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题名前列腺癌基因表达谱芯片的生物信息学分析
被引量：4
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作者
王书鹏
吴松
蔡志明
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机构
安徽医科大学深圳临床学院(深圳市第二人民医院)
深圳市第二人民医院泌尿外科
深圳大学附属罗湖医院泌尿外科
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出处
《安徽医科大学学报》
CAS
北大核心
2017年第2期199-202,共4页
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基金
国家重点基础研究发展计划(973计划)项目(编号:2014CB745200)
国家自然科学基金(编号:81301740)
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文摘
目的利用生物信息学方法分析前列腺癌基因表达谱芯片,研究前列腺癌差异表达基因的功能及调控网络。方法采用GEO数据库中获取的前列腺癌基因表达谱芯片数据,利用R软件及affy、limma、pheatmap、ggplot2等R软件包进行数据挖掘及生物信息学分析。结合生物信息学工具DAVID、Gene MANIA对差异表达基因及其调控网络进行分析。结果共筛选出前列腺癌与癌旁组织差异表达基因56个,表达上调15个,表达下调41个,前列腺癌与癌旁组织的差异表达基因被富集到不同的子集。其中cav1、slc16a2、cav2、slc16a5、magi2、ptrf、pdlim5、lmod1、abcc6等9个基因被富集到"细胞功能"分类下的"细胞膜组分"子集中,其中cav1、cav2、ptrf影响细胞膜内陷囊状结构的功能,可能在前列腺癌发生发展中发挥重要作用。结论前列腺癌与癌旁组织的差异表达基因之间存在复杂的调控网络,生物信息学可以从中提取有效信息,为前列腺癌分子机制研究提供思路及数据基础。
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关键词
前列腺癌
基因表达谱
生物信息学
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Keywords
prostate cancer
gene expression profile
bioinformatics
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分类号
R737.25
[医药卫生—肿瘤]
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