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基于m^(6)A调节基因表达水平对子宫内膜癌免疫浸润 及其预后影响的生物信息学分析
被引量：
2
1
作者
郑兰
朴松哲
+4 位作者
徐然
王馨悦
王艺璇
林贞花
杨洋
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期438-452,共15页
目的:通过生物信息学工具探讨20个m6A调节基因在子宫内膜癌(UCEC)组织中的表达水平并筛选与预后有关的核心基因,阐明核心基因与免疫浸润程度的关系。方法:利用肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库下载符合本研究要求的547例UCEC和35例癌旁组织中...
目的:通过生物信息学工具探讨20个m6A调节基因在子宫内膜癌(UCEC)组织中的表达水平并筛选与预后有关的核心基因,阐明核心基因与免疫浸润程度的关系。方法:利用肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库下载符合本研究要求的547例UCEC和35例癌旁组织中m6A调节基因的转录组数据、临床病理指标和生存期数据;利用基因表达汇编(GEO)数据库下载GSE17025芯片数据,包含81例UCEC样本和12例正常子宫内膜样本。利用基因表达分析工具(GEO2R)和R软件筛选差异表达的m6A调节基因,进一步对差异表达基因(DEGs)进行生存分析和独立预后分析,选取与UCEC患者总体生存期(OS)关联最强的DEGs作为核心基因;应用STRING数据库构建蛋白互作(PPI)网络,采用R软件对DEGs进行相关性分析;利用UALCAN数据库分析核心基因表达水平与UCSC不同临床病理学指标的关联性;应用肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库和基因表达谱数据动态分析(GEPIA)数据库研究核心基因与肿瘤免疫浸润程度及免疫浸润标记物的相关性;利用Kaplan-Meier Plotter数据库基于免疫细胞亚组中核心基因的表达水平进行生存分析。结果:大多数m6A调节基因在UCEC组织和癌旁组织样本中的表达水平比较差异有统计学意义(P<0.05),其中IGF2BP3 mRNA在UCEC组织中呈高水平表达(P<0.05),IGF2BP3 mRNA高水平表达患者OS较IGF2BP3 mRNA低水平表达患者缩短(P<0.05),且单因素[风险比(HR)=1.106,95%可信区间(CI):1.019~1.202,P=0.016]和多因素Cox回归分析结果(HR=1.097,95%CI:1.003~1.199,P=0.043)均显示IGF2BP3可作为评估患者OS的独立危险因子;IGF2BP3 mRNA在晚期、绝经前UCEC患者肿瘤组织和子宫内膜浆液性腺癌组织中呈高水平表达(P<0.05);IGF2BP3 mRNA表达水平与UCEC中CD8+T细胞(r=0.126,P<0.05)、中性粒细胞(r=0.324,P<0.01)和树突状细胞(DC)(r=0.120,P<0.05)免疫浸润程度呈正相关关系;IGF2BP3 mRNA表达水平与UCEC中肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)、巨噬细胞(M1和M2)、辅助性T细胞(Th1、Th2和Th17)和调节性T细胞(Treg)标记物呈正相关关系(0.1≤r≤1.0,P<0.05);在B细胞、CD8+T细胞、Treg细胞和Th2细胞低浸润亚组中IGF2BP3 mRNA高水平表达患者OS比IGF2BP3 mRNA低水平表达患者短(P<0.05)。结论:IGF2BP3 mRNA表达水平在UCEC组织中明显升高,IGF2BP3 mRNA高水平表达可促进UCEC组织中免疫浸润,提示UCEC患者预后不良;IGF2BP3可能成为判定UCEC患者预后的分子标志物和新的治疗靶点。
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关键词
子宫内膜癌
N6-甲基腺嘌呤
免疫浸润
生物信息学
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职称材料
题名
基于m^(6)A调节基因表达水平对子宫内膜癌免疫浸润 及其预后影响的生物信息学分析
被引量：
2
1
作者
郑兰
朴松哲
徐然
王馨悦
