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鼠源TTV病毒海口株的基因组分析及real-time PCR检测方法的建立 被引量:1
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作者 吴悦 王珊珊 +12 位作者 王文琪 周换换 陈锦龙 易玉芳 马天明 崔秀吉 黄艺 王高玉 彭箬岩 胡小媛 何昌华 吕刚 尹飞飞 《海南医学院学报》 CAS 2019年第4期241-246,共6页
目的:对海南省海口市褐家鼠体内发现的鼠源torque teno virus(RoTTV)地方流行株RoTTV3-HMU1进行全基因组扩增测序及遗传进化分析,并建立一种基于SYBR GreenⅠ荧光染料检测RoTTV3病毒的real-time PCR检测方法。方法:基于高通量宏病毒组... 目的:对海南省海口市褐家鼠体内发现的鼠源torque teno virus(RoTTV)地方流行株RoTTV3-HMU1进行全基因组扩增测序及遗传进化分析,并建立一种基于SYBR GreenⅠ荧光染料检测RoTTV3病毒的real-time PCR检测方法。方法:基于高通量宏病毒组测序分析结果设计特异性扩增引物,采用PCR方法进行全基因组序列拼接。并根据RoTTV3保守序列通过生物信息学分析设计特异性引物,以构建的含ddrp基因的重组质粒为标准品,优化实验条件,建立RoTTV的real-time PCR检测方法。结果:成功拼接获得一株海南省海口市褐家鼠携带的RoTTV的基因组序列,遗传进化分析表明该病毒属于RoTTV3基因型。本实验建立RoTTV3 real-time PCR检测方法,标准曲线在1×10~2~1×10~8拷贝/μL浓度时呈现良好线性关系,其扩增系数为1.000,溶解曲线只出现1特异性峰,检测灵敏度达到10~2个拷贝。结论:本实验首次获得海口地区RoTTV基因组序列,并对其进行遗传进化分析,对RoTTV的起源及进化研究具有重要的意义。本实验建立的RoTTV3 real-time PCR检测方法灵敏度高、特异性好,为RoTTV3的流行病学调查奠定技术基础。 展开更多
关键词 鼠源Torque teno VIRUS 基因组扩增测序 real-time PCR检测
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