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临床分离高黏液肺炎克雷伯菌耐药性及基因组特征分析
1
作者
李兵兵
陈大伟
+5 位作者
刘靓
孙敏
李双姝
李洁
杨鹏飞
邢亚东
《中国感染控制杂志》
北大核心
2025年第1期113-120,共8页
目的分析临床分离高黏液肺炎克雷伯菌(hmKp)的耐药情况及基因组特征。方法收集2019—2023年分离自淮安市国家致病菌识别网哨点医院临床标本的肺炎克雷伯菌,使用VITEK 2 Compact对菌株进行鉴定,拉丝试验判断黏液表型,微量肉汤稀释法测定h...
目的分析临床分离高黏液肺炎克雷伯菌(hmKp)的耐药情况及基因组特征。方法收集2019—2023年分离自淮安市国家致病菌识别网哨点医院临床标本的肺炎克雷伯菌,使用VITEK 2 Compact对菌株进行鉴定,拉丝试验判断黏液表型,微量肉汤稀释法测定hmKp的耐药性。应用全基因组测序技术进行分子分型,并对菌株携带的毒力和耐药基因进行注释。结果共收集hmKp 60株,主要分离自痰标本(33.33%)和血标本(28.33%)。60株菌株基因组平均大小为5.6 Mb,平均GC含量为57.09%。多位点序列分型(ST)显示,有28种ST型,优势ST型为ST11(11.67%)、ST15(11.67%)和ST412(10.00%)。核心基因组多位点序列分型(cgMLST)分析发现,部分菌株高度同源,未发现暴发菌株。多重耐药菌株占60.00%,耐亚胺培南菌株占28.33%。共携带64种耐药基因,其中84.38%的耐药基因位于可移动原件上,磷霉素相关耐药基因、超广谱β-内酰胺类抗生素相关耐药基因在菌株中携带率较高,分别为100%、98.33%。碳青霉烯类耐药基因blaKPC-2,21.67%由ST11、ST1和ST15菌株携带;blaNDM-5基因3.33%由ST76菌株携带。共携带101种毒力基因,其中Colibactin和Ⅵ型分泌系统相关毒力基因种类最多。所有菌株均携带荚膜合成调节相关基因(rcsA、rcsB)、外排泵相关基因(acrA、acrB)和肠杆菌素相关基因(entABCEF、fepABCDFG、fes)。结论淮安地区临床分离的hmKp呈现多重耐药,优势ST型为ST11、ST15和ST412,携带多种能够进行水平转移的耐药基因和毒力基因,应加强防控措施。
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关键词
高黏液肺炎克雷伯菌
耐药性
耐药基因
毒力基因
全基因组测序
高毒力
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职称材料
基于RPA/CRISPR-Cas12a技术的单核细胞增生李斯特菌快速检测方法建立
被引量：
3
2
作者
陈大伟
李兵兵
+3 位作者
魏明月
李双姝
杨鹏飞
刘靓
《肉类研究》
2023年第9期46-51,共6页
建立基于RPA/CRISPR-Cas12a技术单核细胞增生李斯特菌的快速检测方法。选取单增李斯特菌溶菌素毒力基因hly(GeneID:987033),设计重组酶聚合酶扩增(recombinase polymerase amplification,RPA)引物结合CRISPR-Cas12a蛋白研制两步法单增...