王艺璇
林贞花
杨洋
机构
延边
大学
医学院病理学教研室吉林省科技厅妇科肿瘤生物信息学重点实验室
温州医科大学附属台州医院妇产科
温州医科大学
附属
台州
医院
泌尿外科
出处
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期438-452,共15页
基金
国家自然科学基金地区基金项目(31760313)
中央引导地方科技发展资金项目(202002021JC)
文摘
目的:通过生物信息学工具探讨20个m6A调节基因在子宫内膜癌(UCEC)组织中的表达水平并筛选与预后有关的核心基因,阐明核心基因与免疫浸润程度的关系。方法:利用肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库下载符合本研究要求的547例UCEC和35例癌旁组织中m6A调节基因的转录组数据、临床病理指标和生存期数据;利用基因表达汇编(GEO)数据库下载GSE17025芯片数据,包含81例UCEC样本和12例正常子宫内膜样本。利用基因表达分析工具(GEO2R)和R软件筛选差异表达的m6A调节基因,进一步对差异表达基因(DEGs)进行生存分析和独立预后分析,选取与UCEC患者总体生存期(OS)关联最强的DEGs作为核心基因;应用STRING数据库构建蛋白互作(PPI)网络,采用R软件对DEGs进行相关性分析;利用UALCAN数据库分析核心基因表达水平与UCSC不同临床病理学指标的关联性;应用肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库和基因表达谱数据动态分析(GEPIA)数据库研究核心基因与肿瘤免疫浸润程度及免疫浸润标记物的相关性;利用Kaplan-Meier Plotter数据库基于免疫细胞亚组中核心基因的表达水平进行生存分析。结果:大多数m6A调节基因在UCEC组织和癌旁组织样本中的表达水平比较差异有统计学意义(P<0.05),其中IGF2BP3 mRNA在UCEC组织中呈高水平表达(P<0.05),IGF2BP3 mRNA高水平表达患者OS较IGF2BP3 mRNA低水平表达患者缩短(P<0.05),且单因素[风险比(HR)=1.106,95%可信区间(CI):1.019~1.202,P=0.016]和多因素Cox回归分析结果(HR=1.097,95%CI:1.003~1.199,P=0.043)均显示IGF2BP3可作为评估患者OS的独立危险因子;IGF2BP3 mRNA在晚期、绝经前UCEC患者肿瘤组织和子宫内膜浆液性腺癌组织中呈高水平表达(P<0.05);IGF2BP3 mRNA表达水平与UCEC中CD8+T细胞(r=0.126,P<0.05)、中性粒细胞(r=0.324,P<0.01)和树突状细胞(DC)(r=0.120,P<0.05)免疫浸润程度呈正相关关系;IGF2BP3 mRNA表达水平与UCEC中肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)、巨噬细胞(M1和M2)、辅助性T细胞(Th1、Th2和Th17)和调节性T细胞(Treg)标记物呈正相关关系(0.1≤r≤1.0,P<0.05);在B细胞、CD8+T细胞、Treg细胞和Th2细胞低浸润亚组中IGF2BP3 mRNA高水平表达患者OS比IGF2BP3 mRNA低水平表达患者短(P<0.05)。结论:IGF2BP3 mRNA表达水平在UCEC组织中明显升高,IGF2BP3 mRNA高水平表达可促进UCEC组织中免疫浸润,提示UCEC患者预后不良;IGF2BP3可能成为判定UCEC患者预后的分子标志物和新的治疗靶点。
关键词
子宫内膜癌
N6-甲基腺嘌呤
免疫浸润
生物信息学
Keywords
endometrial cancer
N6-methyladenosine
immune infiltration
bioinformatics
分类号
R737.33 [医药卫生—肿瘤]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于m^(6)A调节基因表达水平对子宫内膜癌免疫浸润 及其预后影响的生物信息学分析
郑兰
朴松哲
徐然
王馨悦
王艺璇
林贞花
杨洋
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2021
2
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