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弹涂鱼两栖习性的基因组学研究进展
被引量：
5
1
作者
游欣欣
卞超
+2 位作者
陈洁明
孙颖
石琼
《海洋渔业》
CSCD
北大核心
2015年第5期479-484,共6页
作为两栖鱼类的代表,弹涂鱼处于从水生鱼类进化到陆生四肢动物的重要过渡环节。从2012年开始,深圳华大基因研究院与深圳野生动物救护中心、厦门大学等单位合作,共同实施弹涂鱼全基因组测序计划,有关基因组(结合转录组)的第一篇文章已在N...
作为两栖鱼类的代表,弹涂鱼处于从水生鱼类进化到陆生四肢动物的重要过渡环节。从2012年开始,深圳华大基因研究院与深圳野生动物救护中心、厦门大学等单位合作,共同实施弹涂鱼全基因组测序计划,有关基因组(结合转录组)的第一篇文章已在Nature Communications上发表(2014,5:5594)。本文就弹涂鱼两栖习性的基因组学研究进展进行综述,探讨弹涂鱼适应两栖习性的分子机制,并对以基因组数据为基础的后续研究进行展望,以期为国内外同仁相关基因组学研究提供参考。
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关键词
全基因组测序
基因组学
转录组
弹涂鱼
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职称材料
基于肠道宏基因组对弹涂鱼两栖适应性的研究
被引量：
1
2
作者
董博
邓涵逸
+6 位作者
孙艺秋
房元杰
彭淼曦
石琼
贝锦龙
魏文康
陈庄
《广东农业科学》
CAS
2022年第11期32-42,共11页
【目的】从基因组水平上报道两种有代表性的两栖鱼类大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris,BP)和大鳍弹涂鱼(Periophthalmus magnuspinnatus,PM)对陆地生活的适应性,以揭示胃肠道微生物群对弹涂鱼在陆地生活的适应性及其特殊免疫力...
【目的】从基因组水平上报道两种有代表性的两栖鱼类大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris,BP)和大鳍弹涂鱼(Periophthalmus magnuspinnatus,PM)对陆地生活的适应性,以揭示胃肠道微生物群对弹涂鱼在陆地生活的适应性及其特殊免疫力具有关键作用。【方法】采用16S扩增子测序和宏基因组技术,利用两种有代表性的弹涂鱼和3种典型水生鱼类(草鱼Ctenopharyngodon idellus、鲢鱼Hypophthalmichthys molitrix和鳙鱼Aristichthys nobilis)的宏基因组数据,比较两栖鱼类和水生鱼类肠道的微生物组成、多样性、丰度和功能,并研究潜在陆生标志微生物群。此外,通过查阅大量文献得到具有代表性的海水鱼类、淡水鱼类、两栖动物和陆生动物的胃肠道微生物群数据,比较弹涂鱼的肠道菌群组成和功能。【结果】在弹涂鱼的胃肠道微生物群中,厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门和梭杆菌门占主导地位。这些菌的含量在大鳍弹涂鱼、大弹涂鱼和水生鱼类之间存在显著差异。草鲢鳙和弹涂鱼二者胃肠道微生物群之间最大的区别是CKC4门(一种推测与宿主脂质代谢相关的胃肠道细菌门类)的比例,草鲢鳙中该比例从4%~27%不等,而在弹涂鱼中则没有发现。此外,弹涂鱼的胃肠道微生物群中同时具有陆生动物、淡水和海水鱼类以及两栖动物的典型细菌家族,这与它们在水陆过渡咸淡水交界处的生活特征相吻合。与陆生动物相比,鱼类拥有更高比例的梭状杆菌和变形杆菌,而陆生动物则具有更多的拟杆菌。在大弹涂鱼和大鳍弹涂鱼中还发现了此前被认为仅存在于陆生动物的S24-7菌株。【结论】推测弹涂鱼胃肠道微生物群落相比水生性鱼类具有复合和多样性特征,可以通过病原体相关分子模式PAMP刺激宿主在进化中形成多样性更高、拷贝数更多的天然免疫受体基因家族,以此适应更为复杂的两栖生活环境。
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关键词
胃肠道微生物群
宏基因组学
两栖弹涂鱼
陆地适应
免疫学特异性
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职称材料
中国南方红树林湿地弹涂鱼遗传多样性研究
被引量：
2
3
作者
李瑜
阮志强
+2 位作者
昝启杰
石琼
游欣欣
《南方农业》
2015年第6期6-10,共5页
以大鳍弹涂鱼、大弹涂鱼和青弹涂鱼为研究对象,探讨中国南方沿海红树林湿地弹涂鱼的遗传多样性水平变化情况。基于这3种弹涂鱼共88个个体的核基因RAG1和线粒体基因COI的序列分析结果,发现种群内遗传距离大鳍弹涂鱼>大弹涂鱼>青弹...
