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基于机器学习筛选阿霉素诱导的心肌病中铁死亡的关键基因与验证
被引量：
1
1
作者
曾晓滢
朱熹
+3 位作者
邓梦婷
丁志强
方红城
窦宇红
《中国医科大学学报》
北大核心
2025年第1期38-43,共6页
目的基于生物信息学分析铁死亡在阿霉素诱导的心肌病(DIC)中的关键基因,结合体外实验验证,探讨铁死亡在DIC中的作用。方法二价铁荧光染色佐证DIC中心肌细胞发生铁死亡。检索基因表达综合数据库(GEO)得到GSE207737数据集,与检索FerrDb数...
目的基于生物信息学分析铁死亡在阿霉素诱导的心肌病(DIC)中的关键基因,结合体外实验验证,探讨铁死亡在DIC中的作用。方法二价铁荧光染色佐证DIC中心肌细胞发生铁死亡。检索基因表达综合数据库(GEO)得到GSE207737数据集,与检索FerrDb数据库得到的铁死亡相关基因作交集,对交集基因进行基因本体(GO)以及京都基因和基因组数据库(KEGG)富集分析。将最小绝对值选择与收缩算子(LASSO)回归算法和支持向量机递归特征消除(SVM-RFE)2种机器学习方法得到的基因取交集获得DIC的铁死亡关键基因,并通过实时PCR在正常和DIC模型的H9C2细胞中进行验证,对于生物信息学和实时PCR结果不符者采用Western blotting进一步验证。结果共获得38个DIC的铁死亡相关基因,GO和KEGG分析结果表明这些基因主要参与细胞代谢,通过机器学习方法获得DIC的铁死亡关键基因为Mpc1、Prdx1、Kdm4a、Alox12b和Tfrc。体外实验结果表明,与正常组相比,DIC模型组Mpc1、Prdx1和Kdm4a mRNA表达显著下调(P<0.001),Alox12b mRNA表达显著上调(P<0.001),而Tfrc mRNA和蛋白的表达水平均无统计学差异(P>0.05)。结论Mpc1、Prdx1、Kdm4a和Alox12b为DIC的铁死亡关键基因,可能成为从铁死亡角度防治DIC的靶点。
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关键词
阿霉素诱导的心肌病
铁死亡
生物信息学
基因
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职称材料
题名
基于机器学习筛选阿霉素诱导的心肌病中铁死亡的关键基因与验证
被引量：
1
1
作者
曾晓滢
朱熹
邓梦婷
丁志强
方红城
窦宇红
机构
广州中医药大学
深圳
中西医
结合
临床医学院
深圳市
中西医结合医院
心血管
科
深圳市中西医结合医院检验科
出处
《中国医科大学学报》
北大核心
2025年第1期38-43,共6页
基金
广东省基础与应用基础研究基金(2023A1515010282)
深圳市医疗卫生三名工程项目(SZZYSM202106006)。
文摘
目的基于生物信息学分析铁死亡在阿霉素诱导的心肌病(DIC)中的关键基因,结合体外实验验证,探讨铁死亡在DIC中的作用。方法二价铁荧光染色佐证DIC中心肌细胞发生铁死亡。检索基因表达综合数据库(GEO)得到GSE207737数据集,与检索FerrDb数据库得到的铁死亡相关基因作交集,对交集基因进行基因本体(GO)以及京都基因和基因组数据库(KEGG)富集分析。将最小绝对值选择与收缩算子(LASSO)回归算法和支持向量机递归特征消除(SVM-RFE)2种机器学习方法得到的基因取交集获得DIC的铁死亡关键基因,并通过实时PCR在正常和DIC模型的H9C2细胞中进行验证,对于生物信息学和实时PCR结果不符者采用Western blotting进一步验证。结果共获得38个DIC的铁死亡相关基因,GO和KEGG分析结果表明这些基因主要参与细胞代谢,通过机器学习方法获得DIC的铁死亡关键基因为Mpc1、Prdx1、Kdm4a、Alox12b和Tfrc。体外实验结果表明,与正常组相比,DIC模型组Mpc1、Prdx1和Kdm4a mRNA表达显著下调(P<0.001),Alox12b mRNA表达显著上调(P<0.001),而Tfrc mRNA和蛋白的表达水平均无统计学差异(P>0.05)。结论Mpc1、Prdx1、Kdm4a和Alox12b为DIC的铁死亡关键基因,可能成为从铁死亡角度防治DIC的靶点。
关键词
阿霉素诱导的心肌病
铁死亡
生物信息学
基因
Keywords
doxorubicin-induced cardiomyopathy
ferroptosis
bioinformatics
gene
分类号
R542.2 [医药卫生—心血管疾病]
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题名
作者
出处
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被引量
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1
基于机器学习筛选阿霉素诱导的心肌病中铁死亡的关键基因与验证
曾晓滢
朱熹
邓梦婷
丁志强
方红城
窦宇红
《中国医科大学学报》
北大核心
2025
1
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参考文献
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