的表达水平,初步分析SIRT3基因在流感病毒感染诱导炎症反应的影响。【结果】Sanger测序结果显示,在挑选获得的敲除SIRT3基因的猪肺泡巨噬细胞克隆中,SIRT3基因第2号外显子位点产生了碱基缺失,并导致移码突变;同时,利用qPCR和Western blot检测猪肺泡巨噬细胞中SIRT3 mRNA和蛋白水平的表达,结果显示与野生型细胞相比,3D4/21-SIRT3-KO细胞中SIRT3 mRNA和SIRT3蛋白均不表达;流感病毒感染SIRT3基因敲除的猪肺泡巨噬细胞时发现,敲除SIRT3能显著加剧流感病毒感染诱导的炎症反应。【结论】研究利用CRISPR/Cas9基因编辑技术成功构建了SIRT3基因敲除的猪肺泡巨噬细胞系,并初步分析了SIRT3在流感病毒感染中作用。
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关键词
猪肺泡巨噬细胞系
SIRT3
CRISPR/Cas9
炎症反应
抗病育种
基因编辑
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职称材料
基于80K SNP芯片的梅花星猪群体遗传结构解析及全基因组连续纯合片段特征研究
2
作者
刘莎
杨彩春
+5 位作者
张晓雨
陈琼
刘雄
陈洪波
周焕焕
史良玉
《畜牧兽医学报》
北大核心
2025年第8期3749-3760,共12页
旨在解析梅花星猪群体结构及其遗传多样性,促进该品种遗传资源的有效保护与利用。本研究利用“猪80K功能位点基因芯片”对307头梅花星猪进行SNP分型,基于SNP芯片数据进行群体遗传结构分析和连续纯合片段(runs of homozygosity,ROH)分析...
旨在解析梅花星猪群体结构及其遗传多样性,促进该品种遗传资源的有效保护与利用。本研究利用“猪80K功能位点基因芯片”对307头梅花星猪进行SNP分型,基于SNP芯片数据进行群体遗传结构分析和连续纯合片段(runs of homozygosity,ROH)分析。主成分分析(principal component analysis,PCA)和群体祖先成分分析显示,梅花星猪资源群体存在明显的遗传分层,基于G矩阵的亲缘关系和聚类分析进一步揭示,研究群体可划分为4个家系。其中部分个体亲缘关系较近,家系2的近交程度相对较高,需采取合理的选配措施来防止近交衰退。ROH分析共检测到18442个ROHs,平均长度为4.65 Mb。此外共鉴定到13个ROH岛,注释到基因164个。进一步对不同家系的ROH岛区域进行比较,并结合文献与组织表达谱进行功能注释,鉴定出了一批与繁殖(RAB23、PRKD1、G 2E3等)、生长(RUNX 1T1、TMEM 8B、NPR 2等)、肉质(DECR1、NFKBIA)、胴体(PPP 1R9A、PEG 10)、适应性(DST、SLC 26A7、IRF 9)、免疫(SIT 1)、饲料效率(SLC 2A2、PHKB、GPT 2)、疾病(AKAP 6)等性状相关的候选基因。本研究在全基因组水平上系统分析了梅花星猪群体的遗传结构及其ROH分布,为深入解析该优良地方猪种群体特征、重要性状演化形成遗传基础以及核心种群的科学保护利用奠定了基础。
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关键词
梅花星猪
群体遗传结构
连续纯合片段
遗传多样性
SNP芯片
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职称材料
猪重大育种价值基因及挖掘技术研究进展
被引量:
4
3
作者
方钱海
陈洪波
毕延震
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2022年第3期992-1004,共13页
随着分子生物学和动物遗传育种技术的快速发展,对于畜禽优良性状的研究已从对表型选育进入到对单个或多个重要性状关联基因的分子选育,如对猪肉质性状的相关研究,在影响猪背膘厚、肌内脂肪含量、火腿重量等方面筛选到许多关键基因。近年...
