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大豆UV-B光受体GmUVR8基因的生物信息学分析
被引量：
3
1
作者
罗秋兰
王潮岗
胡章立
《大豆科学》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第2期192-196,共5页
UV-B影响大豆的生长发育,降低大豆的产量,但能够促进大豆类黄酮化合物合成,提高植物对病虫害的抵抗力。本研究利用生物信息学方法系统分析了大豆UV-B光受体UVR8基因及其编码蛋白质的特性。结果显示,大豆中存在4个GmUVR8蛋白质,均为亲水...
UV-B影响大豆的生长发育,降低大豆的产量,但能够促进大豆类黄酮化合物合成,提高植物对病虫害的抵抗力。本研究利用生物信息学方法系统分析了大豆UV-B光受体UVR8基因及其编码蛋白质的特性。结果显示,大豆中存在4个GmUVR8蛋白质,均为亲水性蛋白质,位于细胞核中,尽管它们在大小上存在差异,但是都包含多个保守的RCC1结构域,形成了完整或不完整的七叶β-折叠的结构,与拟南芥的折叠方式极为相似。大豆基因组中这4个GmUVR8编码基因长度不一,分别位于4条染色体上,含有相同的外显子数,具有相同的编码方式。同源序列比对显示GmUVR8c与拟南芥最为相似,而聚类分析显示GmUVR8具有一定特异性。本研究为后期系统分析大豆UV-B光形态建成分子机制和GmUVR8基因功能提供了理论依据。
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关键词
大豆
紫外光B
UVR8光受体
结构域
进化树分析
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职称材料
缺氮胁迫对固氮蓝藻鱼腥藻PCC7120 DNA甲基化修饰模式的影响
被引量：
2
2
作者
胡浪
郭青青
+3 位作者
刘烨蓉
胡章立
王江新
雷安平
《沈阳农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第4期481-486,共6页
为研究缺氮胁迫对固氮蓝藻DNA甲基化的影响,本研究以固氮蓝藻鱼腥藻Anabaena sp.PCC7120为试验材料,比较了正常藻丝、缺氮藻丝和异形胞的DNA甲基化修饰。DNA甲基化修饰与细胞分化、基因组印记等多种重要生物学过程有关。在高等植物和非...
为研究缺氮胁迫对固氮蓝藻DNA甲基化的影响,本研究以固氮蓝藻鱼腥藻Anabaena sp.PCC7120为试验材料,比较了正常藻丝、缺氮藻丝和异形胞的DNA甲基化修饰。DNA甲基化修饰与细胞分化、基因组印记等多种重要生物学过程有关。在高等植物和非固氮蓝藻中,缺氮胁迫可以改变DNA甲基化修饰模式。DNA甲基化修饰也存在于固氮蓝藻细胞中。然而,固氮蓝藻可以通过固定空气中的氮来缓解缺氮压力,缺氮胁迫是否能改变固氮蓝藻的DNA甲基化修饰模式尚不清楚。全基因组重亚硫酸盐测序可以在单碱基水平分析基因组范围内所有胞嘧啶的甲基化修饰模式。利用全基因组重亚硫酸盐测序对正常培养的藻丝、缺氮72h的藻丝和异形胞的胞嘧啶甲基化进行了测序,分别获得6.25,8.38,7.11Gb的干净数据。在正常培养的藻丝、缺氮72h的藻丝和异形胞中,甲基化胞嘧啶位点占所有胞嘧啶位点的比例分别为1.06%,1.05%和1.05%,甲基化胞嘧啶位点的平均甲基化水平分别为0.61%,0.54%和0.54%。基于胞嘧啶甲基化修饰模式对这3个样品进行Pearson相关性分析,发现样品间的相关系数在0.976~0.983之间。这些结果说明正常培养的藻丝、缺氮72h的藻丝和异形胞的DNA甲基化修饰模式相似,缺氮胁迫不能引起固氮蓝藻DNA甲基化模式的改变。本结果为固氮蓝藻和非固氮蓝藻采用不同的表观修饰来应对缺氮胁迫提供了证据。
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关键词
固氮蓝藻
异形胞
缺氮胁迫
DNA甲基化
鱼腥藻
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职称材料
题名
大豆UV-B光受体GmUVR8基因的生物信息学分析
被引量：
3
1
作者
罗秋兰
王潮岗
胡章立
机构
深圳大学生命与海洋科学学院/深圳市海洋生物资源与生态环境重点实验室
深圳大学
光电工程学
院/
光电子器件与系统(教育部/广东省)
重点
实验室
深圳大学
龙华
生物
产业创新研究
院
/深圳市
海洋
藻类
生物
工程技术研究中心
出处
《大豆科学》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第2期192-196,共5页
基金
国家自然科学基金(31700309
31470389
+2 种基金
31470431)
广东省自然科学基金(2014A030308017