以大鳍弹涂鱼、大弹涂鱼和青弹涂鱼为研究对象,探讨中国南方沿海红树林湿地弹涂鱼的遗传多样性水平变化情况。基于这3种弹涂鱼共88个个体的核基因RAG1和线粒体基因COI的序列分析结果,发现种群内遗传距离大鳍弹涂鱼>大弹涂鱼>青弹涂鱼;大鳍弹涂鱼与青弹涂鱼的种群间遗传距离最大,青弹涂鱼和大弹涂鱼种群间遗传距离最小;遗传多样性指数大鳍弹涂鱼>大弹涂鱼>青弹涂鱼。此外,还分析了红树林湿地环境因素和不同弹涂鱼生态学习性差异对弹涂鱼遗传多样性的影响。本研究对红树林湿地生态系统的修复和保育提供理论依据,为通过弹涂鱼的放流增殖来提高弹涂鱼种群的遗传多样性提供科学指导。
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关键词
弹涂鱼
RAG1基因
COI基因
遗传多样性
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职称材料
题名
弹涂鱼两栖习性的基因组学研究进展
被引量：
5
1
作者
游欣欣
卞超
陈洁明
孙颖
石琼
机构
深圳市海洋生物基因组学重点实验室
广东省
海洋
经济动物分子育种
重点
实验室
深圳
华大水产科技有限公司
深圳
国家
基因
库
出处
《海洋渔业》
CSCD
北大核心
2015年第5期479-484,共6页
基金
广东省省部产学研专项资金(2013B090800017)
深圳市科技研发资金(CXB201108250095A)
+2 种基金
深圳市城管局科研项目(红树林湿地弹涂鱼繁殖及保护技术研究)
深圳市协同创新计划深港创新圈项目(SGLH20131010105856414)
深圳市未来产业发展专项(JSGG20141020113728803)
文摘
作为两栖鱼类的代表,弹涂鱼处于从水生鱼类进化到陆生四肢动物的重要过渡环节。从2012年开始,深圳华大基因研究院与深圳野生动物救护中心、厦门大学等单位合作,共同实施弹涂鱼全基因组测序计划,有关基因组(结合转录组)的第一篇文章已在Nature Communications上发表(2014,5:5594)。本文就弹涂鱼两栖习性的基因组学研究进展进行综述,探讨弹涂鱼适应两栖习性的分子机制,并对以基因组数据为基础的后续研究进行展望,以期为国内外同仁相关基因组学研究提供参考。
关键词
全基因组测序
基因组学
转录组
弹涂鱼
Keywords
whole genome sequencing
genomics
transciptome
mudskipper
分类号
Q75 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
基于肠道宏基因组对弹涂鱼两栖适应性的研究
被引量：
1
2
作者
董博
邓涵逸
孙艺秋
房元杰
彭淼曦
石琼
贝锦龙
魏文康
陈庄
机构
广东省农业科
学
院农业
生物
基因
研究中心/广东省农作物种质资源保存与利用
重点
实验室
深圳市海洋生物基因组学重点实验室
深圳
大
学
生命科
学
与
海洋
学
院
出处
《广东农业科学》
CAS
2022年第11期32-42,共11页
基金
华南应用微生物国家重点实验室开放基金(SKLAM002-2021)
华南地区乡村振兴专项资金(2021KJ382)
+1 种基金
茂名实验室科研启动项目(2021TDQD002)
华南地区农业科学院地方分院和专家工作站工作经费项目(2022支撑11)。
文摘
【目的】从基因组水平上报道两种有代表性的两栖鱼类大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris,BP)和大鳍弹涂鱼(Periophthalmus magnuspinnatus,PM)对陆地生活的适应性,以揭示胃肠道微生物群对弹涂鱼在陆地生活的适应性及其特殊免疫力具有关键作用。【方法】采用16S扩增子测序和宏基因组技术,利用两种有代表性的弹涂鱼和3种典型水生鱼类(草鱼Ctenopharyngodon idellus、鲢鱼Hypophthalmichthys molitrix和鳙鱼Aristichthys nobilis)的宏基因组数据,比较两栖鱼类和水生鱼类肠道的微生物组成、多样性、丰度和功能,并研究潜在陆生标志微生物群。