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3组常用鱼类eDNA宏条形码通用引物对三亚水环境样品的物种检出效果比较
1
作者
郭瑶杰
万武波
+2 位作者
王海山
叶乐
陈治
《南方水产科学》
北大核心
2025年第1期66-76,共11页
环境DNA (Environmental DNA, eDNA)宏条形码技术是一种高效率、高灵敏度且无侵入性的物种调查工具。目前基于eDNA宏条形码技术调查鱼类多样性的研究众多,但是该技术发展尚不完善,对不同引物的实际使用效果缺乏共识。为降低测序成本、...
环境DNA (Environmental DNA, eDNA)宏条形码技术是一种高效率、高灵敏度且无侵入性的物种调查工具。目前基于eDNA宏条形码技术调查鱼类多样性的研究众多,但是该技术发展尚不完善,对不同引物的实际使用效果缺乏共识。为降低测序成本、筛选出实际使用效果最优的通用引物,选取三亚市鱼市场和亚特兰蒂斯水族馆共8个站位的水样,比较了3组常用鱼类eDNA宏条形码通用引物(MiFish-U、AcMDB07、Ac12S)在检测鱼类多样性方面的差异。结果表明:1) 3组引物在质控后总序列数、鱼类序列数、总可操作分类单元(Operational taxonomic units, OTUs)数、鱼类OTUs数和鱼类序列占比方面均存在极显著性差异(p<0.01),MiFish-U的扩增成功率和对鱼类物种的靶向性最高;2) MiFish-U检出的物种数最多(140种),AcMDB07和Ac12S则分别检出128和97种;3) Ac12S和AcMDB07的参考数据库尚不完善,两者分别有72.76%和42.11%的OTUs无法注释到种水平;4) Ac12S检出的特有鱼类很少(仅4种),暗示在实际使用过程中更容易被另外2组引物替代,而MiFish-U的可替代性最低;5) 3组引物反映鱼类丰度的总趋势相似,但对具体物种却存在一定差异。结果表明,综合OTUs注释等多种因素,特别是现有参考数据条件下,MiFish-U的物种检出效果优于AcMDB07和Ac12S。
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关键词
环境DNA宏条形码
鱼类多样性
通用引物
MiFish-U
海南
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职称材料
题名
3组常用鱼类eDNA宏条形码通用引物对三亚水环境样品的物种检出效果比较
1
作者
郭瑶杰
万武波
王海山
叶乐
陈治
机构
海南热带海洋学院/崖州湾创新研究院/热带海洋生物资源利用与保护教育部重点实验室
出处
《南方水产科学》
北大核心
2025年第1期66-76,共11页
基金
海南省自然科学基金项目(422RC717,424QN298)
国家自然科学基金青年科学基金项目(32002389)
+1 种基金
2023年海南热带海洋学院水产南繁联合开放课题(2023SCNFKF05)
三亚市重大科技计划项目(ZDKJ-SY-2020-001)。
文摘
环境DNA (Environmental DNA, eDNA)宏条形码技术是一种高效率、高灵敏度且无侵入性的物种调查工具。目前基于eDNA宏条形码技术调查鱼类多样性的研究众多,但是该技术发展尚不完善,对不同引物的实际使用效果缺乏共识。为降低测序成本、筛选出实际使用效果最优的通用引物,选取三亚市鱼市场和亚特兰蒂斯水族馆共8个站位的水样,比较了3组常用鱼类eDNA宏条形码通用引物(MiFish-U、AcMDB07、Ac12S)在检测鱼类多样性方面的差异。结果表明:1) 3组引物在质控后总序列数、鱼类序列数、总可操作分类单元(Operational taxonomic units, OTUs)数、鱼类OTUs数和鱼类序列占比方面均存在极显著性差异(p<0.01),MiFish-U的扩增成功率和对鱼类物种的靶向性最高;2) MiFish-U检出的物种数最多(140种),AcMDB07和Ac12S则分别检出128和97种;3) Ac12S和AcMDB07的参考数据库尚不完善,两者分别有72.76%和42.11%的OTUs无法注释到种水平;4) Ac12S检出的特有鱼类很少(仅4种),暗示在实际使用过程中更容易被另外2组引物替代,而MiFish-U的可替代性最低;5) 3组引物反映鱼类丰度的总趋势相似,但对具体物种却存在一定差异。结果表明,综合OTUs注释等多种因素,特别是现有参考数据条件下,MiFish-U的物种检出效果优于AcMDB07和Ac12S。
关键词
环境DNA宏条形码
鱼类多样性
通用引物
MiFish-U
海南
Keywords
eDNA metabarcoding
Fish species diversity
Universal primers
MiFish-U
Hainan
分类号
S931.2 [农业科学—渔业资源]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
3组常用鱼类eDNA宏条形码通用引物对三亚水环境样品的物种检出效果比较
郭瑶杰
万武波
王海山
叶乐
陈治
《南方水产科学》
北大核心
2025
0
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