2017A030310255)
文摘
UV-B影响大豆的生长发育,降低大豆的产量,但能够促进大豆类黄酮化合物合成,提高植物对病虫害的抵抗力。本研究利用生物信息学方法系统分析了大豆UV-B光受体UVR8基因及其编码蛋白质的特性。结果显示,大豆中存在4个GmUVR8蛋白质,均为亲水性蛋白质,位于细胞核中,尽管它们在大小上存在差异,但是都包含多个保守的RCC1结构域,形成了完整或不完整的七叶β-折叠的结构,与拟南芥的折叠方式极为相似。大豆基因组中这4个GmUVR8编码基因长度不一,分别位于4条染色体上,含有相同的外显子数,具有相同的编码方式。同源序列比对显示GmUVR8c与拟南芥最为相似,而聚类分析显示GmUVR8具有一定特异性。本研究为后期系统分析大豆UV-B光形态建成分子机制和GmUVR8基因功能提供了理论依据。
关键词
大豆
紫外光B
UVR8光受体
结构域
进化树分析
Keywords
Soybean
Uhraviolet-B
UVR8 photoreceptor
Domains
Phylogenetic tree analysis
分类号
S565.1 [农业科学—作物学]
Q751 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
缺氮胁迫对固氮蓝藻鱼腥藻PCC7120 DNA甲基化修饰模式的影响
被引量：
2
2
作者
胡浪
郭青青
刘烨蓉
胡章立
王江新
雷安平
机构
深圳大学生命与海洋科学学院/深圳市海洋生物资源与生态环境重点实验室
/深圳市
海洋
藻类
生物
开发与应用工程
实验室
/广东省植物表观遗传学
重点
实验室
深圳大学
材料
科学
与工程学
院/
南山区
生物
聚合物和安全评价
重点
实验室
出处
《沈阳农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第4期481-486,共6页
基金
国家自然科学基金项目(31670116)
广东省创新团队基金项目(2014ZT05S078)
+2 种基金
深圳大学自然科学基金项目(#827-000081)
深圳市科技资助计划项目(JCYJ20160308095910917,JCYJ20170818100339597)
深圳市南山区生物聚合物和安全评价重点实验室基金项目(#KC2014ZDZJ0001A)
文摘
为研究缺氮胁迫对固氮蓝藻DNA甲基化的影响,本研究以固氮蓝藻鱼腥藻Anabaena sp.PCC7120为试验材料,比较了正常藻丝、缺氮藻丝和异形胞的DNA甲基化修饰。DNA甲基化修饰与细胞分化、基因组印记等多种重要生物学过程有关。在高等植物和非固氮蓝藻中,缺氮胁迫可以改变DNA甲基化修饰模式。DNA甲基化修饰也存在于固氮蓝藻细胞中。然而,固氮蓝藻可以通过固定空气中的氮来缓解缺氮压力,缺氮胁迫是否能改变固氮蓝藻的DNA甲基化修饰模式尚不清楚。全基因组重亚硫酸盐测序可以在单碱基水平分析基因组范围内所有胞嘧啶的甲基化修饰模式。利用全基因组重亚硫酸盐测序对正常培养的藻丝、缺氮72h的藻丝和异形胞的胞嘧啶甲基化进行了测序,分别获得6.25,8.38,7.11Gb的干净数据。在正常培养的藻丝、缺氮72h的藻丝和异形胞中,甲基化胞嘧啶位点占所有胞嘧啶位点的比例分别为1.06%,1.05%和1.05%,甲基化胞嘧啶位点的平均甲基化水平分别为0.61%,0.54%和0.54%。基于胞嘧啶甲基化修饰模式对这3个样品进行Pearson相关性分析,发现样品间的相关系数在0.976~0.983之间。这些结果说明正常培养的藻丝、缺氮72h的藻丝和异形胞的DNA甲基化修饰模式相似,缺氮胁迫不能引起固氮蓝藻DNA甲基化模式的改变。本结果为固氮蓝藻和非固氮蓝藻采用不同的表观修饰来应对缺氮胁迫提供了证据。
关键词
固氮蓝藻
异形胞
缺氮胁迫
DNA甲基化
鱼腥藻
Keywords
nitrogen-fixing cyanobacteria
heterocyst
nitrogen deficiency stress
DNA methylation
Anabaena
分类号
Q89 [生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
大豆UV-B光受体GmUVR8基因的生物信息学分析
罗秋兰
王潮岗
胡章立
《大豆科学》
CAS
CSCD
北大核心
2018
3
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
缺氮胁迫对固氮蓝藻鱼腥藻PCC7120 DNA甲基化修饰模式的影响
胡浪
郭青青
刘烨蓉
胡章立
王江新
雷安平
《沈阳农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019
2
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