球等鞭金藻CRY1与COP1互作及生物信息学分析

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作者 李欢 李龙玉 +4 位作者 钟洁 陈由强 余雪冰 何文锦 陈建楠 《福建农业科技》 CAS 2023年第12期7-14,共8页

为验证球等鞭金藻的隐花色素蛋白IgCRY1与下游蛋白IgCOP1是否互作,通过提取球等鞭金藻的总RNA反转录成cDNA为模板,扩增目的片段,构建BD-IgCRY1和AD-IgCOP1载体,共同转入AH109酵母菌株进行酵母双杂验证,并对IgCOP1蛋白进行生物信息学分... 为验证球等鞭金藻的隐花色素蛋白IgCRY1与下游蛋白IgCOP1是否互作,通过提取球等鞭金藻的总RNA反转录成cDNA为模板,扩增目的片段,构建BD-IgCRY1和AD-IgCOP1载体,共同转入AH109酵母菌株进行酵母双杂验证,并对IgCOP1蛋白进行生物信息学分析。结果显示:从球等鞭金藻中克隆到IgCRY1和IgCOP1的CDS序列分别为1560 bp和1185 bp。通过酵母双杂验证了IgCRY1蛋白和IgCOP1蛋白相互互作。对互作蛋白IgCOP1进行生物信息学分析,发现该蛋白的分子量大小为43.7 kDa,编码的氨基酸个数为394个,二级结构62.69%为不规则卷曲,是典型的亲水性蛋白。系统发育树分析显示IgCOP1蛋白聚于分支底部,与其他分支的亲缘关系较远。IgCRY1蛋白和IgCOP1蛋白相互互作的验证,为球等鞭金藻的光信号调控生物学过程提供了重要的理论基础。 展开更多

关键词 球等鞭金藻 酵母双杂 IgCRY1蛋白 IgCOP1蛋白 生物信息学分析

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裂殖壶藻SlMYB118基因的克隆及生物信息学分析

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作者 陈菁 苏永昌 +3 位作者 孙化淼 陈由强 薛婷 代容春 《渔业研究》 2023年第3期222-232,共11页

裂殖壶藻是一种含有丰富DHA的海洋微藻。本课题组前期发现裂殖壶藻的SlMYB118基因与脂肪酸的合成密切相关,是潜在的DHA合成调控的转录因子。本文通过PCR的方法克隆裂殖壶藻的SlMYB118基因的cDNA全长序列,运用生物信息学的方法对其分析... 裂殖壶藻是一种含有丰富DHA的海洋微藻。本课题组前期发现裂殖壶藻的SlMYB118基因与脂肪酸的合成密切相关,是潜在的DHA合成调控的转录因子。本文通过PCR的方法克隆裂殖壶藻的SlMYB118基因的cDNA全长序列,运用生物信息学的方法对其分析。结果预测SlMYB118蛋白质的等电点为8.75,分子量为84.81 kDa,定位于细胞核,且其具有106个潜在的磷酸化位点。SlMYB118基因的结合位点是探索转录调控机制、建立DHA合成相关转录调控网络的关键,本研究为后续确定其结合位点奠定了理论基础。 展开更多

关键词 裂殖壶藻 SlMYB118基因 克隆 生物信息学分析

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三角褐指藻△5-脂肪酸延长酶基因克隆、过表达载体构建及生物信息学分析

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作者 雷娜娜 叶浩盈 +5 位作者 赵靖悦 龚林 胡荣飞 何文锦 陈由强 薛婷 《福建农业科技》 2019年第9期1-7,共7页