随着分子生物学和动物遗传育种技术的快速发展,对于畜禽优良性状的研究已从对表型选育进入到对单个或多个重要性状关联基因的分子选育,如对猪肉质性状的相关研究,在影响猪背膘厚、肌内脂肪含量、火腿重量等方面筛选到许多关键基因。近年来,非洲猪瘟肆虐,对猪抗病的研究再次成为热点,也发现了众多关键基因,如CD163直接参与了猪呼吸与繁殖综合征病毒的侵入机制。除了疾病的影响外,繁殖性状对养猪业的发展也起着至关重要的作用。随着研究人员对各重要性状研究的不断深入,现已积累了大量重要育种价值基因的多维数据,且由此开发出了多种基因筛选技术,尤其是CRISPR-Cas9基因编辑技术的发现及其作为全基因组筛选工具的成功应用,以及在后基因组时代功能基因组筛选与多组学的联合应用等,进一步推动了遗传育种领域的发展。作者系统总结了猪肉质、抗病及繁殖性状相关的重要育种价值基因及其挖掘技术,以期为猪的遗传改良提供指导性建议和参考。
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关键词
猪
肉质
抗病
繁殖
分子标记
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职称材料
题名
基于CRISPR/Cas9技术的SIRT3基因敲除猪肺泡巨噬细胞系的构建与鉴定
1
作者
王宝鑫
张文华
董霞
郑好
张晶
陈洪波
周傲
机构
武汉轻工大学动物科学与营养工程学院/动物遗传繁育与精准养殖实验室
湖北省家畜种业技术创新中心
出处
《江西农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第4期991-1000,共10页
基金
国家自然科学基金项目(81902073)。
文摘
【目的】旨在构建稳定敲除SIRT3基因的猪肺泡巨噬细胞系,分析SIRT3敲除对病毒诱导的炎症反应的调控作用,为探究SIRT3基因在宿主抗病毒感染中的作用奠定试验基础。【方法】研究利用CRISPR/Cas9基因编辑技术,针对猪SIRT3基因第2号外显子设计sgRNA,连接pb-U6-puro-BFP质粒后转染3D4/21细胞,筛选单克隆细胞,结合Sanger测序、qPCR和Western blot技术对获得的单克隆细胞进行鉴定,进而获得SIRT3基因敲除的猪肺泡巨噬细胞系(3D4/21-SIRT3-KO),并以流感病毒A/WSN/33为研究对象,感染野生型和3D4/21-SIRT3-KO猪肺泡巨噬细胞,利用qPCR方法检测炎症相关因子IL-6、IL-8的表达水平,初步分析SIRT3基因在流感病毒感染诱导炎症反应的影响。【结果】Sanger测序结果显示,在挑选获得的敲除SIRT3基因的猪肺泡巨噬细胞克隆中,SIRT3基因第2号外显子位点产生了碱基缺失,并导致移码突变;同时,利用qPCR和Western blot检测猪肺泡巨噬细胞中SIRT3 mRNA和蛋白水平的表达,结果显示与野生型细胞相比,3D4/21-SIRT3-KO细胞中SIRT3 mRNA和SIRT3蛋白均不表达;流感病毒感染SIRT3基因敲除的猪肺泡巨噬细胞时发现,敲除SIRT3能显著加剧流感病毒感染诱导的炎症反应。【结论】研究利用CRISPR/Cas9基因编辑技术成功构建了SIRT3基因敲除的猪肺泡巨噬细胞系,并初步分析了SIRT3在流感病毒感染中作用。
关键词
猪肺泡巨噬细胞系
SIRT3
CRISPR/Cas9
炎症反应
抗病育种
基因编辑
Keywords
SIRT3
CRISPR/Cas9
inflammatory reaction
disease-resistance breeding
gene editing
分类号
S852.43 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
基于80K SNP芯片的梅花星猪群体遗传结构解析及全基因组连续纯合片段特征研究
2
作者
刘莎
杨彩春
张晓雨
陈琼
刘雄
陈洪波
周焕焕
史良玉
机构
武汉轻工大学动物科学与营养工程学院
黄梅县强立畜牧有限公司
湖北省家畜种业技术创新中心
出处
《畜牧兽医学报》
北大核心
2025年第8期3749-3760,共12页
基金
湖北省自然科学基金(面上)项目(2023AFB946)
国家自然科学基金(青年)项目(32202651)
湖北省科技计划项目(2023BEB036)。
文摘