建立基于RPA/CRISPR-Cas12a技术单核细胞增生李斯特菌的快速检测方法。选取单增李斯特菌溶菌素毒力基因hly(GeneID:987033),设计重组酶聚合酶扩增(recombinase polymerase amplification,RPA)引物结合CRISPR-Cas12a蛋白研制两步法单增李斯特菌快速检测试剂盒,并对其灵敏度、特异性以及反应速率进行分析。结果表明:该法检测速率快,30 min内可检出单核细胞增生李斯特菌,同时具有较高的灵敏度,20μL体系可检测到最低0.0015 ng靶标核酸。将该试剂盒进一步用于检测人工模拟污染食品三文鱼肉片,检测限可达10 CFU/mL。本方法检测30份实际样本,结果均与荧光定量聚合酶链式反应法阳性检出率一致。RPA/CRISPR-Cas12a技术是快速检测食源性单增李斯特菌的可行方法。
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关键词
单核细胞增生李斯特菌
重组酶聚合酶扩增
CRISPR-Cas12a
快速检测
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职称材料
题名
临床分离高黏液肺炎克雷伯菌耐药性及基因组特征分析
1
作者
李兵兵
陈大伟
刘靓
孙敏
李双姝
李洁
杨鹏飞
邢亚东
机构
淮安市疾病预防控制中心检验科
出处
《中国感染控制杂志》
北大核心
2025年第1期113-120,共8页
基金
淮安市自然科学研究计划项目(HABZ202109)
江苏省预防医学科研课题(Y2018047)
淮安市社会发展计划(HAS202409)。
文摘
目的分析临床分离高黏液肺炎克雷伯菌(hmKp)的耐药情况及基因组特征。方法收集2019—2023年分离自淮安市国家致病菌识别网哨点医院临床标本的肺炎克雷伯菌,使用VITEK 2 Compact对菌株进行鉴定,拉丝试验判断黏液表型,微量肉汤稀释法测定hmKp的耐药性。应用全基因组测序技术进行分子分型,并对菌株携带的毒力和耐药基因进行注释。结果共收集hmKp 60株,主要分离自痰标本(33.33%)和血标本(28.33%)。60株菌株基因组平均大小为5.6 Mb,平均GC含量为57.09%。多位点序列分型(ST)显示,有28种ST型,优势ST型为ST11(11.67%)、ST15(11.67%)和ST412(10.00%)。核心基因组多位点序列分型(cgMLST)分析发现,部分菌株高度同源,未发现暴发菌株。多重耐药菌株占60.00%,耐亚胺培南菌株占28.33%。共携带64种耐药基因,其中84.38%的耐药基因位于可移动原件上,磷霉素相关耐药基因、超广谱β-内酰胺类抗生素相关耐药基因在菌株中携带率较高,分别为100%、98.33%。碳青霉烯类耐药基因blaKPC-2,21.67%由ST11、ST1和ST15菌株携带;blaNDM-5基因3.33%由ST76菌株携带。共携带101种毒力基因,其中Colibactin和Ⅵ型分泌系统相关毒力基因种类最多。所有菌株均携带荚膜合成调节相关基因(rcsA、rcsB)、外排泵相关基因(acrA、acrB)和肠杆菌素相关基因(entABCEF、fepABCDFG、fes)。结论淮安地区临床分离的hmKp呈现多重耐药,优势ST型为ST11、ST15和ST412,携带多种能够进行水平转移的耐药基因和毒力基因,应加强防控措施。
关键词
高黏液肺炎克雷伯菌
耐药性
耐药基因
毒力基因
全基因组测序
高毒力
Keywords
hypermucoviscous Klebsiella pneumoniae
drug resistance
drug resistance gene
virulence gene
whole-genome sequencing
hypervirulence
分类号
R181.32 [医药卫生—流行病学]
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职称材料
题名
基于RPA/CRISPR-Cas12a技术的单核细胞增生李斯特菌快速检测方法建立
被引量：
3
2
作者
陈大伟
李兵兵
魏明月
李双姝
杨鹏飞
刘靓
机构
淮安市疾病预防控制中心检验科
出处
《肉类研究》
2023年第9期46-51,共6页
基金
淮安市卫生健康科研项目(HAWJ202122)
江苏省预防医学科研课题(Y2018047)。
文摘
建立基于RPA/CRISPR-Cas12a技术单核细胞增生李斯特菌的快速检测方法。选取单增李斯特菌溶菌素毒力基因hly(GeneID:987033),设计重组酶聚合酶扩增(recombinase polymerase amplification,RPA)引物结合CRISPR-Cas12a蛋白研制两步法单增李斯特菌快速检测试剂盒,并对其灵敏度、特异性以及反应速率进行分析。结果表明:该法检测速率快,30 min内可检出单核细胞增生李斯特菌,同时具有较高的灵敏度,20μL体系可检测到最低0.0015 ng靶标核酸。将该试剂盒进一步用于检测人工模拟污染食品三文鱼肉片,检测限可达10 CFU/mL。本方法检测30份实际样本,结果均与荧光定量聚合酶链式反应法阳性检出率一致。RPA/CRISPR-Cas12a技术是快速检测食源性单增李斯特菌的可行方法。
关键词
单核细胞增生李斯特菌
重组酶聚合酶扩增
CRISPR-Cas12a
快速检测
Keywords
L.monocytogenes
recombinase polymerase amplification
clustered regularly interspaced short palindromic repeats(CRISPR)-CRISPR associated protein 12a
fast detection
分类号
Q783.1 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
临床分离高黏液肺炎克雷伯菌耐药性及基因组特征分析
李兵兵
陈大伟
刘靓
孙敏
李双姝
李洁
杨鹏飞
邢亚东
《中国感染控制杂志》
北大核心
2025
0
在线阅读
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职称材料
2
基于RPA/CRISPR-Cas12a技术的单核细胞增生李斯特菌快速检测方法建立
陈大伟
李兵兵
魏明月
李双姝
杨鹏飞
刘靓
《肉类研究》
2023
3
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职称材料
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