通过RT-PCR的方法克隆三角褐指藻的△5-脂肪酸延长酶基因的cDNA序列,利用双酶切技术构建重组表达载体,并对该基因进行相关的生物信息学分析。结果表明:三角褐指藻△5-脂肪酸延长酶基因的cDNA全长为834 bp,编码278个氨基酸,预测的等电点... 通过RT-PCR的方法克隆三角褐指藻的△5-脂肪酸延长酶基因的cDNA序列,利用双酶切技术构建重组表达载体,并对该基因进行相关的生物信息学分析。结果表明:三角褐指藻△5-脂肪酸延长酶基因的cDNA全长为834 bp,编码278个氨基酸,预测的等电点为9-13,理论分子量32348-91。△5-脂肪酸延长酶基因中存在1个内含子,该酶属于ELO系列延长酶,可能定位于内质网中,包含多个跨膜区域和保守区域。亲缘关系分析表明,三角褐指藻△5-脂肪酸延长酶与假微型海链藻的亲缘关系最近。试验还成功构建了三角褐指藻△5-脂肪酸延长酶基因过表达重组质粒pPha-T1-5e,为下一步三角褐指藻中相关油脂代谢基因的表达和功能验证奠定基础。 展开更多

关键词 三角褐指藻 △5-脂肪酸延长酶 克隆 生物信息学分析 载体构建

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海鲜调味品的种类及研究进展 被引量：12

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作者 陈晓婷 吴靖娜 +4 位作者 苏永昌 陈由强 黄鹭强 刘智禹 陈艺晖 《渔业研究》 2018年第2期163-168,共6页

本文从海鲜调味品的不同加工方法出发,把海鲜调味品分成抽提型调味品、分解型调味品和反应型调味品,并对这三种调味品的研究进展进行综合论述,同时展望了海鲜调味品的研究方向和发展趋势,旨在为开发新型海鲜调味品及提高水产品的附加值... 本文从海鲜调味品的不同加工方法出发,把海鲜调味品分成抽提型调味品、分解型调味品和反应型调味品,并对这三种调味品的研究进展进行综合论述,同时展望了海鲜调味品的研究方向和发展趋势,旨在为开发新型海鲜调味品及提高水产品的附加值提供参考。 展开更多

关键词 水产调味品 种类 研究进展

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海马真空冷冻干燥特性及其动力学模型 被引量：5

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作者 吴靖娜 陈晓婷 +3 位作者 刘智禹 廖登远 黄鹭强 陈由强 《渔业研究》 2019年第5期404-408,共5页

采用真空冷冻干燥法对海马进行干燥,并对其干燥特性和水分有效扩散系数进行研究,建立海马干燥动力学模型。根据海马真空冷冻干燥曲线可知,干燥25 h达到干燥终点,干燥过程的有效水分扩散系数为2.442 3×10^-10 m^2/s。通过比较分析8... 采用真空冷冻干燥法对海马进行干燥,并对其干燥特性和水分有效扩散系数进行研究,建立海马干燥动力学模型。根据海马真空冷冻干燥曲线可知,干燥25 h达到干燥终点,干燥过程的有效水分扩散系数为2.442 3×10^-10 m^2/s。通过比较分析8种经典数学模型的拟合情况,确定Page模型最适合用来描述海马真空冷冻干燥的过程,其决定系数R^2、卡方检验值χ^2和均方根误差RMSE分别为0.999 4、5.961 9×10^-5和2.090 0×10^-4。本结果可为海马真空冷冻干燥的生产应用提供参考。 展开更多

关键词 海马 真空冷冻干燥 干燥动力学 水分有效扩散系数

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甘薯羽状斑驳病毒和甘薯褪绿矮化病毒检测方法的建立 被引量：1

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作者 陈涛 薛婷 +3 位作者 杨志坚 陈选阳 陈由强 陈建楠 《福建农业科技》 CAS 2023年第6期11-21,共11页

