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鼠源TTV病毒海口株的基因组分析及real-time PCR检测方法的建立
被引量:
1
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作者
吴悦
王珊珊
+12 位作者
王文琪
周换换
陈锦龙
易玉芳
马天明
崔秀吉
黄艺
王高玉
彭箬岩
胡小媛
何昌华
吕刚
尹飞飞
《海南医学院学报》
CAS
2019年第4期241-246,共6页
目的:对海南省海口市褐家鼠体内发现的鼠源torque teno virus(RoTTV)地方流行株RoTTV3-HMU1进行全基因组扩增测序及遗传进化分析,并建立一种基于SYBR GreenⅠ荧光染料检测RoTTV3病毒的real-time PCR检测方法。方法:基于高通量宏病毒组...
目的:对海南省海口市褐家鼠体内发现的鼠源torque teno virus(RoTTV)地方流行株RoTTV3-HMU1进行全基因组扩增测序及遗传进化分析,并建立一种基于SYBR GreenⅠ荧光染料检测RoTTV3病毒的real-time PCR检测方法。方法:基于高通量宏病毒组测序分析结果设计特异性扩增引物,采用PCR方法进行全基因组序列拼接。并根据RoTTV3保守序列通过生物信息学分析设计特异性引物,以构建的含ddrp基因的重组质粒为标准品,优化实验条件,建立RoTTV的real-time PCR检测方法。结果:成功拼接获得一株海南省海口市褐家鼠携带的RoTTV的基因组序列,遗传进化分析表明该病毒属于RoTTV3基因型。本实验建立RoTTV3 real-time PCR检测方法,标准曲线在1×10~2~1×10~8拷贝/μL浓度时呈现良好线性关系,其扩增系数为1.000,溶解曲线只出现1特异性峰,检测灵敏度达到10~2个拷贝。结论:本实验首次获得海口地区RoTTV基因组序列,并对其进行遗传进化分析,对RoTTV的起源及进化研究具有重要的意义。本实验建立的RoTTV3 real-time PCR检测方法灵敏度高、特异性好,为RoTTV3的流行病学调查奠定技术基础。
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关键词
鼠源Torque
teno
VIRUS
基因组扩增测序
real-time
PCR检测
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职称材料
题名
鼠源TTV病毒海口株的基因组分析及real-time PCR检测方法的建立
被引量:
1
1
作者
吴悦
王珊珊
王文琪
周换换
陈锦龙
易玉芳
马天明
崔秀吉
黄艺
王高玉
彭箬岩
胡小媛
何昌华
吕刚
尹飞飞
机构
海南医学院
香港大学
热带
传染病联合
实验室
海南医学院热带病转化医学重点实验室
海南医学院
基础
医学
与生命科学
学院
病原生物学教研室
海南
省疾病预防控制中心
出处
《海南医学院学报》
CAS
2019年第4期241-246,共6页
基金
国家自然科学基金课题(81860367
31460017
+4 种基金
81672072)
海南省重点研发计划项目(ZDYF2017091)
海南省高等学校科学研究专项项目(Hnky2017ZD-16
Hnkyzx2014-08)
病毒学国家重点实验室2018年度开放基金项目(2018IOV002)~~
文摘
目的:对海南省海口市褐家鼠体内发现的鼠源torque teno virus(RoTTV)地方流行株RoTTV3-HMU1进行全基因组扩增测序及遗传进化分析,并建立一种基于SYBR GreenⅠ荧光染料检测RoTTV3病毒的real-time PCR检测方法。方法:基于高通量宏病毒组测序分析结果设计特异性扩增引物,采用PCR方法进行全基因组序列拼接。并根据RoTTV3保守序列通过生物信息学分析设计特异性引物,以构建的含ddrp基因的重组质粒为标准品,优化实验条件,建立RoTTV的real-time PCR检测方法。结果:成功拼接获得一株海南省海口市褐家鼠携带的RoTTV的基因组序列,遗传进化分析表明该病毒属于RoTTV3基因型。本实验建立RoTTV3 real-time PCR检测方法,标准曲线在1×10~2~1×10~8拷贝/μL浓度时呈现良好线性关系,其扩增系数为1.000,溶解曲线只出现1特异性峰,检测灵敏度达到10~2个拷贝。结论:本实验首次获得海口地区RoTTV基因组序列,并对其进行遗传进化分析,对RoTTV的起源及进化研究具有重要的意义。本实验建立的RoTTV3 real-time PCR检测方法灵敏度高、特异性好,为RoTTV3的流行病学调查奠定技术基础。
关键词
鼠源Torque
teno
VIRUS
基因组扩增测序
real-time
PCR检测
Keywords
Rodent torque teno virus
Whole-genome sequencing
Real-time PCR detection assay
分类号
R511 [医药卫生—内科学]
R440 [医药卫生—诊断学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
鼠源TTV病毒海口株的基因组分析及real-time PCR检测方法的建立
吴悦
王珊珊
王文琪
周换换
陈锦龙
易玉芳
马天明
崔秀吉
黄艺
王高玉
彭箬岩
胡小媛
何昌华
吕刚
尹飞飞
《海南医学院学报》
CAS
2019
1
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