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甜樱桃RALF多肽家族的全基因组鉴定及表达分析
1
作者
任恒祎
李雅慧
+7 位作者
朱秀秀
许润哲
张慧君
李虎
刘春
范玉朋
刘杰
王继源
《江苏农业学报》
CSCD
北大核心
2024年第9期1739-1748,共10页
本研究以甜樱桃(Prunus avium L.)为试验材料,采用生物信息学分析的方法探究信号多肽快速碱化因子(RALF)家族,从甜樱桃全基因组数据库中鉴定到14个RALF相关基因,系统命名为PavRALF1~PavRALF14,从基因家族鉴定、结构分析、进化关系、保...
本研究以甜樱桃(Prunus avium L.)为试验材料,采用生物信息学分析的方法探究信号多肽快速碱化因子(RALF)家族,从甜樱桃全基因组数据库中鉴定到14个RALF相关基因,系统命名为PavRALF1~PavRALF14,从基因家族鉴定、结构分析、进化关系、保守基序和顺式作用元件等方面,对甜樱桃RALF基因进行系统鉴定分析,并分析基因在不同组织中的相对表达量。结果表明,甜樱桃RALF家族均属于疏水蛋白质,与桃(Prunus persica)RALF基因共线性关系较多,亲缘性较近,在启动子区域存在多种与植物激素和应激相关的顺式作用元件。系统进化树将RALF基因分为5个亚家族。表达特性分析结果显示,各基因成员在花、茎、叶和果实中均存在不同程度的表达。本研究结果有助于深入研究甜樱桃RALF基因家族的生物学功能以及RALF基因在甜樱桃生长发育过程中可能发挥的作用。
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关键词
甜樱桃
快速碱化因子(RALF)
基因家族鉴定
生物信息学
表达模式分析
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职称材料
题名
甜樱桃RALF多肽家族的全基因组鉴定及表达分析
1
作者
任恒祎
李雅慧
朱秀秀
许润哲
张慧君
李虎
刘春
范玉朋
刘杰
王继源
机构
淮北师范大学/安徽省西瓜甜瓜生物育种工程研究中心
出处
《江苏农业学报》
CSCD
北大核心
2024年第9期1739-1748,共10页
基金
安徽省高校自然科学研究重点项目(2022AH050408)。
文摘
本研究以甜樱桃(Prunus avium L.)为试验材料,采用生物信息学分析的方法探究信号多肽快速碱化因子(RALF)家族,从甜樱桃全基因组数据库中鉴定到14个RALF相关基因,系统命名为PavRALF1~PavRALF14,从基因家族鉴定、结构分析、进化关系、保守基序和顺式作用元件等方面,对甜樱桃RALF基因进行系统鉴定分析,并分析基因在不同组织中的相对表达量。结果表明,甜樱桃RALF家族均属于疏水蛋白质,与桃(Prunus persica)RALF基因共线性关系较多,亲缘性较近,在启动子区域存在多种与植物激素和应激相关的顺式作用元件。系统进化树将RALF基因分为5个亚家族。表达特性分析结果显示,各基因成员在花、茎、叶和果实中均存在不同程度的表达。本研究结果有助于深入研究甜樱桃RALF基因家族的生物学功能以及RALF基因在甜樱桃生长发育过程中可能发挥的作用。
关键词
甜樱桃
快速碱化因子(RALF)
基因家族鉴定
生物信息学
表达模式分析
Keywords
sweet cherry
rapid alkalinization factor(RALF)
identification of gene family
bioinformatics
expression analysis
分类号
S662.5 [农业科学—果树学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
甜樱桃RALF多肽家族的全基因组鉴定及表达分析
任恒祎
李雅慧
朱秀秀
许润哲
张慧君
李虎
刘春
范玉朋
刘杰
王继源
《江苏农业学报》
CSCD
北大核心
2024
0
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