为了建立甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)和甘薯矮化褪绿病毒(Sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)的逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)检测方法,提高检测灵敏度,实现结果的可视化。根据SPFMV外壳蛋白... 为了建立甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)和甘薯矮化褪绿病毒(Sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)的逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)检测方法,提高检测灵敏度,实现结果的可视化。根据SPFMV外壳蛋白基因(CP)的核苷酸序列和SPCSV的热休克蛋白基因(Hsp 70)的核苷酸序列设计4条RT-LAMP特异性引物,采取单因素优化试验,对RT-LAMP反应体系中的多个因素包括时间、温度、BST聚合酶、Mg^(2+)、RNase抑制剂、dNTPs和Betaine浓度优化,恒温扩增60 min。经琼脂糖凝胶电泳分析,SYBR Green I可视化显色,结果表明:SPFMV的优化反应体系为:FIP/BIP 2μL、F3/B30.5μL、BST聚合酶1.0μL、dNTPs 0.6μL、MgSO 41.5μL、RNase抑制剂1.0μL、Betaine 7μL,62℃60 min。SPCSV的优化反应体系为:FIP/BIP 2μL、F3/B30.5μL、BST聚合酶1.0μL、dNTPs 0.6μL、MgSO 41.5μL、RNase抑制剂1.2μL、Betaine 7μL,64℃60 min。进一步利用SPFMV全基因组的4个片段(SPFMV-1、SPFMV-2、SPFMV-3、SPFMV-4)、SPCSV-Hsp 70和RGNNV进行特异性检验,分别建立了SPFMV和SPCSV的特异性RT-LAMP检测方法,扩增出了具有RT-LAMP的典型瀑布状条带,与凝胶电泳和SYBR Green I显色结果一致,SPFMV和SPCSV的灵敏度检测下限分别为:1×10^(-6)、1×10^(-3)ng·μL^(-1),该方法检测灵敏度高,实现了结果的可视化。对田间甘薯苗和离体组织培养甘薯苗进行检测验证,SPFMV-RT-LAMP检测方法成功率为100%,SPCSV-RT-LAMP检测方法的成功率为95%,表明研发的SPFMV和SPCSV的RT-LAMP检测方法适用于SPFMV和SPCSV的快速检测。 展开更多

关键词 甘薯 甘薯羽状斑驳病毒(SPFMV) 甘薯矮化褪绿病毒(SPCSV) 环介导等温扩增技术(RT-LAMP) 建立

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表面增强拉曼光谱在农残检测中的应用 被引量：4

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作者 吴钧坚 何文锦 +1 位作者 陈由强 薛婷 《福建农业科技》 2020年第3期59-64,共6页

农药在现代农业中广泛使用,残留在环境或瓜果蔬菜中的农药会对人体健康产生巨大的威胁,因此农药残留检测在现代农业生产活动中扮演着重要的角色。表面增强拉曼光谱(Surface-enhanced Raman Spectroscopy,SERS)技术在农药残留检测上有操... 农药在现代农业中广泛使用,残留在环境或瓜果蔬菜中的农药会对人体健康产生巨大的威胁,因此农药残留检测在现代农业生产活动中扮演着重要的角色。表面增强拉曼光谱(Surface-enhanced Raman Spectroscopy,SERS)技术在农药残留检测上有操作简单、快速检测、成本低等优势,在农药残留检测领域有着广泛的应用前景。对拉曼散射的基本原理、表面增强拉曼的机制和拉曼增强活性基底的特点3个方面进行了介绍,并结合相关文献对表面增强拉曼技术在农药残留检测上的研究进行了综述和展望。 展开更多

关键词 表面增强拉曼光谱 农药残留 检测

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基于Cytb基因序列的双齿围沙蚕分子鉴定 被引量：3

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作者 岑万 江鑫 +3 位作者 周翊韬 杨莹 林岗 黄镇 《福建农业科技》 2019年第5期7-11,共5页

