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海南黑山羊与海×努杂交山羊肠道微生物组成的比较被引量：1: 1; 作者唐嘉阳陈韬羽 +7 位作者李世元蒙勇陈巧玲陈思高宏岩杜丽王凤阳满初日嘎《南方农业学报》北大核心 2025年第1期295-304,共10页; 【目的】揭示杂交山羊拥有良好生长性状的内在机理,为海南黑山羊的品种选育及海×努杂交山羊的饲养管理提供参考依据。【方法】选取出生4 d内的海南黑山羊(HN组)和海×努杂交山羊(HY组)各6只,在统一的饲养管理标准下饲养至120... 展开更多; 关键词海南黑山羊海×努杂交山羊肠道微生物 16S rRNA测序体重增长; 在线阅读下载PDF 职称材料

海南黑山羊SAA3基因多态位点筛查与生物信息学分析: 2; 作者陈祥英陈韬羽 +5 位作者高宏岩陈思满初日嘎杜丽王凤阳陈巧玲《现代畜牧兽医》 2025年第3期1-6,共6页; 试验旨在探究海南黑山羊SAA3基因的结构特征及其遗传分布情况,为进一步探索该基因的表达调控机制及免疫功能提供参考。试验采集200只海南黑山羊的血液样本,采用Sanger法测序对海南黑山羊SAA3基因的单核苷酸多态性(SNP)位点进行检测,对... 展开更多; 关键词海南黑山羊 SAA3基因 SNP位点生物信息学; 在线阅读下载PDF 职称材料

海南黑山羊ATG16L2基因启动子区多态性研究: 3; 作者王欢陈韬羽 +10 位作者吴慧蒙勇李世元钱和洁牛世华满初日嘎陈巧玲高宏岩杜丽王凤阳陈思《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期4980-4991,共12页; 旨在研究海南黑山羊ATG16L2基因启动子区的结构特征及其遗传分布情况,为进一步探索该基因的表达调控机制及功能提供理论依据。本研究以200头海南黑山羊为研究对象,构建DNA混池,采用Sanger法测序对海南黑山羊ATG16L2基因启动子区的多态... 展开更多; 关键词海南黑山羊 ATG16L2基因启动子多态性生物信息学; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于全基因组重测序的海南黄牛群体遗传多样性分析及热适应相关候选基因筛选被引量：2: 4; 作者吴慧李世元 +7 位作者蒋俊明王欢吴官胜李连彬陈巧玲杜丽王凤阳陈思《南方农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第12期3707-3717,共11页; 【目的】基于全基因组重测序分析海南黄牛群体遗传多样性并筛选热适应相关候选基因,为我国地方家牛种质资源的保护与开发利用提供理论参考。【方法】使用FASTP v0.20.0对海南黄牛、蒙古牛和藏牛的全基因组数据进行质量控制和过滤,BWA进... 展开更多; 关键词海南黄牛全基因组重测序热适应 PIK3R5基因遗传多样性; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名海南黑山羊与海×努杂交山羊肠道微生物组成的比较被引量：1: 1; 作者唐嘉阳陈韬羽李世元蒙勇陈巧玲陈思高宏岩杜丽王凤阳满初日嘎; 机构海南大学热带农林学院/海南省热带动物繁育与疫病研究重点实验室; 出处《南方农业学报》北大核心 2025年第1期295-304,共10页; 基金现代农业产业技术体系建设专项(CARS-38) 海南省院士创新平台科研项目(YSPTZX202153)。; 文摘【目的】揭示杂交山羊拥有良好生长性状的内在机理,为海南黑山羊的品种选育及海×努杂交山羊的饲养管理提供参考依据。【方法】选取出生4 d内的海南黑山羊(HN组)和海×努杂交山羊(HY组)各6只,在统一的饲养管理标准下饲养至120日龄左右,采集粪便样品进行16S rRNA测序,分析2组山羊的肠道微生物群落组成差异,并对肠道微生物与山羊体重及平均日增重进行Pearson相关分析。【结果】2组山羊的肠道微生物群落Alpha多样性指数无显著差异(P>0.05),但基于布雷柯蒂斯(Bray-Curtis)距离的主坐标分析(PCoA)发现2组山羊的肠道微生物组成存在一定差异。在门分类水平上,海南黑山羊与海×努杂交山羊肠道微生物均以厚壁菌门、拟杆菌门、疣微菌门、弯曲菌门、螺旋菌门及变形菌门等为优势菌门;在属分类水平上,2组山羊肠道微生物组成相似,存在多种能发酵膳食纤维的菌属;Metastats分析发现,海×努杂交山羊肠道中的Monoglobus相对丰度显著高于海南黑山羊(P<0.05,下同)。海南黑山羊肠道微生物的生物标志物有肠球菌科、肠球菌属及Family_XIII_UCG_001等;海×努杂交山羊肠道微生物的生物标志物为短促生乳杆菌属和颤螺旋菌科未知菌属。海×努杂交山羊肠道微生物中,厚壁菌门相对丰度与体重及平均日增重呈显著正相关;海南黑山羊肠道微生物中,另枝菌属相对丰度与体重呈极显著正相关(P<0.01),与平均日增重呈显著正相关;将2组山羊合并为一个群体进行分析,发现厚壁菌门相对丰度与山羊平均日增重呈显著正相关,Monoglobus相对丰度与山羊体重呈显著正相关。