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24个Y-STR基因座的法医学应用评估 被引量:5
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作者 李敏 黄磊 +10 位作者 王新杰 陈玉玲 盛翔 李亚男 包云 姜磊 朱如心 徐倩南 张家硕 李成涛 边英男 《法医学杂志》 CAS CSCD 2018年第3期236-241,共6页
目的甄选单倍型识别力较强、突变率适当和兼容性较好的Y-STR标记系统,并对其进行法医学应用评估。方法采用自建荧光标记复合扩增体系对甄选得到的24个Y-STR基因座进行检验,并通过在山东济南采集的139对父-子样本对其进行法医学评估。结... 目的甄选单倍型识别力较强、突变率适当和兼容性较好的Y-STR标记系统,并对其进行法医学应用评估。方法采用自建荧光标记复合扩增体系对甄选得到的24个Y-STR基因座进行检验,并通过在山东济南采集的139对父-子样本对其进行法医学评估。结果 24个基因座在139个标记为"父"的无关个体样本中共检测出176个等位基因,基因多样性(gene diversity,GD)分布在0.083 7(DYS645)~0.966 9(DYS385a/b)。通过24个Y-STR基因座在139名标记为"父"的山东汉族男性无关个体中共检测出139种单倍型,无共享单倍型现象出现。总的单倍型多样性(haplotype diversity,HD)值为1,识别能力(discriminative capacity,DC)值为1。24个Y-STR基因座,在139对父-子间共观察到5次一步突变,平均突变率为0.001 5,95%置信区间为(0.000 5,0.003 5)。结论 24个Y-STR基因座组成的位点系统在山东济南人群中表现出较强个体识别能力和较低突变率,具有较好的法医学应用价值。 展开更多
关键词 法医遗传学 Y-STR 单倍型 突变率 山东
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鉴别6种常见食用肉类的多重PCR检测体系的构建及验证 被引量:2
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作者 蒋志伟 夏若成 +1 位作者 陶瑞旸 李成涛 《法医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期254-260,共7页
目的建立一种快速、准确、灵敏的多重PCR检测方法,用于同时鉴别6种常见食用肉类(牛、羊、鸡、猪、鹅、鸭),并评估其在肉类食品掺假鉴定中的应用价值。方法基于GenBank数据库中6个物种的线粒体全基因组序列,筛选具有种内保守性、种间特... 目的建立一种快速、准确、灵敏的多重PCR检测方法,用于同时鉴别6种常见食用肉类(牛、羊、鸡、猪、鹅、鸭),并评估其在肉类食品掺假鉴定中的应用价值。方法基于GenBank数据库中6个物种的线粒体全基因组序列,筛选具有种内保守性、种间特异性的DNA序列(牛16S rRNA、羊COX-1、鸡Cytb、猪COX-1、鹅NADH2、鸭16S rRNA),并设计物种特异性引物,以此构建一个可同时鉴别6种常见食用肉类的多重PCR检测体系。对该体系进行种属特异性、灵敏度和重复性研究,并进行模拟混合样品检测。结果成功构建了一个可同时鉴别6种常见食用肉类的多重PCR检测体系,该体系在非目标物种的DNA中均未有效扩增;在DNA模板量为0.0625~2ng/μL时,6个物种的扩增产物均能检见。在鸭肉和牛肉混合比例低至0.5%时,仍能检测到鸭肉成分。结论本研究构建了一个特异性强、灵敏度高、重复性好的多重PCR检测体系,可准确鉴别6种常见食用肉类食品中的动物源性成分,为我国常见食用肉类及肉制品的掺假鉴定提供了一种简单、实用的检测技术。 展开更多
关键词 法医物证学 线粒体DNA 多重PCR 种属鉴定 食用肉类
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SifaInDel 45plex体系在我国汉族和蒙古族人群中的应用
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作者 杨光远 袁春艳 +10 位作者 陶瑞旸 夏若成 王亚丽 董新宇 柴思雨 吴黎明 蒋志伟 蒋婷婷 陈开琴 李成涛 陈丽琴 《法医学杂志》 CAS CSCD 2022年第6期733-738,746,共7页