旨在解析梅花星猪群体结构及其遗传多样性,促进该品种遗传资源的有效保护与利用。本研究利用“猪80K功能位点基因芯片”对307头梅花星猪进行SNP分型,基于SNP芯片数据进行群体遗传结构分析和连续纯合片段(runs of homozygosity,ROH)分析。主成分分析(principal component analysis,PCA)和群体祖先成分分析显示,梅花星猪资源群体存在明显的遗传分层,基于G矩阵的亲缘关系和聚类分析进一步揭示,研究群体可划分为4个家系。其中部分个体亲缘关系较近,家系2的近交程度相对较高,需采取合理的选配措施来防止近交衰退。ROH分析共检测到18442个ROHs,平均长度为4.65 Mb。此外共鉴定到13个ROH岛,注释到基因164个。进一步对不同家系的ROH岛区域进行比较,并结合文献与组织表达谱进行功能注释,鉴定出了一批与繁殖(RAB23、PRKD1、G 2E3等)、生长(RUNX 1T1、TMEM 8B、NPR 2等)、肉质(DECR1、NFKBIA)、胴体(PPP 1R9A、PEG 10)、适应性(DST、SLC 26A7、IRF 9)、免疫(SIT 1)、饲料效率(SLC 2A2、PHKB、GPT 2)、疾病(AKAP 6)等性状相关的候选基因。本研究在全基因组水平上系统分析了梅花星猪群体的遗传结构及其ROH分布,为深入解析该优良地方猪种群体特征、重要性状演化形成遗传基础以及核心种群的科学保护利用奠定了基础。
关键词
梅花星猪
群体遗传结构
连续纯合片段
遗传多样性
SNP芯片
Keywords
Meihuaxing pig
population genetic structure
runs of homozygosity
genetic diversity
SNP chips
分类号
S828.2 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
猪重大育种价值基因及挖掘技术研究进展
被引量:
4
3
作者
方钱海
陈洪波
毕延震
机构
湖北省
农业科学院畜牧兽医研究所
武汉轻工大学动物科学与营养工程学院
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2022年第3期992-1004,共13页
基金
湖南省重点领域研发计划(2020WK2030)
中国科学院战略性先导科技专项(XDA24030204)
+5 种基金
湖北省农业科技创新中心项目(2022-620-000-001-20)
国家自然科学基金(31772577)
湖北省农科院领军人才(L2018015)
湖南创新型省份建设专项经费(2019RS1068)
重点实验室开放课题(KLAEMB-2021-05)
外国青年人才计划(QN20200127002)。
文摘
随着分子生物学和动物遗传育种技术的快速发展,对于畜禽优良性状的研究已从对表型选育进入到对单个或多个重要性状关联基因的分子选育,如对猪肉质性状的相关研究,在影响猪背膘厚、肌内脂肪含量、火腿重量等方面筛选到许多关键基因。近年来,非洲猪瘟肆虐,对猪抗病的研究再次成为热点,也发现了众多关键基因,如CD163直接参与了猪呼吸与繁殖综合征病毒的侵入机制。除了疾病的影响外,繁殖性状对养猪业的发展也起着至关重要的作用。随着研究人员对各重要性状研究的不断深入,现已积累了大量重要育种价值基因的多维数据,且由此开发出了多种基因筛选技术,尤其是CRISPR-Cas9基因编辑技术的发现及其作为全基因组筛选工具的成功应用,以及在后基因组时代功能基因组筛选与多组学的联合应用等,进一步推动了遗传育种领域的发展。作者系统总结了猪肉质、抗病及繁殖性状相关的重要育种价值基因及其挖掘技术,以期为猪的遗传改良提供指导性建议和参考。
关键词
猪
肉质
抗病
繁殖
分子标记
Keywords
pig
meat quality
disease resistance
reproductive
molecular markers
分类号
S813.3 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于CRISPR/Cas9技术的SIRT3基因敲除猪肺泡巨噬细胞系的构建与鉴定
王宝鑫
张文华
董霞
郑好
张晶
陈洪波
周傲
《江西农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于80K SNP芯片的梅花星猪群体遗传结构解析及全基因组连续纯合片段特征研究
刘莎
杨彩春
张晓雨
陈琼
刘雄
陈洪波
周焕焕
史良玉
《畜牧兽医学报》
北大核心
2025
0
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下载PDF
职称材料
3
猪重大育种价值基因及挖掘技术研究进展
方钱海
陈洪波
毕延震
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2022
4
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