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硫酸盐还原细菌类LuxR家族调控蛋白生物信息学分析
被引量：
2
1
作者
陈伟
刘晓艳
朱镭
《湖北农业科学》
2022年第24期177-184,共8页
以SRB研究模式菌株Desulfovibrio vulgaris Hildenborough为研究对象,对参与生物被膜的形成、调控的群体感应系统相关基因进行分析,发现3个潜在的类LuxR家族调控因子基因citB1、citB2和citB3,对其编码的蛋白质序列进行了生物信息学分析...
以SRB研究模式菌株Desulfovibrio vulgaris Hildenborough为研究对象,对参与生物被膜的形成、调控的群体感应系统相关基因进行分析,发现3个潜在的类LuxR家族调控因子基因citB1、citB2和citB3,对其编码的蛋白质序列进行了生物信息学分析。结果表明,citB1基因编码216个氨基酸,citB2基因编码227个氨基酸,citB3基因编码215个氨基酸,彼此之间氨基酸一致性在28.99%~37.79%。3个蛋白质序列均含有N端信号接收保守结构域和C端LuxR家族DNA结合调控保守结构域,二级结构主要为α螺旋和无规则卷曲。同源性比对分析发现,3个蛋白在DNA结合调控保守结构域序列较为保守,而在信号接收结构域变异较大,推测可能与接受不同信号分子有关。系统发育分析表明,CitB1和CitB3蛋白发挥的信号接收方式、下游基因调控功能在SRB群体中可能具有普遍性,CitB2蛋白的信号接收方式及基因调控可能具有特异性。结果表明,SRB中可能存在新型群体感应信号接收及调控机制。
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关键词
硫酸盐还原细菌
群体感应
调控基因
生物信息学
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职称材料
题名
硫酸盐还原细菌类LuxR家族调控蛋白生物信息学分析
被引量：
2
1
作者
陈伟
刘晓艳
朱镭
机构
湖北省农业科学院湖北省生物农药工程研究中心/国家生物农药工程技术研究中心/湖北省农业科技创新中心生物农药分中心
出处
《湖北农业科学》
2022年第24期177-184,共8页
基金
国家自然科学基金项目(31900058)
湖北省农业科学院青年科学基金项目(2020NKYJJ17)。
文摘
以SRB研究模式菌株Desulfovibrio vulgaris Hildenborough为研究对象,对参与生物被膜的形成、调控的群体感应系统相关基因进行分析,发现3个潜在的类LuxR家族调控因子基因citB1、citB2和citB3,对其编码的蛋白质序列进行了生物信息学分析。结果表明,citB1基因编码216个氨基酸,citB2基因编码227个氨基酸,citB3基因编码215个氨基酸,彼此之间氨基酸一致性在28.99%~37.79%。3个蛋白质序列均含有N端信号接收保守结构域和C端LuxR家族DNA结合调控保守结构域,二级结构主要为α螺旋和无规则卷曲。同源性比对分析发现,3个蛋白在DNA结合调控保守结构域序列较为保守,而在信号接收结构域变异较大,推测可能与接受不同信号分子有关。系统发育分析表明,CitB1和CitB3蛋白发挥的信号接收方式、下游基因调控功能在SRB群体中可能具有普遍性,CitB2蛋白的信号接收方式及基因调控可能具有特异性。结果表明,SRB中可能存在新型群体感应信号接收及调控机制。
关键词
硫酸盐还原细菌
群体感应
调控基因
生物信息学
Keywords
sulfate-reducing bacteria
population sensing
regulatory genes
bioinformatics
分类号
Q756 [生物学—分子生物学]
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题名
作者
出处
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被引量
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1
硫酸盐还原细菌类LuxR家族调控蛋白生物信息学分析
陈伟
刘晓艳
朱镭
《湖北农业科学》
2022
2
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