目的 调查SifaInDel 45plex体系所含InDel位点在我国江苏汉族和内蒙古蒙古族人群中的遗传多态性,并评估该体系的法医学应用效能。方法 应用SifaInDel 45plex体系对上述2个民族共398名无关个体血样进行等位基因分型检测,分别计算2个研究... 目的 调查SifaInDel 45plex体系所含InDel位点在我国江苏汉族和内蒙古蒙古族人群中的遗传多态性,并评估该体系的法医学应用效能。方法 应用SifaInDel 45plex体系对上述2个民族共398名无关个体血样进行等位基因分型检测,分别计算2个研究人群的等位基因频率和群体遗传学参数;以gnomAD数据库中8个不同洲际人群为参考群体,基于27个常染色体InDel位点的等位基因频率,计算2个研究人群与8个参考人群间的遗传距离,并构建系统发育树和多维尺度分析图。结果 2个研究人群中,27个常染色体InDel、16个X染色体InDel位点间均不存在连锁不平衡,等位基因频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡。27个常染色体InDel位点在2个研究人群中的CDP均高于0.999 999 999 9,CPE_(trio)均小于0.999 9。16个X染色体InDel位点在江苏汉族和内蒙古蒙古族女性群体和男性群体中的CDP分别为0.999 997 962、0.999 998 389和0.999 818 940、0.999 856 063,CMEC_(trio)均小于0.999 9。群体遗传学研究结果表明,江苏汉族、内蒙古蒙古族与东亚人群间遗传关系较近,聚为一支;其他7个洲际人群聚为另一支;上述3个人群与其他7个洲际人群间遗传关系较远。结论 SifaInDel 45plex体系中的遗传标记在本研究2个民族人群中具有良好的遗传多态性,可用于法医学个体识别或作为亲权鉴定的有效补充,并可用于区分不同洲际人群。 展开更多
关键词 法医遗传学 遗传多态性 插入/缺失 遗传距离 系统发育树 多维尺度分析
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基于rbcL序列的大麻鉴定 被引量:3
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作者 夏若成 张晓春 +9 位作者 王笑笑 杨琪 陈冲 于欢 屈轶龄 王紫薇 施妍 向平 张素华 李成涛 《法医学杂志》 CAS CSCD 2021年第2期187-191,共5页
目的评估叶绿体DNA rbcL序列作为遗传标记鉴定大麻的可行性。方法检测62份大麻、10份啤酒花及10份葎草DNA的rbcL序列,并从GenBank数据库中下载96条大麻科rbcL序列。应用MEGA X软件进行序列比对,计算种内及种间Kimura-2-Parameter(K2P)... 目的评估叶绿体DNA rbcL序列作为遗传标记鉴定大麻的可行性。方法检测62份大麻、10份啤酒花及10份葎草DNA的rbcL序列,并从GenBank数据库中下载96条大麻科rbcL序列。应用MEGA X软件进行序列比对,计算种内及种间Kimura-2-Parameter(K2P)遗传距离并构建系统聚类树。结果本次大麻及葎草属样本测序所得rbcL序列长度分别为617 bp和649 bp,且在所测大麻样本中检测到2种单倍型。BLAST相似性检索结果显示,测序所得序列与GenBank数据库中大麻rbcL序列相似性最高为100%。遗传距离分析结果显示,大麻种内不同样本间的最大遗传距离(0.0049)小于大麻与大麻科其他物种间的最小遗传距离(0.0129)。从中介网络图和系统聚类分析中可以看出,大麻与大麻科其他物种位于不同分支。结论rbcL序列可以作为鉴定大麻的DNA条形码,联合rbcL序列的比对分析和系统聚类分析有望成为法医学大麻种属鉴定可靠、便捷的检测手段。 展开更多
关键词 法医遗传学 DNA测序 大麻 DNA条形码 RBCL序列
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基于二代测序技术的浙江畲族线粒体DNA多态性