【结论】海南黑山羊与海×努杂交山羊的肠道微生物组成存在一定差异,其中Monoglobus在海×努杂交山羊中的相对丰度显著高于海南黑山羊。此外,肠道微生物中的厚壁菌门、另枝菌属和Monoglobus可能是调控山羊生长性能的关键菌群,为育肥山羊靶向型饲料添加剂的选择提供了新方向。; 关键词海南黑山羊海×努杂交山羊肠道微生物 16S rRNA测序体重增长; Keywords Hainan black goat hybrid of Hainan black goat×Nubian goat intestinal microbes 16S rRNA sequencing body weight gain; 分类号 S827 [农业科学—畜牧学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名海南黑山羊SAA3基因多态位点筛查与生物信息学分析: 2; 作者陈祥英陈韬羽高宏岩陈思满初日嘎杜丽王凤阳陈巧玲; 机构海南大学热带农林学院/海南省热带动物繁育与疫病研究重点实验室; 出处《现代畜牧兽医》 2025年第3期1-6,共6页; 基金海南省自然科学基金(324RC447) 国家现代农业产业技术体系项目(财政部和农业农村部-CARS38) 海南省院士创新平台科研专项(No.YSPTZX202013)。; 文摘试验旨在探究海南黑山羊SAA3基因的结构特征及其遗传分布情况,为进一步探索该基因的表达调控机制及免疫功能提供参考。试验采集200只海南黑山羊的血液样本,采用Sanger法测序对海南黑山羊SAA3基因的单核苷酸多态性(SNP)位点进行检测,对检测到的SNPs位点进行连锁不平衡分析,并用生物信息学软件对SAA3基因编码蛋白及其启动子区进行分析。结果显示,在该基因启动子区检测到4个SNPs位点,分别为SNP1(g.25808412C>A)、SNP2(g.25808226C>G)、SNP3(g.25808088A>G)和SNP4(g.25807925C>G);4个SNPs位点中仅SNP3位点在该群体中表现为低度多态性且不符合Hardy-Weinberg平衡定律(P<0.05)。单倍型分析结果显示,H1、H2和H3单倍型频率分别为0.712、0.258和0.030,H1(CCAC)为优势单倍型。生物信息学分析显示,SAA3基因编码序列(CDS)区长度为131 bp,蛋白分子量为14.59 kDa,理论等电点(pI)为9.44,蛋白质二级结构包括71.76%α-螺旋、28.24%无规则卷曲。系统进化树分析显示,该基因编码氨基酸序列与反刍动物绵羊、牛的亲缘关系最近。研究表明,海南黑山羊SAA3基因较为保守,其CDS区未检测出突变位点,启动子区存在4个SNPS,其中SNP4可能减少转录因子AP-2α与启动子区结合,进而影响SAA3基因的调控表达。; 关键词海南黑山羊 SAA3基因 SNP位点生物信息学; Keywords Hainan Black goat SAA3 gene SNP sites Bioinformatics; 分类号 S827 [农业科学—畜牧学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名海南黑山羊ATG16L2基因启动子区多态性研究: 3; 作者王欢陈韬羽吴慧蒙勇李世元钱和洁牛世华满初日嘎陈巧玲高宏岩杜丽王凤阳陈思; 机构海南大学热带农林学院/海南省热带动物繁育与疫病研究重点实验室新疆维吾尔自治区哈密市巴里坤哈萨克自治县畜牧兽医工作站; 出处《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期4980-4991,共12页; 基金国家自然科学基金青年基金项目(32202631) 国家现代农业产业技术体系项目(财政部和农业农村部-CARS38)。; 文摘旨在研究海南黑山羊ATG16L2基因启动子区的结构特征及其遗传分布情况,为进一步探索该基因的表达调控机制及功能提供理论依据。本研究以200头海南黑山羊为研究对象,构建DNA混池,采用Sanger法测序对海南黑山羊ATG16L2基因启动子区的多态性进行初筛,应用PCR-RFLP技术对200头海南黑山羊个体进行基因型鉴定。对筛选到的SNP位点进行连锁不平衡分析,构建单倍型。利用生物信息学方法分析SNP位点对海南黑山羊ATG16L2基因表达的影响。在海南黑山羊ATG16L2基因启动子区共检测到3个SNPs位点,分别为SNP1(g.30667970T>C)、SNP2(g.30668540T>C)和SNP3(g.30668664C>T),且彼此连锁。SNP1和SNP2位点均表现为中度多态性,SNP3位点表现为低度多态性,且符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。单倍型分析结果显示,H1、H2、H3和H4单倍型频率分别为0.321、0.304、0.271和0.097,且H1(CGC)为优势单倍型。