此外,通过查阅大量文献得到具有代表性的海水鱼类、淡水鱼类、两栖动物和陆生动物的胃肠道微生物群数据,比较弹涂鱼的肠道菌群组成和功能。【结果】在弹涂鱼的胃肠道微生物群中,厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门和梭杆菌门占主导地位。这些菌的含量在大鳍弹涂鱼、大弹涂鱼和水生鱼类之间存在显著差异。草鲢鳙和弹涂鱼二者胃肠道微生物群之间最大的区别是CKC4门(一种推测与宿主脂质代谢相关的胃肠道细菌门类)的比例,草鲢鳙中该比例从4%~27%不等,而在弹涂鱼中则没有发现。此外,弹涂鱼的胃肠道微生物群中同时具有陆生动物、淡水和海水鱼类以及两栖动物的典型细菌家族,这与它们在水陆过渡咸淡水交界处的生活特征相吻合。与陆生动物相比,鱼类拥有更高比例的梭状杆菌和变形杆菌,而陆生动物则具有更多的拟杆菌。在大弹涂鱼和大鳍弹涂鱼中还发现了此前被认为仅存在于陆生动物的S24-7菌株。【结论】推测弹涂鱼胃肠道微生物群落相比水生性鱼类具有复合和多样性特征,可以通过病原体相关分子模式PAMP刺激宿主在进化中形成多样性更高、拷贝数更多的天然免疫受体基因家族,以此适应更为复杂的两栖生活环境。
关键词
胃肠道微生物群
宏基因组学
两栖弹涂鱼
陆地适应
免疫学特异性
Keywords
gastrointestinal microbiome
metagenomics
amphibious mudskipper
terrestrial adaptation
immnological specificity
分类号
S917.1 [农业科学—水产科学]
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职称材料
题名
中国南方红树林湿地弹涂鱼遗传多样性研究
被引量：
2
3
作者
李瑜
阮志强
昝启杰
石琼
游欣欣
机构
深圳市
野生动物救护中心
深圳
华大
基因
研究院
深圳市海洋生物基因组学重点实验室
广东省
海洋
经济动物分子育种
重点
实验室
出处
《南方农业》
2015年第6期6-10,共5页
基金
深圳市城管局科研项目
深圳市科技研发资金项目
广东省省部产学研专项
文摘
以大鳍弹涂鱼、大弹涂鱼和青弹涂鱼为研究对象,探讨中国南方沿海红树林湿地弹涂鱼的遗传多样性水平变化情况。基于这3种弹涂鱼共88个个体的核基因RAG1和线粒体基因COI的序列分析结果,发现种群内遗传距离大鳍弹涂鱼>大弹涂鱼>青弹涂鱼;大鳍弹涂鱼与青弹涂鱼的种群间遗传距离最大,青弹涂鱼和大弹涂鱼种群间遗传距离最小;遗传多样性指数大鳍弹涂鱼>大弹涂鱼>青弹涂鱼。此外,还分析了红树林湿地环境因素和不同弹涂鱼生态学习性差异对弹涂鱼遗传多样性的影响。本研究对红树林湿地生态系统的修复和保育提供理论依据,为通过弹涂鱼的放流增殖来提高弹涂鱼种群的遗传多样性提供科学指导。
关键词
弹涂鱼
RAG1基因
COI基因
遗传多样性
分类号
Q953 [生物学—动物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
弹涂鱼两栖习性的基因组学研究进展
游欣欣
卞超
陈洁明
孙颖
石琼
《海洋渔业》
CSCD
北大核心
2015
5
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于肠道宏基因组对弹涂鱼两栖适应性的研究
董博
邓涵逸
孙艺秋
房元杰
彭淼曦
石琼
贝锦龙
魏文康
陈庄
《广东农业科学》
CAS
2022
1
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职称材料
3
中国南方红树林湿地弹涂鱼遗传多样性研究
李瑜
阮志强
昝启杰
石琼
游欣欣
《南方农业》
2015
2
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职称材料
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