为构建基于Cytb基因的双齿围沙蚕分子鉴定方法,以福建省沿海养殖的双齿围沙蚕(Perinereisaibuhitensis)为供试材料,采用DNA测序方法获得双齿围沙蚕的线粒体Cytb基因序列,并对其进行分子鉴定;进一步采用Mega4软件的邻接法(NJ法)构建沙蚕... 为构建基于Cytb基因的双齿围沙蚕分子鉴定方法,以福建省沿海养殖的双齿围沙蚕(Perinereisaibuhitensis)为供试材料,采用DNA测序方法获得双齿围沙蚕的线粒体Cytb基因序列,并对其进行分子鉴定;进一步采用Mega4软件的邻接法(NJ法)构建沙蚕亚科Cytb基因的进化树。结果表明:双齿围沙蚕的PCR扩增产物经测序和Blast比对后,双齿围沙蚕的Cytb基因序列长度为349bp,与NCBI数据库双齿围沙蚕有97%~99%的相似度,并没有与其他种沙蚕具有相似度;沙蚕亚科进化树中,双齿围沙蚕与多齿围沙蚕相聚,两者相聚后再与阔沙蚕属相聚,沙蚕属与环唇沙蚕属相聚、拟突沙蚕属与刺沙蚕属相聚;研究结果初步证实了线粒体Cytb基因序列可用于双齿围沙蚕的分子鉴定。 展开更多

关键词 双齿围沙蚕 CYTB基因 PCR鉴定 进化树

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球等鞭金藻MYB基因家族成员全基因组鉴定和特性分析 被引量：1

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作者 韩玉莹 陈璐瑶 +2 位作者 陈由强 陈多 陈建楠 《福建农业科技》 CAS 2023年第4期22-35,共14页

为了深入理解球等鞭金藻MYB基因家族在基因调控网络中的作用机制,使用MYB_DNA-binding保守结构域在球等鞭金藻蛋白序列中筛选出60个MYB基因家族成员,并对这些基因家族成员的蛋白(一、二、三级)结构预测和分析、亚细胞结构定位、基因结... 为了深入理解球等鞭金藻MYB基因家族在基因调控网络中的作用机制,使用MYB_DNA-binding保守结构域在球等鞭金藻蛋白序列中筛选出60个MYB基因家族成员,并对这些基因家族成员的蛋白(一、二、三级)结构预测和分析、亚细胞结构定位、基因结构及保守结构域等方面进行了分析。结果表明:这些MYB基因家族成员可分为3个cluster,其中R2-MYB和R3-MYB主要集中在cluster 3中,R2R3-MYB则含有大部分家族成员,表明这些基因在球等鞭金藻中起着重要的生物学功能。不同分支的亲缘关系较远,同一分支的关系较近,这表明球等鞭金藻MYB基因家族在演化过程中形成了一些适应性的变化。通过基因组内共线性分析,研究发现球等鞭金藻全基因组内有177对片段复制基因和46对串联复制基因,其中MYB基因家族有2对复制基因,包括串联重复基因对IZ004267和IZ007345以及片段重复基因对IZ006462和IZ006102。结合染色体定位分析,IZ006462和IZ006102位于9号染色体,这也支持上述片段重复的判断。这些重复基因对的K a/K s值小于1,表明这些基因在扩张过程中受到了基因纯化选择,功能相当保守。 展开更多

关键词 球等鞭金藻 MYB基因家族 全基因组 光质 表达分析

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尿素包合法联用分子蒸馏法富集鱼油中EPA和DHA的研究进展

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作者 孙化淼 陈建楠 +4 位作者 陈由强 薛婷 林岗 代容春 王勖荣 《福建农业科技》 CAS 2023年第5期21-27,共7页

鱼油中的EPA和DHA是一类具有很高营养价值的功能因子,对心脑血管健康、大脑发育、改善视力、抗炎等都有积极的作用,因而获取高纯度的EPA和DHA逐渐成为众多研究者关注的热点问题之一。采用尿素包合法富集鱼油中的EPA和DHA,不仅原料成本低... 鱼油中的EPA和DHA是一类具有很高营养价值的功能因子,对心脑血管健康、大脑发育、改善视力、抗炎等都有积极的作用,因而获取高纯度的EPA和DHA逐渐成为众多研究者关注的热点问题之一。采用尿素包合法富集鱼油中的EPA和DHA,不仅原料成本低廉,而且操作简单,但是富集得到的鱼油质量不高;而分子蒸馏法可以较好地保护EPA和DHA的活性,提高鱼油的纯度。两种方法联用具有工艺成熟、原料成本低、操作简单等优势,是工业化生产高质量EPA和DHA较好的选择之一。因此,在总结富集纯化鱼油中EPA和DHA方法的同时,阐述了尿素包合法、分子蒸馏法及两种方法联用富集鱼油中EPA和DHA的研究进展,希望可以为未来工业化获取高质量的EPA和DHA提供一定的参考价值。 展开更多