生物信息学分析显示,山羊ATG16L2基因共预测到3个启动子和4个CpG岛区域;存在2个重复元件LINE2(-1989~-1826 bp、-562~-426 bp)、hAT-Charlie(-1804~-1511 bp)以及5个CCAAT-Box、13个CAAT-Box、10个CGCG-Box、11个GATA-Box和2个TATA-Box。综合多种在线软件预测发现,上述SNPs可能通过影响ATG16L2基因的启动子区的顺式作用元件,从而影响海南黑山羊ATG16L2基因的转录表达。本研究在海南黑山羊ATG16L2基因启动子序列中发现3个SNPs位点,其中SNP1和SNP2表现为中度多态性,SNP3表现为低度多态性,并预测这些SNPs可能影响转录因子结合,从而调控基因表达,为进一步探究ATG16L2基因功能及其调控机制提供了理论依据。; 关键词海南黑山羊 ATG16L2基因启动子多态性生物信息学; Keywords Hainan Black goat ATG 16L2 gene promoter polymorphism bioinformatics; 分类号 S827.2 [农业科学—畜牧学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于全基因组重测序的海南黄牛群体遗传多样性分析及热适应相关候选基因筛选被引量：2: 4; 作者吴慧李世元蒋俊明王欢吴官胜李连彬陈巧玲杜丽王凤阳陈思; 机构海南大学热带农林学院/海南省热带动物繁育与疫病研究重点实验室; 出处《南方农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第12期3707-3717,共11页; 基金中央引导地方科技发展专项(ZY2022HN09) 海南省院士创新平台科研专项(2020)。; 文摘【目的】基于全基因组重测序分析海南黄牛群体遗传多样性并筛选热适应相关候选基因,为我国地方家牛种质资源的保护与开发利用提供理论参考。【方法】使用FASTP v0.20.0对海南黄牛、蒙古牛和藏牛的全基因组数据进行质量控制和过滤,BWA进行序列比对,GATK v3.5-0-g36282e4进行变异检测,ANNOVAR Documentation构建注释所需的数据库。基于常染色体SNP位点信息,利用MEGA X构建系统发育进化树,通过EIGENSOFT v7.2.1进行主成分分析(PCA)并进行均匀流形近似和投影(UMAP)聚类,使用Structure v2.3.4进行群体结构分析并通过计算核苷酸多样性及连锁不平衡衰减来探究群体遗传多样性。通过PopGenome对全基因组进行扫描,使用核苷酸多样性比值(θπ)和核苷酸多样性及群体间遗传分化系数(FST)筛选海南黄牛基因组中受正向选择的候选区域,并将注释到的基因通过DAVID进行GO功能注释和KEGG信号通路富集分析,挑选与热适应相关的基因,并预测其编码蛋白的结构和理化性质。【结果】经质控后共检测出20075403个高质量常染色体SNP位点。海南黄牛、蒙古牛和藏牛群体不存在血统混杂现象。相较于蒙古牛和藏牛,海南黄牛连锁不平衡衰减速度更快,核苷酸多样性更高,受人工选择强度较低且具有较高的群体遗传多样性。以蒙古牛和藏牛为参考群体,在海南黄牛中共筛选出144个受正向选择的基因。在海南黄牛群体中存在磷酸肌醇3激酶调节亚基5(PIK3R5)基因的错义突变(AC_000176.1:28979868,c.987C>A,p.331D>Y),该突变能引起PIK3R5基因mRNA二级结构和PIK3R5蛋白二级结构的改变。【结论】海南黄牛较高的遗传多样性和较低的人工选择强度表明其在热带环境中保留了丰富的遗传变异。海南黄牛PIK3R5基因存在错义突变,可能通过调控PI3K/Akt/mTOR信号通路影响热应激响应和代谢调节,从而增强其热适应能力。; 关键词海南黄牛全基因组重测序热适应 PIK3R5基因遗传多样性; Keywords Hainan cattle whole genome resequencing heat adaptation PIK3R5 gene genetic diversity; 分类号 S823.81 [农业科学—畜牧学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	海南黑山羊与海×努杂交山羊肠道微生物组成的比较	唐嘉阳陈韬羽李世元蒙勇陈巧玲陈思高宏岩杜丽王凤阳满初日嘎	《南方农业学报》北大核心	2025	1	在线阅读下载PDF 职称材料
2	海南黑山羊SAA3基因多态位点筛查与生物信息学分析	陈祥英陈韬羽高宏岩陈思满初日嘎杜丽王凤阳陈巧玲	《现代畜牧兽医》	2025	0	在线阅读下载PDF 职称材料
3	海南黑山羊ATG16L2基因启动子区多态性研究	王欢陈韬羽吴慧蒙勇李世元钱和洁牛世华满初日嘎陈巧玲高宏岩杜丽王凤阳陈思	《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心	2024	0	在线阅读下载PDF 职称材料
4	基于全基因组重测序的海南黄牛群体遗传多样性分析及热适应相关候选基因筛选	吴慧李世元蒋俊明王欢吴官胜李连彬陈巧玲杜丽王凤阳陈思	《南方农业学报》 CSCD 北大核心	2024	2	在线阅读下载PDF 职称材料