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全基因组测序及其在遗传性疾病研究及诊断中的应用 被引量:10
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作者 邵谦之 姜毅 吴金雨 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期1087-1098,共12页
最近,随着测序成本的不断降低,数据分析策略的不断提升,全基因组测序(Whole-genome sequencing,WGS)已经在癌症、孟德尔遗传病、复杂疾病的致病基因检测中得到了一定运用,并逐步走向了临床诊断。全基因组测序不但可以检测编码区和非编... 最近,随着测序成本的不断降低,数据分析策略的不断提升,全基因组测序(Whole-genome sequencing,WGS)已经在癌症、孟德尔遗传病、复杂疾病的致病基因检测中得到了一定运用,并逐步走向了临床诊断。全基因组测序不但可以检测编码区和非编码区的点突变(Single nucleotide variants,SNVs)和插入缺失(Insertions or deletions,In Dels),还可以在全基因组范围内检测拷贝数变异(Copy number variation,CNV)以及结构变异(Structure variation,SV)。文章详细地介绍了全基因组测序的标准生物信息分析流程与方法,及其在疾病研究、临床诊断中的应用,并对全基因组测序在医学遗传学中的应用与研究进展以及数据分析方面所面临的挑战进行了概述。 展开更多
关键词 全基因组测序 遗传性疾病 致病基因 临床诊断
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孤独症谱系障碍患儿不同血清总25-羟维生素D水平与肠道菌群的差异性研究 被引量:2
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作者 罗欣 庞琨 +5 位作者 陈建雄 王泓哲 徐新杰 李兵 贾鑫淼 尤欣 《协和医学杂志》 CSCD 2022年第5期812-820,共9页
目的探究孤独症谱系障碍(autism spectrum disorder,ASD)患儿维生素D正常与缺乏状态下的肠道菌群差异及血清总25-羟维生素D[total 25-hydroxyvitamin D,T-25(OH)D]水平与肠道菌群的相关性。方法回顾性纳入2019年10月至2022年2月于北京... 目的探究孤独症谱系障碍(autism spectrum disorder,ASD)患儿维生素D正常与缺乏状态下的肠道菌群差异及血清总25-羟维生素D[total 25-hydroxyvitamin D,T-25(OH)D]水平与肠道菌群的相关性。方法回顾性纳入2019年10月至2022年2月于北京协和医院风湿免疫科门诊就诊的1~12岁ASD患儿的临床资料。采用液相色谱串联质谱法检测ASD患儿的血清T-25(OH)D水平,并根据血清T-25(OH)D水平将其分为维生素D正常组[T-25(OH)D>30μg/L]、不足组[20μg/L≤T-25(OH)D≤30μg/L]和缺乏组[T-25(OH)D<20μg/L]。应用生物信息学方法分析ASD患儿的肠道宏基因组测序结果。结果共46例符合纳入和排除标准的ASD患儿纳入本研究,维生素D正常组、不足组、缺乏组分别为15例、16例、15例。线性判别分析发现,维生素D缺乏组的沃氏嗜胆菌、Adlercreutzia equolifaciens、Asaccharobacter celatus、大肠埃希菌显著升高;而脆弱拟杆菌和Hungatella hathewayi丰度显著降低。沃氏嗜胆菌和Adlercreutzia equolifaciens丰度与血清T-25(OH)D水平均呈负相关(r=-0.45,fdr=0.055,P=0.002;r=-0.44,fdr=0.055,P=0.003);脆弱拟杆菌丰度与血清T-25(OH)D水平呈正相关(r=0.42,fdr=0.073,P=0.004)。结论ASD患儿的维生素D缺乏状态可能加重肠道菌群紊乱,血清T-25(OH)水平降低可能使潜在有害菌定植增加、益生菌定植减少。本研究为ASD患儿积极补充维生素D提供了证据支持。 展开更多
关键词 肠道微生物 孤独症谱系障碍 维生素D
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