关键词 二十碳五烯酸(EPA) 二十二碳六烯酸(DHA) 尿素包合法 分子蒸馏法

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卵黄抗体在水产养殖病害防治中的应用 被引量：8

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作者 俞晶晶 萧枪枪 +2 位作者 郑晨阳 赵轩 林晨韬 《水产养殖》 CAS 2022年第2期44-50,共7页

简述了卵黄抗体的基本特性、产生、作用机制、分离提取和纯化以及卵黄抗体在水产动物细菌性和病毒性疾病防治中的应用,可为今后卵黄抗体的研究及应用提供参考。

关键词 卵黄抗体 水产养殖 病害防治

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基于冷冻电镜的草鱼呼肠孤病毒对称失配三维重构算法研究

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作者 童江杨 陈建楠 +1 位作者 薛婷 王勖荣 《福建农业科技》 CAS 2023年第10期15-22,共8页

在利用病毒的二十面体对称性重构其三维结构的过程中,对称失配问题的存在阻碍了病毒真实结构的解析以及高分辨结构的获取。为破除对称失配对病毒三维结构的影响,提出了一种利用二十面体点群的特殊子群搜索的对称失配三维重构算法。以草... 在利用病毒的二十面体对称性重构其三维结构的过程中,对称失配问题的存在阻碍了病毒真实结构的解析以及高分辨结构的获取。为破除对称失配对病毒三维结构的影响,提出了一种利用二十面体点群的特殊子群搜索的对称失配三维重构算法。以草鱼呼肠孤病毒(Grass Corp Reovirus, GCRV)为试验材料,利用冷冻电镜三维重构技术获取GCRV三维结构,通过局部三维重构及对称失配搜索,并加入GCRV特异性顶点的搜索获得取向信息。结果表明:该算法提升了对称失配取向搜索的效率,并通过确定病毒内部聚合酶复合物所在的二十面体特异性顶点位置,准确地还原了草鱼呼肠孤病毒(GCRV)的取向信息。结果证实了病毒缺失的RdRp处于伪D3对称的赤道组中,并为解析双链RNA病毒全病毒对称失配结构以及探明双链RNA病毒内源转录分子机制的研究提供了新的方法。 展开更多

关键词 草鱼呼肠孤病毒 三维结构 对称失配 聚合酶

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构建遗传修饰小鼠过程中外源核酸传递方法的研究进展

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作者 赵巧雪 黄镇 王玮琪 《福建农业科技》 2019年第5期57-61,共5页

传统构建遗传修饰小鼠的方法有2种,一种是采用显微注射技术将特定核酸序列传递到小鼠受精卵或胚胎体内,另一种是将小鼠的胚胎干细胞导入到囊胚中。较为广泛应用的是采用显微注射技术将特定核酸序列传递到小鼠受精卵或胚胎体内,即核酸传... 传统构建遗传修饰小鼠的方法有2种,一种是采用显微注射技术将特定核酸序列传递到小鼠受精卵或胚胎体内,另一种是将小鼠的胚胎干细胞导入到囊胚中。较为广泛应用的是采用显微注射技术将特定核酸序列传递到小鼠受精卵或胚胎体内,即核酸传递方法,该方法可以通过注射方法、转染方式及性腺组织介导进行核酸传递。综述构建遗传修饰小鼠过程中的核酸传递方法,包括原核注射、囊胚显微注射、受精卵核酸电转染、输卵管核酸电转染、精子介导的基因转移、卵巢组织注射等方法的研究进展,并对核酸传递方法的进一步利用和发展方向进行展望。 展开更多

关键词 遗传修饰小鼠 核酸物质传递 显微注射 电转染 基因编辑

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