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IHHNV PCR检测方法改进及广西流行株基因型分析
被引量：
4
1
作者
杨慧赞
童桂香
+5 位作者
郑晓聪
谭红连
黄国秋
廖永志
韦信贤
胡庭俊
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第5期1127-1132,共6页
[目的]建立并优化传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)检测及其基因分型的套式PCR,并确定IHH-NV在广西流行的基因型,为有效防控广西对虾传染性皮下及造血组织坏死病(IHHN)提供参考依据。[方法]在以PCR检测IHHNV现有标准的基础上,于389...
[目的]建立并优化传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)检测及其基因分型的套式PCR,并确定IHH-NV在广西流行的基因型,为有效防控广西对虾传染性皮下及造血组织坏死病(IHHN)提供参考依据。[方法]在以PCR检测IHHNV现有标准的基础上,于389F/R和309F/R两对引物扩增片段之外的绝对保守区域设计外引物IHHNV-WF/WR,优化退火温度和引物浓度后建立IHHNV检测及基因分型的套式PCR,并通过与一步法PCR对比以验证其优越性;采用建立的套式PCR对546株2010 2018年收集的IHHNV广西流行株进行基因型分析,确定IHHNV在广西流行的基因型。[结果]优化后的第一轮PCR反应体系20.0 L:2×F8 FastLong PCR MasterMix 10.0 μL,上、下游引物(20 μmol/L)各0.8 μL,DNA模板2.0 μL,无核菌酶灭菌水补足至20.0 μL。扩增程序:94.0 ℃预变性3 min;94.0 ℃ 10 s,59.0 ℃ 15 s,72.0 ℃ 15 s,进行35个循环;72.0 ℃延伸5 min。套式PCR检测IHHNV的灵敏度较一步法PCR提高100倍;对100份IHHNV阳性临床样品的检测结果与一步法PCR的检测结果一致,符合率达100%。从546株IHHNV广西流行株中均能扩增获得309 bp的目的条带,全部为感染型(基因1型和基因2型)。[结论]在PCR检测IHHNV现有标准基础上建立的IHHNV检测及基因分型套式PCR,其灵敏度较一步法PCR提高100倍,尤其适用于检测IHHNV含量低的样品,可为疫病监测及进出口检疫提供更敏感的技术手段。当前广西流行的IHHNV均为感染型(基因1型和基因2型)。
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关键词
对虾
传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)
套式PCR
基因型
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职称材料
题名
IHHNV PCR检测方法改进及广西流行株基因型分析
被引量：
4
1
作者
杨慧赞
童桂香
郑晓聪
谭红连
黄国秋
廖永志
韦信贤
胡庭俊
机构
广西大学
动物
科学技术学院
广西水产科学研究院/广西水产遗传育种与健康养殖
重点
实验室
深圳海关/国家水生动物疫病检测重点实验室
出处
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第5期1127-1132,共6页
基金
广西自然科学基金项目(2015GXNSFBA139069)
广西创新驱动发展专项(桂科AA17204081-4)
+1 种基金
广西水产畜牧科技推广应用项目(桂渔牧科201633022)
广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室科研项目(17-259-29)
文摘
[目的]建立并优化传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)检测及其基因分型的套式PCR,并确定IHH-NV在广西流行的基因型,为有效防控广西对虾传染性皮下及造血组织坏死病(IHHN)提供参考依据。[方法]在以PCR检测IHHNV现有标准的基础上,于389F/R和309F/R两对引物扩增片段之外的绝对保守区域设计外引物IHHNV-WF/WR,优化退火温度和引物浓度后建立IHHNV检测及基因分型的套式PCR,并通过与一步法PCR对比以验证其优越性;采用建立的套式PCR对546株2010 2018年收集的IHHNV广西流行株进行基因型分析,确定IHHNV在广西流行的基因型。[结果]优化后的第一轮PCR反应体系20.0 L:2×F8 FastLong PCR MasterMix 10.0 μL,上、下游引物(20 μmol/L)各0.8 μL,DNA模板2.0 μL,无核菌酶灭菌水补足至20.0 μL。扩增程序:94.0 ℃预变性3 min;94.0 ℃ 10 s,59.0 ℃ 15 s,72.0 ℃ 15 s,进行35个循环;72.0 ℃延伸5 min。套式PCR检测IHHNV的灵敏度较一步法PCR提高100倍;对100份IHHNV阳性临床样品的检测结果与一步法PCR的检测结果一致,符合率达100%。从546株IHHNV广西流行株中均能扩增获得309 bp的目的条带,全部为感染型(基因1型和基因2型)。[结论]在PCR检测IHHNV现有标准基础上建立的IHHNV检测及基因分型套式PCR,其灵敏度较一步法PCR提高100倍,尤其适用于检测IHHNV含量低的样品,可为疫病监测及进出口检疫提供更敏感的技术手段。当前广西流行的IHHNV均为感染型(基因1型和基因2型)。
关键词
对虾
传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)
套式PCR
基因型
Keywords
prawn
infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus(IHHNV)
nested PCR
genotypes
分类号
S945.46 [农业科学—水产养殖]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
IHHNV PCR检测方法改进及广西流行株基因型分析
杨慧赞
童桂香
郑晓聪
谭红连
黄国秋
廖永志
韦信贤
胡庭俊
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019
4
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