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作者 杨琪 张静怡 +8 位作者 张晓春 夏若成 于欢 屈轶龄 王紫薇 谭睿 张素华 李成涛 高玉振 《法医学杂志》 CAS CSCD 2021年第3期358-365,共8页
目的研究线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)全基因组在浙江畲族的遗传多态性,探究畲族的母系遗传结构。方法对浙江畲族231名无关个体进行mtDNA全基因组测序,统计变异位点信息及单倍型多样性(haplotype diversity,HD)、个体识别率(disc... 目的研究线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)全基因组在浙江畲族的遗传多态性,探究畲族的母系遗传结构。方法对浙江畲族231名无关个体进行mtDNA全基因组测序,统计变异位点信息及单倍型多样性(haplotype diversity,HD)、个体识别率(discrimination power,DP)、随机匹配概率(random match probabilities,RMP)等群体遗传学参数。对浙江畲族样本mtDNA进行单倍群划分,并与中国其他9个群体进行母系遗传关系比较。结果在231例浙江畲族样本中共检测到8507个变异位点(702种),可划分为94个单倍群。HD、DP和RMP分别为0.9986、0.9942和0.0058。浙江畲族与南方汉族群体之间的遗传分化程度最小(Fst=0.00689),主成分分析及中介网络分析表明浙江畲族虽与广西瑶族、云南傣族、南方汉族遗传距离较近,但亦具有相对独特的遗传特征。结论mtDNA全基因组在浙江畲族中具有良好的遗传多态性,浙江畲族的遗传组分较为复杂多元,与广西瑶族、云南傣族、南方汉族的母系遗传关系较近,同时也保留了其独特的母系遗传成分。 展开更多
关键词 法医遗传学 多态现象 遗传 二代测序 线粒体DNA 畲族
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REPLI-g~? Single Cell Kit应用于微量DNA扩增的效率评估
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作者 徐倩南 沈琼 +4 位作者 张佳怡 张轶伦 李莉 刘希玲 李成涛 《法医学杂志》 CAS CSCD 2019年第2期210-215,共6页
目的评估REPLI-g~?Single Cell Kit应用于检材DNA扩增的效率,探讨该试剂盒在法医学微量DNA扩增方面的应用价值。方法选取3种微量DNA提取试剂盒,对来自10名无关个体的外周血进行DNA提取,并对所提DNA的产量和纯度进行比较。根据比较结果选... 目的评估REPLI-g~?Single Cell Kit应用于检材DNA扩增的效率,探讨该试剂盒在法医学微量DNA扩增方面的应用价值。方法选取3种微量DNA提取试剂盒,对来自10名无关个体的外周血进行DNA提取,并对所提DNA的产量和纯度进行比较。根据比较结果选取1例DNA样本进行浓缩稀释作为全基因组扩增起始样本,使用REPLI-g~?Single Cell Kit对起始样本进行全基因组扩增,计算扩增产量及扩增倍数,并进行琼脂糖凝胶电泳检测片段分布情况。使用Goldeneye~? DNA身份鉴定系统20A对起始样本和经全基因组扩增所得DNA进行STR分型。结果经比较后选取由QIAsymphony~? DNA Investigator~? Kit所提取的1例DNA进行浓缩稀释作为全基因组扩增起始样本。经REPLI-g~?Single Cell Kit对一系列起始样本全基因组扩增后,发现扩增产量均值最低可达到8.77×10~3ng,相应的扩增倍数均值为1.40×10~6,DNA片段大且集中。全基因组扩增样本随着起始样本量的减少,STR分型成功率降低,但当起始样本量低于0.5ng时,全基因组扩增后样本的STR分型成功率高于相同起始量未经全基因组扩增样本的STR分型成功率。结论应用REPLI-g~?Single Cell Kit可有效提高模板DNA总量,特别对于微量DNA,可在一定程度上提高STR分型成功率。 展开更多
关键词 法医遗传学 短串联重复 全基因组扩增 多重置换扩增 微量检材
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